genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28100954--28101229	148	1.9	146	84	5	367	30	21	17	30	1.96
28101099--28101333	104	2.3	104	84	1	292	31	20	17	31	1.95
28101339--28101430	44	2.1	44	83	0	112	26	26	20	27	1.99
28101703--28101761	24	2.5	24	85	0	82	27	23	13	35	1.92
28102233--28102437	108	1.9	107	85	1	284	46	10	17	25	1.80
28102763--28102812	12	4.3	12	87	7	77	2	14	0	84	0.72
28102762--28102822	7	8.7	7	82	13	65	3	13	0	83	0.76
28102762--28102824	23	2.7	23	90	5	90	3	12	0	84	0.75
28102765--28102823	30	2.0	30	90	6	93	3	13	0	83	0.78
28103378--28103436	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
28103418--28103485	11	6.4	11	75	17	63	60	0	2	36	1.12
28103409--28103541	41	3.3	41	86	5	182	63	0	2	33	1.07
28103452--28103514	29	2.1	30	82	8	76	61	0	3	34	1.12
28103471--28103541	28	2.6	27	82	12	83	66	0	1	32	1.01
28103469--28103549	27	3.0	27	75	15	85	64	0	1	34	1.02
28107090--28107365	107	2.6	107	92	0	453	34	19	15	30	1.93
28107954--28107979	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28108290--28108355	3	22.7	3	89	6	100	66	1	1	30	1.10
28114374--28114430	18	3.3	18	83	9	66	40	49	1	8	1.44
28114386--28114430	5	8.4	5	86	13	63	40	55	0	4	1.20
28114489--28114523	8	4.4	8	100	0	70	54	11	11	22	1.68
28122499--28122802	59	5.1	58	66	20	205	41	1	6	49	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28122498--28122805	61	5.1	60	68	17	244	41	1	6	49	1.40
28122550--28122591	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28122425--28122837	120	3.4	120	94	0	711	41	2	5	50	1.39
28122985--28123075	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
28123054--28123123	16	4.4	16	92	0	95	32	34	0	32	1.58
28123052--28123113	32	1.9	32	93	0	106	29	35	0	35	1.58
28125972--28126014	3	14.3	3	85	9	61	65	0	34	0	0.93
28126183--28126454	19	13.7	20	66	20	99	32	0	12	54	1.41
28126185--28126370	22	9.0	21	73	15	163	32	0	12	55	1.37
28126310--28126538	19	13.1	19	66	24	137	31	0	13	53	1.46
28126185--28126370	41	4.5	40	74	17	175	32	0	12	55	1.37
28126329--28126534	22	8.7	23	74	21	153	31	0	13	53	1.46
28126412--28126538	27	5.1	26	78	18	146	32	0	13	53	1.45
28126308--28126517	89	2.3	91	93	3	352	31	0	13	54	1.45
28126319--28126534	49	4.5	49	78	19	251	32	0	13	53	1.46
28126383--28126517	40	3.1	41	76	20	157	30	1	14	54	1.49
28126734--28126807	38	1.9	38	97	0	139	54	4	2	39	1.34
28128583--28128683	6	16.8	6	96	0	184	32	32	34	0	1.58
28131341--28131414	22	3.6	21	82	15	93	56	13	1	28	1.45
28131333--28131590	41	6.1	40	71	21	186	54	13	0	32	1.42
28131426--28131588	20	7.9	22	72	15	102	54	12	0	32	1.38
28131373--28131476	52	2.0	52	90	0	163	51	12	0	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28131333--28131590	19	13.2	19	69	19	149	54	13	0	32	1.42
28131758--28131801	3	15.3	3	88	9	56	0	38	0	61	0.96
28131754--28131802	14	3.6	14	91	2	73	0	38	0	61	0.96
28131754--28131801	17	2.9	17	90	3	71	0	37	0	62	0.95
28131762--28131808	11	4.5	11	82	12	55	0	40	0	59	0.97
28131756--28131813	17	3.6	16	77	15	66	0	39	0	60	0.97
28131764--28131813	14	3.6	13	86	5	55	0	40	0	60	0.97
28134235--28134274	21	2.0	21	85	9	57	62	5	2	30	1.29
28144760--28144798	19	2.1	19	85	4	53	33	2	2	61	1.23
28147992--28148052	23	2.6	23	86	2	77	34	21	19	24	1.96
28148971--28149017	15	3.0	16	75	6	51	59	4	31	4	1.36
28157662--28157690	14	2.1	14	100	0	58	34	17	0	48	1.47
28157657--28157696	14	2.6	15	84	15	55	35	17	2	45	1.62
28163447--28163497	16	3.2	16	75	5	50	43	1	1	52	1.23
28163650--28163690	21	1.9	22	90	5	66	31	0	7	60	1.24
28174163--28174187	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
28179123--28179460	167	2.0	167	100	0	676	21	19	28	30	1.97
28181464--28181499	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
28183194--28183260	30	2.2	30	81	7	73	19	50	0	29	1.48
28186058--28186145	44	2.0	44	86	4	124	38	15	22	22	1.92
28186044--28186145	22	4.6	22	80	4	107	42	15	21	20	1.89
28186646--28186728	42	2.0	42	87	0	121	27	26	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28189526--28189560	17	2.0	17	88	5	52	34	8	5	51	1.56
28190391--28190416	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28192421--28192454	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
28192551--28192612	22	2.9	22	92	4	101	33	6	0	59	1.23
28192562--28192632	8	9.1	8	76	11	58	36	8	1	53	1.40
28192549--28192625	10	7.2	11	75	12	63	36	5	1	57	1.30
28196061--28196099	18	2.2	18	85	0	51	61	7	2	28	1.37
28196310--28196339	5	5.8	5	92	7	51	83	0	0	16	0.65
28197694--28197720	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
28198081--28198133	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
28198864--28198916	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
28199033--28199085	21	2.5	21	87	0	79	28	7	33	30	1.85
28200241--28200273	16	2.1	16	100	0	66	27	12	12	48	1.76
28200342--28200865	190	2.8	189	86	0	735	29	20	18	31	1.96
28200753--28200864	44	2.5	45	85	4	138	28	22	19	29	1.98
28205132--28205219	44	2.0	44	97	0	167	31	23	18	26	1.97
28206410--28206478	27	2.7	26	82	10	72	31	26	0	42	1.56
28206622--28206660	3	13.0	3	83	0	51	61	5	0	33	1.18
28207422--28207461	19	2.2	19	90	4	64	15	12	0	72	1.12
28211697--28211741	19	2.4	19	85	7	56	46	6	20	26	1.75
28215287--28215363	3	25.3	3	71	7	57	59	3	6	29	1.40
28215290--28215354	24	2.7	24	83	9	71	60	4	6	29	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28222502--28222534	16	2.0	17	88	5	50	27	12	15	45	1.81
28223587--28223643	23	2.5	21	80	11	60	31	0	3	64	1.10
28223621--28223685	19	3.4	18	85	6	76	38	1	6	53	1.35
28224571--28224621	26	1.9	27	88	11	79	50	17	13	17	1.77
28227737--28227850	51	2.2	51	87	6	158	44	7	21	27	1.77
28231201--28231285	5	17.0	5	90	9	138	60	0	0	40	0.97
28232597--28232640	22	2.0	23	82	13	56	70	0	9	20	1.14
28233674--28233736	26	2.5	25	90	7	101	36	1	23	38	1.65
28237086--28237116	12	2.6	12	94	0	53	58	12	0	29	1.35
28239314--28239353	20	2.0	20	85	0	53	62	10	5	22	1.46
28239923--28239948	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
28246886--28246929	2	24.0	2	82	17	60	45	0	0	54	0.99
28246887--28246955	10	6.7	10	81	6	50	52	0	1	46	1.09
28246964--28247025	5	12.6	5	71	21	51	77	3	19	0	0.90
28246964--28247026	25	2.5	24	90	10	92	76	3	20	0	0.93
28246965--28247026	29	2.1	29	85	5	81	75	3	20	0	0.94
28247883--28247991	41	2.8	38	79	10	121	26	14	22	36	1.93
28249946--28249981	18	2.0	18	89	10	56	66	5	0	27	1.13
28249950--28250259	10	32.4	9	66	18	51	63	4	2	29	1.27
28250008--28250129	17	6.8	18	73	20	78	63	2	2	31	1.21
28250009--28250109	8	11.5	8	73	16	69	65	1	2	29	1.18
28250188--28250264	19	4.0	20	71	17	63	61	2	3	32	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28250866--28250905	21	2.0	20	85	5	53	27	5	0	67	1.11
28251448--28251481	17	1.9	18	88	5	52	11	8	8	70	1.34
28254225--28254410	50	3.7	50	91	2	266	28	16	25	29	1.96
28255524--28255575	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
28257234--28257324	44	2.1	44	87	4	130	27	10	13	48	1.75
28262841--28263063	45	5.0	45	80	8	251	28	19	22	29	1.98
28262855--28263063	89	2.4	88	87	0	310	27	19	23	29	1.98
28265337--28265401	32	2.0	32	100	0	130	33	21	6	38	1.78
28265804--28265863	30	2.0	31	86	3	86	20	36	0	43	1.52
28284198--28284323	43	3.1	43	60	25	101	21	15	4	58	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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