genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65889813--65889860	15	2.9	15	77	17	51	54	2	0	43	1.12
65893678--65893705	6	4.7	6	100	0	56	17	17	50	14	1.79
65901857--65901906	25	2.0	25	92	0	82	20	22	4	54	1.61
65905524--65905716	50	3.8	50	89	3	289	26	22	29	21	1.99
65906533--65906595	30	2.1	30	90	0	99	55	14	4	25	1.58
65912710--65912781	35	2.1	35	100	0	144	52	2	11	33	1.51
65913016--65913042	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
65914061--65914399	44	7.8	43	72	6	218	27	24	19	28	1.98
65914390--65914930	128	4.2	127	90	1	839	25	24	19	31	1.98
65914826--65915014	103	1.8	103	95	0	342	25	24	17	32	1.97
65916378--65916429	7	7.0	7	83	14	61	15	13	0	71	1.15
65916387--65916430	7	5.6	8	86	13	65	13	11	0	75	1.06
65916378--65916430	15	3.5	15	92	5	81	15	13	0	71	1.14
65918949--65918979	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
65931231--65931279	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
65931464--65931492	12	2.4	12	100	0	58	41	10	0	48	1.37
65932755--65932858	44	2.5	40	77	18	106	32	2	25	38	1.71
65932921--65932949	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
65932975--65933173	59	3.4	59	71	13	178	53	3	1	42	1.23
65933362--65933656	113	2.6	114	79	4	294	35	16	21	26	1.94
65933681--65934243	114	4.9	114	75	10	445	31	18	22	28	1.97
65933678--65934243	229	2.5	229	81	5	592	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65935794--65935888	44	2.2	44	92	0	154	22	34	9	33	1.86
65937520--65937545	10	2.6	10	100	0	52	11	0	7	80	0.89
65937584--65937676	34	2.7	35	90	3	145	34	4	3	58	1.34
65937683--65937738	16	3.3	17	80	9	78	37	16	3	42	1.65
65937688--65937760	34	2.3	33	86	11	100	41	16	2	39	1.63
65937788--65937825	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
65937980--65938038	24	2.5	24	86	5	77	52	16	1	28	1.54
65937980--65938031	12	4.3	12	80	0	59	51	17	1	28	1.56
65938015--65938138	37	3.4	37	75	10	139	55	12	2	29	1.50
65938040--65938140	25	4.2	24	63	21	59	55	12	2	28	1.52
65938016--65938172	34	4.5	33	72	11	116	56	14	1	28	1.49
65938016--65938172	71	2.2	71	95	0	278	56	14	1	28	1.49
65938090--65938416	95	3.6	95	91	4	516	51	18	2	28	1.59
65938219--65938362	34	4.5	33	66	17	86	52	18	2	26	1.56
65938282--65938411	37	3.3	37	70	21	109	53	15	3	28	1.57
65938348--65938375	12	2.3	12	100	0	56	53	14	0	32	1.41
65938436--65938462	12	2.2	12	100	0	54	51	14	0	33	1.43
65938280--65938497	83	2.6	83	86	3	283	51	16	3	28	1.61
65938447--65938513	19	3.7	19	79	18	88	50	17	1	29	1.55
65938447--65938576	9	14.9	9	75	18	107	47	20	1	30	1.59
65938447--65938576	16	7.5	17	80	12	117	47	20	1	30	1.59
65938482--65938572	25	3.6	25	80	5	105	47	20	2	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65944221--65944289	21	3.3	21	83	0	75	39	20	36	4	1.72
65944275--65944300	12	2.2	12	100	0	52	42	19	38	0	1.51
65944739--65945051	42	7.4	42	87	6	366	25	23	21	30	1.99
65946593--65946696	49	2.1	49	92	0	172	49	10	7	32	1.66
65948665--65948735	27	2.5	28	77	20	69	45	2	5	46	1.41
65956464--65956638	87	2.0	87	96	0	323	29	17	18	34	1.94
65958278--65958370	46	2.1	46	83	4	118	40	24	2	32	1.67
65958352--65958402	16	3.2	16	77	0	57	31	21	1	45	1.63
65958627--65958677	26	2.0	25	85	14	68	43	0	9	47	1.36
65958662--65958690	14	2.1	14	100	0	58	62	0	0	37	0.96
65959034--65959092	24	2.4	25	86	11	86	57	0	0	42	0.98
65979971--65980040	20	3.8	18	71	17	63	62	4	1	31	1.23
65980473--65980526	16	3.4	16	76	5	56	64	1	0	33	1.04
65980474--65980555	31	2.6	31	83	11	96	63	3	0	32	1.12
65980474--65980590	31	3.6	32	75	15	82	60	2	0	35	1.16
65983078--65983124	23	2.0	23	95	0	85	46	10	8	34	1.69
65985184--65985352	84	2.0	84	100	0	338	18	31	16	33	1.94
65992898--65992931	16	2.1	16	100	0	68	17	5	11	64	1.45
65995297--65995342	23	2.0	23	100	0	92	34	26	0	39	1.57
65999736--65999783	17	2.8	17	81	15	62	37	2	18	41	1.63
66012009--66012063	22	2.5	22	87	0	83	23	30	25	20	1.98
66013240--66013316	39	2.0	39	87	5	111	20	16	15	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66019541--66019631	29	3.2	29	78	9	89	63	1	5	29	1.24
66020022--66020061	8	4.9	8	85	14	55	12	12	2	72	1.22
66020008--66020053	15	3.1	16	84	12	62	15	10	4	69	1.32
66022078--66022129	17	3.1	16	88	5	68	57	0	1	40	1.10
66022078--66022129	16	3.2	16	88	2	68	57	0	1	40	1.10
66026900--66026924	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
66026922--66026972	17	2.9	17	85	8	59	47	0	0	52	1.00
66026923--66026972	16	3.0	17	82	8	59	46	0	0	54	1.00
66032690--66032748	26	2.3	25	82	5	73	32	11	11	44	1.78
66037698--66037759	26	2.4	27	81	8	74	35	12	11	40	1.80
66038845--66038909	28	2.2	30	81	13	89	40	6	10	43	1.65
66038855--66038913	28	2.1	28	96	0	109	35	5	10	49	1.59
66039695--66039770	27	2.7	27	84	11	91	42	6	21	30	1.78
66046181--66046251	25	2.8	24	78	16	81	23	26	19	29	1.98
66051120--66051156	19	2.0	19	89	5	58	16	8	0	75	1.02
66051943--66052028	27	3.3	25	82	9	93	32	6	1	59	1.32
66051935--66052009	3	25.0	3	81	10	91	33	2	1	62	1.17
66052078--66052106	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
66056667--66056723	25	2.3	25	78	0	69	28	24	19	28	1.98
66060850--66061087	76	3.1	76	80	1	226	25	17	20	36	1.94
66062608--66062642	17	2.1	17	88	0	52	54	0	14	31	1.40
66062715--66062741	13	2.1	13	100	0	54	29	0	37	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66064788--66064855	9	7.3	9	72	18	50	50	1	2	45	1.26
66074382--66074441	31	1.9	31	93	0	102	31	13	10	45	1.76
66074657--66074688	6	5.5	6	96	3	57	53	0	34	12	1.39
66075022--66075064	21	2.0	21	81	0	50	37	9	25	27	1.87
66075169--66075202	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
66075286--66075332	20	2.4	20	89	3	69	38	0	4	57	1.18
66077927--66077984	22	2.9	18	75	20	62	31	5	13	50	1.64
66078423--66078488	33	2.0	33	81	0	78	28	1	48	21	1.59
66081563--66081601	16	2.4	16	86	0	51	30	2	33	33	1.72
66081625--66082048	212	2.0	210	91	1	679	37	16	10	34	1.83
66083631--66083665	16	2.2	16	89	0	52	5	8	14	71	1.29
66089088--66089116	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
66089604--66089637	17	2.0	17	94	0	59	70	0	14	14	1.17
66091060--66091893	132	6.3	132	87	5	1116	27	19	24	28	1.99
66091100--66091872	265	2.9	265	92	1	1250	27	19	24	28	1.99
66091060--66091893	397	2.1	395	87	3	1169	27	19	24	28	1.99
66093442--66093507	25	2.5	25	78	7	60	33	7	1	57	1.36
66096123--66096153	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
66108381--66108461	35	2.3	35	100	0	162	50	9	19	19	1.75
66111517--66111545	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
66118211--66118497	153	1.9	153	88	5	438	38	16	4	40	1.69
66121415--66121477	31	2.0	31	100	0	126	25	26	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66125796--66125938	27	5.3	27	86	0	160	18	14	20	45	1.85
66125794--66125951	54	2.9	53	82	4	183	18	14	19	46	1.83
66128533--66128628	37	2.6	36	79	8	95	31	23	1	43	1.61
66129400--66129476	7	10.9	7	73	13	50	54	2	0	42	1.14
66139078--66139135	25	2.3	25	81	0	80	12	36	27	24	1.91
66146682--66146780	51	1.9	52	85	6	139	33	7	21	38	1.80
66149597--66149628	17	1.9	17	93	6	57	43	0	25	31	1.55
66157739--66157926	41	4.6	41	93	0	295	26	18	21	33	1.96
66157743--66157980	123	1.9	123	80	5	275	26	17	23	32	1.97
66158551--66158606	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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