genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62661702--62661795	28	3.0	31	78	15	95	22	23	25	28	1.99
62661713--62661773	28	2.2	27	94	2	104	19	21	26	32	1.97
62668771--62668958	56	3.3	56	83	5	211	26	19	6	47	1.74
62669071--62669118	22	2.2	23	81	11	64	27	14	6	52	1.66
62680264--62680307	19	2.2	20	96	4	81	36	4	9	50	1.55
62683111--62683156	24	1.9	24	86	8	67	63	2	0	34	1.07
62689906--62690298	69	5.7	69	81	3	400	35	24	17	22	1.95
62689906--62690305	139	2.9	137	81	4	448	36	24	17	22	1.95
62690323--62690478	58	2.7	58	78	5	156	32	19	10	38	1.85
62704852--62704885	17	1.9	18	88	5	52	55	17	14	11	1.68
62708475--62708798	162	2.0	162	95	0	585	42	21	12	23	1.87
62712137--62712175	20	1.9	21	89	5	62	41	2	5	51	1.38
62712726--62712774	25	2.0	26	84	8	66	48	10	0	40	1.37
62712851--62712893	20	2.2	20	87	8	61	55	2	2	39	1.25
62712885--62712921	19	2.0	18	89	5	56	45	0	5	48	1.25
62721550--62721608	20	3.1	19	81	15	68	47	0	3	49	1.18
62722543--62722682	40	3.5	40	73	6	133	28	18	22	30	1.98
62725198--62725235	18	2.1	18	95	0	67	21	23	26	28	1.99
62735136--62735258	47	2.6	46	79	2	138	39	6	16	38	1.74
62735288--62735338	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
62735328--62735548	47	4.4	49	72	13	189	39	6	14	39	1.71
62735317--62735538	104	2.1	104	97	0	417	40	5	13	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62735665--62735851	41	4.6	41	86	0	266	18	18	29	32	1.95
62736949--62736981	4	8.2	4	100	0	66	72	0	0	27	0.85
62741045--62741075	12	2.5	13	94	5	55	41	12	0	45	1.42
62749385--62749416	12	2.7	12	100	0	64	40	0	9	50	1.35
62749482--62749648	45	3.7	45	79	8	164	43	13	18	24	1.86
62749534--62749696	45	3.7	43	84	3	173	43	15	17	23	1.87
62760234--62760600	184	2.0	184	99	0	725	31	25	12	30	1.93
62760976--62761047	28	2.6	28	95	0	126	47	2	11	38	1.54
62767984--62768018	16	2.2	16	90	10	54	74	2	5	17	1.14
62779176--62779254	36	2.2	36	86	0	104	35	35	17	11	1.86
62784201--62784345	31	4.5	30	73	13	94	44	12	4	38	1.61
62789515--62789825	137	2.3	136	82	6	376	31	25	18	25	1.97
62789593--62789800	68	3.0	68	70	12	192	31	25	18	25	1.98
62789619--62789831	68	3.1	68	73	9	209	32	27	16	23	1.96
62789529--62789900	137	2.7	137	81	3	331	33	25	16	24	1.96
62797634--62798007	125	3.0	125	91	0	595	29	16	22	31	1.96
62799732--62801246	23	67.5	22	75	12	1110	25	0	25	47	1.57
62799743--62801246	45	33.5	45	76	12	1035	25	0	25	47	1.57
62800327--62800360	7	5.0	7	92	3	52	17	0	41	41	1.50
62800955--62800992	19	2.1	19	90	5	60	26	0	21	52	1.47
62801412--62801451	20	2.0	21	85	5	55	2	17	42	37	1.63
62801713--62801755	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62802598--62802635	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
62803621--62803687	11	6.0	11	80	16	68	46	1	28	23	1.61
62804318--62804420	50	2.1	50	92	0	170	31	1	5	61	1.31
62808700--62808793	36	2.5	37	87	5	127	5	27	10	56	1.55
62810153--62810292	69	2.0	69	88	0	208	25	7	25	42	1.80
62814705--62814912	91	2.3	91	88	0	308	46	2	3	46	1.35
62814726--62814887	26	5.6	28	68	19	84	46	1	3	48	1.27
62814966--62815283	59	5.2	62	68	19	224	41	2	5	49	1.40
62814928--62815335	120	3.4	120	93	2	657	42	2	5	50	1.37
62815053--62815104	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
62815173--62815224	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
62815502--62815591	45	2.0	44	86	2	126	33	28	5	32	1.80
62815571--62815608	16	2.4	16	86	0	58	28	34	2	34	1.71
62816138--62816181	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
62816882--62816961	22	3.7	22	86	6	103	36	18	8	36	1.82
62816905--62816961	19	2.8	20	89	7	80	33	19	10	36	1.86
62817838--62817887	11	4.6	11	74	20	52	62	0	2	36	1.07
62817837--62817876	20	2.0	20	95	0	71	65	0	2	32	1.06
62817881--62817905	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
62817837--62817910	31	2.4	31	79	4	87	66	0	1	32	1.00
62818996--62819047	22	2.3	22	93	3	86	26	30	0	42	1.56
62819021--62819135	50	2.3	50	92	1	194	27	27	0	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62820278--62820302	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
62820951--62820985	18	1.9	18	88	0	52	22	31	8	37	1.85
62821461--62821598	25	5.8	25	77	14	166	42	0	13	44	1.44
62821418--62821598	93	1.9	93	100	0	362	40	0	13	45	1.43
62821486--62821665	69	2.6	69	93	2	301	42	0	12	44	1.47
62821681--62822037	29	12.7	29	74	17	308	44	27	0	27	1.58
62821665--62822023	51	6.6	52	77	14	246	44	27	0	27	1.59
62821661--62821720	23	2.6	23	72	0	66	46	28	0	25	1.53
62821711--62821792	34	2.4	34	89	2	128	42	30	0	26	1.56
62821780--62821835	23	2.4	23	93	0	94	46	28	0	25	1.53
62821876--62821921	22	2.2	21	85	11	60	43	28	2	26	1.66
62821847--62821998	51	3.0	51	94	1	254	44	27	0	27	1.59
62821897--62822057	80	2.0	81	95	1	288	45	26	0	27	1.58
62821765--62822057	131	2.2	131	89	4	430	44	27	1	26	1.61
62822007--62822052	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
62822054--62822271	116	1.9	116	96	0	400	38	8	9	43	1.68
62822247--62822288	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
62840863--62841080	45	4.9	45	86	1	287	25	16	25	32	1.96
62846804--62846836	16	2.1	16	88	5	50	60	15	6	18	1.54
62850926--62850991	29	2.3	29	100	0	132	37	7	19	34	1.80
62856001--62856076	21	3.6	21	78	3	82	23	27	22	26	1.99
62866050--62866130	25	3.3	25	81	5	85	32	23	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62866083--62866147	25	2.6	25	85	2	78	35	16	26	21	1.95
62868641--62868684	18	2.5	18	88	3	63	68	4	4	22	1.27
62868641--62868722	9	8.8	9	71	17	53	67	3	2	26	1.20
62870124--62870166	15	2.8	16	79	10	54	34	20	4	39	1.74
62870605--62870746	74	1.9	72	80	8	162	40	17	7	34	1.79
62870921--62870983	22	2.8	22	75	2	63	34	22	22	20	1.96
62873010--62873036	12	2.2	12	100	0	54	37	0	0	62	0.95
62873413--62873453	14	2.9	14	85	0	55	24	2	0	73	0.96
62873440--62873647	109	1.9	109	80	6	242	37	6	7	48	1.58
62873911--62873943	13	2.5	14	85	14	52	66	0	0	33	0.92
62884385--62884477	31	3.0	31	96	0	177	40	16	9	33	1.81
62890027--62890088	18	3.4	18	72	12	63	0	16	11	72	1.12
62890027--62890089	19	3.4	19	72	12	67	0	15	11	73	1.10
62890012--62890091	37	2.2	37	88	6	126	0	13	12	73	1.09
62890292--62890323	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
62892355--62892397	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
62895798--62896185	84	4.7	83	77	12	327	43	12	10	33	1.76
62896145--62896422	79	3.5	79	88	2	373	39	12	16	31	1.87
62898651--62898781	43	3.0	43	78	12	135	30	29	16	23	1.96
62900044--62900073	3	10.0	3	100	0	60	66	33	0	0	0.92
62903250--62903348	50	2.0	50	97	0	189	18	11	24	46	1.81
62909694--62909730	14	2.6	15	83	12	51	32	5	5	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62913200--62913238	19	2.0	20	95	5	71	56	0	23	20	1.42
62913200--62913238	20	2.1	19	90	9	62	56	0	23	20	1.42
62923418--62923524	45	2.4	45	85	3	135	27	17	12	42	1.85
62930078--62930103	6	4.3	6	100	0	52	0	30	0	69	0.89
62933952--62934025	9	8.0	9	77	19	73	60	0	1	37	1.05
62933945--62934048	11	10.5	10	75	20	69	57	0	2	39	1.13
62934752--62934806	29	1.9	29	88	3	85	21	18	20	40	1.92
62934847--62934924	40	2.0	40	86	0	111	23	26	29	20	1.99
62936354--62936379	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
62937030--62937069	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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