genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11391989--11392022	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
11393144--11393205	2	31.0	2	100	0	124	0	50	0	50	1.00
11417531--11417574	22	2.0	22	83	12	56	40	0	4	54	1.21
11418665--11418703	21	1.9	21	89	5	62	33	2	10	53	1.48
11420895--11420930	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
11420905--11420970	30	2.2	29	84	13	80	54	0	0	45	0.99
11420927--11420973	16	3.1	16	81	9	62	51	0	0	48	1.00
11421210--11421267	22	2.6	22	97	0	107	17	22	17	43	1.88
11431736--11431760	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
11436261--11436355	48	2.0	48	89	0	145	44	22	14	18	1.86
11436653--11436724	36	2.0	36	91	2	119	31	27	8	31	1.86
11444938--11445040	41	2.5	41	82	0	116	27	26	20	26	1.99
11445769--11445810	21	2.0	21	95	0	75	47	11	9	30	1.72
11455011--11455068	7	8.4	7	76	14	50	60	0	1	37	1.07
11454998--11455074	35	2.4	33	79	16	90	63	0	1	35	1.03
11455094--11455138	21	2.1	21	91	0	72	35	15	13	35	1.87
11460654--11460685	14	2.3	14	100	0	64	46	25	15	12	1.81
11467129--11467161	15	2.2	15	89	10	50	15	9	0	75	1.03
11478648--11478683	18	2.1	17	89	5	54	33	0	8	58	1.28
11481943--11482020	33	2.4	33	83	12	106	26	26	16	29	1.97
11481961--11482151	105	1.9	101	86	4	274	27	26	16	30	1.97
11491939--11491997	22	2.7	21	79	10	55	64	11	16	6	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11494330--11494360	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
11495934--11495997	31	2.1	31	100	0	128	25	15	18	40	1.90
11499330--11499360	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
11500385--11500410	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
11501027--11501052	7	3.7	7	100	0	52	42	26	15	15	1.87
11503157--11503205	21	2.3	23	80	16	61	30	28	22	18	1.97
11512417--11512479	31	2.0	31	100	0	126	38	17	3	41	1.65
11514023--11514134	57	2.0	54	87	5	161	38	12	8	40	1.74
11516778--11516825	24	2.0	24	100	0	96	45	8	29	16	1.76
11519725--11519862	45	3.0	46	89	5	210	28	28	7	34	1.86
11521088--11521135	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
11521293--11521424	42	3.2	42	76	1	122	17	22	17	42	1.89
11544812--11544838	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
11558955--11559005	23	2.2	23	86	6	68	39	19	9	31	1.84
11559446--11559517	24	3.0	24	77	6	83	29	0	2	68	1.04
11562131--11562157	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
11578565--11578617	27	1.9	27	84	3	70	69	1	3	24	1.15
11594515--11594623	42	2.6	43	84	7	125	31	26	16	25	1.97
11595737--11595764	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
11596804--11596861	30	1.9	31	92	3	100	41	10	17	31	1.83
11597178--11597272	45	2.1	45	86	0	136	26	16	23	33	1.96
11602899--11602943	2	25.0	2	79	20	55	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11602899--11602943	13	3.1	16	79	20	55	53	0	0	46	1.00
11606507--11606561	24	2.3	24	90	0	83	20	27	18	34	1.95
11607361--11607427	29	2.3	29	81	2	71	47	22	4	25	1.70
11608041--11608085	9	5.0	9	84	10	56	22	0	4	73	1.01
11608270--11608417	74	2.0	74	87	0	215	42	3	4	50	1.38
11608497--11608568	20	3.6	20	69	14	58	52	1	6	38	1.37
11609150--11609182	8	4.1	8	85	14	50	60	0	0	39	0.97
11609155--11609208	18	3.1	18	87	12	69	57	1	0	40	1.09
11609231--11609263	9	3.7	9	84	15	50	78	3	0	18	0.87
11609218--11609259	13	3.2	13	90	6	59	76	4	0	19	0.96
11609261--11609325	17	3.5	18	80	14	69	72	4	9	13	1.26
11609265--11609333	20	3.6	21	75	12	60	75	4	7	13	1.16
11609228--11609332	18	5.9	17	73	19	56	75	3	5	15	1.14
11621151--11621184	16	2.1	17	88	5	52	76	2	2	17	1.04
11623658--11623682	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
11635267--11635302	18	2.0	18	100	0	72	38	16	27	16	1.90
11650811--11650896	21	4.0	21	83	4	111	39	23	20	16	1.92
11650813--11650897	44	2.0	41	86	6	116	37	23	21	17	1.94
11651222--11651261	16	2.5	16	84	11	55	25	22	0	52	1.47
11651528--11651553	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
11651660--11651687	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
11652170--11652234	9	6.9	9	73	22	53	63	9	0	27	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11652832--11652908	31	2.5	30	85	6	100	44	7	15	32	1.75
11653331--11653468	31	4.6	30	74	13	106	63	1	1	34	1.13
11653387--11653426	21	1.9	21	94	0	71	62	0	0	37	0.95
11655077--11655110	17	1.9	18	88	5	52	17	35	23	23	1.95
11655288--11655313	11	2.4	11	100	0	52	7	34	11	46	1.69
11657121--11657207	23	3.9	22	76	13	79	19	4	21	54	1.62
11663189--11663224	16	2.2	16	95	0	63	38	33	0	27	1.57
11666731--11666916	50	3.8	48	87	3	257	25	22	34	17	1.95
11667292--11667321	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11667414--11667557	45	3.2	44	78	15	152	27	13	23	36	1.92
11670312--11670551	101	2.4	101	90	1	383	32	15	23	28	1.95
11670379--11670525	33	4.4	32	70	10	107	31	15	23	29	1.95
11670828--11670870	21	2.0	21	95	0	77	51	6	16	25	1.69
11672498--11672555	29	2.0	29	89	3	89	20	44	0	34	1.52
11672505--11672564	29	2.1	28	81	9	68	25	48	0	26	1.52
11687951--11688108	78	2.0	81	82	4	198	37	13	22	27	1.91
11705839--11705891	21	2.6	19	83	13	70	39	0	0	60	0.97
11705761--11705974	101	2.1	104	92	4	362	39	1	0	58	1.07
11705844--11705973	15	7.9	15	70	23	68	39	0	0	60	1.03
11706484--11706516	15	2.2	15	89	10	50	51	0	3	45	1.16
11706501--11706556	28	2.0	28	86	3	78	57	7	1	33	1.37
11713793--11713911	21	5.7	21	70	4	96	14	21	16	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11713771--11713927	42	3.7	42	80	3	163	14	21	17	46	1.84
11716826--11717124	50	5.8	50	87	2	391	21	30	22	25	1.98
11717219--11717250	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
11719091--11719145	22	2.5	22	82	5	67	41	18	27	12	1.86
11719693--11719728	18	1.9	19	88	5	56	33	19	0	47	1.50
11720146--11720188	5	8.6	5	100	0	86	58	0	0	41	0.98
11741821--11741854	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
11755008--11755054	2	23.5	2	95	0	85	0	46	2	51	1.13
11756334--11756370	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
11757285--11757325	20	2.0	22	90	9	68	56	4	36	2	1.34
11762998--11763027	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
11774321--11774386	15	4.4	16	71	19	52	40	0	0	59	0.98
11776899--11776984	31	2.7	31	84	8	104	58	0	1	40	1.06
11776900--11777021	42	3.0	40	84	10	158	59	0	0	39	1.03
11776906--11776968	17	3.8	17	72	23	62	63	0	0	36	0.95
11776906--11777021	11	11.2	11	66	27	58	62	0	0	37	1.02
11777000--11777070	18	3.8	17	70	21	52	66	0	2	30	1.06
11776976--11777039	28	2.3	28	97	0	119	65	0	0	34	0.93
11776990--11777039	10	5.2	10	73	9	50	72	0	0	28	0.86
11776979--11777049	28	2.5	28	90	4	99	66	0	2	30	1.06
11776990--11777072	40	2.1	38	91	4	130	67	0	2	30	1.03
11780356--11780404	20	2.6	20	81	12	68	22	2	0	75	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11786413--11786452	21	2.0	20	85	5	53	55	12	12	20	1.69
11791480--11791547	21	3.2	21	78	0	82	39	19	26	14	1.90
11791453--11791566	42	2.7	42	80	0	129	42	15	22	19	1.89
11791731--11791823	45	2.1	45	93	0	159	46	12	1	39	1.50
11793655--11793695	18	2.2	20	86	8	59	31	0	4	63	1.15
11802936--11803032	47	2.1	44	84	5	122	55	7	3	34	1.43
11804958--11805200	50	4.8	50	92	0	396	20	31	22	25	1.98
11805295--11805325	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
11805538--11805595	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
11808946--11808983	13	2.9	13	85	11	51	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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