genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  53  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21585369--21585458	21	4.3	20	75	8	81	31	3	5	60	1.36
21585369--21585469	21	5.1	19	75	15	64	32	2	4	59	1.34
21585761--21585793	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
21591623--21591661	19	2.1	19	95	0	69	43	0	5	51	1.24
21595996--21596029	16	2.1	16	100	0	68	29	23	5	41	1.78
21599875--21600027	22	7.0	22	90	0	225	32	14	26	26	1.94
21600948--21600980	15	2.1	16	88	5	50	15	24	0	60	1.35
21621098--21621356	69	3.5	72	80	10	285	45	6	8	40	1.59
21624819--21624903	9	9.4	9	83	5	109	40	21	11	27	1.88
21624819--21624903	27	3.1	27	89	3	127	40	21	11	27	1.88
21629081--21629109	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21635853--21635907	13	4.3	13	73	11	51	36	0	3	60	1.15
21637016--21637054	11	3.5	11	89	6	53	17	25	0	56	1.41
21638821--21638863	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
21642342--21642611	126	2.2	125	85	2	353	31	16	15	36	1.90
21642679--21642770	34	2.7	34	85	6	107	42	14	0	43	1.45
21642799--21642829	15	2.1	15	100	0	62	61	32	0	6	1.21
21644000--21644098	21	4.8	21	77	13	107	36	23	20	20	1.95
21643999--21644099	41	2.5	41	91	0	166	35	23	20	19	1.96
21645454--21645649	37	5.3	37	96	0	347	38	14	19	26	1.91
21645756--21645855	45	2.2	45	91	5	159	34	16	23	27	1.95
21647961--21648033	23	3.2	23	80	0	74	41	15	19	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21652831--21653018	94	2.0	94	95	0	340	35	14	18	31	1.90
21657480--21657508	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
21658258--21658291	15	2.3	15	90	10	52	0	2	8	88	0.62
21658575--21658625	20	2.7	18	80	14	59	13	9	3	72	1.24
21659439--21659501	26	2.3	28	83	5	76	36	0	1	61	1.05
21661863--21661923	20	3.0	20	76	11	61	70	4	0	24	1.07
21661863--21661932	11	6.5	11	69	22	51	70	4	0	25	1.06
21677238--21677297	25	2.4	24	75	8	57	45	0	8	46	1.33
21684248--21684285	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
21690064--21690090	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
21691292--21691316	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21697739--21697812	29	2.5	27	81	16	85	50	10	18	20	1.77
21700686--21700720	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
21711158--21711224	34	2.0	34	85	5	93	38	0	2	58	1.14
21736785--21736882	41	2.4	41	82	0	115	30	5	16	47	1.68
21737963--21738030	21	3.3	20	78	10	57	35	8	1	54	1.41
21738133--21738197	9	7.0	9	77	6	67	33	4	0	61	1.16
21738133--21738197	19	3.5	19	82	2	69	33	4	0	61	1.16
21740304--21740341	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21743888--21743947	17	3.7	17	72	22	58	76	0	13	10	1.01
21743898--21743948	13	3.6	13	75	25	50	76	0	11	11	1.02
21745892--21745917	10	2.6	10	100	0	52	19	0	23	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21747233--21747477	50	4.8	50	80	7	230	27	20	28	23	1.99
21749264--21749344	36	2.3	36	95	2	146	38	4	4	51	1.45
21764244--21764276	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
21766168--21766227	21	2.9	20	78	14	59	66	0	1	31	1.01
21766538--21766601	31	2.1	31	88	2	94	45	9	20	25	1.80
21769620--21769698	29	2.7	28	88	3	104	51	8	13	25	1.70
21769756--21769807	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
21769883--21769933	13	3.6	14	82	12	52	56	0	0	43	0.99
21770304--21770360	6	8.8	6	76	14	51	3	35	0	61	1.13
21770300--21770370	34	2.1	34	97	0	133	5	33	1	59	1.30
21772625--21772689	28	2.3	29	76	7	71	41	3	12	43	1.58
21773022--21773073	25	2.2	25	93	6	90	57	3	5	32	1.40
21773615--21773648	15	2.2	16	89	5	52	70	14	0	14	1.17
21775991--21776017	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
21775982--21776017	18	2.0	18	88	0	54	66	2	0	30	1.06
21777591--21777626	15	2.4	15	95	0	63	27	19	13	38	1.90
21779187--21779224	19	1.9	20	89	10	60	36	2	0	60	1.11
21785401--21785790	92	4.2	92	88	2	568	44	16	8	30	1.77
21785401--21785790	123	3.2	122	88	3	563	44	16	8	30	1.77
21785401--21785790	31	12.7	31	89	3	540	44	16	8	30	1.77
21791384--21791448	29	2.2	29	97	0	121	32	15	18	33	1.92
21811580--21811630	25	2.0	25	100	0	102	39	21	31	7	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21829069--21829117	22	2.2	22	77	0	53	20	12	8	59	1.58
21831259--21831299	21	2.0	21	90	0	64	26	21	19	31	1.97
21834197--21834251	25	2.2	25	77	6	58	29	1	3	65	1.20
21842930--21842981	20	2.6	21	82	14	65	36	0	5	57	1.23
21855207--21855281	30	2.5	30	100	0	150	38	13	0	48	1.43
21855310--21855351	22	1.9	22	95	0	75	85	11	2	0	0.68
21855372--21855455	27	3.1	27	98	1	161	23	30	27	17	1.97
21855630--21855786	18	8.5	18	78	4	161	39	12	0	48	1.40
21855630--21855788	37	4.3	37	99	0	309	38	12	0	48	1.41
21859380--21859490	46	2.4	46	95	1	197	29	21	17	31	1.96
21859367--21859637	37	6.6	45	86	9	216	28	21	14	36	1.92
21859452--21859599	37	4.0	37	95	0	260	27	19	13	39	1.89
21866693--21866731	13	3.0	13	85	7	53	0	2	15	82	0.79
21866736--21866834	29	3.5	29	91	5	159	51	0	13	35	1.41
21868623--21868679	26	2.2	25	87	3	87	35	24	24	15	1.95
21868555--21868687	24	5.3	26	69	14	93	34	21	27	16	1.95
21872178--21872317	46	3.0	46	93	2	237	35	7	26	30	1.85
21875396--21875430	17	2.1	17	89	10	54	57	2	0	40	1.14
21898649--21898691	21	2.0	22	82	13	54	37	20	13	27	1.91
21927246--21927281	17	2.1	17	89	0	54	50	0	11	38	1.38
21927834--21927908	38	2.0	37	82	10	89	38	1	12	48	1.49
21932871--21933100	114	2.0	114	99	0	451	31	6	22	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962102--21962133	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
21963166--21963199	17	1.9	18	88	5	52	38	0	26	35	1.57
21973358--21973384	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21973709--21973743	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
21974231--21974272	20	2.1	20	86	0	57	23	9	30	35	1.87
21974691--21974721	15	2.1	15	93	0	53	67	0	0	32	0.91
21977408--21977452	22	2.1	21	91	4	72	73	0	8	17	1.08
21977395--21977452	22	2.5	24	78	13	68	70	1	6	20	1.19
21977787--21977844	23	2.5	23	76	20	59	25	3	3	67	1.22
21982740--21982772	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
21986222--21986271	18	2.6	19	76	14	50	58	2	32	8	1.39
21991969--21991996	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
21998253--21998352	40	2.7	38	85	13	136	62	0	2	36	1.07
21998253--21998353	41	2.7	37	88	11	145	61	0	1	36	1.07
21998285--21998366	24	3.5	22	73	16	67	63	0	1	35	1.02
21998325--21998396	8	8.5	8	70	11	54	62	0	2	34	1.10
21998315--21998366	25	2.1	24	92	3	86	63	0	0	36	0.95
21998312--21998376	24	2.7	23	81	9	76	58	0	3	38	1.14
21998325--21998378	25	2.2	25	86	0	72	62	0	3	33	1.12
21998272--21998406	59	2.2	61	87	9	186	59	0	2	38	1.10
22000155--22000197	20	2.1	21	83	12	54	44	0	6	48	1.29
22002126--22002283	79	2.0	79	98	0	307	36	14	3	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22009500--22009538	19	2.1	19	85	9	53	38	7	5	48	1.54
22010380--22010428	9	5.4	9	90	9	82	26	10	20	42	1.84
22018843--22018901	29	2.0	30	90	3	93	25	3	18	52	1.61
22019124--22019153	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22021734--22022070	166	2.0	166	98	0	647	31	10	22	36	1.88
22029978--22030007	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
22032633--22032673	21	2.0	21	100	0	82	19	14	14	51	1.77
22042420--22042508	30	3.0	30	81	0	106	37	23	15	23	1.93
22048033--22048441	178	2.3	180	77	7	383	44	17	14	23	1.85
22052254--22052317	27	2.4	27	83	0	74	50	9	0	40	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226