genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7861618--7861655	15	2.5	15	80	16	51	55	5	10	28	1.56
7867885--7867944	29	2.0	30	84	9	79	26	15	6	51	1.67
7876774--7876812	15	2.4	16	91	8	62	38	0	0	61	0.96
7876773--7876875	29	3.7	29	77	17	103	42	0	0	56	1.06
7881409--7881442	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
7885749--7885786	13	2.7	14	84	12	51	36	0	0	63	0.95
7888734--7888781	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
7890747--7890891	36	4.0	36	95	0	254	37	12	20	28	1.89
7892304--7892488	46	4.0	46	94	0	316	35	9	26	28	1.88
7898456--7898496	18	2.2	19	83	12	50	70	9	0	19	1.14
7921465--7921489	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
7921686--7921749	18	3.5	18	79	12	60	29	4	1	64	1.23
7921708--7921781	9	8.9	9	72	19	54	27	1	0	71	0.94
7921738--7921779	21	1.9	22	85	9	59	21	0	0	78	0.75
7921737--7921779	15	2.9	14	80	13	50	20	0	0	79	0.74
7923898--7924502	90	6.7	90	92	0	942	29	17	29	22	1.97
7933150--7933180	16	1.9	16	100	0	62	51	32	0	16	1.44
7939976--7940216	42	5.7	42	89	0	365	22	32	10	34	1.88
7941117--7941170	24	2.3	24	80	3	65	37	0	0	62	0.95
7941258--7941314	23	2.5	23	83	11	73	47	1	3	47	1.29
7943383--7943445	30	2.1	30	93	0	108	58	15	1	23	1.46
7943789--7943815	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7944586--7944647	28	2.1	28	91	5	97	41	3	3	51	1.34
7948104--7948160	28	2.0	30	82	6	73	40	8	12	38	1.74
7955568--7955625	23	2.5	23	83	8	73	53	1	0	44	1.10
7956037--7956082	23	2.0	24	84	16	62	28	13	8	50	1.70
7957608--7957682	24	3.3	23	78	12	73	40	1	4	54	1.27
7957640--7957679	15	2.5	17	84	12	57	35	2	0	62	1.09
7959738--7959781	23	1.9	23	90	9	72	38	0	2	59	1.10
7959848--7960026	68	2.9	59	83	13	250	45	9	5	39	1.58
7959937--7959964	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
7959878--7960048	68	2.5	68	96	1	310	47	8	4	39	1.53
7960037--7960078	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
7960052--7960112	22	2.8	22	82	0	68	47	3	1	47	1.28
7959878--7960070	68	3.0	66	91	6	274	48	8	3	39	1.52
7960393--7960578	94	2.0	94	98	0	363	41	8	20	29	1.82
7964257--7964301	23	1.9	23	86	4	63	55	4	8	31	1.51
7971786--7971961	46	3.8	46	89	0	273	38	8	22	30	1.84
7975351--7975460	51	2.2	51	94	0	193	27	22	15	34	1.94
7976584--7976683	42	2.4	42	87	0	137	40	13	26	21	1.89
7977787--7977870	40	2.1	40	82	4	98	40	21	7	30	1.80
7978542--7978608	5	13.4	5	100	0	134	59	0	0	40	0.97
7979558--7979654	21	4.7	21	84	2	117	41	15	27	15	1.87
7984668--7984704	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8000379--8000442	15	4.2	14	70	18	56	43	3	0	53	1.16
8002977--8003002	6	4.3	6	100	0	52	19	15	65	0	1.27
8003873--8003902	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
8004940--8004987	18	2.9	16	77	17	53	52	2	0	45	1.12
8013091--8013132	9	4.8	9	85	14	61	66	0	0	33	0.92
8013078--8013133	28	2.1	26	86	6	76	62	0	0	37	0.95
8013098--8013130	16	2.1	16	100	0	66	63	0	0	36	0.95
8023964--8023988	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8026437--8026480	7	6.0	7	89	7	52	56	9	0	34	1.31
8026491--8026550	29	2.0	30	83	6	77	50	1	1	46	1.21
8026750--8026902	83	1.8	83	81	10	188	41	2	4	50	1.36
8044733--8044784	26	2.0	26	85	3	70	30	0	1	67	1.02
8045193--8045248	24	2.3	24	96	0	103	41	10	21	26	1.86
8045565--8045603	18	2.2	18	85	0	51	38	5	7	48	1.54
8048076--8048123	23	2.1	23	88	3	71	43	2	8	45	1.45
8053591--8053643	20	2.6	20	85	8	63	22	7	0	69	1.13
8054154--8054210	20	2.7	21	77	15	64	35	10	1	52	1.46
8054157--8054210	22	2.5	22	80	11	60	35	11	1	51	1.48
8054274--8054318	18	2.5	19	75	17	51	35	2	2	60	1.22
8054306--8054354	11	4.5	11	82	10	64	30	0	0	69	0.89
8060268--8060304	17	2.2	17	90	9	58	35	0	8	56	1.29
8060267--8060306	18	2.3	18	83	16	57	35	0	7	57	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8060285--8060371	32	2.7	31	78	13	88	27	3	3	65	1.25
8063893--8063919	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8065565--8065608	21	2.2	20	84	12	54	52	2	2	43	1.26
8065696--8065737	21	2.0	22	86	13	61	42	0	4	52	1.22
8069550--8069582	18	1.9	17	88	11	50	54	3	6	36	1.41
8079941--8079981	21	2.0	21	90	0	64	26	21	29	21	1.99
8081510--8081543	4	8.5	4	100	0	68	23	0	26	50	1.50
8082634--8082709	19	3.8	19	78	15	82	39	0	3	56	1.18
8082629--8082717	19	4.5	18	71	20	63	38	0	3	58	1.15
8087832--8087858	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8090578--8090634	19	3.2	18	73	19	57	29	8	0	61	1.26
8096267--8096293	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8116359--8116439	39	2.1	39	90	0	126	54	4	19	20	1.63
8116370--8116434	20	3.3	20	70	20	55	56	6	16	20	1.61
8120935--8121017	5	16.6	5	76	15	66	38	0	3	57	1.16
8120963--8121017	19	2.7	21	86	10	71	41	0	0	58	0.98
8120981--8121017	2	20.0	2	84	15	53	45	0	0	54	1.00
8122484--8122623	45	3.1	45	82	7	178	20	17	20	42	1.90
8122601--8122642	6	6.8	6	86	2	57	16	21	16	45	1.86
8128021--8128051	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
8133559--8133597	18	2.2	18	85	0	51	61	2	0	35	1.10
8176144--8176791	247	2.7	246	86	6	824	43	13	6	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8181652--8181704	21	2.5	19	77	19	52	45	3	1	49	1.31
8184835--8184864	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8189260--8189300	17	2.4	17	95	0	73	36	36	12	14	1.84
8191343--8191552	103	2.0	103	100	0	420	49	6	22	21	1.73
8195515--8195570	29	1.9	29	81	0	67	42	12	3	41	1.60
8198674--8198790	51	2.3	51	92	0	198	27	24	14	33	1.94
8199484--8199713	112	2.0	110	91	3	334	33	20	9	36	1.85
8201928--8201976	22	2.2	22	78	7	55	36	0	2	61	1.08
8210168--8210198	16	1.9	16	93	0	53	35	3	19	41	1.67
8226590--8226669	42	1.9	42	82	10	101	17	28	35	18	1.94
8227701--8227745	16	2.7	17	82	6	56	40	0	0	60	0.97
8227701--8227742	15	2.6	16	85	7	50	40	0	0	59	0.97
8227730--8227796	11	6.4	11	72	20	54	37	1	0	61	1.05
8227713--8227807	40	2.4	38	84	8	136	36	1	0	62	1.03
8227779--8227818	21	1.9	21	89	0	62	35	2	2	60	1.24
8227778--8227832	21	2.5	20	80	13	56	36	1	5	56	1.33
8231429--8231489	30	1.9	32	87	12	90	52	13	0	34	1.40
8236399--8236460	27	2.3	27	85	0	79	50	1	0	48	1.10
8250092--8250133	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
8250133--8250162	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8250735--8250857	60	2.0	60	98	0	237	29	26	25	18	1.98
8251040--8251064	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8261328--8261383	24	2.4	24	82	8	71	19	19	8	51	1.73
8269074--8269112	11	3.7	10	83	10	51	7	5	2	84	0.84
8285253--8285298	20	2.3	20	78	14	51	41	0	2	56	1.11
8285326--8285370	21	2.1	22	87	4	65	42	2	0	55	1.12
8286067--8286110	16	2.5	19	75	17	51	59	2	2	36	1.23
8291770--8291815	16	2.9	16	81	12	51	60	2	0	36	1.09
8291770--8291802	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
8296521--8296706	46	4.0	46	88	4	250	29	26	6	37	1.83
8298192--8298242	24	2.1	24	92	0	84	17	23	23	35	1.95
8300358--8300387	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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