genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  163  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52068888--52068920	16	2.2	15	89	10	50	0	15	3	81	0.80
52068955--52069002	17	2.8	17	83	3	60	2	31	41	25	1.67
52069252--52069307	4	15.0	4	78	17	59	0	25	0	75	0.81
52069235--52069307	11	6.4	11	79	16	69	0	26	0	73	0.83
52069226--52069311	30	2.9	29	76	11	93	1	25	0	73	0.91
52069223--52069274	26	2.0	26	85	11	70	1	23	0	75	0.91
52069685--52069709	13	1.9	13	100	0	50	40	40	0	20	1.52
52069815--52069908	9	10.4	9	87	0	125	24	9	25	40	1.85
52070231--52070347	29	4.0	29	84	3	137	42	2	22	32	1.67
52070499--52070528	6	5.0	6	91	0	51	80	0	0	20	0.72
52070525--52070585	26	2.5	24	80	15	72	44	1	0	54	1.10
52070527--52070603	25	3.1	26	73	14	72	48	1	0	50	1.09
52070577--52070641	19	3.3	19	75	12	67	58	1	3	36	1.23
52070851--52070905	24	2.3	23	82	14	60	60	5	0	34	1.20
52071551--52071595	20	2.1	22	92	8	76	40	0	0	60	0.97
52072230--52072318	30	3.0	30	80	6	108	31	26	4	37	1.77
52072280--52072367	45	1.9	46	81	6	108	36	19	4	39	1.72
52072716--52072769	16	3.3	15	78	19	54	74	7	18	0	1.05
52072708--52072764	20	2.7	22	81	8	73	75	7	17	0	1.02
52072865--52072956	7	13.0	7	78	13	73	78	0	21	0	0.76
52072865--52072956	6	15.2	6	73	18	75	78	0	21	0	0.76
52072862--52072956	35	2.6	38	82	15	130	77	0	22	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52072867--52072954	45	2.0	42	87	10	124	77	0	22	0	0.77
52073569--52073709	18	7.8	17	74	14	113	31	14	10	42	1.80
52073569--52073709	17	7.8	18	74	11	119	31	14	10	42	1.80
52073561--52073709	35	4.1	35	77	12	142	35	14	10	40	1.79
52073571--52073675	39	2.8	39	84	5	144	35	12	10	41	1.77
52073571--52073709	19	7.6	19	71	16	73	32	14	10	42	1.80
52073689--52073742	28	1.9	28	92	0	90	44	12	7	35	1.71
52073802--52073857	17	3.3	17	72	18	62	37	10	16	35	1.83
52073891--52073994	36	2.9	37	85	8	126	29	15	12	42	1.84
52073923--52074015	18	5.0	19	77	14	97	31	10	10	47	1.73
52073892--52073995	54	1.9	54	86	0	145	30	15	12	41	1.84
52073891--52073996	18	5.9	18	75	13	103	30	15	12	42	1.83
52073923--52074014	36	2.5	37	87	12	127	31	10	10	46	1.73
52073892--52074030	54	2.6	53	80	7	140	30	13	12	43	1.81
52075761--52075881	51	2.6	44	75	18	127	26	23	15	33	1.95
52075773--52075871	51	1.9	51	91	4	164	26	23	18	32	1.97
52086044--52086082	20	2.1	19	85	9	53	41	2	0	56	1.13
52090334--52090539	105	2.0	105	80	1	234	28	27	14	29	1.95
52093995--52094072	36	2.1	37	83	2	95	41	16	6	35	1.74
52094297--52094394	41	2.4	41	89	3	144	23	28	21	26	1.99
52094366--52094419	25	2.2	25	96	0	99	22	27	20	29	1.98
52094323--52094460	66	2.1	66	91	0	222	23	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52094391--52094594	41	5.0	41	87	2	302	23	25	20	30	1.98
52094300--52094498	107	1.9	107	91	2	328	23	27	21	28	1.99
52094388--52094628	123	2.0	122	85	9	330	23	26	20	29	1.99
52094931--52095120	78	2.5	76	79	6	195	40	17	4	37	1.70
52095204--52095403	75	2.6	78	75	10	171	44	17	2	36	1.62
52103840--52103924	24	3.5	24	77	0	80	21	12	15	50	1.77
52103851--52103937	12	7.2	12	80	0	84	21	14	14	48	1.81
52103855--52103939	6	14.2	6	73	0	62	21	16	15	47	1.83
52103855--52103937	36	2.3	36	85	0	103	21	15	15	46	1.83
52105678--52105755	36	2.2	35	81	6	93	46	10	1	42	1.46
52106194--52106241	11	3.8	12	78	15	53	79	0	18	2	0.84
52106191--52106230	13	3.1	13	85	0	53	80	0	20	0	0.72
52112464--52112517	28	2.0	26	86	10	74	50	3	22	24	1.65
52113088--52113217	47	2.8	47	77	4	145	24	16	26	33	1.96
52114375--52114488	59	2.0	55	89	6	174	37	26	14	21	1.92
52117161--52117206	24	2.0	23	83	12	58	47	26	8	17	1.76
52119488--52119606	59	2.0	59	93	0	202	36	26	14	22	1.93
52125313--52125362	16	3.2	16	70	13	50	58	4	10	28	1.49
52132862--52132922	32	1.9	32	82	0	77	47	0	13	39	1.42
52134379--52134605	105	2.2	105	82	4	262	29	27	13	29	1.94
52136436--52136460	13	1.9	13	100	0	50	16	28	16	40	1.89
52137143--52137188	19	2.4	19	85	3	65	47	15	10	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52137172--52137202	14	2.2	14	94	0	53	41	16	6	35	1.74
52139049--52139179	48	2.8	47	84	4	174	23	16	27	32	1.96
52141263--52141288	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
52148417--52148449	13	2.4	14	90	5	50	21	3	0	75	0.93
52150444--52150497	23	2.3	23	84	6	74	48	3	0	48	1.19
52154653--52154689	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
52156909--52156939	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
52163449--52163586	71	1.9	71	100	0	276	47	10	13	28	1.74
52171652--52171719	30	2.2	31	87	7	95	50	16	8	25	1.73
52171976--52172001	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
52172550--52172587	14	2.7	14	91	0	58	2	26	0	71	1.00
52183858--52183904	25	1.9	24	83	12	60	65	6	0	27	1.16
52186617--52186656	21	1.9	21	100	0	80	20	25	17	37	1.94
52200705--52200759	24	2.4	22	78	6	56	25	12	16	45	1.83
52205735--52205801	25	2.7	26	83	6	84	26	16	19	37	1.93
52206909--52206937	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
52208664--52208731	23	2.9	24	67	20	70	26	17	4	51	1.64
52211309--52211392	2	42.0	2	100	0	168	50	0	50	0	1.00
52213347--52213381	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
52213709--52213765	2	28.5	2	100	0	114	50	49	0	0	1.00
52215175--52215217	18	2.2	20	88	8	63	37	0	16	46	1.47
52216914--52216982	32	2.1	32	86	5	93	27	24	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52219383--52219433	2	25.5	2	91	0	66	54	43	0	1	1.11
52219877--52219945	32	2.1	32	86	5	93	24	24	23	27	2.00
52220693--52220725	5	6.6	5	100	0	66	60	0	18	21	1.36
52237428--52237662	44	5.1	44	68	15	143	26	21	20	31	1.98
52237238--52237764	142	3.7	142	92	0	856	27	21	18	33	1.96
52238702--52238744	8	5.5	8	86	8	54	81	0	18	0	0.69
52244554--52245058	142	3.6	142	94	0	884	27	21	18	32	1.97
52246307--52246337	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
52249388--52249471	39	2.1	40	82	12	102	48	2	2	46	1.28
52250439--52250499	21	3.0	21	67	13	65	32	24	3	39	1.72
52256889--52256945	28	2.0	28	90	6	89	54	0	5	40	1.23
52258101--52258277	64	2.8	64	86	6	238	31	7	18	42	1.79
52258399--52258443	16	2.8	16	96	0	81	22	26	26	24	2.00
52258423--52258529	41	2.6	41	82	8	121	18	19	29	31	1.96
52259245--52259279	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
52260989--52261037	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
52261355--52261392	3	13.0	3	83	5	51	63	31	2	2	1.22
52261856--52261924	32	2.1	34	89	5	106	24	23	24	27	2.00
52262403--52262485	41	2.0	41	97	0	157	20	8	13	57	1.61
52265672--52265743	36	2.0	36	86	0	99	40	6	13	38	1.72
52269265--52269777	59	8.8	59	88	3	745	46	4	5	43	1.45
52269265--52269777	114	4.4	115	88	1	733	46	4	5	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52280720--52280779	29	2.0	30	84	9	79	53	5	3	38	1.39
52284821--52284896	40	1.9	40	88	0	116	26	18	27	27	1.98
52285126--52285169	7	6.1	7	84	5	52	25	0	34	40	1.56
52285843--52285891	14	3.4	14	86	5	71	22	0	32	44	1.53
52285886--52285955	21	3.3	21	76	8	70	18	0	44	37	1.50
52285838--52285955	7	16.6	7	75	11	62	21	0	38	40	1.53
52288308--52288642	43	7.8	43	85	0	420	26	18	30	25	1.98
52296448--52296486	13	3.0	13	82	14	53	76	2	0	20	0.90
52302853--52302882	15	2.1	14	93	6	51	50	3	0	46	1.18
52305624--52305653	13	2.3	13	100	0	60	40	0	6	53	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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