genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24870161--24870196	18	1.9	18	88	5	54	77	2	0	19	0.88
24877756--24877785	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
24884028--24884072	21	2.1	21	84	8	56	66	2	2	28	1.15
24884416--24884468	26	2.0	26	96	0	97	28	3	13	54	1.56
24886460--24886526	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
24886454--24886530	14	5.0	15	71	20	52	33	7	14	44	1.74
24886735--24886778	23	1.9	24	90	9	74	56	4	9	29	1.50
24891047--24891085	15	2.6	15	100	0	78	46	33	15	5	1.68
24892945--24893227	107	2.6	106	87	1	377	30	19	18	32	1.96
24896440--24896482	22	2.0	22	86	9	61	51	11	11	25	1.72
24902144--24902232	31	3.0	30	80	4	81	35	8	14	40	1.78
24903087--24903129	19	2.2	20	80	19	56	48	0	0	51	1.00
24910596--24910837	126	1.9	123	90	4	378	40	11	16	31	1.84
24921097--24921152	15	3.6	16	78	11	62	35	0	0	64	0.94
24926706--24926816	44	2.5	45	80	8	120	30	20	23	25	1.99
24926757--24927247	143	3.4	143	85	2	648	27	22	19	29	1.98
24927574--24927626	24	2.2	24	93	0	88	24	28	13	33	1.93
24930296--24930352	28	2.0	28	100	0	114	14	28	7	50	1.68
24934244--24934290	22	2.1	22	92	0	76	6	21	14	57	1.60
24940777--24940815	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24941401--24941466	31	2.1	31	85	0	87	42	9	13	34	1.76
24947458--24947532	34	2.2	34	87	0	114	24	13	20	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24947735--24947771	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
24947923--24947986	31	2.1	31	96	0	119	25	14	3	57	1.51
24952550--24952579	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24952553--24952585	17	1.9	17	93	0	57	30	0	0	69	0.88
24953930--24953990	32	1.9	32	96	0	113	39	19	9	31	1.84
24956692--24956731	21	2.0	20	85	5	53	50	2	10	37	1.50
24957168--24957193	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
24962888--24962949	29	2.1	31	84	6	83	32	6	17	43	1.75
24976212--24976267	20	2.8	20	86	8	78	30	1	1	66	1.12
24976780--24976809	12	2.5	12	94	0	51	23	6	3	66	1.30
24976780--24976820	12	3.3	13	86	6	50	24	7	2	65	1.30
24976806--24976848	19	2.3	19	84	8	52	23	9	4	62	1.44
24979560--24979599	19	2.1	19	85	0	53	27	22	0	50	1.50
24979787--24980185	45	9.2	45	71	17	281	39	19	19	22	1.93
24979963--24980216	134	1.9	135	92	0	429	38	19	20	21	1.94
24980040--24980150	51	2.2	51	79	6	118	38	17	20	23	1.93
24998759--24998827	20	3.3	20	82	8	68	18	27	39	14	1.90
24999550--24999594	16	2.7	18	80	13	51	82	0	6	11	0.84
25001998--25002048	22	2.2	25	89	10	81	35	3	7	52	1.49
25003962--25004015	24	2.2	24	84	9	74	40	18	3	37	1.69
25004591--25004638	27	1.9	23	84	16	60	50	6	0	43	1.27
25031755--25031795	20	2.0	22	85	9	59	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25033762--25033813	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
25033997--25034025	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
25041445--25041483	18	2.2	18	95	0	69	53	2	43	0	1.14
25041506--25041540	2	17.5	2	87	0	52	0	51	2	45	1.16
25042905--25042939	18	1.9	18	88	11	54	34	0	2	62	1.10
25043577--25043607	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
25043570--25043626	22	2.5	22	88	8	80	47	0	0	52	1.00
25043570--25043638	23	3.0	22	75	12	68	46	1	0	52	1.09
25043956--25044008	19	2.8	18	86	11	63	64	0	7	28	1.21
25044059--25044088	15	2.0	15	93	0	51	43	0	6	50	1.28
25044228--25044268	20	2.0	20	86	9	57	21	4	4	68	1.28
25046033--25046071	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
25052843--25052875	15	2.1	16	88	5	50	33	3	0	63	1.10
25057567--25057604	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25059774--25059826	13	4.1	13	87	0	61	33	30	5	30	1.81
25060111--25060197	37	2.3	39	84	6	106	49	5	5	39	1.51
25063389--25063475	43	2.0	43	91	4	140	25	31	9	34	1.87
25063791--25063815	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25064701--25064937	68	3.5	68	84	1	314	35	21	11	30	1.90
25073904--25074176	136	2.0	136	100	0	546	17	12	19	49	1.78
25074556--25074583	14	2.0	14	100	0	56	57	14	7	21	1.61
25078521--25078568	23	2.1	23	100	0	96	20	27	8	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25078527--25078576	23	2.2	23	92	0	82	24	26	8	42	1.82
25080995--25081196	4	50.5	4	100	0	404	50	24	0	25	1.50
25082880--25082922	22	2.0	22	81	9	52	55	11	9	23	1.64
25083387--25083413	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
25099175--25099223	3	16.0	3	79	12	55	63	2	6	28	1.30
25102668--25103331	332	2.0	331	93	0	1148	36	11	23	28	1.90
25110944--25110983	18	2.2	18	95	0	71	27	22	12	37	1.90
25112070--25112183	57	2.0	57	100	0	228	47	12	12	28	1.77
25114424--25114483	7	8.3	7	78	10	50	58	1	1	38	1.18
25114614--25114643	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25114937--25114981	21	2.2	20	84	4	54	44	2	2	51	1.26
25118830--25118871	15	2.9	15	80	20	54	76	0	23	0	0.79
25119551--25119599	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
25121248--25121397	43	3.5	43	79	6	144	26	16	26	30	1.97
25125341--25125472	51	2.6	51	85	4	169	22	18	28	30	1.97
25128478--25128542	34	1.9	34	90	6	105	32	15	13	38	1.87
25131754--25131797	5	9.2	5	90	5	65	22	0	34	43	1.54
25140259--25140384	51	2.5	50	71	11	125	44	4	3	46	1.43
25140796--25140846	22	2.3	21	83	12	59	62	0	0	37	0.95
25146008--25146049	22	1.9	22	85	9	59	26	0	4	69	1.08
25146363--25146454	19	4.8	19	91	0	157	38	9	14	38	1.79
25147527--25147724	98	2.0	98	94	0	342	29	10	24	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25153683--25153968	44	6.7	43	75	11	212	29	21	22	26	1.99
25153808--25153928	45	2.7	44	79	15	133	27	20	25	26	1.99
25153981--25154389	132	3.1	131	89	2	606	26	18	24	30	1.98
25154618--25154710	19	4.8	19	89	1	141	38	9	12	38	1.77
25154618--25154716	38	2.6	38	90	7	157	39	9	12	39	1.74
25155781--25155977	97	2.0	98	96	1	360	28	11	24	35	1.90
25158165--25158195	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25159003--25159050	22	2.2	22	96	0	87	52	29	8	10	1.65
25161645--25161774	43	3.0	43	81	14	178	22	19	29	29	1.98
25162822--25163209	47	8.4	47	89	4	594	32	10	14	42	1.80
25162808--25163209	92	4.3	92	95	0	714	32	10	14	42	1.81
25162837--25163203	24	16.0	22	67	15	163	32	10	14	41	1.81
25162808--25163263	47	9.9	45	85	6	585	32	10	15	41	1.81
25172771--25172827	30	1.9	30	82	7	71	52	3	3	40	1.35
25174245--25174279	16	2.2	16	90	10	54	28	0	0	71	0.86
25182394--25182430	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
25187330--25187355	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
25190683--25190707	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25190739--25190772	17	2.0	17	88	11	52	58	0	2	38	1.13
25192152--25192195	22	2.0	23	86	13	65	52	15	2	29	1.55
25192736--25192782	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
25200175--25200227	12	4.3	13	83	11	67	11	11	0	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25200175--25200228	6	8.7	6	87	6	54	11	11	0	77	0.99
25200175--25200228	18	2.9	19	80	5	65	11	11	0	77	0.99
25200210--25200332	57	2.1	58	87	1	176	27	20	5	46	1.73
25208851--25208921	19	3.6	19	71	17	56	64	5	5	23	1.37
25208892--25209018	10	13.7	9	67	15	53	57	4	3	34	1.35
25209465--25209509	19	2.4	18	82	10	54	35	2	4	57	1.31
25209479--25209569	27	3.4	27	76	18	77	34	2	2	61	1.20
25209505--25209569	27	2.4	27	85	10	80	32	3	1	63	1.19
25209446--25209691	9	27.0	9	64	19	66	33	2	2	61	1.24
25209563--25209610	20	2.5	19	75	3	51	35	2	2	60	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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