Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  46  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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0
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1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Percent
Indels
Score
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17
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20
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1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
19531027--19531174
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26
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119
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17
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10
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0
58
0
0
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86
0.58
19616703--19616841
46
3.0
46
84
0
179
28
23
10
38
1.88
19619109--19619171
26
2.5
24
82
12
81
33
20
26
19
1.96
19620643--19620674
13
2.5
13
100
0
64
59
0
0
40
0.97
19628442--19628505
26
2.4
27
86
5
94
37
3
1
57
1.24
19628475--19628524
18
2.7
19
78
9
50
46
2
0
52
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19630144--19630182
17
2.5
15
84
12
51
33
2
2
61
1.23
19630260--19630292
16
2.2
15
89
10
50
39
3
0
57
1.14
19633901--19633948
4
12.0
4
100
0
96
50
25
0
25
1.50
19637505--19637558
26
2.1
26
82
6
65
62
5
0
31
1.18
19639777--19639819
16
2.7
16
92
0
68
55
4
4
34
1.41
19666351--19666404
26
2.1
26
96
3
101
37
3
14
44
1.63
19671982--19672031
20
2.5
20
80
6
57
80
4
12
4
1.00
19673200--19673446
88
2.7
90
82
6
291
25
25
17
31
1.97
19673200--19673371
44
3.9
43
75
3
146
25
25
19
30
1.98
19681601--19681640
20
2.0
20
95
0
71
30
12
25
32
1.92
19685661--19685700
2
20.0
2
94
0
71
50
2
0
47
1.14
19686409--19686462
23
2.5
22
82
8
67
81
5
9
3
0.97
19686407--19686463
29
2.0
27
86
6
78
80
5
10
3
0.98
19687485--19687534
16
3.2
15
82
5
64
26
20
18
36
1.95
19688370--19688660
144
2.0
144
99
0
573
43
15
17
23
1.87
19693386--19693433
17
2.6
19
80
12
73
56
4
4
35
1.38
19700850--19700896
2
23.5
2
100
0
94
51
0
0
48
1.00
19711989--19712043
3
18.3
3
88
0
65
5
38
0
56
1.23
19711994--19712060
33
2.0
33
88
0
98
8
38
0
52
1.33
19723695--19723728
17
1.9
18
88
5
52
70
0
23
5
1.09
19731607--19731652
14
3.0
16
84
12
53
32
0
4
63
1.14
19735806--19735933
57
2.2
57
90
0
202
42
27
13
16
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19739317--19739392
26
2.9
26
92
0
125
52
7
5
34
1.53
19739399--19739458
16
3.5
16
72
22
50
50
8
3
38
1.49
19747736--19747913
89
2.0
89
96
0
329
29
18
29
23
1.98
19750340--19750384
16
2.9
15
87
6
63
40
2
2
55
1.24
19754097--19754149
12
4.2
12
75
17
54
0
30
1
67
1.01
19754102--19754154
18
3.1
17
80
20
65
0
35
1
62
1.06
19754211--19754313
54
1.9
54
88
7
156
23
35
21
19
1.96
19754211--19754313
27
3.8
28
86
10
135
23
35
21
19
1.96
19754932--19754971
20
2.0
20
90
0
62
35
10
5
50
1.58
19754917--19754983
34
1.9
35
87
3
100
35
8
8
46
1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226