genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22670736--22670765	14	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
22670736--22670766	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
22671593--22671636	22	2.0	23	86	4	63	47	2	2	47	1.27
22677730--22677772	23	1.9	22	100	0	77	39	20	9	30	1.84
22677730--22677780	23	2.2	23	96	0	75	41	19	9	29	1.84
22679275--22679313	19	2.1	19	100	0	78	48	0	10	41	1.37
22683313--22683393	25	3.1	27	77	16	89	29	25	23	20	1.99
22685226--22685260	17	2.0	18	88	5	54	65	14	2	17	1.38
22687048--22687085	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
22712517--22712591	18	4.2	18	71	11	64	33	2	2	61	1.24
22712527--22712596	36	2.0	35	83	13	90	30	1	2	65	1.15
22715685--22715733	23	2.2	21	85	7	62	63	0	6	30	1.19
22715738--22715777	20	1.9	22	85	10	57	62	2	2	32	1.22
22715887--22715917	15	2.1	15	94	5	55	51	6	0	41	1.27
22722281--22722327	11	4.3	12	81	15	50	21	6	25	46	1.74
22722297--22722354	9	6.2	9	88	7	89	20	10	29	39	1.86
22722289--22722356	20	3.5	20	88	8	113	20	8	29	41	1.82
22722297--22722354	29	2.1	27	90	6	89	20	10	29	39	1.86
22731820--22731886	28	2.4	28	79	18	77	41	5	0	52	1.26
22731799--22731993	97	2.0	97	96	0	363	41	4	1	52	1.31
22731917--22731980	28	2.3	28	77	20	71	43	4	0	51	1.22
22731917--22731984	29	2.4	28	76	13	70	42	4	0	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22731961--22732027	32	2.1	31	83	13	82	37	2	2	56	1.30
22732986--22733034	18	2.7	18	77	3	53	40	44	2	12	1.53
22733138--22733195	9	6.4	9	87	0	80	24	8	25	41	1.83
22733138--22733195	18	3.2	18	90	0	89	24	8	25	41	1.83
22733138--22733196	27	2.2	27	93	0	100	23	8	25	42	1.82
22733404--22733456	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
22733556--22733631	9	8.4	9	94	0	125	26	10	19	43	1.83
22732982--22733846	440	2.0	418	91	4	1397	40	16	12	31	1.85
22737743--22737770	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
22738459--22738490	14	2.3	14	94	0	55	40	15	15	28	1.88
22738967--22738992	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
22744209--22744235	6	4.5	6	100	0	54	14	37	29	18	1.91
22749892--22749925	17	2.1	16	88	5	50	73	2	0	23	0.97
22750230--22750271	21	2.0	21	86	9	59	57	4	0	38	1.20
22753362--22753399	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
22753475--22753517	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
22755588--22755613	8	3.2	8	100	0	52	76	11	11	0	1.01
22759942--22759981	17	2.4	17	86	0	53	57	2	2	37	1.26
22760091--22760128	17	2.3	17	86	4	51	39	5	5	50	1.48
22763292--22763811	131	3.9	132	87	5	680	29	23	18	27	1.98
22763292--22763827	132	4.1	132	88	4	692	28	24	18	28	1.98
22763292--22763810	263	2.0	266	85	7	727	29	23	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22763314--22763851	134	4.1	132	88	6	684	28	23	19	28	1.98
22763810--22764031	88	2.5	88	91	1	356	22	23	23	29	1.99
22765329--22765367	16	2.6	16	88	8	55	12	15	0	71	1.14
22769909--22769944	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
22769981--22770447	65	7.0	64	82	8	540	63	3	5	26	1.34
22769981--22770445	66	6.9	69	80	11	520	63	3	5	26	1.34
22770378--22770411	16	2.2	15	89	5	50	67	5	0	26	1.13
22770029--22770453	208	2.1	208	87	4	603	64	3	5	26	1.33
22773617--22773657	18	2.2	19	86	4	57	43	0	2	53	1.13
22785811--22785845	18	1.9	18	88	0	52	45	0	11	42	1.40
22791822--22792099	131	2.1	132	91	2	463	35	16	15	32	1.90
22796350--22796395	24	1.9	24	95	0	83	19	30	4	45	1.70
22798518--22798554	14	2.5	15	82	8	58	16	0	10	72	1.10
22800667--22800716	20	2.5	20	83	0	55	54	6	4	36	1.44
22801896--22801930	15	2.2	16	90	5	54	62	0	0	37	0.95
22807610--22807767	79	2.0	80	86	1	219	44	13	5	36	1.67
22808895--22809021	43	3.0	44	79	4	134	33	29	12	24	1.92
22808981--22809150	43	4.0	43	82	0	205	31	29	15	24	1.95
22809941--22810092	82	1.8	83	87	1	225	19	17	28	34	1.94
22809937--22810117	82	2.2	82	80	2	211	18	15	27	38	1.91
22809999--22810254	125	2.1	124	83	3	327	17	16	30	35	1.92
22811259--22811379	7	17.1	7	73	10	86	8	1	49	40	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22811245--22811339	21	4.6	21	76	15	81	10	2	49	37	1.49
22811296--22811396	28	3.5	28	80	6	96	9	0	46	42	1.43
22812344--22812400	23	2.4	24	88	2	80	31	45	0	22	1.53
22812344--22812400	12	4.8	12	73	2	53	31	45	0	22	1.53
22814591--22814692	21	4.5	22	65	30	54	43	4	4	47	1.46
22814589--22814745	68	2.3	69	97	1	298	43	5	6	45	1.51
22814838--22814921	28	3.2	28	67	27	85	48	14	1	35	1.51
22815310--22815357	9	5.6	9	90	9	82	45	20	0	33	1.52
22815310--22815361	16	3.1	17	89	10	81	46	21	0	32	1.52
22821238--22821394	43	3.7	42	78	8	165	27	19	27	25	1.99
22821283--22821438	42	3.7	43	77	11	169	23	17	28	30	1.97
22821255--22821484	43	5.4	42	75	11	173	26	18	26	28	1.98
22821240--22821463	85	2.6	85	87	4	317	24	19	27	28	1.98
22823943--22824000	29	2.0	29	86	6	82	41	3	6	48	1.47
22825018--22825058	3	13.7	3	94	0	73	2	34	0	63	1.08
22833513--22833552	19	2.1	19	90	4	62	57	0	2	40	1.12
22834523--22834593	28	2.5	28	93	4	117	39	9	1	49	1.45
22834581--22834618	18	2.1	18	90	5	58	78	10	0	10	0.95
22834662--22834729	27	2.5	27	95	0	118	26	26	27	19	1.99
22834776--22834814	18	2.2	17	86	13	53	66	0	33	0	0.92
22834778--22834820	22	1.9	23	85	4	61	69	0	30	0	0.88
22835614--22835650	18	2.1	18	89	0	56	21	0	2	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22835748--22835781	17	2.0	17	88	11	52	82	5	5	5	0.95
22837283--22837400	61	1.9	62	84	10	161	54	11	0	33	1.37
22837277--22837452	12	14.7	12	67	20	75	55	10	0	34	1.35
22837406--22837449	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
22837732--22837827	27	3.6	27	95	0	165	16	31	29	22	1.96
22837888--22837932	22	2.0	22	100	0	90	55	0	8	35	1.31
22838422--22838475	28	1.9	28	81	7	65	29	7	3	59	1.42
22838725--22838956	115	2.0	117	86	5	328	43	8	10	37	1.70
22840116--22840150	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
22840117--22840155	12	3.2	12	92	0	60	30	7	0	61	1.24
22840178--22840227	2	25.0	2	84	8	57	44	0	4	52	1.20
22841727--22841774	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
22843778--22843822	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
22846592--22846622	16	2.0	15	93	6	53	90	0	9	0	0.46
22847991--22848210	45	5.0	44	79	3	246	31	15	24	28	1.96
22847995--22848500	89	5.7	89	73	10	451	29	17	23	29	1.97
22847996--22848233	44	5.4	44	77	6	228	30	16	23	29	1.96
22848353--22848499	44	3.3	43	77	10	179	29	19	22	29	1.98
22848086--22848626	266	2.0	266	91	2	872	29	18	23	28	1.98
22848751--22848852	44	2.3	44	86	0	141	30	13	22	33	1.93
22852165--22852191	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
22853031--22853093	31	2.0	31	93	0	108	20	15	12	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22853481--22853536	25	2.2	25	80	0	67	58	3	7	30	1.42
22871827--22871973	57	2.5	59	86	8	210	30	21	25	22	1.99
22873369--22873417	21	2.4	21	89	3	73	22	26	8	42	1.81
22873590--22873688	21	4.8	21	76	9	105	45	16	23	15	1.84
22873838--22873876	17	2.3	17	91	8	62	51	20	0	28	1.48
22880770--22880814	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
22880944--22881021	31	2.5	31	95	4	138	34	6	6	52	1.53
22892391--22892618	89	2.6	89	94	0	393	36	15	17	30	1.90
22895031--22895079	22	2.3	22	82	10	57	48	2	0	48	1.12
22896039--22896073	13	2.5	15	90	9	56	85	11	2	0	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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