Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  40  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17202896--17202967
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2.5
28
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0
0
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12
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54
0
0
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0.99
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0
0
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0.99
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3.3
20
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14
22
17
44
1.86
17204456--17204530
20
3.7
21
75
5
73
13
25
17
44
1.85
17204450--17204558
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112
12
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38
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131
22
19
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16
91
0
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2
7
42
1.45
17209837--17209889
22
2.4
22
87
0
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52
1
1
43
1.23
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5
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0
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0
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1.9
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90
9
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2
0
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14
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6
0
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1.25
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4.1
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0
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3.7
18
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0
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28
1.88
17225181--17225247
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0
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38
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28
1.88
17225181--17225247
27
2.5
27
85
0
98
38
20
11
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1.88
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2.7
19
80
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63
28
3
1
65
1.21
17242547--17242596
20
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19
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6
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38
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0
0
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17244385--17244455
25
2.8
25
83
8
74
26
2
2
67
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17248835--17248935
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2.0
50
98
0
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18
15
9
55
1.68
17252022--17252056
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2.4
15
90
4
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48
0
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1.33
17252901--17252936
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17
89
0
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0
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2.1
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63
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2.0
29
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0
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49
0
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49
1.11
17255458--17255520
21
3.0
21
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36
22
9
31
1.86
17264011--17264069
23
2.5
24
78
18
70
40
0
0
59
0.97
17264011--17264051
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17264026--17264076
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2.2
23
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43
0
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100
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0
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16
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6
23
0
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1.11
17273290--17273352
24
2.6
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57
4
3
34
1.36
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21
2.3
21
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3
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38
6
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42
1.69
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0
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0
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1.00
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14
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5
5
0
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5
20.0
5
74
20
68
39
2
4
55
1.30
17296666--17296751
19
4.4
18
70
16
57
38
1
4
55
1.28
17296705--17296764
29
2.0
29
87
9
86
40
1
1
56
1.19
17296787--17296853
35
1.9
34
82
8
82
67
4
23
4
1.28
17311569--17311607
6
6.7
6
94
2
62
89
0
10
0
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14
2.5
15
90
4
56
88
8
2
0
0.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17323007--17323076
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2.1
34
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0
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17
1.96
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100
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28
28
28
1.95
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3
95
0
229
67
0
31
0
0.96
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2.3
17
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2
18
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1.25
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2
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0
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53
0
0
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1.00
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0
0
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0
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51
59
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1.12
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50
3
0
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0
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35
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32
1.12
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17424491--17424571
6
13.2
6
71
17
60
3
19
2
74
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17424484--17424571
21
4.3
20
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17
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3
20
2
73
1.08
17424503--17424559
25
2.3
24
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11
71
5
19
3
71
1.19
17424580--17424655
28
2.7
29
85
8
111
47
5
0
47
1.24
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24
2.2
24
85
0
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11
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32
1.48
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2.9
14
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13
50
52
0
2
45
1.13
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15
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16
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6
53
56
0
3
40
1.16
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3
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3
100
0
132
33
0
0
66
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17447105--17447136
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5.7
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0
0
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17
0
0
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3.0
45
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2
235
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33
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1.9
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0
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31
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2.4
13
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0
53
32
0
12
54
1.38
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17
2.9
17
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71
50
20
2
27
1.60
17454410--17454504
30
3.1
30
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11
6
32
1.64
17469932--17470016
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28.3
3
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1
1
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1.08
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12
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12
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19
2
8
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1.28
17473962--17474036
29
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77
8
73
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4
13
2
0.97
17473985--17474034
22
2.2
23
96
3
93
78
4
18
0
0.91
17474033--17474067
6
5.8
6
96
0
61
68
11
2
17
1.31
17475003--17475063
7
9.0
7
73
7
54
68
0
18
13
1.20
17475003--17475052
20
2.5
20
83
0
64
70
0
18
12
1.17
17476278--17477150
44
19.8
44
68
11
187
30
20
22
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17476495--17476918
134
3.2
134
97
0
787
29
21
22
26
1.99
17476586--17477061
178
2.7
176
85
4
449
30
21
22
25
1.99
17476673--17477235
178
3.2
179
85
4
716
29
20
23
26
1.99
17476278--17477186
134
6.9
129
80
9
635
30
20
22
26
1.99
17477254--17477398
43
3.5
40
75
14
125
31
23
20
25
1.98
17478873--17478918
3
15.3
3
82
8
58
30
0
2
67
1.03
17478873--17478951
36
2.2
37
81
6
90
35
1
2
60
1.18
17480075--17480124
26
1.9
26
100
0
100
24
4
24
48
1.68
17483045--17483162
43
2.8
41
77
12
121
27
16
17
38
1.91
17483045--17483177
43
3.1
42
77
12
119
27
15
18
39
1.90
17489521--17489553
16
2.1
16
94
0
57
30
9
21
39
1.84
17491164--17491369
108
1.9
105
85
2
277
32
20
18
29
1.96
17491798--17491877
3
27.3
3
78
14
87
65
1
1
32
1.09
17491819--17491877
26
2.3
26
93
0
100
67
1
0
30
1.00
17494319--17494386
33
2.1
33
83
8
86
26
5
4
63
1.36
17494349--17494400
25
2.1
25
82
7
61
34
7
3
53
1.48
17494469--17494519
14
3.6
14
76
12
50
35
0
1
62
1.06
17494447--17494520
29
2.6
28
75
14
71
37
0
2
59
1.12
17494447--17494522
28
2.7
27
74
9
80
39
0
2
57
1.12
17494931--17494966
19
1.9
18
88
5
54
75
8
5
11
1.19
17495029--17495102
16
4.4
17
73
21
57
59
1
0
39
1.06
17495029--17495087
18
3.3
18
78
2
66
59
1
0
38
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17494987--17495091
8
11.9
8
74
22
70
60
1
1
35
1.18
17495091--17495140
21
2.4
22
80
12
61
52
10
2
36
1.47
17495648--17495689
19
2.2
20
86
4
59
26
2
2
69
1.13
17495671--17495746
27
2.8
26
80
7
80
35
3
3
56
1.36
17495670--17495792
28
4.5
28
68
19
71
33
2
4
59
1.32
17495759--17495822
31
2.1
31
85
5
85
35
1
3
59
1.23
17495726--17495885
9
17.7
9
67
20
50
31
1
3
63
1.21
17497895--17497947
23
2.2
25
80
12
58
49
0
3
47
1.19
17509702--17509748
15
3.1
15
82
11
60
65
0
0
34
0.93
17510068--17510120
19
2.8
18
74
8
52
20
0
18
60
1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226