genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33106215--33106275	32	1.9	32	89	0	95	26	19	4	49	1.69
33109026--33109153	63	2.0	63	98	0	247	28	6	21	43	1.76
33112342--33112372	4	8.0	4	92	7	55	48	0	0	51	1.00
33116875--33116948	26	2.8	26	85	0	103	41	22	17	17	1.89
33123079--33123155	26	3.0	26	86	0	100	35	22	24	18	1.96
33125996--33126029	15	2.3	15	89	0	50	32	0	8	58	1.29
33126469--33126496	11	2.5	11	100	0	56	25	53	0	21	1.46
33130961--33131286	163	2.0	162	87	3	467	38	18	11	31	1.87
33144875--33144921	24	2.0	24	100	0	94	36	12	25	25	1.92
33146641--33147014	133	2.8	134	84	1	464	29	14	14	40	1.86
33146833--33147215	206	1.9	206	83	1	507	29	14	15	40	1.86
33147038--33147491	134	3.4	134	79	4	441	31	15	13	38	1.87
33153062--33153413	50	7.0	50	79	4	309	26	16	26	30	1.97
33153120--33153398	51	5.5	49	81	7	247	27	16	25	30	1.97
33153061--33153413	152	2.3	151	80	7	387	27	16	26	30	1.97
33160824--33160867	20	2.2	20	84	11	56	59	4	2	34	1.30
33161048--33161127	10	8.5	10	71	20	57	35	1	1	62	1.11
33161060--33161128	9	7.6	9	71	12	52	37	1	0	60	1.06
33161032--33161151	44	2.6	44	83	10	134	35	0	1	62	1.11
33162282--33162339	5	11.6	5	100	0	116	39	0	0	60	0.97
33167782--33167825	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
33167871--33167958	45	2.0	45	93	4	151	32	22	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33167969--33168155	51	3.7	50	78	4	196	32	27	17	23	1.96
33167968--33168151	101	1.8	100	86	3	253	32	26	17	23	1.96
33168432--33168524	45	2.1	45	100	0	186	23	21	10	44	1.84
33172861--33172918	28	2.1	28	96	0	107	44	22	8	24	1.80
33176480--33176505	9	2.9	9	100	0	52	57	7	23	11	1.59
33179541--33179567	14	1.9	14	100	0	54	74	0	25	0	0.83
33180186--33180210	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
33180249--33180354	29	3.4	32	75	9	119	59	3	8	28	1.44
33180601--33180661	29	2.1	30	87	9	90	32	14	6	45	1.71
33188319--33188472	45	3.5	43	82	6	182	42	11	19	26	1.86
33190823--33190889	25	2.7	25	81	9	66	23	22	23	29	1.99
33194981--33195037	20	2.8	20	86	0	69	22	31	0	45	1.53
33199311--33199350	21	1.9	21	90	10	64	50	17	5	27	1.67
33201351--33201378	11	2.5	11	100	0	56	67	0	0	32	0.91
33210373--33210415	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
33218258--33218292	9	3.8	9	85	7	52	34	0	40	25	1.56
33218613--33218709	33	2.9	34	72	17	85	45	3	1	50	1.24
33218870--33218917	13	3.7	13	82	0	60	39	22	2	35	1.66
33218857--33218912	26	2.2	26	80	6	60	39	21	1	37	1.64
33220152--33220181	3	10.0	3	92	0	51	30	0	66	3	1.07
33220147--33220178	15	2.1	15	94	0	55	25	3	65	6	1.31
33224942--33225112	85	2.0	85	100	0	342	25	12	19	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33225529--33225586	29	2.0	29	86	0	80	32	1	34	31	1.68
33225866--33225948	3	30.0	3	67	16	54	67	1	27	3	1.15
33225883--33225951	11	6.4	11	75	9	61	66	0	28	4	1.10
33225866--33225932	16	3.9	16	76	16	64	68	1	26	2	1.12
33225866--33225953	43	2.0	44	84	6	117	68	1	27	3	1.13
33225894--33225945	16	3.1	18	81	18	67	67	0	28	3	1.08
33228307--33228340	14	2.3	15	90	5	52	41	0	2	55	1.15
33236462--33236588	67	1.9	67	93	0	218	29	32	18	20	1.96
33236740--33236855	57	2.0	59	85	10	157	25	23	21	29	1.99
33239009--33239036	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
33239107--33239176	36	1.9	36	91	5	115	21	18	18	41	1.91
33241945--33242083	27	5.3	26	80	10	158	17	16	20	46	1.85
33241965--33242084	25	4.6	26	81	11	131	16	16	20	46	1.84
33241951--33242084	52	2.5	52	82	11	182	17	17	20	44	1.86
33256042--33256116	26	2.9	26	82	4	71	29	20	16	34	1.94
33258022--33258069	20	2.3	21	75	10	55	41	0	12	45	1.42
33281977--33282016	20	2.0	20	100	0	80	25	35	5	35	1.78
33285102--33285154	14	3.8	13	79	18	54	43	0	1	54	1.11
33286401--33286603	32	6.4	32	82	2	230	40	18	19	21	1.91
33286791--33286856	23	2.8	24	76	4	71	48	27	6	18	1.71
33286870--33287153	27	10.5	27	80	4	250	24	17	20	37	1.94
33286870--33287144	81	3.4	81	81	2	282	24	18	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33298260--33298301	22	2.0	22	86	13	61	23	33	16	26	1.96
33305767--33305933	41	4.0	41	85	1	217	34	17	29	18	1.94
33305850--33305915	20	3.3	20	68	14	55	33	19	33	13	1.91
33322148--33322187	19	2.0	19	85	9	53	62	10	10	17	1.53
33331748--33331778	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
33331830--33331866	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
33332075--33332134	30	2.0	31	83	9	79	20	38	1	40	1.62
33332781--33332848	31	2.2	31	100	0	136	23	30	13	32	1.93
33334651--33334689	12	3.2	12	85	0	51	64	10	15	10	1.50
33336083--33336228	28	5.2	29	83	6	167	30	22	21	25	1.99
33336083--33336230	56	2.6	56	85	4	208	30	22	22	25	1.99
33336329--33336407	26	3.0	26	81	0	104	36	24	18	20	1.95
33336643--33336893	81	3.1	80	80	4	281	19	15	20	44	1.87
33336641--33336893	27	9.4	27	79	3	242	19	16	20	43	1.87
33337182--33337241	20	3.2	19	81	11	54	21	41	20	16	1.90
33338294--33338423	27	4.8	27	74	7	111	23	13	20	43	1.86
33339824--33339890	33	2.0	33	100	0	134	20	23	11	43	1.85
33342745--33342916	28	6.0	28	79	8	141	29	23	23	24	1.99
33342780--33342920	56	2.5	56	84	7	187	29	22	22	24	1.99
33342973--33343087	28	3.8	33	80	5	88	25	23	24	26	2.00
33343006--33343112	28	3.8	28	87	2	144	28	22	23	26	1.99
33343001--33343113	56	2.0	55	89	5	174	28	23	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33342737--33343191	227	2.0	227	92	0	759	29	26	20	23	1.99
33343253--33343333	26	3.1	26	77	7	92	37	20	19	22	1.95
33343564--33343897	27	12.4	27	82	3	334	18	17	18	44	1.87
33343537--33343955	27	15.5	27	78	8	311	19	17	18	44	1.87
33344203--33344246	20	2.2	19	84	15	54	18	40	20	20	1.91
33350489--33350513	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
33352008--33352040	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
33353170--33353256	45	1.9	45	90	0	138	35	21	14	27	1.93
33353258--33353452	51	3.9	50	77	6	187	29	27	18	24	1.98
33353265--33353449	101	1.8	101	88	3	282	30	26	18	24	1.98
33356919--33357004	40	2.1	40	95	2	154	27	12	18	40	1.87
33359282--33359359	28	2.8	28	96	0	138	28	26	24	20	1.99
33359512--33359716	32	6.4	32	86	2	250	40	20	16	22	1.91
33359531--33359718	96	2.0	96	88	2	279	40	19	15	23	1.90
33359837--33359946	24	4.6	24	82	4	114	44	22	8	24	1.80
33359968--33360299	27	12.3	27	82	4	357	25	24	18	32	1.97
33359968--33360326	81	4.4	81	83	0	441	24	23	18	32	1.97
33360291--33360431	27	5.3	26	79	11	117	24	17	17	41	1.90
33360347--33360428	26	3.1	25	86	10	110	24	15	17	42	1.88
33360320--33360428	53	2.1	53	82	6	132	23	16	17	42	1.89
33365094--33365247	77	2.0	77	96	0	281	42	17	9	30	1.80
33374760--33374820	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33378536--33378575	21	1.9	21	84	0	53	27	7	12	52	1.66
33382268--33382339	36	2.0	36	94	0	126	40	18	23	18	1.91
33391930--33391976	25	1.9	25	86	4	69	21	0	2	76	0.89
33398072--33398104	5	6.4	5	96	3	57	36	0	0	63	0.95
33398876--33398998	28	4.4	28	87	5	187	29	23	24	22	1.99
33398843--33399003	56	2.7	60	77	13	163	27	23	24	23	2.00
33399101--33399174	26	2.8	26	78	10	80	35	25	21	17	1.95
33399387--33399585	27	7.4	27	84	7	226	20	16	20	42	1.89
33399415--33399585	27	6.3	27	88	2	236	19	16	20	42	1.89
33411973--33412055	26	3.2	26	65	21	66	28	10	26	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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