Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  52  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21231115--21231202
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3.6
25
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1
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2.0
137
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0
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0
0
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3.0
11
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50
21
0
0
78
0.75
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0
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0
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35
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0
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0
0
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29
24
0
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1.53
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11
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50
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50
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4
279
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23
29
20
1.99
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100
2.4
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29
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1.99
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0
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13
134
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20
24
27
1.99
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87
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20
24
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25
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1.41
21280693--21280792
22
4.4
22
72
15
69
63
7
4
26
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21280739--21280800
22
2.6
22
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10
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66
8
6
19
1.40
21283168--21283415
134
1.9
134
94
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25
11
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2.1
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0
0
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63
25
52
34
9
19
36
1.84
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2
25.5
2
95
4
93
52
0
0
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1.00
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2
22.0
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100
0
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0
0
50
1.00
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31
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29
1.78
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100
0
100
34
0
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3.3
10
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12
50
0
9
0
90
0.44
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12
31
1.89
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19
5.9
19
69
17
58
62
0
3
33
1.18
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32
2.0
32
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0
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1
1
31
1.12
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42
2.9
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1
2
33
1.18
21307948--21308092
21
7.2
20
69
16
86
62
2
2
32
1.21
21307987--21308092
10
10.2
10
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63
1
1
33
1.16
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17
2.0
16
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5
57
18
9
0
72
1.10
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2.4
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10
148
30
4
2
62
1.27
21308334--21308425
27
3.2
29
83
7
118
35
2
2
59
1.21
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18
3.0
18
89
2
74
27
0
3
69
1.05
21308343--21308462
10
12.5
10
65
18
51
30
1
2
65
1.16
21313057--21313100
11
4.0
11
82
8
54
11
2
4
81
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21318049--21318751
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9
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16
21
30
1.96
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4.4
85
68
10
230
32
16
20
30
1.95
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129
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0
1244
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16
21
30
1.96
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2
15.5
2
100
0
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0
0
51
1.00
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2.4
29
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2
77
44
2
5
47
1.41
21323093--21323160
31
2.3
30
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29
5
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50
1.67
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1.9
62
100
0
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18
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34
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24
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0
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9
27
19
1.82
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3.0
21
73
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58
18
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17
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1.91
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21
2.2
21
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7
58
8
22
22
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1.79
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18
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64
0
0
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0.94
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46
0
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46
1.30
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32
0
2
64
1.08
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100
0
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100
0
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0
0
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230
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1.82
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0
0
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19
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68
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1.00
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32
1.20
21367448--21367492
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2.1
21
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26
1.46
21367710--21367756
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36
2
2
59
1.21
21367679--21367739
27
2.2
29
77
11
74
36
1
3
59
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21367661--21367767
47
2.3
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10
125
35
1
3
58
1.26
21368156--21368410
129
2.1
121
86
7
343
22
12
15
49
1.78
21368242--21368410
65
2.6
64
72
6
162
21
13
15
49
1.78
21368216--21368408
64
3.0
63
71
8
165
21
13
16
48
1.80
21393121--21393252
60
2.2
59
82
4
149
28
34
7
29
1.85
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2.0
92
96
0
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30
16
22
30
1.96
21404612--21404645
16
2.1
16
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50
47
0
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47
1.26
21407317--21407349
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0
0
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1.00
21413301--21413330
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12
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53
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0
23
0
0.78
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29
2.6
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4
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14
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0
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1.25
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20
1.9
19
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58
57
7
0
34
1.28
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19
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19
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56
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0
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1.11
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3
100
0
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0
33
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1.58
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24
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24
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2
4
56
1.31
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2.5
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13
131
29
2
4
63
1.26
21450327--21450542
68
3.0
70
88
7
287
45
10
6
37
1.63
21450440--21450473
16
2.1
16
94
0
59
58
14
0
26
1.36
21450548--21450589
16
2.6
16
92
0
66
42
7
2
47
1.43
21451507--21451546
19
2.1
19
86
9
55
32
5
0
62
1.17
21451530--21451586
26
2.2
26
84
6
71
43
0
3
52
1.18
21453655--21453698
22
2.0
22
90
0
70
29
34
13
22
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21467253--21467302
22
2.2
22
85
3
64
54
0
2
44
1.11
21467844--21467904
23
2.6
22
82
7
59
49
0
1
49
1.10
21468297--21468335
11
3.4
11
80
13
51
51
0
2
46
1.14
21468315--21468352
14
2.4
17
87
12
55
47
0
0
52
1.00
21468482--21468546
3
21.7
3
90
0
103
35
3
0
61
1.12
21489223--21489260
16
2.3
17
81
4
51
71
0
2
26
1.00
21494944--21494976
14
2.4
14
90
5
50
39
6
0
54
1.25
21508631--21508762
67
2.0
67
83
4
167
31
16
28
23
1.96
21509905--21509967
3
21.0
3
100
0
126
66
0
33
0
0.92
21511320--21511383
22
3.0
22
83
4
85
39
20
3
37
1.68
21511312--21511377
21
3.2
21
83
8
82
45
16
3
34
1.63
21516749--21516790
20
2.1
20
86
0
57
47
0
7
45
1.30
21518850--21518878
15
1.9
15
100
0
58
48
6
6
37
1.57
21521980--21522724
371
2.0
371
93
1
1260
26
18
16
38
1.92
21527422--21527478
29
1.9
30
92
3
98
56
5
0
38
1.22
21527434--21527498
29
2.2
29
83
5
76
53
7
3
35
1.45
21536250--21536308
32
1.9
30
86
6
82
50
1
6
40
1.39
21538968--21539049
26
3.2
26
84
3
103
42
19
17
20
1.89
21539620--21539645
11
2.4
11
100
0
52
19
19
7
53
1.68
21540768--21540796
8
3.6
8
100
0
58
24
0
0
75
0.80
21544280--21544318
13
3.2
13
79
20
57
46
5
5
43
1.48
21544373--21544399
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21545487--21545543
29
1.9
29
89
3
87
56
7
0
36
1.27
21545499--21545563
29
2.2
29
83
5
76
53
7
3
35
1.45
21549555--21549584
16
1.9
16
93
6
53
46
0
0
53
1.00
21554785--21554832
25
1.9
25
95
0
87
37
4
12
45
1.61
21555607--21555645
20
2.0
20
89
0
60
15
28
0
56
1.40
21556524--21556550
7
3.9
7
100
0
54
14
11
44
29
1.80
21556882--21557010
43
3.0
43
96
0
231
44
3
22
28
1.70
21559327--21559364
10
3.7
10
83
16
51
57
0
0
42
0.98
21578932--21578967
16
2.2
17
90
5
56
41
11
0
47
1.39
21585369--21585458
3
30.0
3
73
12
69
31
3
5
60
1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226