genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25699919--25700010	35	2.6	35	79	3	96	45	10	11	31	1.76
25699935--25700005	17	4.2	17	73	7	65	38	11	12	38	1.79
25700226--25700263	20	1.9	20	88	0	58	42	7	13	36	1.73
25700700--25700755	21	2.8	20	84	7	69	0	25	0	75	0.81
25700701--25700749	12	4.2	12	80	20	50	0	24	0	75	0.80
25701467--25701542	30	2.6	28	75	10	80	36	5	25	32	1.78
25705402--25705446	20	2.2	21	88	7	67	57	8	2	31	1.41
25705404--25705454	20	2.6	19	81	6	66	54	7	1	35	1.40
25705460--25705516	18	3.1	18	87	9	87	56	1	0	42	1.10
25705466--25705509	20	2.2	20	100	0	88	63	0	0	36	0.95
25705734--25705767	15	2.2	16	89	5	52	29	29	5	35	1.81
25705734--25705772	16	2.5	15	87	4	51	30	28	7	33	1.85
25710641--25710688	25	1.9	25	83	8	62	18	6	16	58	1.59
25711331--25711450	43	2.9	42	82	7	145	21	18	28	31	1.97
25714253--25714286	17	2.0	17	100	0	68	52	11	17	17	1.73
25714705--25714729	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
25719723--25719785	27	2.4	27	77	17	69	33	17	1	47	1.57
25720184--25720217	15	2.2	16	89	5	52	64	0	2	32	1.08
25722396--25722434	21	1.9	21	84	5	53	35	23	10	30	1.88
25727641--25727754	50	2.3	50	85	0	156	35	21	17	25	1.95
25727577--25727735	75	2.1	76	84	1	203	37	20	18	24	1.94
25727576--25727754	25	7.1	25	75	6	139	36	20	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25727592--25727754	75	2.2	75	80	3	175	38	21	16	23	1.93
25730598--25730685	39	2.2	40	84	6	108	35	6	19	38	1.78
25730887--25731037	45	3.3	45	91	0	230	19	18	20	41	1.91
25735882--25735916	17	2.0	18	88	5	54	48	2	5	42	1.41
25742226--25742252	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
25743170--25743263	38	2.6	39	79	17	107	65	3	5	25	1.28
25743374--25743422	20	2.5	21	77	12	59	63	0	2	34	1.06
25743896--25743935	19	2.2	18	90	4	62	35	0	0	65	0.93
25744024--25744060	10	3.8	10	83	16	51	27	0	0	72	0.84
25744024--25744060	19	1.9	19	89	10	58	27	0	0	72	0.84
25744822--25744851	15	2.0	15	100	0	60	20	6	26	46	1.75
25745020--25745081	30	2.1	30	100	0	124	53	12	0	33	1.39
25746393--25746426	17	1.9	18	94	5	61	17	47	23	11	1.81
25748144--25748200	10	6.1	10	76	12	50	38	0	0	61	0.96
25748147--25748200	18	2.9	18	76	13	56	37	0	0	62	0.95
25748147--25748196	9	5.6	9	75	15	50	36	0	0	64	0.94
25755643--25755674	11	3.1	11	91	8	50	59	9	6	25	1.52
25755702--25755746	20	2.2	20	96	0	81	75	8	6	8	1.19
25755696--25755739	20	2.4	17	76	20	52	77	9	6	6	1.13
25756924--25757072	60	2.5	60	79	4	147	24	17	16	41	1.89
25765019--25765135	10	12.2	9	68	22	62	52	0	1	45	1.10
25765011--25765079	30	2.3	31	80	10	88	55	0	1	43	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25765018--25765118	11	9.9	11	74	17	78	51	0	1	46	1.12
25765018--25765136	30	4.5	28	73	23	98	52	0	1	45	1.10
25767333--25767386	28	1.9	28	88	0	81	22	5	31	40	1.77
25771934--25771973	11	3.5	11	83	6	53	45	2	0	52	1.14
25772401--25772662	37	7.1	36	76	11	230	35	18	21	24	1.95
25772401--25772663	110	2.4	111	82	3	336	35	18	21	24	1.95
25772408--25772644	73	3.2	74	77	5	250	36	16	23	23	1.94
25778924--25778959	7	5.1	7	100	0	72	72	0	0	27	0.85
25779669--25779702	10	3.3	10	88	8	50	41	2	5	50	1.42
25779807--25779863	26	2.2	25	81	15	62	10	8	8	71	1.30
25789770--25789846	37	2.1	37	97	0	145	35	2	12	49	1.55
25797684--25797716	18	1.9	18	88	11	52	24	6	0	69	1.10
25800139--25800194	23	2.5	23	86	11	73	60	0	1	37	1.07
25818072--25818231	48	3.3	47	70	6	131	31	25	21	21	1.98
25818026--25818281	50	5.2	48	69	5	190	32	26	19	21	1.97
25818019--25818350	98	3.4	98	88	2	461	33	24	19	22	1.97
25819761--25819797	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
25821580--25821615	19	1.9	18	88	5	54	50	11	0	38	1.38
25821720--25821773	23	2.3	23	81	9	65	20	1	9	68	1.27
25821720--25821770	24	2.2	24	82	3	59	21	1	9	66	1.31
25824935--25825018	31	2.7	32	83	7	109	44	5	1	48	1.34
25825973--25826011	2	19.5	2	89	0	60	46	2	2	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25830386--25830427	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
25835307--25835360	29	1.9	29	88	7	85	64	9	0	25	1.23
25836345--25836378	17	2.1	16	88	5	50	55	0	0	44	0.99
25850645--25850724	25	3.2	24	74	8	63	23	28	15	32	1.95
25852865--25852895	15	2.1	15	100	0	62	22	32	32	12	1.92
25863165--25863212	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
25863228--25863293	31	2.1	31	88	0	96	42	12	10	34	1.77
25878706--25878733	6	4.7	6	100	0	56	17	0	50	32	1.47
25879443--25879472	3	10.0	3	92	0	51	63	0	0	36	0.95
25889567--25889617	23	2.2	23	93	6	86	31	0	3	64	1.11
25889563--25889619	24	2.4	23	86	13	89	31	0	3	64	1.10
25890416--25890469	26	2.1	26	86	10	76	37	1	1	59	1.19
25891932--25891972	21	2.0	21	85	0	55	19	24	14	41	1.89
25902129--25902175	20	2.3	20	85	7	60	59	0	0	40	0.97
25908131--25908174	21	2.1	21	91	0	70	22	11	22	43	1.85
25908706--25908791	34	2.5	35	83	5	104	43	1	18	37	1.58
25908900--25909540	126	5.1	126	85	2	853	38	15	17	28	1.90
25913039--25913081	18	2.4	18	80	0	50	46	9	23	20	1.79
25914522--25914593	26	2.9	24	78	8	63	65	1	1	31	1.10
25914546--25914590	16	2.6	18	86	10	58	66	2	2	28	1.15
25924286--25924321	17	2.1	17	89	0	54	19	2	30	47	1.64
25928132--25928176	19	2.4	19	82	10	58	73	8	6	11	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25934155--25934187	11	2.8	12	86	9	50	72	0	9	18	1.10
25934359--25934544	10	19.0	10	68	15	77	62	3	3	30	1.29
25934438--25934491	23	2.3	23	78	12	65	59	5	0	35	1.21
25934419--25934486	11	6.3	11	72	14	61	61	2	0	35	1.11
25934409--25934543	9	13.7	9	70	16	65	61	3	3	31	1.31
25934833--25934912	30	2.7	30	75	9	83	67	5	2	25	1.23
25935059--25935097	20	1.9	21	84	5	53	30	2	10	56	1.46
25939181--25939248	28	2.4	29	85	7	95	66	0	0	33	0.92
25942272--25942338	9	7.4	9	83	12	93	40	20	11	26	1.88
25942272--25942338	27	2.5	27	97	0	125	40	20	11	26	1.88
25945354--25945398	22	2.1	21	91	4	72	11	17	28	42	1.84
25945555--25945646	43	2.2	43	88	2	132	22	17	29	30	1.97
25945639--25945975	43	7.8	43	85	1	388	27	31	18	22	1.97
25945876--25946017	43	3.3	43	81	3	133	31	26	16	25	1.96
25945829--25946017	86	2.2	86	81	0	216	31	30	15	22	1.95
25945643--25946017	129	2.9	129	79	2	288	28	30	18	22	1.97
25946326--25946376	21	2.4	21	76	0	57	9	37	13	39	1.78
25946368--25946437	21	3.3	21	75	0	68	5	38	17	38	1.73
25946408--25946573	66	2.5	66	86	3	210	13	28	18	39	1.89
25952063--25952425	16	22.6	16	69	21	162	31	1	20	46	1.62
25952063--25952431	9	42.8	9	69	19	227	31	2	20	46	1.63
25952141--25952258	59	2.0	59	91	0	191	30	0	20	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25952063--25952412	34	10.3	34	71	16	205	31	2	20	46	1.62
25952066--25952425	25	15.0	24	74	13	214	31	1	20	46	1.61
25952326--25952424	20	5.1	19	71	18	71	29	2	18	50	1.58
25952478--25952888	121	3.4	121	93	1	675	46	5	7	41	1.54
25955387--25955412	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25955971--25956094	7	17.0	7	69	17	65	33	43	0	22	1.59
25955971--25956094	14	8.5	15	75	11	80	33	43	0	22	1.59
25956009--25956091	29	2.9	29	87	0	103	30	46	1	21	1.59
25955972--25956074	22	4.6	22	75	7	109	32	44	0	22	1.59
25955971--25956091	22	5.5	22	73	8	77	32	44	0	22	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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