genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29626378--29626487	34	3.1	34	67	15	98	53	17	0	29	1.44
29626403--29626520	38	3.2	38	69	13	129	55	16	0	27	1.41
29626522--29626576	27	2.0	27	86	6	76	27	27	27	18	1.98
29627176--29627230	24	2.2	25	87	3	76	43	1	0	54	1.10
29627390--29627426	7	5.3	7	100	0	74	0	59	13	27	1.35
29627723--29627807	11	7.5	11	68	5	53	35	0	8	56	1.29
29627724--29627836	57	2.0	57	96	0	208	35	0	10	53	1.35
29627909--29628022	60	1.9	59	87	5	169	30	0	14	55	1.39
29627980--29628283	103	3.0	96	81	12	367	27	0	17	54	1.45
29630684--29630976	76	3.8	77	87	5	416	25	7	10	56	1.57
29634045--29634101	27	2.1	27	86	0	78	29	24	26	19	1.98
29635472--29635533	29	2.1	31	88	11	94	48	9	0	41	1.36
29636179--29636233	23	2.3	25	82	17	73	61	5	0	32	1.19
29636397--29636435	20	1.9	20	85	15	53	46	0	0	53	1.00
29638712--29638833	60	2.0	60	95	0	217	28	20	17	33	1.95
29641578--29641621	16	2.8	16	82	3	54	54	2	4	38	1.33
29641861--29641906	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
29642882--29642919	14	2.5	16	87	8	53	7	10	2	78	1.04
29649095--29649261	43	3.9	43	84	3	194	28	26	17	27	1.98
29651240--29651288	25	2.0	25	91	0	80	34	0	22	42	1.54
29651259--29651353	16	5.8	16	77	9	86	30	2	20	47	1.61
29651252--29651644	9	47.0	9	66	23	109	34	1	19	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29651239--29651331	41	2.3	41	88	0	132	32	1	20	46	1.58
29651239--29651322	25	3.4	25	82	8	77	32	0	20	47	1.50
29651277--29651350	25	3.0	25	85	0	94	29	2	21	45	1.65
29651252--29651353	41	2.5	41	82	6	127	31	1	20	46	1.62
29651345--29651421	32	2.3	34	80	17	97	41	0	15	42	1.47
29651370--29651412	12	4.0	11	77	17	54	41	0	11	46	1.40
29651397--29651421	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
29651465--29651547	25	3.3	25	78	6	96	34	1	20	43	1.60
29651503--29651590	16	5.5	16	70	18	51	28	2	21	47	1.63
29651595--29651619	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
29651575--29651621	11	4.4	11	76	15	53	40	0	12	46	1.42
29651693--29651733	19	2.2	19	86	8	57	51	2	0	46	1.14
29651706--29651765	27	2.2	27	85	5	77	53	0	1	45	1.10
29651724--29651774	25	2.0	25	88	0	75	50	1	5	41	1.37
29652807--29652855	18	2.7	18	96	0	89	38	20	0	40	1.53
29653811--29654792	512	1.9	502	93	3	1673	32	17	15	34	1.91
29654809--29654862	23	2.5	22	82	8	58	44	0	7	48	1.31
29654811--29654877	20	3.2	21	73	14	50	47	0	7	44	1.31
29654884--29654928	21	2.2	20	88	11	65	13	6	0	80	0.91
29655116--29655144	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
29655542--29655589	14	3.5	13	78	18	53	39	29	0	31	1.57
29655618--29655676	23	2.4	25	75	5	59	50	13	0	35	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29655609--29655943	89	3.8	88	92	1	555	44	25	1	28	1.63
29655925--29655963	21	1.9	21	89	5	62	38	41	0	20	1.53
29655782--29656024	89	3.0	77	81	12	252	45	23	1	30	1.61
29656525--29656802	41	6.8	40	87	3	351	26	29	24	19	1.98
29656856--29656974	40	3.0	40	80	3	143	24	18	19	37	1.94
29658514--29658878	113	3.2	112	76	8	407	33	16	21	28	1.95
29658799--29658938	74	1.9	75	86	1	201	30	17	22	29	1.97
29658799--29658957	74	2.1	75	82	2	194	33	17	21	27	1.96
29658664--29659022	188	1.9	188	90	3	580	33	17	21	28	1.96
29658664--29659067	188	2.1	187	87	3	571	32	17	20	29	1.95
29658913--29659297	208	1.9	208	87	3	569	34	15	22	28	1.94
29659629--29659662	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
29659699--29659742	7	6.6	7	79	10	56	18	0	47	34	1.49
29659705--29659748	14	3.3	13	84	12	54	20	0	43	36	1.52
29659712--29659750	19	2.1	19	85	0	51	23	0	41	35	1.55
29659842--29659924	7	11.9	7	75	10	71	19	1	46	32	1.57
29659846--29659922	21	3.7	21	83	8	79	19	1	46	32	1.58
29659897--29660072	89	2.0	88	85	3	237	29	1	26	42	1.63
29659998--29660037	19	2.1	19	85	0	53	22	0	40	37	1.54
29660121--29660174	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
29660169--29660212	20	2.2	20	87	0	61	63	4	6	25	1.38
29660198--29660246	18	2.7	18	78	12	55	79	2	4	14	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29660198--29660246	12	4.0	12	79	12	55	79	2	4	14	0.97
29660209--29660252	19	2.2	20	88	8	63	79	2	4	13	0.98
29660750--29661175	198	2.2	198	90	1	676	28	15	20	34	1.94
29662507--29662550	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
29662555--29662641	7	12.3	7	86	2	111	5	12	9	72	1.27
29662555--29662641	21	4.1	21	92	1	129	5	12	9	72	1.27
29663350--29663401	13	4.0	13	87	9	70	44	9	3	42	1.55
29663369--29663504	53	2.6	53	87	4	211	38	10	5	45	1.63
29663649--29663899	9	28.8	9	70	12	166	45	19	3	31	1.67
29663808--29663907	25	4.0	25	75	12	87	46	18	3	33	1.64
29666515--29666638	42	2.9	41	85	8	133	25	22	19	32	1.97
29666544--29666658	42	2.7	43	87	8	162	22	23	22	31	1.99
29666605--29666968	182	2.0	182	97	0	683	25	20	25	29	1.99
29669830--29669959	68	2.0	64	83	8	163	51	3	3	40	1.38
29679419--29679624	40	4.9	44	78	12	234	22	22	22	33	1.98
29679419--29679624	84	2.5	84	95	0	376	22	22	22	33	1.98
29679826--29679964	44	3.2	44	78	5	147	30	25	15	28	1.95
29680067--29680493	43	9.8	43	81	7	452	30	28	14	26	1.95
29680067--29680518	132	3.4	132	87	4	612	29	28	15	26	1.96
29680067--29680552	175	2.8	175	86	4	642	30	27	15	27	1.96
29680531--29681070	88	6.2	87	87	5	637	25	23	24	27	2.00
29680621--29680847	44	5.2	44	68	17	184	25	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29680531--29681070	176	3.1	173	87	4	721	25	23	24	27	2.00
29680504--29681070	264	2.2	262	83	5	707	25	23	23	28	2.00
29680577--29680891	44	7.2	43	66	12	183	23	22	26	26	2.00
29680883--29681022	44	3.2	44	66	13	117	27	25	20	26	1.99
29682043--29682090	6	8.0	6	81	9	53	0	16	4	79	0.89
29682522--29682575	8	6.5	8	81	8	63	7	3	5	83	0.91
29682522--29682575	25	2.2	25	82	0	63	7	3	5	83	0.91
29682517--29682585	17	4.0	17	81	7	77	5	4	7	82	0.94
29682536--29682585	8	6.0	8	84	9	55	6	2	6	86	0.79
29685624--29685918	126	2.3	126	94	2	515	34	11	14	40	1.82
29686133--29686223	45	2.0	45	84	0	119	59	6	14	19	1.57
29687881--29688339	84	5.5	84	90	5	688	22	21	23	33	1.98
29687895--29688506	84	7.4	79	86	6	618	23	22	22	32	1.98
29687895--29688514	292	2.1	292	93	1	1055	22	21	22	32	1.98
29687895--29688506	208	2.9	205	85	7	756	23	22	22	32	1.98
29688727--29689259	175	3.0	175	83	5	650	29	27	15	27	1.96
29688727--29689198	219	2.2	219	91	1	759	30	27	15	26	1.96
29688727--29689259	44	12.2	44	79	8	518	29	27	15	27	1.96
29688727--29689259	219	2.4	219	87	4	745	29	27	15	27	1.96
29689236--29689775	88	6.2	87	87	5	637	25	23	24	27	2.00
29689326--29689552	44	5.2	44	68	17	184	25	24	25	25	2.00
29689236--29689775	176	3.1	173	87	4	721	25	23	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29689209--29689775	264	2.2	262	83	5	707	25	23	23	28	2.00
29689282--29689596	44	7.2	43	66	12	183	23	22	26	26	2.00
29689588--29689727	44	3.2	44	66	13	117	27	25	20	26	1.99
29690748--29690795	6	8.0	6	81	9	53	0	16	4	79	0.89
29691227--29691280	8	6.5	8	81	8	63	7	3	5	83	0.91
29691227--29691280	25	2.2	25	82	0	63	7	3	5	83	0.91
29691222--29691290	17	4.0	17	81	7	77	5	4	7	82	0.94
29691241--29691290	8	6.0	8	84	9	55	6	2	6	86	0.79
29694227--29694591	126	2.9	126	90	4	540	34	11	16	37	1.85
29694806--29694896	45	2.0	45	84	0	119	59	6	14	19	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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