Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  214  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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T
Entropy
(0-2)
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24
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1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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Entropy
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160
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1.86
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Indels
Score
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10
25
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67377000--67377059
14
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17
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16
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19
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0
0
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28
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9
79
33
1
7
57
1.34
67397808--67397968
9
17.7
9
68
14
82
34
0
4
59
1.24
67397897--67397940
19
2.2
20
84
4
54
34
0
4
61
1.16
67397808--67397947
30
5.1
27
71
17
69
35
0
5
58
1.25
67398428--67398463
18
1.9
18
88
5
54
55
0
0
44
0.99
67398454--67398494
14
2.9
15
82
10
50
36
0
0
63
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67402031--67402070
21
1.9
21
100
0
80
30
0
27
42
1.56
67409485--67409628
30
4.9
30
80
3
139
29
26
6
38
1.81
67409493--67409628
58
2.3
59
83
2
166
27
27
5
38
1.80
67410178--67410251
10
7.2
10
79
13
71
77
0
22
0
0.78
67410171--67410238
22
3.1
22
87
8
86
75
0
25
0
0.81
67410187--67410253
17
3.5
19
81
16
68
77
0
22
0
0.77
67410178--67410252
12
6.7
11
74
19
59
77
0
22
0
0.77
67410179--67410254
22
3.3
23
80
8
93
76
0
23
0
0.79
67410344--67410396
26
2.0
26
88
0
79
83
9
7
0
0.83
67410503--67410545
16
2.8
16
89
3
61
81
2
16
0
0.79
67410512--67410550
12
3.4
11
86
10
51
82
2
15
0
0.79
67410503--67410548
15
3.3
15
79
14
62
80
2
17
0
0.81
67411320--67411361
21
2.0
22
90
4
68
40
14
2
42
1.58
67411352--67411556
18
11.6
18
70
18
101
31
11
10
46
1.74
67411353--67411408
17
3.2
17
80
16
53
28
10
10
50
1.71
67411393--67411435
21
2.0
21
91
8
70
37
6
9
46
1.63
67411457--67411555
51
1.9
51
82
8
121
27
13
11
48
1.75
67411457--67411556
18
5.8
17
80
13
107
28
13
11
48
1.76
67415087--67415119
10
3.3
10
91
0
57
57
0
0
42
0.98
67417025--67417062
20
1.9
20
84
10
51
34
0
5
60
1.19
67417029--67417075
23
2.0
23
84
8
60
36
2
2
59
1.21
67417563--67417613
3
17.0
3
100
0
102
33
0
0
66
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67426110--67426134
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
67427204--67427243
19
2.0
20
85
4
55
47
0
5
47
1.24
67427816--67427881
33
2.0
34
82
14
84
22
10
13
53
1.71
67447595--67447645
24
2.1
24
85
0
66
50
3
1
43
1.31
67454222--67454261
17
2.4
16
83
4
53
65
2
2
30
1.19
67454273--67454314
20
2.1
20
86
0
57
66
7
0
26
1.17
67455039--67455071
16
2.0
17
88
5
50
33
0
3
63
1.10
67458578--67458788
45
5.0
39
79
15
190
19
18
21
40
1.92
67458605--67458788
45
4.1
45
92
0
305
19
19
21
40
1.91
67461297--67461373
27
2.9
27
82
7
77
59
2
2
35
1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226