genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22052277--22052328	27	1.9	27	84	7	70	57	11	0	30	1.34
22052367--22052426	27	2.2	27	81	0	66	33	25	26	15	1.95
22052852--22053035	90	2.1	88	94	2	323	23	12	13	50	1.75
22053105--22053168	18	3.5	18	79	12	85	45	1	12	40	1.51
22053089--22053184	37	2.6	37	96	0	183	47	1	12	38	1.48
22053089--22053184	19	5.2	19	77	5	115	47	1	12	38	1.48
22054234--22054293	14	4.5	13	76	12	50	51	0	10	38	1.35
22062341--22062366	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
22062774--22062823	14	3.6	14	71	12	50	68	2	4	26	1.18
22063072--22063179	57	1.9	57	82	3	137	62	8	2	26	1.38
22065269--22065351	40	2.1	40	97	0	157	37	32	21	8	1.84
22066696--22066744	21	2.3	21	89	6	73	8	12	44	34	1.71
22066715--22066756	21	2.0	21	85	0	57	7	14	42	35	1.73
22068586--22068615	3	10.0	3	92	0	51	33	3	33	30	1.74
22072508--22072549	22	1.9	22	85	9	59	47	2	4	45	1.36
22072723--22072755	14	2.2	16	89	10	52	57	0	9	33	1.30
22075590--22075623	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22083818--22083872	27	2.0	27	85	3	74	25	21	1	50	1.58
22086252--22086326	30	2.4	32	82	10	93	38	8	8	45	1.63
22096560--22096592	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
22102201--22102284	41	2.0	41	97	0	159	52	8	0	39	1.32
22117366--22117401	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22124212--22124256	23	2.0	22	82	4	54	40	17	2	40	1.62
22125496--22125525	14	2.1	14	100	0	60	66	20	0	13	1.24
22126342--22126390	16	3.1	16	87	0	80	40	6	32	20	1.77
22126370--22126465	44	2.1	46	86	3	142	29	6	29	35	1.82
22126622--22126783	18	10.0	17	66	21	73	56	2	1	39	1.20
22126685--22126770	27	3.2	27	88	3	120	58	1	0	40	1.06
22126644--22126784	27	5.1	27	74	8	88	56	2	1	40	1.20
22128907--22128933	10	2.7	10	100	0	54	44	18	7	29	1.77
22141778--22141866	37	2.4	37	83	5	99	29	39	12	19	1.88
22144473--22144513	21	2.0	21	85	0	55	24	29	34	12	1.91
22152163--22152205	22	2.0	22	86	4	61	51	4	16	27	1.64
22155564--22155626	31	2.0	31	100	0	126	42	12	12	31	1.81
22159180--22159211	14	2.3	14	94	0	55	31	0	15	53	1.43
22167062--22167106	2	22.5	2	81	0	54	53	0	6	40	1.27
22167058--22167102	6	7.5	6	94	0	63	53	0	8	37	1.32
22168327--22168473	75	1.9	77	93	2	253	44	6	3	44	1.47
22170777--22170871	47	2.0	47	100	0	190	27	28	14	29	1.95
22173787--22173870	42	2.0	42	85	0	114	21	38	10	29	1.87
22177435--22177474	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
22182366--22182463	33	3.0	33	81	4	117	18	11	17	53	1.73
22183957--22183995	18	2.1	18	85	4	51	61	0	15	23	1.33
22189791--22189820	16	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22197964--22197999	16	2.2	17	95	5	65	27	0	0	72	0.85
22201624--22201721	24	4.0	24	74	10	92	22	20	18	38	1.93
22210752--22210795	18	2.4	18	100	0	88	34	13	22	29	1.93
22212679--22212734	24	2.3	24	93	0	94	19	23	19	37	1.94
22212679--22212797	24	4.9	24	73	9	89	21	22	17	37	1.94
22212727--22212783	25	2.3	25	79	11	64	24	22	14	38	1.91
22214315--22214383	33	2.1	33	88	0	102	37	10	23	28	1.87
22215886--22215919	13	2.6	14	86	13	54	44	17	11	26	1.83
22220103--22220284	87	2.1	87	97	0	346	20	30	19	29	1.97
22224735--22224788	27	2.0	27	92	0	90	38	11	29	20	1.87
22227669--22227711	19	2.1	21	87	8	63	58	2	2	37	1.24
22227733--22227791	29	2.1	28	84	9	75	64	1	1	32	1.13
22228708--22228811	9	11.4	9	83	6	120	24	9	25	40	1.85
22228971--22228995	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
22234418--22234499	31	2.6	31	88	1	119	43	13	13	29	1.82
22240297--22240370	16	4.8	16	73	15	50	48	2	0	48	1.15
22240297--22240373	30	2.5	31	75	12	77	49	2	0	48	1.15
22243049--22243121	25	3.0	23	74	20	69	16	27	20	35	1.94
22248978--22249075	25	3.9	25	80	5	99	31	22	28	17	1.96
22248971--22249093	50	2.5	50	82	2	131	31	22	26	19	1.98
22250556--22250580	7	3.6	7	100	0	50	64	0	24	12	1.27
22251104--22251166	23	2.8	23	79	11	76	17	34	20	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22256352--22256378	12	2.2	12	100	0	54	7	0	0	92	0.38
22256788--22256821	17	1.9	18	88	5	52	35	14	8	41	1.77
22258337--22258367	16	1.9	16	93	0	53	51	35	0	12	1.40
22258364--22258388	10	2.5	10	100	0	50	48	44	0	8	1.32
22258700--22258746	6	7.7	6	84	13	60	12	2	2	82	0.84
22259461--22259545	25	3.6	25	81	9	81	30	5	2	61	1.32
22259893--22259925	17	2.0	17	88	5	50	18	12	3	66	1.36
22262641--22263062	113	3.7	111	76	4	297	30	19	23	26	1.98
22263126--22263393	115	2.3	113	76	5	250	29	18	23	28	1.98
22263472--22263675	90	2.3	90	96	1	383	26	2	27	42	1.70
22263633--22263759	7	18.0	7	68	15	57	18	1	39	40	1.61
22263654--22263705	27	1.9	27	100	0	104	19	0	38	42	1.51
22264884--22264930	22	2.1	22	92	0	76	27	6	23	42	1.78
22265269--22265384	36	3.2	36	68	16	114	28	6	18	45	1.75
22265236--22265436	71	2.8	71	96	1	368	25	5	18	50	1.68
22265572--22265601	14	2.1	14	93	0	51	23	13	10	53	1.69
22266139--22266222	45	1.9	43	80	4	96	38	13	2	46	1.56
22266579--22266731	9	17.9	9	67	16	67	47	17	3	30	1.66
22266689--22266750	18	3.4	17	71	10	52	48	20	1	29	1.59
22266698--22266771	37	2.0	37	97	0	139	50	16	2	31	1.59
22266780--22266812	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
22267084--22267153	24	2.8	25	78	8	70	51	14	1	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22267126--22267496	16	22.2	16	70	15	131	46	19	3	30	1.67
22267117--22267497	25	15.1	25	77	7	218	46	19	3	30	1.66
22267131--22267435	41	7.8	41	78	16	315	46	19	3	30	1.66
22267223--22267498	75	3.7	73	91	4	369	45	20	3	30	1.68
22269641--22269868	42	5.4	42	86	2	269	25	21	21	30	1.98
22272889--22273016	24	5.3	24	98	0	238	41	14	35	8	1.76
22276762--22276793	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
22281443--22281627	101	1.8	101	84	3	255	31	26	17	24	1.97
22300210--22300244	16	2.1	17	89	5	54	28	0	0	71	0.86
22300860--22300899	20	2.0	20	86	13	57	20	10	7	62	1.50
22301432--22301493	30	2.0	31	84	3	81	24	22	20	32	1.98
22307522--22307561	21	1.9	21	90	10	64	60	2	0	37	1.11
22307524--22307583	24	2.5	24	78	10	68	58	5	1	35	1.30
22307474--22307552	18	4.4	18	70	9	54	56	3	6	32	1.42
22312837--22312907	22	3.2	22	77	15	74	2	22	4	70	1.18
22312885--22312918	18	1.9	17	88	5	50	11	14	2	70	1.27
22315314--22315376	25	2.5	25	80	10	74	31	22	22	23	1.98
22315551--22315594	22	2.0	23	86	4	63	54	9	0	36	1.32
22346503--22346556	27	2.0	27	82	10	67	64	3	31	0	1.11
22347430--22347564	25	5.6	24	83	7	143	18	25	18	37	1.94
22347442--22347558	22	5.0	22	80	7	117	17	26	18	36	1.94
22358056--22358216	33	4.8	32	69	11	117	28	26	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22357851--22358450	101	5.9	101	85	2	756	29	23	15	31	1.95
22357851--22358418	202	2.8	203	91	2	899	29	23	15	31	1.95
22361078--22361162	42	2.0	42	81	0	98	22	23	23	30	1.99
22374207--22374247	18	2.4	17	79	4	55	29	34	9	26	1.88
22378300--22378336	19	1.9	19	89	10	58	48	0	5	45	1.25
22378294--22378339	23	2.0	22	84	12	58	47	0	6	45	1.28
22382632--22382682	24	2.1	24	85	0	66	25	19	5	49	1.71
22382702--22382845	33	4.3	33	69	13	105	28	21	15	34	1.94
22382685--22382914	101	2.3	101	94	0	397	29	22	15	32	1.95
22384873--22385158	42	6.8	42	86	3	346	33	19	21	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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