genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13023183--13023366	46	4.0	46	93	1	307	28	27	10	34	1.89
13023183--13023366	91	2.0	92	92	1	307	28	27	10	34	1.89
13024579--13024626	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
13029189--13029246	29	2.0	29	93	0	98	31	20	6	41	1.79
13038135--13038165	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
13047182--13047241	29	2.0	29	83	6	75	51	16	10	21	1.73
13049017--13049065	2	24.5	2	95	0	89	48	0	2	48	1.12
13049305--13049329	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
13050398--13050509	41	2.7	41	84	5	154	24	19	22	33	1.97
13050485--13050525	16	2.6	16	80	0	55	17	21	24	36	1.94
13051185--13051218	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
13051373--13051541	22	7.4	22	71	10	90	24	11	20	43	1.84
13051316--13051674	69	5.2	69	93	0	592	26	8	20	44	1.80
13051341--13051551	45	4.6	45	69	15	155	24	9	20	45	1.81
13053469--13053550	25	3.3	26	76	6	71	20	21	14	42	1.88
13053532--13053574	22	2.0	22	90	0	68	13	27	20	37	1.91
13054264--13054375	57	1.9	58	83	1	145	40	17	20	21	1.92
13063491--13064148	326	2.0	326	93	0	1127	25	24	19	30	1.98
13064736--13065000	84	3.2	84	94	0	458	23	26	18	32	1.97
13065725--13065785	17	3.4	17	70	12	59	50	14	3	31	1.59
13065716--13065811	37	2.6	36	91	6	149	48	14	5	31	1.66
13065925--13066020	39	2.5	39	96	1	176	18	3	26	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13065933--13066014	38	2.3	33	84	14	94	18	2	26	52	1.58
13066005--13066032	6	4.7	6	100	0	56	17	0	14	67	1.22
13066033--13066074	5	7.8	5	85	15	57	4	0	54	40	1.21
13066032--13066056	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
13068477--13068661	37	5.0	37	93	0	298	27	20	13	38	1.90
13073006--13073107	51	2.0	51	94	0	177	29	21	16	32	1.95
13075435--13075496	21	3.0	21	82	0	79	17	35	11	35	1.86
13082252--13082373	42	2.9	42	83	2	147	16	20	18	45	1.86
13082365--13082412	21	2.3	21	100	0	96	14	29	18	37	1.91
13083450--13083512	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
13083444--13083515	37	1.9	37	94	0	126	47	15	2	34	1.60
13083645--13083741	39	2.5	39	91	1	151	20	5	24	49	1.69
13083726--13083759	6	5.7	6	100	0	68	17	0	14	67	1.23
13083759--13083783	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
13084828--13084884	21	2.7	21	80	0	78	19	26	15	38	1.92
13100750--13101102	176	2.0	175	85	4	476	16	33	17	32	1.92
13105798--13105835	11	3.5	11	100	0	76	57	0	0	42	0.98
13106283--13106310	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
13122506--13122533	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
13122713--13122773	30	2.0	31	84	9	81	19	36	0	44	1.51
13122854--13122911	17	3.2	17	79	16	55	25	27	0	46	1.53
13123420--13123445	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13123535--13123565	5	6.2	5	92	0	53	22	19	16	41	1.89
13135169--13135204	18	2.0	18	94	0	63	25	33	0	41	1.55
13149961--13150166	108	1.9	108	86	2	297	49	6	9	34	1.62
13153776--13153926	33	4.4	33	74	11	126	34	15	23	27	1.94
13154437--13154497	18	3.3	18	65	17	52	50	3	14	31	1.59
13154427--13154502	38	2.0	38	100	0	152	50	2	15	31	1.58
13155713--13155756	22	2.0	22	86	0	61	63	2	4	29	1.26
13162865--13162899	17	2.1	17	94	0	61	42	11	14	31	1.81
13163232--13163333	40	2.5	40	85	0	132	28	22	18	30	1.97
13166343--13166387	18	2.5	18	100	0	90	42	4	13	40	1.64
13168045--13168073	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
13168675--13168827	45	3.4	45	88	4	227	41	20	18	19	1.91
13168679--13168854	45	4.2	39	76	20	142	39	21	19	19	1.92
13171950--13171980	10	3.1	10	100	0	62	19	38	19	22	1.93
13173299--13173353	5	11.2	5	74	18	53	58	1	0	40	1.09
13173297--13173349	27	2.0	25	89	7	79	54	1	0	43	1.11
13175064--13175201	45	3.0	44	85	7	186	37	10	23	28	1.87
13180931--13180981	26	2.0	26	96	0	93	47	0	17	35	1.48
13180940--13180985	20	2.3	20	81	7	58	50	0	15	34	1.44
13182942--13183048	23	4.9	23	81	11	127	36	23	22	17	1.95
13184297--13184334	3	13.0	3	88	5	60	63	0	0	36	0.95
13189991--13190137	72	2.0	72	100	0	294	27	20	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13199453--13199484	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
13199706--13199819	29	3.9	29	74	13	108	29	21	6	42	1.77
13200220--13200283	13	4.9	12	77	19	58	79	7	9	3	1.02
13200564--13200608	16	2.8	16	82	0	54	82	2	13	2	0.86
13200744--13200807	18	3.5	18	76	19	78	26	40	28	4	1.76
13201452--13201564	18	6.3	18	77	14	85	30	14	12	42	1.82
13201445--13201533	16	5.3	17	77	18	89	37	13	11	38	1.81
13201493--13201551	19	3.0	20	78	14	77	37	11	10	40	1.76
13201493--13201590	18	5.3	18	69	22	69	40	10	10	38	1.73
13201604--13201715	18	6.5	18	69	17	85	33	12	9	44	1.75
13209295--13209344	24	2.1	24	100	0	100	42	8	36	14	1.74
13210068--13210122	28	2.0	27	82	10	67	36	9	9	45	1.68
13213867--13213900	3	11.3	3	93	0	59	0	29	0	70	0.87
13217273--13217298	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
13217747--13217794	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
13219836--13219862	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
13232050--13232077	6	4.7	6	100	0	56	14	0	67	17	1.22
13233063--13233146	41	2.0	41	97	0	159	41	20	2	35	1.65
13233991--13234029	18	2.2	18	86	4	53	58	0	0	41	0.98
13248799--13248933	25	5.6	25	79	7	131	39	17	23	19	1.92
13249799--13249850	26	2.0	27	85	11	72	0	32	1	65	1.04
13249944--13249990	23	2.0	23	87	0	67	44	10	6	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13267289--13267329	21	1.9	22	85	5	57	65	0	9	24	1.22
13270438--13270518	39	2.1	39	97	0	153	22	12	29	35	1.91
13284728--13284787	30	2.0	30	100	0	120	23	13	20	43	1.86
13286991--13287018	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13290100--13290148	17	2.7	19	81	15	59	40	4	0	55	1.19
13290667--13290699	3	11.3	3	93	6	59	66	0	33	0	0.92
13290835--13290995	60	2.6	59	80	5	171	33	0	11	54	1.40
13290876--13290994	60	2.0	60	91	0	193	35	0	11	52	1.38
13291108--13291146	16	2.4	16	91	0	69	33	2	5	58	1.33
13293233--13293275	2	21.5	2	95	0	77	48	0	0	51	1.00
13303498--13303595	45	2.2	44	87	1	133	33	5	29	31	1.79
13303732--13303965	26	9.2	26	67	20	104	52	3	1	42	1.26
13303752--13303868	18	6.9	18	64	20	63	57	1	0	40	1.15
13303767--13303815	24	2.1	22	85	14	64	55	2	2	40	1.23
13303786--13303841	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
13303791--13303989	59	3.3	59	72	14	210	54	3	1	41	1.24
13303769--13304011	120	2.0	120	98	0	468	51	4	1	42	1.30
13307972--13308014	9	4.8	9	97	0	68	44	16	11	27	1.82
13315519--13315552	17	2.0	17	100	0	68	52	17	23	5	1.66
13327419--13327462	18	2.4	18	84	3	52	56	2	2	38	1.24
13343155--13343229	29	2.6	29	91	4	107	49	13	14	22	1.78
13348367--13348414	21	2.3	22	79	17	57	47	2	2	47	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13348441--13348486	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
13356699--13356724	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
13361169--13361217	22	2.2	22	78	7	55	30	4	2	63	1.24
13364383--13364411	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
13370364--13370397	14	2.4	14	90	0	50	38	8	23	29	1.85
13370385--13370424	20	2.0	20	90	0	62	30	10	12	47	1.74
13370371--13370440	14	4.5	15	72	19	54	31	10	17	41	1.82
13370524--13370566	18	2.4	18	80	7	52	32	2	2	62	1.20
13370510--13370652	72	2.0	71	93	1	241	32	4	6	56	1.44
13370725--13370787	34	1.9	32	93	6	108	41	4	9	44	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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