genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23461756--23461844	46	1.9	46	93	0	151	35	10	24	29	1.88
23464189--23464328	46	3.0	46	90	0	217	30	25	7	37	1.84
23470198--23470471	125	2.2	125	88	3	410	28	16	22	32	1.95
23471940--23472073	67	2.0	66	95	1	241	28	32	18	20	1.96
23473990--23474197	112	1.8	115	80	6	255	32	21	21	25	1.98
23481117--23481165	21	2.3	21	89	0	71	36	20	38	4	1.72
23481150--23481177	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
23481597--23481889	85	3.5	81	84	9	360	25	20	22	31	1.98
23481597--23481884	42	6.9	41	84	10	313	25	20	22	30	1.98
23481597--23481906	126	2.5	125	85	6	387	26	20	22	30	1.98
23482326--23482378	11	4.6	11	76	17	54	64	0	0	35	0.94
23483267--23483313	23	2.0	23	100	0	94	25	17	8	48	1.74
23486522--23486551	14	2.2	14	94	5	53	13	10	0	76	1.01
23487872--23487935	27	2.4	27	82	10	80	59	3	4	32	1.34
23488690--23488740	19	2.7	19	84	0	57	19	5	3	70	1.24
23488709--23488752	18	2.4	19	92	3	72	22	2	0	75	0.92
23489850--23489919	32	2.2	32	89	0	104	20	47	12	20	1.82
23490726--23490766	14	2.9	15	78	7	50	36	7	14	41	1.74
23490735--23490801	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
23491426--23491464	18	2.2	18	100	0	78	46	10	0	43	1.37
23492098--23492124	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
23493205--23493244	19	2.1	19	95	0	71	47	7	45	0	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23493747--23493776	9	3.3	9	95	0	51	60	0	0	40	0.97
23506892--23506930	15	2.6	15	87	0	51	35	2	30	30	1.71
23519757--23519838	4	20.5	4	97	0	137	25	3	24	46	1.69
23521122--23521172	25	2.0	25	100	0	102	43	15	15	25	1.86
23530064--23530096	15	2.2	15	94	0	57	39	21	21	18	1.93
23539011--23539104	49	1.9	49	84	4	127	26	6	20	46	1.74
23543088--23543140	27	2.0	26	82	14	63	9	24	1	64	1.34
23545011--23545139	67	1.9	67	87	0	186	30	16	19	34	1.94
23547462--23547516	28	2.0	27	89	6	85	38	3	21	36	1.71
23551318--23551392	35	2.1	37	82	12	93	38	0	1	60	1.06
23551339--23551384	21	2.2	21	88	7	67	36	0	0	63	0.95
23551326--23551376	18	2.8	18	74	11	50	37	0	0	62	0.95
23551375--23551431	29	2.0	28	83	10	71	43	7	0	49	1.29
23552337--23552370	15	2.3	15	89	0	50	50	0	2	47	1.16
23552872--23552922	9	5.2	10	76	11	52	66	1	0	31	1.03
23552872--23552931	19	3.1	19	80	7	59	63	1	1	33	1.14
23556510--23556683	33	5.3	33	88	1	226	14	34	13	37	1.86
23562501--23562539	20	2.0	20	84	0	51	20	25	2	51	1.60
23562565--23562594	14	2.1	14	93	0	51	3	26	10	60	1.45
23567451--23567589	41	3.4	41	87	0	188	27	27	18	26	1.98
23571362--23571487	43	2.9	43	85	0	180	22	17	30	29	1.96
23574631--23574840	43	4.9	43	83	3	226	25	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23574639--23574840	86	2.4	85	85	3	280	25	19	24	29	1.99
23575771--23576075	42	7.2	42	91	2	452	34	21	21	22	1.97
23576533--23576560	12	2.3	12	100	0	56	0	42	17	39	1.50
23576545--23576610	21	3.1	21	82	0	78	4	40	21	33	1.73
23578913--23579051	9	15.8	9	69	12	83	32	3	18	45	1.67
23578906--23579236	16	20.4	16	64	21	77	34	2	17	45	1.63
23579136--23579196	20	3.0	21	67	13	63	37	1	19	40	1.62
23580251--23580293	12	3.8	12	84	12	63	48	2	6	41	1.43
23580722--23580763	19	2.2	19	100	0	84	9	21	9	59	1.57
23580728--23580769	19	2.2	19	91	0	66	14	21	7	57	1.61
23582579--23582709	7	18.0	7	67	16	61	32	42	1	22	1.63
23582580--23582689	14	7.5	15	77	11	95	31	43	1	22	1.64
23582605--23582689	29	2.9	30	85	7	102	31	42	2	23	1.67
23583462--23583630	41	4.1	41	72	12	143	34	26	17	21	1.95
23583475--23583655	41	4.4	41	69	15	133	37	25	16	21	1.93
23588473--23588537	30	2.1	30	82	2	76	40	6	10	43	1.65
23589757--23589810	28	2.0	28	82	7	67	14	7	12	64	1.47
23603024--23603178	52	3.0	52	98	0	292	19	22	12	45	1.84
23604228--23604324	29	3.3	28	80	7	113	39	19	2	39	1.64
23604670--23604724	22	2.5	22	80	13	69	74	5	18	1	1.10
23604691--23604730	15	2.7	16	85	11	50	77	2	20	0	0.88
23604808--23604866	4	15.8	4	80	16	65	71	0	28	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23604809--23604866	11	5.5	11	76	19	70	70	0	29	0	0.87
23604808--23604858	7	6.9	7	81	18	59	70	0	29	0	0.87
23604809--23604895	18	4.5	19	77	12	81	70	0	29	0	0.88
23605117--23605169	26	2.2	23	83	10	61	22	45	22	9	1.81
23605169--23605224	14	4.1	13	80	11	58	82	0	17	0	0.68
23605171--23605224	10	4.8	11	78	21	51	81	0	18	0	0.69
23605182--23605224	18	2.4	18	88	11	63	83	0	16	0	0.64
23605172--23605222	12	4.4	12	79	16	54	82	0	17	0	0.67
23605327--23605392	25	2.6	25	78	2	69	28	6	3	62	1.34
23605569--23605610	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
23605569--23605610	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
23605714--23605876	18	9.2	17	72	12	98	31	12	12	43	1.79
23605722--23605963	17	13.5	18	68	17	139	30	11	12	45	1.78
23605720--23605877	35	4.5	36	77	12	159	31	12	12	43	1.80
23606335--23606437	52	2.0	52	94	0	179	47	13	20	18	1.82
23612921--23612957	18	2.1	18	89	0	56	13	5	21	59	1.54
23614615--23614793	89	2.0	92	86	3	256	41	17	7	32	1.78
23614876--23614963	10	9.1	10	70	14	51	68	1	4	26	1.16
23614876--23615010	20	7.1	19	68	15	73	64	2	5	27	1.28
23614876--23614963	28	3.1	28	75	15	74	68	1	4	26	1.16
23614894--23614963	9	7.4	9	73	13	61	70	1	2	25	1.10
23615169--23615242	37	2.0	36	86	2	103	35	2	2	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23615331--23615501	85	2.0	86	86	5	240	29	10	22	38	1.87
23618085--23618109	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
23619155--23619209	3	18.3	3	100	0	110	0	32	0	67	0.91
23628155--23628278	46	2.8	46	90	3	191	27	22	16	33	1.95
23628396--23628505	38	2.9	37	93	2	184	25	19	15	40	1.90
23631315--23631390	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
23631477--23631505	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
23631610--23631648	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
23638172--23638198	13	2.1	13	100	0	54	55	22	0	22	1.44
23639283--23639321	19	2.0	21	85	10	55	25	10	0	64	1.25
23651690--23652040	175	2.0	175	98	0	684	43	16	17	22	1.88
23656225--23656250	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
23666418--23666466	25	2.0	25	83	0	62	42	8	2	46	1.45
23670682--23670712	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
23673087--23673132	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
23673758--23673798	20	2.0	20	86	9	57	73	0	4	21	1.02
23673749--23673798	17	2.8	18	72	16	50	72	0	4	24	1.02
23674071--23674117	10	4.5	10	75	19	51	25	2	0	72	0.96
23676645--23676976	171	1.9	171	100	0	664	29	18	23	28	1.97
23680356--23680385	15	1.9	16	93	6	53	0	30	0	70	0.88
23680588--23680644	30	1.9	29	82	10	71	47	5	0	47	1.24
23680736--23680779	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23683034--23683091	27	2.1	27	96	0	107	31	15	13	39	1.86
23689931--23689967	17	2.2	17	100	0	74	10	21	27	40	1.86
23690009--23690068	25	2.4	25	83	10	70	15	28	21	35	1.93
23694080--23694104	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
23694975--23694999	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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