genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13658844--13658947	41	2.5	42	85	3	131	30	19	19	30	1.96
13659299--13659342	2	22.0	2	95	0	79	47	2	0	50	1.13
13659502--13659553	2	24.5	2	88	11	77	46	3	1	48	1.31
13659685--13659720	18	2.0	18	94	0	63	50	19	0	30	1.48
13659695--13659725	14	2.2	14	94	0	53	48	19	0	32	1.49
13660572--13660662	44	2.1	44	100	0	182	56	19	8	15	1.65
13662286--13662427	24	5.9	25	73	8	98	16	26	23	33	1.95
13662295--13662392	48	2.0	48	82	5	117	17	26	24	31	1.97
13662383--13662444	24	2.6	24	80	10	72	16	27	20	35	1.94
13662282--13662437	72	2.2	73	76	5	165	16	25	23	35	1.95
13663267--13663307	21	2.0	21	86	9	59	14	0	31	53	1.41
13665988--13666146	76	2.1	78	85	7	218	29	9	7	53	1.61
13694338--13694372	18	1.9	18	94	0	61	45	0	11	42	1.40
13699458--13699569	55	2.0	55	96	0	206	39	19	16	25	1.91
13701586--13701610	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
13706520--13706592	31	2.4	31	88	0	101	32	17	20	28	1.96
13707059--13707119	29	2.0	30	84	6	79	50	13	6	29	1.66
13729637--13729686	18	2.8	18	90	3	84	48	0	4	48	1.20
13731672--13731721	16	3.1	16	81	16	66	40	2	0	58	1.10
13731975--13732011	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
13740121--13740243	38	3.2	39	78	13	123	43	17	7	32	1.76
13741185--13741225	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13741639--13741690	28	1.9	27	88	7	79	34	19	3	42	1.69
13741643--13741704	27	2.2	28	82	2	72	33	22	3	40	1.70
13742562--13742612	22	2.3	22	86	0	66	37	13	25	23	1.92
13743717--13743789	9	8.2	9	90	1	103	42	21	10	24	1.85
13743956--13743980	13	1.9	13	100	0	50	20	0	40	40	1.52
13744112--13744151	20	2.0	20	100	0	80	40	20	20	20	1.92
13748325--13748549	42	5.4	42	91	2	339	28	20	22	28	1.98
13750797--13750851	21	2.7	20	83	10	67	70	5	1	21	1.16
13755894--13755939	23	2.0	23	86	4	65	47	0	0	52	1.00
13763872--13763926	20	2.8	19	78	8	56	29	1	3	65	1.20
13772194--13772224	10	3.2	10	90	9	55	0	16	0	83	0.64
13772764--13772812	26	1.9	25	84	12	64	22	16	40	20	1.91
13775145--13775188	20	2.2	21	84	12	65	61	4	0	34	1.16
13775146--13775215	19	3.7	20	84	7	76	55	7	0	37	1.27
13775186--13775239	25	2.1	25	82	3	63	50	7	1	40	1.41
13787553--13787611	19	3.1	18	73	7	55	33	10	13	42	1.78
13818342--13818380	17	2.3	17	90	0	60	2	17	0	79	0.84
13818455--13818487	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
13833829--13833874	24	1.9	24	86	8	67	47	4	6	41	1.49
13833840--13833893	24	2.2	24	83	0	63	50	5	3	40	1.44
13840813--13840864	24	2.2	24	89	0	77	51	3	1	42	1.31
13845844--13845903	29	2.1	29	87	0	84	43	13	16	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13850747--13851019	41	6.6	41	88	1	370	23	27	21	26	1.99
13850747--13851032	123	2.3	123	87	3	412	24	27	21	26	1.99
13851183--13851207	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13851405--13851560	76	2.0	77	80	4	172	40	16	5	38	1.70
13851591--13851969	153	2.4	157	85	5	466	43	15	3	38	1.63
13851698--13851977	78	3.6	79	94	2	476	43	13	3	38	1.62
13856430--13856481	26	2.0	27	85	11	72	0	32	1	65	1.04
13856687--13856736	12	3.9	13	77	12	59	60	2	0	38	1.09
13860758--13860805	12	4.0	12	83	0	60	6	6	70	16	1.28
13860758--13860799	18	2.3	18	83	0	57	7	7	69	16	1.34
13860759--13860806	6	8.0	6	80	0	51	4	8	70	16	1.27
13873879--13873909	6	5.2	6	100	0	62	67	0	0	32	0.91
13877785--13877827	17	2.3	19	84	11	54	27	0	4	67	1.10
13878136--13878197	29	2.1	28	85	5	79	24	14	16	45	1.84
13891192--13891227	18	1.9	19	88	5	56	47	0	5	47	1.25
13904639--13904695	24	2.4	24	87	0	78	43	12	5	38	1.65
13904639--13904682	13	3.5	13	81	12	56	45	11	4	38	1.61
13904652--13904705	11	4.7	11	77	8	63	38	12	7	40	1.72
13911533--13911568	17	2.1	17	89	0	54	30	8	0	61	1.26
13915813--13915860	17	2.7	18	83	6	53	31	0	2	66	1.03
13930208--13930257	3	17.3	3	79	8	59	66	4	0	30	1.10
13930208--13930254	18	2.7	18	87	6	71	65	4	0	29	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13933179--13933283	24	4.5	24	84	2	133	43	3	29	22	1.71
13941666--13941784	60	2.0	60	86	3	168	37	4	16	41	1.68
13971933--13971993	17	3.6	16	70	16	52	63	1	3	31	1.20
13971952--13971997	23	2.0	23	86	0	65	63	0	4	32	1.14
13976348--13976541	47	4.0	46	74	13	149	26	14	26	32	1.94
13978800--13978846	19	2.5	19	75	6	51	44	12	0	42	1.42
13981390--13981430	20	2.1	20	86	13	59	56	2	9	31	1.45
13981390--13981430	19	2.1	19	86	13	57	56	2	9	31	1.45
13981630--13981690	22	2.7	23	85	12	83	50	1	1	45	1.21
13981666--13981705	16	2.5	16	87	0	53	50	2	5	42	1.37
13981778--13981805	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
13981693--13981903	68	3.1	68	97	1	390	40	4	9	45	1.57
13981846--13981873	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
13981970--13982013	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
13986473--13986514	18	2.3	18	87	0	57	21	26	19	33	1.97
13996166--13996228	26	2.4	26	89	2	81	65	0	20	14	1.27
14005233--14005595	46	8.6	44	83	13	364	29	21	14	34	1.93
14005368--14005559	36	5.0	36	81	12	231	30	20	13	36	1.90
14005322--14005559	118	2.0	119	95	0	424	30	20	13	35	1.91
14005483--14005554	37	2.0	36	91	2	117	30	20	9	38	1.85
14008087--14008130	23	1.9	23	86	9	63	70	2	6	20	1.21
14008110--14008143	17	1.9	18	94	5	61	73	2	11	11	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14009076--14009139	21	3.0	22	79	9	87	20	15	23	40	1.90
14025166--14025212	23	2.0	23	91	0	76	51	12	8	27	1.69
14026368--14026397	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
14030906--14030963	30	1.9	30	89	6	91	34	3	5	56	1.38
14035133--14035440	32	9.7	32	77	6	254	42	13	10	32	1.79
14035148--14035396	64	3.9	64	91	0	390	40	13	11	34	1.80
14035144--14035396	96	2.6	96	84	0	317	41	13	11	34	1.80
14051005--14051039	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
14053309--14053345	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14054254--14054279	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
14065638--14065668	15	2.0	15	93	6	53	70	0	3	25	1.02
14074849--14074880	16	2.0	16	100	0	64	31	37	6	25	1.81
14081363--14081408	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
14085203--14085272	21	3.3	21	73	0	77	15	24	18	41	1.89
14085150--14085272	42	2.9	42	82	0	147	17	21	19	42	1.89
14088234--14088309	33	2.3	32	80	10	82	34	17	23	25	1.96
14088128--14088309	101	1.8	99	81	2	220	35	14	20	29	1.92
14096575--14096677	9	11.4	9	89	0	161	25	10	22	41	1.86
14096575--14096677	27	3.8	27	98	0	188	25	10	22	41	1.86
14096740--14096799	29	2.1	29	81	3	68	40	8	13	38	1.75
14100742--14100773	16	2.1	15	94	5	55	46	6	0	46	1.27
14101509--14101568	31	1.9	31	93	0	102	15	26	36	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14101636--14101666	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14101697--14101733	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
14101947--14102006	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
14102652--14102677	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
14102770--14102796	5	5.4	5	100	0	54	22	18	22	37	1.95
14107798--14107911	56	2.0	56	93	0	192	23	23	8	43	1.81
14108075--14109137	355	3.0	355	98	0	2054	41	18	17	22	1.90
14112218--14112504	150	1.9	146	84	5	380	36	8	9	45	1.68
14113201--14113261	31	2.0	31	83	6	79	31	11	0	57	1.34
14114313--14114364	21	2.4	22	83	9	70	61	3	0	34	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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