genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  62  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24272945--24273141	98	2.0	98	93	0	340	29	10	22	37	1.87
24273580--24273609	14	2.1	14	93	0	51	0	30	3	66	1.07
24273761--24273811	25	2.0	25	100	0	102	35	0	7	56	1.28
24274145--24274196	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
24278316--24278455	47	3.0	47	90	4	219	39	16	20	24	1.92
24284141--24284199	18	3.2	19	75	15	61	54	0	3	42	1.17
24284477--24284532	29	1.9	29	85	0	76	41	10	12	35	1.78
24286886--24286937	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
24287753--24287788	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
24287809--24287869	4	15.2	4	96	0	113	26	0	22	50	1.49
24289337--24289364	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
24289894--24290307	206	2.0	206	100	0	828	20	12	27	39	1.89
24295870--24295981	54	2.1	54	98	0	215	32	11	10	45	1.75
24296128--24296183	24	2.4	23	82	8	69	44	1	0	53	1.11
24296142--24296175	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
24297169--24297207	21	1.9	20	89	5	60	41	2	2	53	1.28
24297426--24297639	110	2.0	110	85	2	297	41	4	8	45	1.55
24297604--24297640	16	2.3	17	86	9	51	51	0	2	45	1.15
24297888--24297920	17	1.9	17	88	11	50	24	0	0	75	0.80
24297916--24298021	11	10.4	11	69	20	61	38	3	0	57	1.17
24297927--24298013	30	3.0	29	80	20	78	39	2	0	58	1.11
24297906--24298055	41	3.6	40	87	7	203	36	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24303509--24303546	18	2.1	18	100	0	76	23	21	10	44	1.83
24307018--24307185	85	2.0	86	79	1	185	40	25	4	29	1.76
24308024--24308053	4	7.5	4	100	0	60	73	0	0	26	0.84
24308395--24308427	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24327579--24327619	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
24328867--24328904	14	2.5	15	83	8	51	55	0	0	44	0.99
24333398--24333439	20	2.1	20	95	0	75	26	9	11	52	1.68
24341212--24341257	8	5.8	8	80	10	58	0	17	2	80	0.81
24341216--24341264	25	2.0	25	88	8	73	2	16	2	79	0.92
24341571--24341625	26	2.3	22	77	20	56	3	23	9	63	1.40
24343476--24343521	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
24345200--24345240	18	2.3	18	86	0	55	73	9	7	9	1.26
24345589--24345647	28	2.1	29	83	3	75	23	6	8	61	1.49
24346777--24346925	70	2.1	70	98	1	289	34	12	8	45	1.71
24346804--24346949	70	2.1	70	85	2	195	35	15	8	39	1.79
24358917--24358966	24	2.1	24	100	0	100	36	26	8	30	1.85
24362706--24362908	43	4.7	43	85	4	268	22	19	27	31	1.98
24362706--24362908	85	2.4	87	87	5	288	22	19	27	31	1.98
24363106--24363132	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24364305--24364332	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24364568--24364621	24	2.2	24	100	0	108	27	7	11	53	1.63
24368448--24368481	17	1.9	17	88	5	50	52	0	2	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24368385--24368503	43	2.9	40	77	13	125	52	1	5	40	1.33
24368457--24368501	24	1.9	24	82	13	58	57	0	4	37	1.19
24370985--24371050	28	2.4	27	78	16	73	63	4	4	27	1.33
24386901--24386997	3	32.7	3	85	6	126	32	2	2	62	1.18
24387473--24387599	67	2.0	61	86	11	175	13	9	14	62	1.53
24387947--24388255	110	2.8	111	89	2	457	32	15	18	34	1.92
24389272--24389353	31	2.7	30	79	5	94	37	12	9	40	1.76
24389496--24389552	29	1.9	29	92	3	96	50	12	5	31	1.62
24390964--24391035	31	2.4	29	75	6	72	36	5	12	45	1.65
24391491--24391528	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24394340--24394530	36	5.0	36	83	12	229	37	13	20	29	1.90
24394304--24394619	82	3.9	82	77	10	353	35	13	21	28	1.92
24394450--24394515	21	3.5	20	63	25	52	34	12	19	33	1.89
24394340--24394576	118	2.0	118	94	0	411	36	13	20	29	1.92
24394494--24394619	46	2.8	46	92	3	204	33	16	22	27	1.95
24395404--24395453	13	3.7	13	76	10	55	60	4	0	36	1.16
24396893--24396981	31	3.0	30	80	4	99	34	12	13	39	1.82
24402176--24402212	8	4.6	8	86	0	56	59	0	0	40	0.97
24402805--24402860	29	1.9	29	82	7	69	50	10	0	39	1.37
24410421--24410550	68	1.9	68	84	9	178	40	12	20	26	1.88
24414978--24415015	20	1.9	20	89	10	60	63	5	0	31	1.17
24420242--24420303	20	3.1	21	84	9	85	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24420213--24420321	38	2.8	38	76	19	118	50	0	1	47	1.11
24420863--24421024	88	1.9	87	94	5	292	44	21	9	24	1.81
24421145--24421255	38	3.0	36	74	10	98	62	3	6	27	1.36
24422192--24422344	80	1.9	82	86	5	222	46	10	5	37	1.61
24423760--24423790	15	2.0	16	93	6	55	6	3	25	64	1.33
24426518--24426559	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24426509--24426550	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24430977--24431018	20	2.0	21	90	4	68	40	0	7	52	1.29
24431106--24431142	19	2.0	18	89	5	56	40	0	2	56	1.13
24439721--24439776	29	1.9	29	82	13	71	42	0	21	35	1.53
24441531--24441613	43	1.9	43	92	0	139	18	28	27	25	1.98
24446153--24446211	2	29.5	2	82	0	73	50	0	5	44	1.24
24447628--24448280	132	4.8	132	90	4	910	25	25	19	30	1.98
24447762--24448102	44	7.8	44	66	12	180	25	25	18	30	1.98
24447628--24448398	132	5.5	142	86	8	739	26	24	19	29	1.98
24448499--24449022	46	11.4	46	89	0	778	29	29	15	25	1.96
24450181--24450216	13	2.9	13	92	8	58	11	13	0	75	1.06
24450198--24450234	19	1.9	19	88	0	56	8	10	0	81	0.89
24450178--24450226	22	2.4	21	90	10	75	10	12	0	77	0.99
24451059--24451087	9	3.0	10	90	10	51	10	0	10	79	0.94
24458308--24458567	101	2.6	100	85	1	333	28	25	16	30	1.97
24458308--24458567	33	7.8	32	73	9	135	28	25	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24461393--24461432	3	13.0	3	84	5	53	32	2	2	62	1.22
24464231--24464273	13	3.1	14	78	15	54	37	2	0	60	1.10
24464231--24464273	14	3.2	13	77	9	50	37	2	0	60	1.10
24465382--24465442	11	5.3	11	76	21	54	70	1	26	1	1.06
24465376--24465426	11	4.7	10	78	21	50	76	1	21	0	0.88
24467744--24467859	43	2.7	43	84	5	139	17	25	15	42	1.88
24467755--24467859	21	5.0	21	70	11	79	18	25	15	40	1.89
24469211--24469340	43	3.0	43	76	14	133	22	18	27	31	1.97
24473002--24473105	9	11.7	9	75	15	65	38	1	3	55	1.29
24473037--24473105	3	23.3	3	75	8	61	36	2	2	57	1.28
24478775--24478888	56	2.0	56	98	0	219	36	16	7	39	1.76
24481790--24481822	6	5.7	6	89	7	50	27	3	0	69	1.03
24481790--24481822	11	2.8	12	86	9	50	27	3	0	69	1.03
24484108--24484132	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
24486057--24486102	24	1.9	24	86	0	65	30	0	2	67	1.03
24487264--24487296	14	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
24487336--24487365	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24487471--24487532	31	2.0	31	87	0	88	35	9	12	41	1.76
24489324--24489404	42	1.9	42	94	0	144	30	8	20	39	1.83
24498840--24498864	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
24502740--24502784	20	2.2	20	84	0	54	24	17	8	48	1.75
24502757--24502804	20	2.4	20	89	0	69	25	16	2	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24505930--24506120	23	8.3	23	88	0	274	32	25	18	23	1.97
24509911--24509973	31	2.0	32	87	9	94	58	19	4	17	1.56
24511787--24511845	21	2.8	21	76	7	57	54	6	6	32	1.53
24533720--24533966	50	4.8	50	79	3	217	27	20	28	23	1.99
24537924--24537971	17	2.7	18	81	15	55	50	2	0	47	1.12
24538764--24538806	21	2.0	21	90	0	68	37	4	0	58	1.19
24539865--24539920	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
24540140--24540178	20	2.0	20	84	0	51	56	2	0	41	1.13
24540167--24540218	25	2.1	25	82	3	61	44	3	3	48	1.39
24540310--24540352	15	2.7	16	85	7	61	62	0	0	37	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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