genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399083--2399112	15	2.0	15	93	0	51	70	23	0	6	1.11
2399660--2399748	45	2.0	45	95	0	160	41	14	0	43	1.45
2399675--2399746	19	3.2	23	63	31	55	43	13	0	43	1.44
2399754--2399783	15	2.0	15	93	0	51	40	0	10	50	1.36
2400036--2400067	16	1.9	17	93	6	57	9	6	15	68	1.36
2400077--2400143	30	2.3	29	90	7	102	47	0	11	40	1.40
2402100--2402137	16	2.3	17	81	9	51	65	5	0	28	1.14
2404121--2404174	9	5.7	9	77	12	54	20	37	5	37	1.76
2404118--2404197	15	5.3	15	79	5	81	21	36	3	38	1.71
2404118--2404197	30	2.7	30	86	3	99	21	36	3	38	1.71
2404118--2404213	30	3.2	29	80	5	77	22	36	4	36	1.74
2411712--2411768	30	1.9	30	92	0	96	36	7	31	24	1.82
2431888--2431914	6	4.5	6	100	0	54	37	29	0	33	1.58
2433041--2433094	20	2.6	21	74	8	58	31	7	1	59	1.36
2433635--2433699	30	2.2	29	84	10	80	56	1	3	38	1.24
2437144--2437173	15	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
2437323--2437376	13	4.1	13	72	13	56	40	7	16	35	1.77
2441204--2441262	21	2.8	21	71	0	64	40	16	25	16	1.90
2441181--2441286	42	2.5	42	81	0	131	46	16	21	15	1.84
2444595--2444621	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2446001--2446111	51	2.2	51	88	1	159	20	21	18	38	1.93
2446268--2446298	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446275--2446324	15	3.2	16	83	8	59	52	0	4	44	1.20
2470009--2470070	26	2.3	26	73	10	63	46	0	0	53	1.00
2470020--2470075	26	2.3	25	81	9	71	44	0	0	55	0.99
2473415--2473487	23	3.2	23	86	1	103	24	19	32	23	1.97
2474947--2474988	20	2.1	20	95	0	75	42	9	11	35	1.74
2476155--2476195	16	2.5	16	92	4	64	29	0	2	68	1.03
2477208--2477270	30	2.1	30	88	5	92	26	3	9	60	1.43
2480526--2480571	5	9.2	5	95	0	65	32	0	6	60	1.22
2480714--2480752	20	2.0	20	89	0	60	79	5	7	7	1.05
2481704--2481791	21	4.2	21	81	8	99	15	21	25	37	1.93
2481704--2481791	44	2.1	40	83	8	104	15	21	25	37	1.93
2492608--2492679	22	3.3	22	94	0	117	25	27	16	30	1.97
2497515--2497549	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2504584--2504676	36	2.6	36	84	0	123	24	19	33	22	1.97
2506671--2506792	23	5.3	23	85	0	181	22	20	26	31	1.98
2506671--2506792	46	2.7	46	93	0	208	22	20	26	31	1.98
2541254--2541285	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2543990--2544032	19	2.3	19	84	4	61	60	4	0	34	1.17
2554700--2554732	17	1.9	17	88	11	50	39	0	3	57	1.14
2554811--2554936	19	6.3	19	66	23	71	32	0	11	55	1.36
2554882--2554925	21	2.1	21	95	0	79	29	0	11	59	1.32
2554935--2555001	27	2.5	27	95	0	116	11	31	23	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2560555--2560579	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
2563634--2563664	6	5.2	6	92	0	53	48	0	3	48	1.17
2564444--2564560	10	11.6	10	69	11	60	64	1	4	29	1.23
2564446--2564558	30	3.8	29	72	14	104	63	1	4	30	1.24
2564443--2564560	41	2.9	41	76	9	107	63	1	5	29	1.25
2564443--2564561	61	2.0	59	82	12	145	63	1	5	30	1.26
2564776--2564849	36	2.1	36	100	0	148	37	13	2	45	1.58
2564776--2564836	19	3.3	19	72	9	72	36	14	3	45	1.62
2564787--2564844	18	3.2	18	71	9	64	39	13	3	43	1.61
2564794--2564849	17	3.2	17	70	9	58	41	10	1	46	1.49
2564907--2564959	18	2.8	18	78	16	54	43	0	0	56	0.99
2564917--2564957	18	2.3	18	87	8	57	43	0	0	56	0.99
2567600--2567660	26	2.3	26	78	13	63	37	3	3	55	1.32
2576717--2576774	15	3.9	15	83	0	71	31	15	1	51	1.53
2576711--2576775	15	4.3	15	84	0	67	29	15	4	50	1.64
2592819--2592843	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
2598989--2599030	22	2.0	22	90	4	68	54	0	0	45	0.99
2600421--2600462	22	1.9	22	85	9	59	52	4	2	40	1.35
2607170--2607202	15	2.1	16	94	5	59	57	0	0	42	0.98
2607510--2607551	18	2.3	18	84	8	50	64	2	0	33	1.07
2607533--2607570	11	3.5	11	82	10	51	52	0	0	47	1.00
2610956--2611065	46	2.4	46	95	1	195	30	20	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610942--2611175	37	5.6	45	84	11	243	28	21	14	35	1.93
2614121--2614169	21	2.3	21	85	0	62	44	4	10	40	1.57
2624401--2624445	7	6.1	7	87	10	63	80	13	2	4	0.97
2624406--2624445	15	2.7	15	100	0	80	82	12	0	5	0.82
2626785--2626811	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2638659--2638708	25	2.0	25	81	18	59	46	4	2	48	1.32
2642624--2642653	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2647057--2647142	42	2.0	42	88	4	129	37	17	29	16	1.91
2647992--2648021	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2664274--2664342	22	3.1	21	81	10	75	49	1	2	46	1.25
2664329--2664454	59	2.2	59	88	2	184	42	4	7	44	1.54
2664356--2664450	30	3.2	30	64	14	79	41	6	8	44	1.60
2664517--2664560	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
2668490--2668516	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2672686--2672734	19	2.7	18	78	12	55	44	0	2	53	1.12
2674827--2674917	25	3.6	25	89	2	139	37	18	24	19	1.94
2675794--2675877	26	3.0	26	74	19	71	2	28	4	64	1.26
2676390--2676437	25	1.9	25	83	8	62	39	22	20	16	1.92
2676911--2676954	21	2.1	21	82	0	52	36	25	0	38	1.56
2676924--2676956	11	3.1	11	86	8	50	33	36	0	30	1.58
2679228--2679261	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
2679232--2679288	27	2.1	27	83	6	71	38	1	3	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686014--2686047	17	1.9	18	88	5	52	35	26	0	38	1.57
2687863--2687904	21	1.9	21	85	9	57	0	30	4	64	1.14
2687950--2687995	5	9.2	5	84	15	60	58	0	0	41	0.98
2687947--2687994	19	2.5	19	90	10	71	56	0	0	43	0.99
2687958--2688004	24	2.0	24	83	8	60	61	2	0	36	1.08
2707558--2707662	22	4.8	22	89	0	156	28	26	13	31	1.94
2710799--2710881	33	2.5	33	84	0	103	26	7	16	49	1.72
2711390--2711469	28	2.9	26	74	16	72	53	1	1	43	1.16
2711598--2711660	31	2.0	31	100	0	126	31	19	15	33	1.93
2718308--2718342	18	2.0	17	88	5	52	17	2	2	77	1.02
2720675--2720700	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
2735125--2735158	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
2735426--2735453	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
2739485--2739523	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2745872--2745912	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2746205--2746243	20	2.0	20	85	10	53	51	2	2	43	1.29
2756483--2756525	21	2.0	21	95	0	77	13	25	18	41	1.88
2758209--2758239	16	1.9	16	93	0	53	48	9	12	29	1.73
2759207--2759259	15	3.5	15	80	17	56	30	3	7	58	1.43
2759207--2759250	17	2.8	16	80	19	56	31	4	6	56	1.46
2759260--2759307	16	3.0	16	84	0	60	27	16	8	47	1.75
2762372--2762396	12	2.1	12	100	0	50	68	16	0	16	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763923--2763955	13	2.3	15	90	10	52	24	6	12	57	1.57
2765634--2765666	15	2.1	16	88	5	50	30	21	0	48	1.50
2766555--2766597	13	3.3	13	83	9	61	60	0	0	39	0.97
2792811--2792997	97	1.9	95	91	2	302	29	16	16	36	1.91
2799041--2799085	19	2.4	18	82	13	56	31	11	2	55	1.47
2799041--2799087	18	2.5	19	77	16	53	31	10	2	55	1.46
2801995--2802065	31	2.3	31	82	4	81	46	7	9	36	1.64
2805678--2805719	22	1.9	22	85	0	57	42	2	2	52	1.27
2805706--2805770	25	2.6	26	80	7	82	29	4	6	60	1.41
2805731--2805782	25	2.1	25	85	0	68	30	3	9	55	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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