genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25957096--25957278	82	2.2	82	79	10	203	36	26	15	22	1.93
25957083--25957277	41	4.8	40	69	14	112	34	26	16	22	1.95
25957402--25957497	39	2.4	40	75	15	99	20	22	21	34	1.97
25957419--25957508	39	2.3	38	77	7	92	21	25	21	32	1.98
25960510--25960634	54	2.5	49	84	10	146	13	9	40	36	1.77
25960612--25960675	30	2.1	30	85	0	83	7	10	40	40	1.69
25960440--25960771	132	2.5	126	82	9	414	11	8	42	37	1.72
25960510--25960892	180	2.1	178	84	9	492	11	9	42	36	1.74
25960666--25960790	24	5.2	24	63	21	73	11	8	43	37	1.70
25960440--25961030	132	4.6	126	73	13	361	11	9	42	36	1.74
25960642--25960808	48	3.5	48	90	0	262	10	9	43	36	1.72
25960738--25960948	84	2.5	84	89	3	309	9	9	44	36	1.70
25960738--25961026	84	3.4	83	80	8	259	10	9	42	37	1.72
25963867--25963898	7	4.6	7	100	0	64	56	0	0	43	0.99
25965840--25965864	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25976948--25977048	37	2.6	39	82	6	125	31	25	18	23	1.98
25978959--25978996	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
25982671--25982714	21	2.1	21	86	0	61	2	22	2	72	1.07
25982927--25982958	12	2.7	12	95	0	55	25	9	0	65	1.22
25987176--25987209	16	2.1	16	89	10	52	32	0	0	67	0.91
25988534--25988629	33	2.9	33	81	4	122	48	12	8	30	1.70
25997834--25998032	41	4.8	40	85	6	222	20	20	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25997830--25998032	83	2.4	84	84	9	247	19	20	28	31	1.97
25998935--25998975	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
25999956--26000177	83	2.7	82	77	8	216	30	15	18	35	1.92
25999309--26000207	450	2.0	451	94	0	1568	31	15	18	34	1.92
26001184--26001217	12	2.8	12	90	4	50	5	8	20	64	1.43
26001224--26001248	7	3.6	7	100	0	50	0	12	12	76	1.04
26002459--26002678	9	25.8	9	69	15	146	45	21	2	30	1.64
26002466--26002564	20	5.1	19	69	27	73	50	19	1	29	1.54
26002465--26002672	25	8.9	23	72	18	137	46	21	1	30	1.62
26002511--26002678	34	4.7	34	73	15	133	45	21	1	30	1.62
26002485--26002673	59	3.2	59	79	7	233	46	21	2	30	1.63
26008173--26008343	66	2.6	65	84	4	209	40	18	27	14	1.88
26008329--26008405	21	3.7	21	87	0	118	33	16	44	5	1.70
26008782--26009154	43	8.7	43	82	4	371	22	19	31	26	1.98
26010020--26010086	33	2.0	33	97	0	125	40	22	4	32	1.74
26013080--26013153	30	2.4	30	80	10	80	31	17	8	43	1.78
26014449--26014491	21	2.0	21	82	8	52	30	4	9	55	1.52
26024771--26024799	13	2.1	14	93	6	51	34	17	13	34	1.89
26027489--26027539	27	2.0	25	88	7	75	56	1	1	39	1.22
26029604--26029648	24	1.9	23	82	13	56	40	0	6	53	1.27
26029617--26029649	17	1.9	17	88	11	50	36	0	6	57	1.23
26032094--26032213	41	2.9	42	78	5	143	24	15	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26032053--26032205	43	3.6	43	76	10	154	23	17	27	31	1.97
26032370--26032401	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
26040716--26040854	50	2.8	50	95	0	251	21	31	22	24	1.98
26040952--26040981	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
26042997--26043021	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
26042989--26043033	22	2.0	22	83	8	56	57	0	0	42	0.98
26045172--26045321	41	3.8	40	80	8	162	36	20	17	25	1.94
26045158--26045321	82	2.1	78	82	6	195	38	20	17	23	1.93
26050329--26050369	19	2.2	19	90	0	64	36	9	14	39	1.79
26056344--26056428	29	3.0	28	74	10	75	63	3	1	31	1.19
26073610--26073734	29	4.2	29	82	11	148	32	23	4	40	1.73
26073617--26073732	59	2.0	59	86	6	164	33	24	2	39	1.69
26073958--26074013	11	4.6	12	77	16	53	73	8	14	3	1.21
26074100--26074148	15	3.2	15	76	23	57	73	6	20	0	1.04
26074125--26074164	21	2.0	20	90	5	62	72	0	27	0	0.85
26074263--26074347	4	22.0	4	76	17	74	74	0	25	0	0.82
26074263--26074319	29	2.0	28	86	10	80	75	0	24	0	0.80
26074263--26074347	27	2.9	28	83	13	84	74	0	25	0	0.82
26074264--26074351	44	2.0	43	83	14	110	76	0	23	0	0.79
26074631--26074689	9	6.1	10	77	15	54	79	3	16	0	0.86
26074622--26074690	26	2.7	26	80	14	90	78	4	17	0	0.91
26074630--26074685	12	4.5	12	77	16	60	80	3	16	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26074623--26074689	27	2.4	29	83	11	79	80	2	16	0	0.83
26074627--26074686	13	4.8	12	75	17	59	81	3	15	0	0.81
26074842--26074881	16	2.5	16	83	0	53	32	2	0	65	1.06
26075017--26075048	17	1.9	16	93	6	55	18	12	12	56	1.67
26075175--26075273	39	2.6	40	81	10	109	39	14	7	39	1.73
26075213--26075256	22	2.0	22	86	0	61	45	13	6	34	1.70
26075235--26075310	17	4.5	16	76	15	73	35	15	7	40	1.77
26075253--26075306	16	3.2	16	75	14	56	37	16	7	38	1.77
26075235--26075319	34	2.5	34	85	11	111	31	14	9	44	1.76
26075165--26075586	18	22.8	17	68	19	147	32	12	10	44	1.76
26075333--26075586	18	14.3	18	75	8	216	30	12	11	45	1.77
26075342--26075586	35	6.9	34	76	9	213	30	13	11	45	1.78
26087472--26088218	76	9.7	77	89	4	939	27	15	19	36	1.92
26088403--26088437	7	4.7	7	86	13	52	14	0	0	85	0.59
26088402--26088437	16	2.2	16	90	9	56	13	0	0	86	0.58
26088439--26088563	30	4.2	30	81	12	152	31	22	5	40	1.77
26088447--26088561	59	1.9	60	85	5	162	32	23	4	40	1.74
26088809--26088843	11	3.1	11	87	4	52	65	11	20	2	1.37
26088913--26088981	35	1.9	35	88	5	102	75	10	14	0	1.05
26089096--26089166	4	17.0	4	77	13	72	73	0	25	1	0.92
26089099--26089145	13	3.6	13	83	8	60	74	0	25	0	0.82
26089325--26089378	26	2.1	25	82	3	63	25	40	22	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26089454--26089512	18	3.5	17	76	15	61	81	1	16	0	0.78
26089457--26089511	12	4.7	11	79	18	58	80	1	18	0	0.81
26089470--26089500	9	3.4	9	90	0	53	80	0	19	0	0.71
26089455--26089515	25	2.5	24	81	5	77	78	1	19	0	0.83
26089667--26089709	21	2.1	20	86	4	59	34	2	0	62	1.08
26089827--26089858	17	1.9	16	93	6	55	18	12	12	56	1.67
26089979--26090368	18	21.6	17	71	15	209	31	13	10	45	1.77
26090004--26090085	40	2.0	40	84	9	105	42	13	6	37	1.69
26090047--26090368	18	18.3	17	74	14	262	29	13	11	45	1.78
26090047--26090368	35	9.1	35	76	13	232	29	13	11	45	1.78
26090174--26090265	39	2.5	37	78	14	93	30	11	8	48	1.70
26091131--26091293	25	6.6	24	71	15	93	37	20	23	17	1.94
26091131--26091235	49	2.1	50	89	1	158	34	20	25	20	1.96
26094518--26094549	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
26094754--26094790	6	5.8	6	90	9	56	48	16	16	18	1.81
26094765--26094959	45	4.2	45	80	11	207	43	18	16	21	1.88
26094763--26094932	51	3.4	51	78	14	203	43	18	17	21	1.88
26094861--26094886	6	4.3	6	100	0	52	50	15	15	19	1.79
26095489--26095516	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26102496--26102555	9	6.9	9	79	11	54	73	0	3	23	0.98
26107512--26107566	19	2.7	21	81	16	71	36	0	0	63	0.95
26107521--26107567	24	2.0	23	88	12	69	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26108511--26108559	15	3.2	15	72	16	55	16	24	14	44	1.84
26109240--26109281	14	3.0	14	80	10	50	40	4	2	52	1.35
26109739--26109787	23	2.1	24	88	3	73	63	12	2	22	1.39
26109746--26109806	26	2.4	24	81	10	59	63	11	4	19	1.45
26116354--26116603	124	2.0	125	98	0	484	37	16	12	34	1.85
26116765--26116794	6	5.0	6	100	0	60	16	0	50	33	1.46
26117513--26117544	14	2.4	14	94	5	57	31	0	25	43	1.55
26121040--26121082	7	6.1	7	88	0	59	53	11	2	32	1.50
26123857--26123912	21	2.6	22	83	8	71	32	8	30	28	1.88
26124738--26124797	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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