genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23949154--23949266	42	2.7	43	77	2	120	21	23	22	33	1.97
23949590--23949660	21	3.4	21	86	0	97	2	46	16	33	1.62
23954493--23954599	53	2.0	54	85	1	144	46	5	5	42	1.50
23954947--23954991	19	2.2	21	84	11	58	68	4	4	22	1.25
23954937--23955024	28	3.1	28	72	16	67	65	4	3	26	1.27
23954954--23954992	20	2.0	19	90	5	60	64	5	2	28	1.28
23955019--23955056	17	2.1	19	90	9	62	52	5	0	42	1.24
23955225--23955254	15	2.1	14	93	6	51	53	10	6	30	1.60
23970246--23970279	6	5.5	6	86	6	50	82	0	17	0	0.67
23971177--23971258	43	1.9	43	100	0	164	26	21	7	43	1.79
23972033--23972505	132	3.6	132	91	0	723	27	18	23	30	1.98
23972055--23972398	44	7.8	43	68	12	168	27	18	23	30	1.97
23972261--23972443	44	4.2	44	66	20	130	27	20	22	29	1.99
23972083--23972455	88	4.3	90	68	15	235	26	19	24	30	1.98
23972546--23972890	50	6.9	50	73	1	278	28	24	25	21	1.99
23972518--23972878	100	3.6	100	93	0	616	28	24	24	21	1.99
23977125--23977205	38	2.2	38	84	2	101	13	12	41	32	1.82
23981060--23981136	32	2.6	29	79	6	82	42	3	10	42	1.57
23984512--23984553	17	2.5	17	80	11	50	66	4	4	23	1.30
23996788--23996842	21	2.6	21	91	8	94	29	38	9	23	1.85
23997595--23997634	9	4.2	9	84	12	53	20	0	2	77	0.88
24005864--24005888	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24009407--24009958	278	2.0	276	90	2	876	34	19	13	32	1.90
24011626--24011704	40	2.0	40	87	0	113	20	29	17	32	1.95
24011649--24011704	20	2.8	19	78	7	67	19	32	17	30	1.95
24011627--24011720	40	2.3	40	83	3	109	23	27	17	31	1.96
24011649--24011749	40	2.5	40	80	3	96	23	25	15	34	1.95
24028440--24028467	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
24028608--24028653	19	2.3	20	88	3	67	10	8	2	78	1.05
24028621--24028654	10	3.6	9	88	11	50	11	5	0	82	0.83
24029290--24029334	18	2.5	19	82	7	58	31	0	6	62	1.21
24029491--24029533	2	21.5	2	95	0	77	48	0	0	51	1.00
24046593--24046681	45	1.9	47	84	4	119	23	22	15	38	1.93
24046728--24046800	35	2.1	35	94	0	128	21	19	21	36	1.95
24048249--24048295	22	2.2	22	85	7	62	19	2	8	70	1.24
24049882--24049993	58	1.9	58	85	3	154	34	9	12	42	1.76
24053762--24053818	21	2.7	21	81	5	62	56	10	0	33	1.34
24054852--24054894	22	2.0	22	90	0	68	30	9	34	25	1.87
24059651--24059870	51	4.3	51	92	1	359	28	22	15	34	1.94
24059651--24059870	103	2.1	102	92	0	359	28	22	15	34	1.94
24064913--24064955	10	4.3	10	75	0	50	65	2	6	25	1.30
24068238--24068305	33	2.1	33	88	5	102	52	19	17	10	1.72
24069310--24069353	2	23.0	2	81	9	56	54	0	0	45	0.99
24069482--24069517	16	2.2	16	95	0	63	50	5	2	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24069673--24069766	3	30.7	3	87	4	134	62	1	3	32	1.18
24071249--24071285	13	2.8	14	88	8	51	56	0	0	43	0.99
24074044--24074151	45	2.4	45	84	3	137	21	20	19	38	1.93
24075453--24075495	17	2.4	18	85	11	54	65	0	0	34	0.93
24079712--24079837	43	2.9	42	79	12	139	19	19	29	31	1.96
24080484--24080532	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
24080787--24080926	25	5.8	25	75	13	143	35	13	14	36	1.85
24080812--24080926	47	2.4	47	98	0	221	34	13	14	37	1.85
24081403--24081936	88	6.0	89	91	1	716	26	26	25	22	2.00
24081403--24081936	177	3.0	176	87	3	714	26	26	25	22	2.00
24082258--24082774	44	11.8	45	68	12	288	26	17	25	29	1.98
24082062--24082856	132	6.0	132	90	3	1142	27	18	25	28	1.98
24082062--24082856	263	3.0	263	91	2	1202	27	18	25	28	1.98
24082008--24082856	395	2.1	394	86	5	1176	27	18	25	28	1.98
24084316--24084367	22	2.6	20	77	16	54	25	1	13	59	1.44
24092150--24092290	71	2.0	71	81	2	167	41	17	12	29	1.86
24097418--24097470	15	3.5	15	73	19	56	43	22	3	30	1.71
24102783--24102815	8	4.1	8	85	14	50	84	0	3	12	0.72
24106357--24106394	17	2.2	18	85	4	51	78	2	7	10	1.04
24107528--24107570	21	2.0	21	82	8	52	41	18	6	32	1.77
24108271--24108381	57	1.9	57	98	0	213	38	9	3	47	1.54
24111214--24111279	30	2.2	30	91	0	105	43	25	0	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24111218--24111280	15	4.1	17	73	19	66	44	25	0	30	1.54
24114493--24114531	16	2.4	16	82	0	51	2	15	7	74	1.15
24118986--24119025	16	2.4	17	83	4	55	2	15	7	75	1.14
24128707--24128759	28	1.9	27	82	17	65	50	1	0	47	1.12
24129252--24129457	65	3.2	65	89	0	313	38	13	12	36	1.81
24129936--24129979	6	7.2	6	87	12	63	47	2	2	47	1.27
24130206--24130260	23	2.4	23	77	16	62	25	0	3	70	1.03
24130220--24130258	17	2.4	17	82	4	53	28	0	5	66	1.12
24136916--24136958	20	2.2	20	95	0	77	44	16	16	23	1.86
24142064--24142136	31	2.4	31	88	0	110	34	15	9	41	1.79
24142170--24142300	65	2.0	65	89	0	199	41	18	14	25	1.88
24142768--24142998	76	2.9	83	65	18	196	37	6	3	52	1.44
24142679--24142998	159	2.0	156	97	1	604	35	7	4	52	1.50
24142697--24142940	76	3.1	76	65	16	208	34	6	4	54	1.47
24151674--24152075	176	2.3	178	93	2	675	38	22	11	26	1.89
24158589--24158687	23	4.3	23	90	0	162	20	21	27	31	1.98
24164020--24164188	69	2.4	69	92	0	275	37	8	11	41	1.73
24164696--24164887	44	4.3	43	70	14	118	29	25	20	23	1.99
24166608--24166651	23	2.0	22	86	4	61	31	6	2	59	1.36
24179677--24179827	73	2.1	73	97	0	284	49	18	10	21	1.77
24183495--24183703	106	2.0	106	93	1	357	38	18	12	30	1.88
24186179--24186213	18	1.9	18	88	0	52	31	17	2	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24199445--24199469	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24200883--24200930	23	2.1	22	81	11	53	43	0	0	56	0.99
24201491--24201537	21	2.2	21	78	14	53	48	19	4	27	1.67
24203733--24204063	164	2.0	163	95	1	601	39	8	4	46	1.55
24204072--24204099	8	3.5	8	100	0	56	78	0	0	21	0.75
24204072--24204148	9	9.3	9	73	19	53	70	0	1	28	0.96
24206914--24206957	23	1.9	23	81	9	54	63	4	15	15	1.46
24214761--24214806	2	22.5	2	95	4	83	50	2	0	47	1.13
24216920--24216959	21	1.9	21	90	10	64	25	42	17	15	1.88
24217659--24218037	47	8.1	47	85	2	478	42	17	12	27	1.85
24217659--24218037	93	4.1	93	87	2	492	42	17	12	27	1.85
24217662--24218037	139	2.7	139	92	0	626	42	17	12	27	1.85
24218927--24219043	43	2.7	43	79	12	141	29	29	17	22	1.97
24222056--24222108	24	2.3	23	93	6	97	37	3	0	58	1.16
24222057--24222128	22	3.2	22	84	9	83	41	4	0	54	1.20
24222045--24222110	24	2.6	27	77	22	79	39	3	0	57	1.14
24224601--24224714	43	2.7	43	77	10	124	23	20	28	28	1.99
24226014--24226085	6	12.0	6	100	0	144	33	0	16	50	1.46
24237693--24237792	30	3.3	30	87	0	128	27	24	14	35	1.93
24249724--24249773	16	3.2	15	81	13	57	56	0	8	36	1.29
24250718--24250758	20	2.1	20	82	13	50	60	0	0	39	0.96
24256807--24256853	22	2.1	23	88	4	69	25	10	8	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24260130--24260210	29	2.8	29	75	1	81	55	16	2	25	1.53
24260955--24261067	19	5.8	19	87	4	163	38	11	15	34	1.83
24260956--24261062	40	2.7	40	91	2	173	39	12	14	34	1.83
24262526--24262722	98	2.0	98	93	0	340	29	10	22	37	1.87
24268215--24268522	44	7.0	43	64	15	110	29	21	25	23	1.99
24268615--24268946	44	7.7	44	70	13	201	27	20	23	28	1.99
24268107--24268627	132	3.9	132	94	0	907	29	21	24	24	1.99
24268698--24268966	44	6.2	44	74	14	222	27	20	23	27	1.99
24269810--24271226	132	10.7	132	93	0	2318	28	17	23	30	1.97
24269871--24271120	44	28.4	44	64	14	238	28	17	23	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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