genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26681322--26681366	8	5.2	8	80	15	54	82	4	2	11	0.91
26682072--26682148	13	5.9	13	73	15	70	38	18	6	36	1.76
26684807--26684860	26	2.1	26	89	6	83	38	12	20	27	1.89
26692163--26692252	42	2.2	42	97	2	173	33	23	7	35	1.84
26695339--26695386	20	2.5	20	76	10	55	39	10	2	47	1.49
26696435--26696501	29	2.4	28	92	5	116	43	7	5	43	1.57
26696442--26696501	29	2.1	29	100	0	120	43	6	6	43	1.57
26698929--26699035	26	4.1	26	91	0	160	38	24	18	18	1.93
26701565--26701701	65	2.1	65	84	6	181	21	22	26	29	1.99
26702334--26702384	6	8.7	6	83	16	63	80	0	15	3	0.86
26702341--26702386	11	4.0	12	78	18	53	80	0	17	2	0.81
26702334--26702386	17	3.1	17	86	10	72	79	0	16	3	0.88
26702325--26702384	23	2.6	23	86	7	77	78	0	16	5	0.92
26705983--26706022	18	2.2	18	86	8	55	7	10	2	80	1.00
26709152--26709191	21	2.0	21	90	5	64	20	5	22	52	1.65
26710939--26710979	18	2.3	18	86	0	55	60	12	2	24	1.43
26711227--26711263	19	1.9	19	94	0	65	43	2	10	43	1.53
26713325--26713385	3	20.3	3	96	0	113	36	0	0	63	0.94
26713662--26713698	14	2.6	14	86	0	56	43	16	0	40	1.48
26717353--26717393	19	2.2	19	86	4	57	17	53	24	4	1.63
26723798--26723825	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
26725048--26725292	43	5.7	43	92	0	393	30	21	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26725435--26725818	44	8.8	43	75	9	163	29	19	23	27	1.98
26730950--26730991	22	2.0	22	85	4	59	38	4	7	50	1.51
26735232--26735303	34	2.1	35	89	2	110	22	9	16	51	1.73
26758879--26758903	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
26759420--26759462	21	2.0	22	90	4	70	13	20	25	39	1.90
26759595--26759819	87	2.6	87	80	7	244	24	24	20	30	1.98
26759550--26759802	43	5.9	42	78	5	229	25	24	20	29	1.99
26759555--26759805	130	1.9	128	83	4	317	24	23	21	30	1.99
26761921--26761961	16	2.5	17	80	11	50	36	0	17	46	1.48
26761918--26761990	25	2.9	25	73	15	78	34	0	19	46	1.50
26762010--26762172	16	10.0	16	65	23	65	33	1	19	46	1.58
26762070--26762334	9	30.4	9	65	19	100	33	2	18	45	1.62
26762096--26762334	25	10.2	25	71	13	179	33	2	18	45	1.63
26762072--26762354	113	2.5	112	90	4	403	34	2	18	45	1.61
26762176--26762328	20	7.0	21	71	17	93	33	1	17	47	1.59
26762336--26762379	20	2.3	19	84	4	52	50	0	2	47	1.13
26762351--26762433	42	2.0	42	81	9	98	51	1	3	43	1.26
26762388--26762448	30	2.0	30	84	6	79	47	1	6	44	1.39
26764502--26764551	22	2.3	22	100	0	100	44	18	16	22	1.87
26765362--26765556	105	1.9	105	88	5	297	28	10	12	48	1.74
26765498--26765537	21	1.9	21	100	0	80	25	0	0	75	0.81
26765528--26765782	137	1.9	137	83	10	308	24	18	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26766219--26766690	114	4.1	114	84	2	599	28	26	21	23	1.99
26766210--26766672	229	2.0	228	89	1	712	27	26	21	24	1.99
26777753--26777821	21	3.3	22	76	8	72	21	33	18	26	1.97
26779677--26779819	70	2.0	70	82	0	169	27	21	22	28	1.99
26783990--26784021	15	2.1	16	88	11	50	15	0	6	78	0.95
26794043--26794120	40	2.0	38	80	9	86	43	1	1	53	1.16
26799260--26799320	29	2.1	29	93	0	104	14	18	29	37	1.90
26814910--26815016	30	3.4	30	72	18	99	28	17	26	28	1.98
26814913--26815092	66	2.7	66	82	3	220	27	15	25	31	1.96
26815910--26815948	17	2.2	17	86	9	51	15	15	5	64	1.46
26816275--26816304	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26823717--26823766	23	2.2	23	100	0	100	0	12	16	72	1.13
26826902--26827184	22	12.9	22	86	1	352	27	8	19	43	1.81
26826900--26827184	88	3.2	88	89	3	430	27	8	19	43	1.80
26834668--26834744	38	2.0	38	87	0	109	27	1	40	31	1.65
26835591--26835634	17	2.6	17	100	0	88	9	29	47	13	1.74
26842208--26842246	12	3.3	12	89	3	53	33	7	7	51	1.59
26848688--26848715	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
26848700--26848777	30	2.6	30	81	6	86	47	2	11	38	1.54
26853780--26853930	29	5.0	31	67	16	95	62	0	1	35	1.12
26853780--26853970	40	4.5	40	83	14	240	62	0	2	34	1.13
26853828--26853960	50	2.7	49	89	8	198	65	0	3	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26853828--26853898	9	7.4	9	70	17	54	70	1	1	26	1.04
26855074--26855112	17	2.3	17	95	0	69	28	33	17	20	1.96
26855736--26855769	18	1.9	18	88	5	52	79	0	5	14	0.91
26867378--26867419	21	2.0	21	86	13	61	30	9	7	52	1.61
26872537--26872575	15	2.6	15	95	0	69	15	7	5	71	1.26
26872679--26872747	19	3.6	19	80	11	70	21	4	1	72	1.10
26872678--26872747	4	17.2	4	76	14	63	21	4	1	72	1.09
26878294--26878391	51	1.9	50	85	2	133	33	13	21	31	1.92
26878392--26878586	51	3.8	51	81	0	201	32	18	23	25	1.97
26878742--26878897	51	3.1	51	88	0	213	32	19	23	25	1.98
26878289--26878897	312	2.0	312	84	1	817	33	17	22	26	1.96
26878961--26879376	44	9.6	42	75	6	224	33	19	18	28	1.96
26878961--26879345	87	4.4	87	74	7	273	33	19	18	27	1.96
26879094--26879376	87	3.3	87	72	9	290	31	19	20	28	1.97
26879051--26879423	172	2.2	172	90	0	575	31	19	19	28	1.96
26879095--26879328	128	1.8	127	83	5	310	31	19	20	29	1.97
26882235--26882275	3	13.7	3	84	0	55	29	4	2	63	1.28
26882236--26882300	15	4.5	15	77	11	64	26	7	4	61	1.43
26882254--26882287	12	2.8	12	95	0	59	29	11	0	58	1.33
26882235--26882287	12	4.4	12	87	0	52	30	7	1	60	1.35
26883693--26883747	21	2.6	22	80	8	62	70	1	1	25	1.06
26887699--26887748	26	1.9	26	87	0	73	38	20	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26887759--26887834	27	2.8	27	78	4	82	36	23	22	17	1.94
26887934--26888223	27	10.8	27	83	0	330	26	15	18	39	1.90
26887948--26888223	54	5.1	54	86	0	365	26	15	17	39	1.90
26887948--26888223	81	3.4	81	88	0	383	26	15	17	39	1.90
26890058--26890200	73	2.0	71	83	5	180	30	12	13	44	1.81
26908750--26908790	20	2.1	18	86	13	55	63	4	0	31	1.15
26909425--26909527	19	5.1	21	80	6	65	42	14	5	36	1.70
26909425--26909482	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
26909438--26909571	19	6.8	19	81	6	135	39	13	8	38	1.74
26909461--26909564	38	2.7	38	94	2	174	39	11	8	40	1.72
26909935--26910392	132	3.5	132	96	0	844	28	24	18	28	1.98
26914747--26914792	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
26917568--26917670	19	5.1	21	82	6	74	41	14	6	36	1.73
26917568--26917625	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
26917604--26917714	19	5.8	19	86	0	168	37	13	8	40	1.74
26917604--26917707	38	2.7	38	96	0	190	38	12	7	41	1.72
26922982--26923084	38	2.7	37	82	4	116	30	14	19	35	1.92
26934586--26934996	217	1.9	216	83	4	533	35	19	19	25	1.96
26940816--26940850	18	1.9	18	88	0	52	71	14	8	5	1.29
26955460--26956265	402	2.0	402	96	0	1497	31	27	17	23	1.97
26958566--26958623	30	1.9	30	82	6	73	50	10	6	32	1.63
26962880--26962970	42	2.1	43	95	2	166	20	21	5	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26970702--26970751	9	5.6	9	82	0	55	36	0	4	60	1.16
26970702--26970743	12	3.5	12	86	0	57	38	0	4	57	1.20
26971009--26971038	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26971408--26971549	73	2.0	71	89	8	216	26	20	19	33	1.96
26973849--26973978	60	2.2	60	77	5	138	45	13	7	33	1.72
26988683--26988908	43	5.3	43	89	4	348	26	33	17	22	1.96
26988683--26988910	86	2.7	86	95	0	402	27	32	17	21	1.96
26995641--26995735	41	2.3	41	87	0	127	31	30	21	16	1.95
27004938--27004979	21	1.9	23	90	9	70	61	0	2	35	1.09
27008629--27008662	15	2.3	15	89	0	50	58	0	5	35	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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