genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29091573--29091636	15	4.4	15	70	7	51	64	0	0	35	0.94
29093225--29093506	141	2.0	141	98	0	546	31	19	10	37	1.87
29098056--29098105	22	2.3	23	82	10	68	60	2	4	34	1.27
29108078--29108207	69	1.9	67	83	1	152	19	36	12	31	1.89
29112426--29112471	22	2.1	22	87	0	65	36	0	26	36	1.57
29117333--29117367	18	1.9	18	88	0	52	37	2	11	48	1.54
29121187--29121263	38	2.0	38	97	0	145	46	18	16	18	1.84
29124128--29124165	14	2.7	14	80	11	51	23	0	0	76	0.79
29124188--29124244	30	1.9	30	92	0	96	49	3	3	43	1.36
29126037--29126101	11	6.3	10	72	12	51	53	0	4	41	1.21
29126037--29126109	20	3.6	21	79	7	71	56	0	5	38	1.23
29126057--29126113	29	2.0	28	83	10	71	56	0	7	36	1.27
29126313--29126360	17	2.9	15	77	17	51	25	0	6	68	1.12
29127349--29127377	14	2.1	14	93	6	51	13	0	3	82	0.79
29127637--29127679	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
29133354--29133382	14	2.0	15	93	6	51	34	0	10	55	1.34
29142787--29142811	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
29148596--29148622	5	5.4	5	100	0	54	55	0	0	44	0.99
29154248--29154311	32	2.0	32	93	6	112	42	6	17	34	1.74
29154256--29154323	32	2.1	32	86	0	91	45	7	17	29	1.75
29156105--29156133	15	1.9	15	100	0	58	34	20	0	44	1.52
29156896--29156928	16	2.0	17	94	5	59	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29156898--29156935	16	2.3	17	86	4	51	55	0	2	42	1.14
29157384--29157491	43	2.5	43	76	11	121	23	19	27	29	1.98
29163459--29163496	18	2.1	18	95	0	67	42	18	0	39	1.50
29166579--29166605	14	1.9	14	100	0	54	85	0	14	0	0.61
29168782--29168811	11	2.6	11	94	5	51	70	0	0	30	0.88
29178297--29178355	21	2.8	21	81	0	73	28	25	8	37	1.85
29185890--29186096	103	2.0	103	91	0	333	31	9	14	44	1.77
29187036--29187080	22	2.1	21	84	12	56	31	0	4	64	1.13
29187038--29187080	21	2.0	21	82	8	52	30	0	4	65	1.13
29188735--29188777	3	14.3	3	90	0	68	62	0	37	0	0.95
29191189--29191237	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
29191188--29191237	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
29193200--29193238	18	2.1	19	85	4	53	53	0	0	46	1.00
29194024--29194089	29	2.2	29	84	10	80	53	13	13	19	1.73
29194634--29194706	32	2.2	35	81	13	84	49	1	6	42	1.38
29195471--29195605	42	3.2	41	79	11	148	33	3	11	51	1.56
29197416--29197449	11	3.0	11	86	4	50	76	2	2	17	1.04
29200120--29200155	16	2.2	16	95	0	63	52	5	2	38	1.39
29206640--29206850	117	1.8	117	92	0	359	22	9	24	43	1.83
29211874--29211958	37	2.3	37	83	2	100	45	15	15	23	1.84
29212153--29212190	18	2.1	19	90	5	60	44	10	5	39	1.61
29213211--29213249	17	2.3	17	90	0	60	41	7	17	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29215975--29216017	20	2.2	20	87	8	61	39	2	13	44	1.57
29222192--29222218	6	4.5	6	100	0	54	51	0	33	14	1.43
29230279--29230333	27	2.0	28	83	13	71	50	3	7	38	1.48
29230987--29231025	13	3.1	12	88	7	51	82	0	7	10	0.86
29230986--29231021	18	2.0	18	88	0	54	80	0	5	13	0.88
29232600--29232663	30	2.1	30	97	0	119	28	29	3	39	1.72
29234387--29234429	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
29234828--29234883	24	2.4	22	78	21	60	41	0	3	55	1.17
29237874--29238266	125	3.1	126	88	2	535	30	17	17	35	1.93
29238329--29238458	34	3.9	34	72	8	104	43	14	2	40	1.58
29242486--29242598	48	2.3	49	78	13	117	36	22	23	18	1.95
29242565--29242635	26	2.8	26	82	6	83	36	22	19	21	1.95
29242696--29242778	24	3.4	23	74	9	67	30	21	32	15	1.95
29243630--29243674	17	2.7	16	83	10	54	20	8	0	71	1.12
29244700--29244725	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
29245107--29245145	12	3.2	12	85	0	51	35	10	46	7	1.67
29245251--29245278	12	2.3	12	100	0	56	32	0	67	0	0.91
29253341--29253623	126	2.3	126	80	5	317	22	15	15	45	1.84
29253342--29253712	125	3.0	123	79	6	365	23	15	14	46	1.83
29259936--29260024	45	2.0	45	95	0	160	50	17	4	26	1.65
29262377--29262421	22	2.0	22	100	0	90	22	26	13	37	1.91
29262881--29262905	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29264142--29264212	29	2.6	28	76	13	67	61	5	1	30	1.27
29281488--29281577	10	9.3	10	72	11	55	65	3	2	28	1.20
29281511--29281579	8	7.8	8	73	23	50	62	1	2	33	1.19
29281506--29281578	27	2.7	26	83	8	92	63	1	2	32	1.17
29281506--29281624	55	2.1	53	83	11	141	59	2	6	31	1.36
29281914--29282200	89	3.2	87	77	7	299	32	8	17	41	1.79
29282368--29282423	29	1.9	30	92	7	98	32	16	0	51	1.44
29284798--29284872	16	4.8	16	77	8	82	33	0	1	65	1.01
29284788--29284872	32	2.7	31	73	8	82	32	0	1	65	1.00
29285027--29285101	31	2.5	30	89	6	107	41	13	17	28	1.87
29287226--29287257	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
29289135--29289177	22	2.0	22	81	9	52	55	0	11	32	1.36
29290008--29290038	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
29299350--29299388	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
29299707--29299744	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
29314497--29314542	22	2.1	22	96	4	85	43	0	4	52	1.21
29317018--29317048	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
29319591--29319782	63	3.0	63	77	1	206	26	28	19	26	1.99
29320789--29320847	29	2.0	30	83	3	75	33	5	13	47	1.65
29322119--29322171	19	2.8	19	74	2	54	33	0	1	64	1.05
29324542--29324910	46	8.0	46	92	0	594	28	23	8	38	1.84
29329005--29329042	13	3.0	13	88	3	60	44	2	7	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29333269--29333306	19	2.0	20	89	5	60	15	13	10	60	1.59
29345798--29345943	42	3.5	42	85	2	188	29	21	19	29	1.98
29349900--29350012	19	5.8	19	85	4	163	39	9	15	35	1.80
29349901--29350007	40	2.7	40	91	2	173	40	10	14	35	1.79
29349900--29350019	59	2.1	56	86	6	161	40	9	15	35	1.79
29351090--29351271	94	1.9	94	98	0	355	26	12	26	34	1.92
29357197--29357223	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
29358964--29358992	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
29363320--29363385	19	3.5	19	76	16	75	68	0	3	28	1.05
29363344--29363372	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
29363324--29363399	36	2.1	37	90	4	120	72	0	2	25	0.98
29363996--29364031	19	1.9	18	88	5	54	55	13	8	22	1.65
29364442--29364475	2	16.5	2	87	6	50	52	2	0	44	1.16
29366300--29366663	17	20.7	17	74	8	248	45	10	12	31	1.76
29366454--29366531	19	4.2	19	71	15	63	42	3	11	42	1.59
29366469--29366513	20	2.3	20	88	3	65	44	4	8	42	1.56
29366391--29366646	56	4.8	57	78	10	204	45	10	12	32	1.75
29366527--29366570	21	2.2	20	87	4	61	40	9	11	38	1.73
29366954--29366978	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
29367235--29367262	7	4.0	7	100	0	56	0	14	0	85	0.59
29367314--29367377	24	3.2	19	76	21	67	0	29	46	23	1.52
29367331--29367401	24	3.0	24	95	0	124	1	35	42	21	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29367413--29367456	22	2.0	21	87	12	63	0	11	6	81	0.86
29367573--29367665	19	4.8	18	75	16	80	0	25	1	73	0.90
29367600--29367662	3	20.7	3	81	18	69	0	30	0	69	0.88
29367575--29367659	20	4.4	19	79	16	86	0	25	1	72	0.91
29368014--29368182	30	5.7	30	80	2	171	37	5	23	32	1.79
29368465--29368973	77	6.6	77	91	3	744	35	19	16	28	1.94
29368392--29368989	153	3.9	152	87	5	735	35	19	16	28	1.93
29369923--29369974	23	2.4	21	82	14	63	1	11	5	80	0.96
29369941--29369980	18	2.2	19	86	4	55	0	7	7	85	0.76
29369935--29370006	16	4.3	16	74	11	56	0	8	9	81	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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