genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  19  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8650707--8650751	22	2.0	22	91	0	72	8	2	28	60	1.39
8654885--8654920	6	6.0	6	96	0	63	33	0	36	30	1.58
8655535--8655581	25	1.9	24	91	4	76	57	4	0	38	1.18
8661858--8662274	222	1.9	222	95	0	762	30	15	18	35	1.92
8671195--8671247	27	1.9	28	92	3	90	30	11	7	50	1.65
8678716--8678754	16	2.4	16	87	12	53	51	0	2	46	1.14
8685318--8685362	24	1.9	24	95	4	83	22	8	13	55	1.65
8685656--8686029	190	2.0	190	94	0	658	28	12	16	41	1.85
8686991--8687194	103	2.0	103	93	3	349	47	12	16	24	1.81
8688182--8688569	190	2.0	189	98	1	758	26	20	13	39	1.89
8697475--8697607	63	2.1	63	91	0	212	20	27	20	32	1.97
8724101--8724126	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
8724100--8724137	20	2.0	20	85	10	53	86	0	13	0	0.56
8724100--8724129	15	2.0	15	93	0	51	90	0	10	0	0.47
8726271--8726354	29	2.9	30	83	10	97	50	5	2	41	1.40
8731408--8731441	18	1.9	17	88	5	50	32	0	5	61	1.20
8734879--8734907	14	2.1	14	100	0	58	20	13	27	37	1.91
8758243--8758267	7	3.6	7	100	0	50	0	16	16	68	1.22
8758690--8758745	20	2.5	23	77	16	64	35	1	3	58	1.26
8759460--8759497	18	2.1	18	85	9	51	42	2	21	34	1.67
8774204--8774253	26	1.9	26	87	0	73	38	10	20	32	1.85
8776037--8776090	26	2.1	26	85	0	72	31	12	9	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8776109--8776153	19	2.4	19	88	7	65	35	6	0	57	1.25
8776572--8776616	23	1.9	24	82	13	58	24	13	6	55	1.62
8776636--8777053	107	4.0	107	88	2	648	30	16	18	34	1.93
8776636--8777060	210	2.0	213	90	2	678	30	16	18	34	1.93
8783764--8783797	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8784233--8784257	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
8790112--8790153	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
8792983--8793019	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8801914--8801940	14	1.9	14	100	0	54	92	0	7	0	0.38
8805877--8805904	7	4.0	7	100	0	56	0	14	0	85	0.59
8807688--8807758	34	2.1	35	84	7	92	33	0	1	64	1.02
8815203--8815247	20	2.3	19	81	7	54	46	2	0	51	1.13
8818785--8818809	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8835527--8835555	7	4.1	7	100	0	58	58	0	41	0	0.98
8844226--8844252	13	2.1	13	100	0	54	29	44	11	14	1.80
8845182--8845290	32	3.5	31	70	14	91	47	10	2	39	1.52
8847484--8847525	19	2.2	20	91	4	68	35	0	0	64	0.94
8847488--8847525	20	2.0	19	90	10	60	34	0	0	65	0.93
8859101--8859134	14	2.5	14	90	4	52	50	32	0	17	1.47
8866486--8866520	16	2.1	17	89	5	54	40	5	5	48	1.51
8873048--8873130	34	2.4	34	81	0	94	49	8	9	32	1.66
8876254--8876315	25	2.3	27	86	8	83	50	4	4	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8876539--8876571	3	11.0	3	93	0	57	63	0	0	36	0.95
8881334--8881409	22	3.5	22	92	0	116	27	26	13	32	1.93
8887425--8887463	19	2.1	19	100	0	78	20	10	20	48	1.78
8905531--8905563	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
8917060--8917099	17	2.3	18	95	4	73	27	12	0	60	1.33
8919460--8919497	17	2.1	19	85	9	53	55	0	5	39	1.23
8938594--8938618	9	2.8	9	100	0	50	24	36	20	20	1.95
8941522--8941556	15	2.2	16	90	5	54	0	34	11	54	1.37
8961271--8961301	13	2.4	13	94	0	53	54	0	0	45	0.99
8961799--8961868	27	2.6	27	90	4	106	41	12	1	44	1.52
8961946--8962012	27	2.5	27	92	0	107	26	31	28	13	1.94
8962057--8962180	4	30.2	4	74	18	87	66	0	33	0	0.92
8962048--8962203	17	9.1	18	70	23	97	64	0	35	0	0.94
8962058--8962203	22	6.6	22	73	19	94	66	0	33	0	0.92
8962057--8962179	30	4.0	30	80	13	126	66	0	33	0	0.92
8962059--8962228	44	3.8	45	75	13	124	65	0	34	0	0.93
8962073--8962227	63	2.5	65	83	11	200	65	0	34	0	0.93
8962056--8962215	81	1.9	82	82	7	198	65	0	35	0	0.93
8962551--8962575	13	1.9	13	100	0	50	64	8	20	8	1.46
8968131--8968183	26	2.0	26	85	7	72	45	9	1	43	1.47
8968365--8968393	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
8968392--8968422	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8968640--8968715	27	2.8	27	85	0	107	15	28	28	26	1.96
8968757--8968796	18	2.2	18	86	4	53	12	0	17	70	1.18
8968785--8968857	28	2.6	28	88	2	101	47	1	10	39	1.47
8982927--8982966	20	2.0	20	85	0	53	45	15	10	30	1.78
8986641--8986689	23	2.1	22	82	14	55	26	4	16	53	1.61
8992831--8992893	31	2.0	31	100	0	126	46	25	0	28	1.53
8994597--8994709	57	2.0	57	89	3	174	30	21	25	23	1.99
8995956--8995992	18	2.1	17	90	5	56	35	8	0	56	1.29
8996053--8996084	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
8996689--8996972	132	2.1	133	89	0	426	26	28	7	38	1.84
9004436--9004506	27	2.6	27	84	4	99	23	33	32	9	1.88
9004538--9004571	3	11.3	3	93	0	59	61	0	38	0	0.96
9004827--9004973	39	3.8	40	66	18	96	29	4	14	51	1.63
9008478--9009242	157	4.9	153	88	5	1042	31	9	8	50	1.66
9009176--9009211	16	2.1	18	90	10	58	22	5	5	66	1.34
9009485--9009539	26	2.1	27	82	3	67	56	9	3	30	1.48
9009567--9009605	20	2.0	20	89	0	60	66	5	2	25	1.25
9009656--9009717	5	12.4	5	77	6	63	0	32	0	67	0.91
9009661--9009737	25	3.2	25	81	3	95	0	33	0	66	0.92
9009645--9009727	35	2.3	36	91	4	141	0	33	0	66	0.92
9016315--9016344	16	1.9	16	93	6	53	56	0	10	33	1.32
9017906--9017959	26	2.0	27	89	10	85	46	0	5	48	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9021568--9021707	66	2.1	66	94	0	253	46	13	12	27	1.79
9022771--9022864	33	2.8	34	79	9	93	32	14	25	26	1.95
9022807--9022882	33	2.3	32	77	6	80	32	18	23	25	1.97
9022911--9022987	33	2.3	32	82	6	91	33	14	23	28	1.94
9022806--9022999	105	1.8	105	84	2	264	31	16	25	25	1.96
9030049--9030087	11	3.5	11	82	6	51	35	2	0	61	1.10
9033502--9033559	3	19.3	3	83	13	75	34	3	0	62	1.12
9033502--9033556	24	2.3	24	90	6	85	34	3	0	61	1.13
9033502--9033569	27	2.7	25	76	10	75	38	2	0	58	1.13
9033589--9033668	32	2.8	28	77	22	85	28	1	0	70	0.96
9033596--9033665	36	2.0	36	86	5	99	31	1	0	67	1.00
9056124--9056159	18	2.0	18	88	0	54	47	19	11	22	1.80
9056150--9056184	17	2.1	17	94	0	61	31	11	14	42	1.81
9063433--9063465	12	2.6	13	85	9	50	54	0	0	45	0.99
9073754--9073829	24	3.1	24	75	5	73	34	18	26	21	1.96
9074555--9074598	19	2.2	20	88	4	63	36	18	4	40	1.71
9087992--9088201	81	2.7	78	79	4	249	24	10	35	29	1.89
9089777--9090466	231	3.0	230	91	0	1101	21	13	31	34	1.91
9093152--9093202	25	2.0	26	96	3	95	60	0	7	31	1.25
9093232--9093277	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
9094199--9094298	3	33.7	3	81	9	116	35	2	2	61	1.19
9094413--9094437	10	2.5	10	100	0	50	28	0	8	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9095740--9095844	38	2.6	41	71	20	105	20	19	26	33	1.96
9097157--9097197	18	2.3	18	87	8	57	21	0	2	75	0.92
9097159--9097197	17	2.2	18	86	4	53	20	0	2	76	0.90
9102333--9102405	24	3.0	25	78	9	71	34	21	24	19	1.96
9102389--9102435	24	2.0	24	91	0	76	36	14	25	23	1.93
9102488--9102544	26	2.3	25	85	11	73	38	26	21	14	1.91
9104879--9104929	21	2.4	22	80	12	61	33	0	3	62	1.13
9104918--9104966	16	2.9	17	75	6	55	55	2	4	38	1.31
9115129--9115223	23	4.0	24	81	11	108	37	21	14	26	1.92
9115129--9115358	47	5.1	47	73	11	196	38	20	15	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226