genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22385562--22385606	21	2.1	21	83	0	54	6	42	17	33	1.76
22386705--22386747	19	2.2	19	91	4	68	39	2	11	46	1.53
22386808--22386858	25	2.0	25	96	0	93	37	1	15	45	1.58
22386855--22386888	17	1.9	18	94	5	61	52	0	5	41	1.25
22386924--22386967	19	2.3	19	96	0	79	40	0	11	47	1.39
22386931--22386975	19	2.3	19	92	3	72	42	2	11	44	1.52
22387036--22387086	25	2.0	25	96	0	93	37	1	15	45	1.58
22386686--22387192	228	2.2	228	97	0	960	40	1	12	44	1.52
22387083--22387116	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
22387152--22387192	19	2.2	19	95	0	73	41	0	9	48	1.36
22388299--22388344	22	2.1	22	95	0	83	43	13	4	39	1.63
22390159--22390209	21	2.4	21	86	0	75	33	43	0	23	1.54
22390201--22390262	7	8.9	7	81	0	61	38	37	1	22	1.64
22390183--22390258	35	2.2	35	82	0	89	38	35	1	25	1.64
22393709--22393862	70	2.2	70	92	0	254	30	9	25	33	1.88
22395931--22395968	14	2.6	15	91	4	60	42	0	2	55	1.14
22409572--22409616	23	2.0	23	82	8	56	20	15	6	57	1.60
22412666--22412721	21	2.7	21	94	0	94	16	7	19	57	1.62
22412666--22412732	21	3.2	20	83	6	73	14	7	17	59	1.58
22413436--22413477	18	2.4	18	84	11	52	69	4	0	26	1.08
22414387--22414442	24	2.3	24	93	0	94	39	1	0	58	1.08
22415039--22415064	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22417029--22417078	5	10.2	5	76	20	52	60	2	0	38	1.09
22420249--22420279	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22420334--22420370	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22421405--22421430	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
22439233--22439285	23	2.3	23	100	0	106	30	26	20	22	1.98
22439372--22439408	8	4.6	8	100	0	74	35	27	13	24	1.93
22447364--22447404	23	1.9	21	85	14	57	26	0	4	68	1.10
22456737--22456774	18	2.1	18	85	9	51	63	0	7	28	1.23
22457378--22457463	31	2.8	30	75	1	82	44	12	6	36	1.70
22459205--22459248	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
22459390--22459423	8	4.1	8	96	3	59	50	0	0	50	1.00
22459389--22459464	9	8.8	9	72	20	56	42	0	1	56	1.07
22469276--22469537	33	7.8	32	68	10	121	28	24	16	30	1.96
22469273--22469604	101	3.3	101	93	0	565	28	24	16	31	1.96
22471972--22472056	45	1.9	44	83	9	111	31	5	11	50	1.63
22472471--22472499	11	2.6	11	100	0	58	17	17	27	37	1.92
22472596--22472649	20	2.7	20	83	13	67	55	5	1	37	1.34
22476030--22476091	27	2.3	27	97	0	115	29	22	33	14	1.94
22476253--22476311	22	2.6	22	84	10	75	67	0	1	30	1.00
22476933--22476970	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
22477186--22477262	27	2.9	28	90	3	115	19	38	24	16	1.92
22484405--22484436	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22487545--22487610	24	2.9	24	71	22	61	37	6	6	50	1.52
22491891--22491920	14	2.1	15	93	6	53	76	0	16	6	0.99
22491891--22491921	15	2.1	15	93	0	53	77	0	16	6	0.97
22494429--22494516	27	3.2	27	75	9	88	36	6	5	51	1.52
22494562--22494587	10	2.6	10	100	0	52	19	0	0	80	0.71
22496517--22496561	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
22499261--22499302	7	6.0	7	81	18	52	69	0	16	14	1.20
22499261--22499302	21	2.0	21	86	9	59	69	0	16	14	1.20
22500832--22501294	100	4.6	100	92	1	766	29	19	24	26	1.98
22500835--22501294	50	9.2	50	70	2	332	30	19	24	26	1.98
22501593--22501691	44	2.2	44	80	0	108	31	21	22	25	1.98
22501491--22501753	132	2.0	132	90	0	409	30	20	22	26	1.99
22503423--22503495	27	2.7	26	81	8	83	35	8	6	49	1.59
22518525--22518565	11	3.2	13	76	16	50	29	0	2	68	1.03
22520778--22520834	23	2.5	23	83	11	64	38	0	7	54	1.28
22521743--22521775	17	1.9	17	100	0	66	27	12	36	24	1.91
22523898--22524015	34	3.5	34	81	8	152	43	10	7	38	1.67
22524546--22524578	17	1.9	17	100	0	66	42	12	0	45	1.41
22527234--22527272	4	9.8	4	88	0	60	56	20	0	23	1.42
22536932--22537000	36	1.9	35	85	2	93	60	4	4	30	1.35
22536924--22537008	36	2.3	36	76	9	91	61	3	5	29	1.36
22536972--22537020	22	2.2	22	81	0	62	63	2	8	26	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22537237--22537276	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
22537944--22537998	30	1.9	29	85	10	78	49	12	14	23	1.78
22547939--22548060	61	2.0	61	100	0	244	54	21	13	11	1.70
22552783--22553038	126	2.0	125	85	3	345	30	14	20	34	1.93
22553004--22553066	28	2.3	27	94	5	108	26	7	14	50	1.70
22556179--22556416	116	2.1	116	94	0	413	42	8	10	39	1.69
22556413--22557001	29	23.0	23	71	21	194	27	0	25	45	1.57
22556469--22556981	29	18.4	29	75	20	424	27	0	26	45	1.57
22556502--22556544	23	2.0	21	95	4	68	30	0	20	48	1.50
22556549--22556599	22	2.4	22	84	12	63	27	0	25	47	1.53
22556445--22556490	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
22556421--22556664	51	4.6	57	77	18	228	28	0	25	45	1.57
22556893--22556943	23	2.2	21	100	0	66	29	0	23	47	1.52
22556460--22556981	58	9.3	58	76	17	518	27	0	26	45	1.57
22557064--22557133	25	2.8	25	95	0	122	41	11	0	47	1.40
22556997--22557176	94	1.9	93	89	1	279	44	11	0	43	1.44
22557243--22557953	365	2.0	364	89	0	1109	19	24	28	27	1.98
22557973--22558007	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
22558643--22558667	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
22559413--22559439	11	2.5	11	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22559476--22559526	22	2.3	22	96	0	93	39	0	31	29	1.57
22569926--22569975	22	2.2	24	79	10	61	46	0	4	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22577305--22577350	17	2.7	18	80	10	60	39	2	0	58	1.10
22581771--22581804	16	2.1	16	100	0	68	20	32	11	35	1.89
22585080--22585123	22	2.0	22	100	0	88	18	9	18	54	1.69
22588753--22588780	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22590226--22590563	167	2.0	167	100	0	676	48	7	6	37	1.57
22594135--22594167	17	1.9	17	93	0	57	75	6	9	9	1.18
22594153--22594518	157	2.3	157	88	4	533	56	8	6	28	1.54
22594845--22594903	16	3.6	16	71	15	50	20	8	5	66	1.38
22596590--22596614	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
22596596--22596662	30	2.3	28	80	10	80	26	2	0	70	1.02
22596619--22596723	40	2.6	41	93	4	187	32	1	0	65	1.03
22596608--22596674	30	2.3	30	82	10	84	31	2	0	65	1.07
22596648--22596707	11	5.8	11	75	18	58	36	0	0	63	0.95
22598418--22598736	158	2.0	158	88	0	476	36	16	11	34	1.85
22599869--22599918	27	2.0	25	84	11	66	26	4	28	42	1.73
22601784--22601902	58	2.1	58	95	0	211	31	19	21	28	1.97
22602033--22602057	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
22603745--22603906	41	4.0	41	86	1	200	30	19	27	22	1.98
22604046--22604076	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22607949--22607988	20	2.1	19	85	4	53	40	10	5	45	1.60
22622010--22622062	4	12.8	4	77	15	54	71	1	20	5	1.16
22623363--22623431	29	2.3	31	82	12	97	33	1	24	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22623373--22623435	29	2.2	29	91	2	101	36	1	22	39	1.64
22630880--22630916	18	2.1	18	90	10	58	0	32	5	62	1.18
22638079--22638135	29	2.0	29	85	0	78	22	17	29	29	1.97
22638903--22639043	25	5.7	25	75	6	99	34	19	28	18	1.95
22638917--22639049	49	2.7	50	79	6	135	33	18	27	20	1.96
22638903--22639051	74	2.0	75	81	3	176	33	19	27	19	1.96
22648679--22648707	15	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
22650143--22650237	46	2.1	46	95	0	172	42	23	2	32	1.66
22667169--22667228	29	2.1	29	84	12	79	23	6	6	63	1.43
22668850--22668900	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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