genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  181  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58016850--58016966	62	1.9	59	89	5	180	43	2	3	50	1.32
58018005--58018047	21	2.0	21	81	0	50	41	20	2	34	1.65
58020169--58020223	28	2.0	28	96	0	101	18	21	20	40	1.92
58022385--58022414	6	5.0	6	91	0	51	53	16	13	16	1.73
58028685--58028732	18	2.7	17	81	9	60	41	4	16	37	1.68
58031019--58031069	21	2.4	22	83	3	59	45	9	3	41	1.56
58031619--58031680	21	2.8	20	81	13	61	70	0	3	25	1.02
58032300--58032352	19	2.9	18	81	10	63	35	1	0	62	1.06
58032283--58032332	26	1.9	26	88	8	75	38	0	0	62	0.96
58032220--58032357	9	15.0	9	71	13	77	32	3	2	61	1.25
58032366--58032428	30	2.1	29	83	16	76	31	3	3	61	1.27
58035159--58035196	12	2.9	13	84	11	51	39	7	5	47	1.55
58041206--58041304	25	4.0	25	90	0	144	30	27	18	24	1.98
58046724--58046822	23	4.3	23	89	0	153	22	20	27	30	1.98
58046724--58046822	46	2.2	46	92	0	171	22	20	27	30	1.98
58050266--58050364	20	4.9	20	68	14	69	35	21	32	11	1.88
58052751--58052804	20	2.7	20	91	0	81	53	3	22	20	1.61
58056339--58056393	20	2.7	21	88	2	76	50	1	21	25	1.58
58091643--58091865	51	4.4	52	79	6	188	26	15	28	30	1.96
58091677--58091861	101	1.8	102	88	3	284	24	17	27	31	1.97
58096613--58096732	45	2.7	45	85	0	141	29	16	25	29	1.97
58101507--58101724	45	4.9	45	82	3	253	26	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58104748--58104793	13	3.3	14	79	17	51	60	0	6	32	1.22
58104860--58104916	18	3.2	18	79	0	69	68	1	8	21	1.26
58112385--58112413	14	2.0	15	93	6	51	24	20	13	41	1.89
58113980--58114012	16	2.0	17	88	5	50	51	18	3	27	1.60
58116732--58116758	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
58117346--58117479	54	2.5	54	73	4	128	25	21	12	40	1.89
58117544--58117610	24	2.8	24	76	0	80	44	17	7	29	1.76
58119748--58119772	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
58122784--58123170	206	1.9	206	92	1	659	39	9	16	34	1.80
58123166--58123213	10	4.8	10	77	10	53	56	0	2	41	1.11
58129592--58129650	9	6.6	9	94	0	91	25	10	25	38	1.87
58137384--58137517	66	2.0	66	92	0	223	41	8	6	44	1.61
58137721--58137748	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
58139108--58139132	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58140296--58140334	21	1.9	19	85	10	51	43	0	0	56	0.99
58144123--58144164	18	2.3	19	80	19	54	45	23	4	26	1.73
58149072--58149157	29	3.0	29	87	3	111	38	11	24	25	1.89
58154211--58154582	136	2.7	136	85	3	464	22	21	25	31	1.98
58162704--58162740	19	1.9	19	94	0	65	0	43	10	45	1.39
58162777--58162844	33	2.1	33	91	0	109	10	30	11	47	1.74
58165366--58165408	16	2.8	16	80	16	54	41	0	0	58	0.98
58165371--58165617	91	2.7	91	97	0	458	46	2	2	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58165503--58165694	101	2.0	92	77	15	185	45	3	2	48	1.32
58165371--58165592	47	4.9	46	68	21	157	46	2	2	48	1.28
58165749--58165808	16	3.8	16	76	12	54	45	0	1	53	1.10
58165758--58165799	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
58165948--58166035	40	2.2	40	84	6	108	32	26	5	35	1.80
58166017--58166049	16	2.1	16	94	0	57	24	33	6	36	1.80
58172497--58172547	18	2.8	18	81	0	75	33	17	23	25	1.96
58172712--58172935	27	8.3	27	81	1	261	42	17	20	18	1.89
58172712--58172937	80	2.8	81	87	3	323	42	17	21	18	1.89
58173113--58173173	26	2.3	26	97	0	113	13	18	26	42	1.86
58173113--58173212	26	3.8	26	81	0	110	14	21	26	39	1.91
58174180--58174215	18	2.1	17	89	5	54	47	11	25	16	1.79
58180596--58180718	54	2.3	54	85	2	167	17	30	27	24	1.97
58181421--58181626	40	5.2	40	82	2	225	33	16	26	23	1.96
58181453--58181552	20	5.0	20	71	12	80	29	16	30	25	1.96
58186869--58187281	27	15.4	27	84	0	461	42	21	16	19	1.90
58189289--58189661	27	13.9	27	81	5	371	39	22	17	20	1.92
58189289--58189662	80	4.7	80	81	7	391	39	22	17	20	1.92
58189289--58189662	53	7.0	53	78	6	360	39	22	17	20	1.92
58189855--58189911	26	2.2	26	87	0	78	22	19	19	38	1.93
58190016--58190134	28	4.3	28	91	1	168	26	24	21	28	1.99
58192511--58192577	27	2.5	27	85	9	84	40	17	14	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58202101--58202246	28	5.2	28	90	3	206	29	23	24	22	1.99
58202609--58202768	27	5.9	26	78	10	144	21	14	19	44	1.86
58202581--58202723	54	2.7	53	81	8	173	22	13	18	44	1.85
58206528--58206593	26	2.6	25	79	9	78	39	15	1	43	1.55
58210406--58210590	26	7.1	26	77	2	174	40	26	14	18	1.89
58210406--58210590	78	2.4	78	83	1	219	40	26	14	18	1.89
58214900--58214938	18	2.0	20	90	9	64	38	23	0	38	1.55
58217549--58217672	43	3.1	41	86	8	166	26	21	3	48	1.65
58217549--58217672	40	3.1	42	86	8	161	26	21	3	48	1.65
58228652--58228754	36	2.8	36	73	14	102	35	13	15	34	1.87
58228641--58228782	37	3.9	37	70	14	105	33	14	16	35	1.90
58238070--58238104	18	1.9	18	88	0	52	25	31	8	34	1.86
58238716--58238763	23	2.1	24	88	7	73	58	8	2	31	1.39
58238714--58238772	22	2.7	21	79	10	64	57	6	1	33	1.35
58254697--58254742	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
58262776--58263106	45	7.6	45	73	14	203	27	19	24	27	1.99
58262822--58263458	44	14.7	43	69	13	308	28	18	23	29	1.98
58262820--58263363	172	3.2	173	92	2	862	27	18	23	29	1.98
58263211--58263504	129	2.3	129	93	1	500	27	17	22	32	1.96
58269385--58269432	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
58269904--58269961	19	2.7	22	84	10	68	39	8	15	36	1.78
58270766--58270888	45	2.7	46	77	13	119	34	5	2	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58270741--58270977	24	10.3	23	70	18	131	33	5	4	56	1.43
58270694--58270977	69	4.1	68	75	11	204	34	5	4	54	1.46
58270931--58270989	24	2.4	23	77	22	59	35	1	3	59	1.24
58271036--58271080	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
58272573--58272607	17	2.1	17	88	0	52	17	17	22	42	1.88
58272988--58273014	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
58277521--58278600	223	4.8	225	82	4	1200	29	17	24	28	1.98
58277525--58278414	268	3.3	268	96	0	1582	28	17	24	28	1.98
58277525--58278600	268	4.0	268	90	2	1502	28	17	24	28	1.98
58277441--58278600	45	26.0	45	80	5	1172	29	18	24	28	1.98
58278649--58278746	44	2.2	44	81	0	115	31	16	21	30	1.95
58278590--58279126	132	4.1	132	89	1	772	29	20	24	25	1.99
58279224--58279402	44	4.0	43	77	9	132	27	16	26	29	1.97
58280563--58280798	24	10.0	24	66	15	84	33	7	5	53	1.51
58280912--58280955	23	1.9	23	90	0	70	31	9	4	54	1.52
58282015--58282390	126	3.0	125	83	2	477	29	15	23	31	1.95
58285640--58285698	23	2.6	23	83	0	73	28	0	23	47	1.52
58285666--58285847	33	6.1	30	75	15	173	27	1	25	45	1.60
58285672--58285851	62	3.0	60	77	16	185	27	1	25	46	1.60
58285746--58285819	25	3.0	24	81	11	87	27	0	28	44	1.55
58285644--58285847	87	2.4	84	86	4	266	27	0	24	46	1.59
58285644--58285892	87	3.0	85	81	12	250	28	0	23	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58285645--58285855	62	3.8	53	76	16	176	28	0	23	46	1.58
58285840--58285881	13	3.2	13	86	6	59	26	0	21	52	1.47
58285835--58286232	61	6.6	63	78	16	336	24	0	29	46	1.55
58285961--58286002	13	3.2	13	86	6	59	26	0	21	52	1.47
58285838--58286167	61	5.5	61	83	11	377	23	0	29	46	1.55
58286083--58286117	13	2.7	13	95	0	61	20	0	28	51	1.47
58286065--58286140	12	6.2	12	72	17	57	21	0	35	43	1.53
58286096--58286188	43	2.2	42	86	5	125	22	0	33	44	1.53
58286139--58286230	13	7.4	13	77	11	52	25	0	28	46	1.53
58285974--58286219	104	2.3	106	87	7	340	23	0	30	45	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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