genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
346833--346949	48	2.4	48	84	4	164	45	7	6	40	1.60
347516--347558	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
349386--349427	11	3.9	11	90	3	59	50	0	30	19	1.48
350080--350135	29	2.0	29	82	3	69	55	5	0	39	1.23
366868--366904	11	3.3	11	92	3	56	48	2	18	29	1.62
366860--366959	51	2.0	50	88	7	148	46	3	25	26	1.67
366919--366995	33	2.3	34	80	10	95	44	3	27	24	1.71
366927--366994	11	6.0	11	87	3	73	44	2	29	23	1.68
371949--371980	16	2.1	15	94	5	55	62	3	0	34	1.11
382923--382952	8	3.8	8	100	0	60	23	0	0	76	0.78
385644--385716	31	2.4	31	81	2	85	42	16	9	31	1.80
385662--385727	31	2.1	31	82	0	78	42	15	9	33	1.78
388625--388669	11	4.3	10	80	8	54	4	11	8	75	1.17
388623--388666	16	2.8	16	86	6	63	4	11	11	72	1.25
388677--388759	30	2.8	30	75	13	75	48	2	3	45	1.33
390240--390282	19	2.3	19	84	8	52	34	2	4	58	1.32
407503--407568	30	2.2	30	89	5	98	21	22	18	37	1.94
412258--412301	16	2.8	15	80	10	52	77	0	22	0	0.77
412258--412302	15	2.9	15	84	12	56	77	0	22	0	0.76
412547--412571	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
414421--414506	45	1.9	45	85	4	120	44	19	13	22	1.86
445239--445264	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
451301--451353	20	2.7	20	82	5	63	26	7	1	64	1.31
451428--451490	27	2.4	26	84	5	81	36	1	0	61	1.05
457130--457191	30	2.1	30	96	0	115	35	24	8	32	1.85
457701--457834	57	2.3	59	83	10	161	24	15	15	44	1.86
458617--458661	19	2.4	19	85	7	56	42	8	0	48	1.34
458931--458986	20	2.8	19	89	10	78	66	0	3	30	1.09
461091--461224	57	2.4	55	83	9	166	40	6	5	47	1.52
462116--462155	21	1.9	21	89	0	62	55	2	0	42	1.13
465471--465502	5	6.4	5	100	0	64	81	18	0	0	0.70
470092--470127	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
471304--471341	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
477823--477865	5	8.6	5	90	10	70	60	0	39	0	0.97
477987--478019	6	5.7	6	92	7	59	87	0	12	0	0.53
477987--478019	11	2.8	12	95	4	59	87	0	12	0	0.53
478629--478746	45	2.6	46	81	2	141	31	11	14	43	1.80
481197--481248	26	2.0	25	82	14	61	59	3	0	36	1.16
481482--481515	16	2.1	16	89	10	52	20	5	2	70	1.21
483481--483526	23	2.0	23	95	0	83	28	21	6	43	1.77
500292--500325	15	2.3	15	89	0	50	64	0	11	23	1.26
503684--503740	25	2.2	26	77	19	66	64	1	0	33	1.04
506292--506319	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
511876--511960	3	28.3	3	74	9	66	37	0	1	61	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
512511--512544	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
512935--512973	19	2.1	19	100	0	78	30	10	25	33	1.89
513017--513080	21	3.0	22	72	9	69	18	18	25	37	1.94
513617--513680	21	3.0	22	70	9	60	39	25	17	18	1.92
519752--519788	12	3.2	12	85	14	51	56	2	0	40	1.13
519732--519788	11	5.3	11	75	25	59	56	1	1	40	1.20
519772--519817	22	2.2	20	82	17	58	58	4	4	32	1.37
519773--519817	23	2.0	21	87	8	63	60	4	4	31	1.37
527385--527423	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
527535--527763	101	2.3	101	94	0	404	30	15	25	28	1.96
527768--527818	24	2.1	24	92	0	84	45	5	25	23	1.75
528350--528389	20	2.0	20	85	9	55	22	5	27	45	1.73
529289--529372	42	2.0	42	95	4	154	29	4	4	60	1.38
533745--533811	35	1.9	35	96	0	125	43	22	2	31	1.68
543476--543638	89	1.8	89	82	11	210	37	6	15	40	1.74
543728--543776	23	2.1	24	88	3	73	57	16	4	22	1.56
547458--547494	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
575327--575369	17	2.4	17	84	7	50	53	2	0	44	1.13
586858--586885	6	4.7	6	100	0	56	35	28	0	35	1.58
597220--597493	112	2.4	112	78	5	295	31	18	22	27	1.98
597488--598100	115	5.4	114	80	4	637	31	20	23	24	1.98
597488--598100	229	2.7	225	83	5	728	31	20	23	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
601749--601927	42	4.2	43	76	4	157	30	19	20	29	1.97
601810--601922	41	2.7	42	83	5	158	32	21	20	25	1.97
603436--603488	5	10.8	5	97	2	99	41	0	0	58	0.98
603494--603545	4	13.2	4	80	11	63	75	0	23	1	0.91
603494--603544	15	3.3	15	89	10	68	76	0	21	1	0.88
603499--603556	20	3.0	19	85	5	80	74	0	25	0	0.82
603503--603554	11	4.2	13	81	16	58	75	0	25	0	0.81
612391--612462	21	3.4	21	90	0	99	19	30	29	20	1.97
614386--614449	25	2.4	26	84	7	76	62	4	3	29	1.31
614778--614824	23	2.0	24	83	8	60	44	2	2	51	1.25
620004--620028	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
623598--623637	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
633576--633601	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
640077--640197	59	2.1	59	100	0	242	63	4	10	20	1.45
653131--653167	16	2.2	17	95	4	67	54	0	0	45	1.00
657976--658006	14	2.2	14	100	0	62	48	19	6	25	1.72
673157--673209	20	2.6	19	80	14	52	56	3	0	39	1.17
673171--673208	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
673192--673255	11	6.4	11	82	17	86	59	0	0	40	0.97
673171--673244	27	2.5	29	89	10	107	59	0	0	40	0.97
673189--673289	38	2.5	40	87	6	152	61	0	0	37	1.03
682200--682294	31	3.2	28	71	11	75	47	5	2	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688172--688196	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
692004--692034	6	5.2	6	100	0	62	32	51	0	16	1.44
702840--702875	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
720852--720890	3	13.0	3	89	10	62	66	0	33	0	0.92
721022--721055	16	2.1	17	88	5	52	23	0	70	5	1.09
744212--744255	19	2.3	19	80	0	52	56	2	2	38	1.24
750563--750617	4	13.8	4	100	0	110	49	25	0	25	1.51
756009--756048	18	2.2	18	86	8	55	67	10	0	22	1.20
762186--762228	20	2.1	20	86	4	59	44	4	0	51	1.22
762233--762273	13	2.9	14	80	20	50	51	0	2	46	1.14
763407--763478	29	2.4	30	73	11	76	31	5	19	43	1.74
770676--770716	20	2.0	20	95	0	73	36	12	31	19	1.89
786271--786296	4	6.5	4	100	0	52	50	0	26	23	1.50
791722--791820	42	2.4	42	92	0	162	38	17	26	18	1.92
796530--796565	16	2.2	16	90	9	56	83	0	16	0	0.65
807083--807190	40	2.8	37	77	15	119	51	2	4	40	1.37
807123--807181	20	3.0	20	73	16	68	55	0	3	40	1.16
808427--808460	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
814093--814125	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
819125--819162	20	1.9	20	89	10	60	65	5	10	18	1.41
839797--839944	72	2.1	72	90	0	233	30	26	13	29	1.94
839831--839982	72	2.1	72	81	4	173	32	23	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846911--846940	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
847285--847354	25	2.8	25	91	4	115	18	21	21	38	1.93
847308--847413	22	4.5	22	75	5	77	16	23	19	40	1.91
853663--853687	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
861880--861911	15	2.1	15	94	0	55	68	0	6	25	1.12
866217--866246	13	2.3	13	100	0	60	60	0	13	26	1.34
871641--871665	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
875651--875723	21	3.4	21	84	5	94	34	26	24	15	1.94
875649--875757	23	5.0	23	80	10	104	35	22	22	18	1.95
876869--876920	17	2.9	18	80	11	63	7	13	3	75	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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