genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14777572--14777725	59	2.6	59	82	6	159	45	7	14	31	1.74
14790621--14790647	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14796967--14797012	17	2.8	17	81	15	60	32	0	0	67	0.91
14796969--14797011	23	2.0	21	86	9	59	34	0	0	65	0.93
14796967--14797012	11	4.2	11	81	8	58	32	0	0	67	0.91
14810405--14810474	36	1.9	36	100	0	140	38	11	2	47	1.55
14810888--14810939	15	3.4	14	75	17	50	1	21	3	73	1.10
14810880--14810970	6	14.8	6	76	16	53	5	20	2	71	1.17
14810927--14810967	12	3.4	12	93	0	64	9	17	0	73	1.09
14810927--14810970	18	2.4	18	88	0	70	9	15	0	75	1.05
14811479--14811622	75	1.9	75	81	5	175	22	23	24	29	1.99
14812339--14812435	30	3.2	30	92	2	151	22	23	32	20	1.98
14812362--14812416	17	3.5	17	69	19	55	21	25	32	20	1.97
14813323--14813368	15	3.1	15	84	9	58	28	0	4	67	1.10
14814358--14814389	16	2.0	17	88	11	50	37	6	0	56	1.25
14814854--14814909	17	3.2	17	69	14	51	58	0	5	35	1.21
14825072--14825105	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
14832465--14832508	6	7.3	6	100	0	88	0	0	63	36	0.95
14833706--14833739	16	2.1	16	94	0	59	55	0	0	44	0.99
14840458--14840493	18	1.9	18	88	5	54	22	0	25	52	1.47
14840614--14840660	19	2.6	18	82	3	58	53	0	2	44	1.12
14840600--14840659	19	3.1	18	76	11	57	53	0	1	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14840926--14840974	22	2.3	21	86	6	71	65	4	0	30	1.11
14862117--14862141	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14883943--14884046	51	2.0	51	81	7	122	54	6	6	31	1.53
14884711--14884777	30	2.2	31	81	2	82	62	0	1	35	1.04
14885001--14885039	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
14889990--14890019	13	2.2	14	94	5	53	20	3	6	70	1.25
14891531--14891570	16	2.3	19	87	12	59	10	2	17	70	1.27
14894688--14894789	51	2.0	51	100	0	204	21	27	19	31	1.97
14901974--14902110	68	2.0	69	92	1	231	37	10	3	47	1.56
14902000--14902132	68	2.0	66	81	8	153	40	9	3	46	1.53
14904065--14904102	15	2.6	15	91	4	60	5	5	23	65	1.34
14925664--14925739	23	3.3	23	94	0	134	22	21	25	31	1.98
14930089--14930118	15	2.0	15	100	0	60	53	6	0	40	1.27
14930369--14930428	27	2.2	27	78	0	66	26	16	38	18	1.92
14931341--14931475	28	4.8	27	73	14	94	54	29	0	15	1.47
14931726--14931770	7	6.4	7	84	0	54	48	26	0	24	1.51
14931714--14931764	21	2.3	22	86	6	68	47	25	0	27	1.53
14932526--14932630	41	2.6	41	84	0	147	18	26	17	38	1.92
14942631--14942669	19	2.1	19	90	0	60	38	12	17	30	1.88
14947950--14947979	8	3.6	8	95	4	51	40	0	0	60	0.97
14955720--14955765	21	2.2	21	96	0	83	54	17	4	23	1.61
14957071--14957095	10	2.5	10	100	0	50	12	60	28	0	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14957144--14957205	26	2.3	27	81	10	74	32	0	1	66	1.02
14964033--14964071	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
14964333--14964411	39	2.0	39	100	0	158	39	12	20	27	1.89
14964770--14964818	21	2.3	21	86	13	66	8	14	12	65	1.47
14966411--14966442	9	3.6	9	100	0	64	34	0	0	65	0.93
14967025--14967067	7	5.7	7	84	10	50	27	0	2	69	1.00
14967024--14967061	8	4.8	8	84	12	51	26	0	2	71	1.00
14969021--14969050	16	1.9	15	93	6	51	3	6	0	90	0.56
14978740--14978796	19	2.9	18	80	19	62	49	7	0	43	1.29
14980333--14980552	37	6.0	37	94	2	383	24	22	16	36	1.94
14980515--14980632	45	2.6	46	89	8	195	26	22	16	34	1.95
15012302--15012349	15	3.2	16	75	21	50	37	0	4	58	1.18
15019475--15019502	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15023956--15023994	18	2.2	18	100	0	78	20	23	15	41	1.90
15034254--15034278	9	2.8	9	100	0	50	52	36	12	0	1.39
15043016--15043071	29	1.9	29	82	7	69	33	28	10	26	1.90
15044591--15044714	46	2.8	46	90	3	191	27	21	16	33	1.95
15044591--15044788	37	4.8	45	83	10	198	26	21	16	35	1.94
15044678--15044815	37	3.7	37	93	0	231	26	21	13	37	1.91
15053634--15053674	21	2.0	21	85	0	55	17	19	21	41	1.90
15054951--15054980	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
15055977--15056098	23	5.3	23	86	0	181	31	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15061976--15062000	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
15062161--15062273	9	12.4	9	89	5	174	38	29	10	22	1.87
15064948--15064981	18	1.9	17	88	5	50	70	2	5	20	1.21
15082773--15082815	22	2.0	20	82	8	50	27	0	4	67	1.10
15109921--15110263	126	2.7	127	89	2	526	25	20	21	32	1.98
15112428--15112462	15	2.4	14	86	9	52	68	2	14	14	1.32
15116397--15116469	31	2.4	30	80	11	85	45	9	4	41	1.56
15117091--15117144	18	3.2	18	71	15	60	40	18	7	33	1.78
15117082--15117144	33	1.9	33	93	0	108	36	17	7	38	1.79
15117081--15117135	17	3.3	17	68	14	51	34	14	5	45	1.68
15120904--15121050	43	3.4	43	82	9	174	31	25	18	24	1.97
15143168--15143215	18	2.6	19	77	6	55	47	0	4	47	1.21
15143393--15143431	19	1.9	20	85	15	53	30	7	0	61	1.24
15149623--15149662	21	2.0	20	85	14	55	2	62	2	32	1.22
15161995--15162047	26	2.0	26	100	0	106	20	15	18	45	1.85
15162085--15162161	21	3.7	21	74	10	68	15	23	18	42	1.88
15164635--15164889	51	5.2	51	84	7	321	32	15	23	29	1.95
15164635--15164889	95	2.6	94	86	4	330	32	15	23	29	1.95
15170418--15170553	24	5.7	26	72	14	82	33	19	27	19	1.96
15172843--15172885	22	2.0	21	86	4	59	44	0	4	51	1.22
15179651--15179731	6	14.4	5	76	14	54	18	0	74	7	1.05
15179657--15179710	17	3.1	17	82	12	65	16	0	77	5	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15179662--15179717	18	3.2	17	82	12	69	19	0	75	5	1.00
15179662--15179731	35	2.0	34	84	15	90	20	0	74	5	1.02
15188770--15188808	17	2.3	17	86	8	53	35	0	23	41	1.55
15191024--15191291	74	3.6	75	78	7	242	34	20	26	18	1.96
15191221--15191325	50	2.1	50	94	0	183	36	17	27	19	1.94
15191039--15191296	25	10.4	25	71	10	190	35	20	26	18	1.95
15191178--15191313	25	5.5	25	75	7	116	35	19	26	18	1.95
15193942--15194154	37	5.8	37	92	0	329	27	20	13	38	1.90
15195134--15195166	12	2.8	12	100	0	66	36	36	0	27	1.57
15202726--15202787	30	2.1	31	82	11	76	40	3	8	48	1.49
15212476--15212511	12	3.0	12	91	0	54	25	33	8	33	1.86
15225728--15225781	22	2.4	23	81	9	67	38	18	27	14	1.90
15233773--15233835	22	3.2	22	64	36	61	41	4	12	41	1.64
15233771--15233841	37	1.9	37	100	0	142	40	5	12	40	1.67
15235385--15235461	35	2.2	36	86	9	113	29	3	15	50	1.62
15236774--15236850	14	5.0	15	72	20	61	41	15	10	32	1.81
15241207--15241252	24	2.0	24	86	4	67	32	0	28	39	1.57
15241622--15241666	6	7.5	6	81	18	58	80	0	2	17	0.82
15241622--15241655	11	3.1	11	87	12	52	82	0	0	17	0.67
15241622--15241676	17	3.1	17	85	14	76	78	0	1	20	0.85
15245307--15245349	18	2.4	18	92	0	68	30	9	20	39	1.84
15248216--15248439	43	5.3	43	86	2	292	22	20	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15252699--15252775	13	5.9	13	90	0	100	28	7	29	33	1.85
15253005--15253052	19	2.6	18	77	9	51	52	0	2	45	1.12
15262400--15262538	46	3.0	46	87	0	188	28	24	10	36	1.88
15269606--15269656	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
15279252--15279287	1	36.0	1	88	0	54	94	5	0	0	0.31
15279237--15279291	9	5.8	9	82	8	56	85	12	1	0	0.68
15287144--15287177	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
15299293--15299326	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15299490--15299521	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
15305414--15305444	15	2.1	15	100	0	62	29	38	6	25	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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