genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18259819--18259848	16	1.9	16	93	6	53	53	10	16	20	1.71
18262163--18262246	31	2.7	31	88	0	123	19	15	10	54	1.69
18270995--18271032	5	7.4	5	96	3	67	2	0	36	60	1.11
18272013--18272075	24	2.7	23	75	15	67	57	4	0	38	1.20
18275133--18275163	11	2.9	11	95	4	55	74	0	0	25	0.82
18276357--18276381	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
18301466--18301562	25	3.8	25	71	16	72	61	3	2	32	1.23
18301487--18301526	19	2.1	19	86	9	55	70	0	2	27	1.01
18301452--18301517	27	2.5	26	75	9	62	69	1	0	28	0.97
18301497--18301563	26	2.6	24	77	15	62	61	2	2	32	1.26
18309706--18309775	36	1.9	36	88	0	104	42	4	14	38	1.65
18319532--18319670	39	3.5	39	87	4	170	33	17	16	32	1.93
18320796--18320847	21	2.6	19	80	19	61	42	0	15	42	1.47
18321156--18321293	25	5.6	24	74	13	95	23	21	22	32	1.98
18321155--18321300	73	2.0	73	93	0	247	23	21	21	33	1.97
18327721--18327779	29	2.0	29	86	0	82	42	11	25	20	1.86
18330333--18330419	39	2.2	39	79	6	95	18	2	17	62	1.44
18330424--18330471	6	8.2	6	79	4	53	43	2	0	54	1.12
18344715--18344870	24	6.5	24	89	5	228	39	22	22	16	1.92
18352514--18352605	41	2.2	41	84	0	112	28	25	20	26	1.99
18352879--18352905	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
18353310--18353351	21	2.0	21	95	0	75	47	11	9	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18360591--18360623	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
18360948--18360989	21	2.0	21	95	0	75	47	11	9	30	1.72
18363779--18363906	64	2.0	64	84	3	168	25	21	18	34	1.96
18372361--18372387	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
18373872--18374000	66	2.0	66	92	0	213	36	7	30	25	1.84
18380359--18380675	158	2.0	159	90	3	496	29	18	20	31	1.97
18381518--18381570	22	2.3	23	84	9	65	41	1	1	54	1.22
18386734--18386774	22	1.9	21	90	5	64	53	7	0	39	1.29
18391724--18391771	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
18409642--18409687	19	2.4	19	89	7	67	36	6	4	52	1.47
18414671--18414742	31	2.3	31	83	9	85	54	8	13	23	1.67
18433522--18433694	53	3.3	53	93	3	287	39	8	12	39	1.72
18433942--18434070	45	2.9	44	87	6	188	32	4	22	40	1.75
18435904--18435987	33	2.5	33	75	7	80	28	17	16	36	1.92
18436468--18436522	27	2.0	27	100	0	110	41	18	7	32	1.78
18436457--18436521	27	2.2	30	81	18	100	43	15	6	35	1.72
18441325--18441357	8	4.2	8	96	3	59	33	0	0	66	0.92
18452489--18452540	27	1.9	26	81	14	61	40	7	17	34	1.78
18463558--18463595	8	4.9	8	80	6	51	44	0	0	55	0.99
18463611--18463635	13	1.9	13	100	0	50	72	0	20	8	1.10
18464103--18464163	31	2.0	31	100	0	122	37	3	0	59	1.14
18464120--18464212	47	2.0	48	95	2	170	32	2	1	64	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18468620--18469058	219	2.0	219	100	0	878	35	10	23	31	1.88
18470335--18470377	22	2.0	22	90	0	68	20	11	6	60	1.54
18470413--18470471	30	2.0	30	93	0	100	27	3	15	54	1.57
18471892--18471934	19	2.3	19	79	0	50	27	18	4	48	1.68
18472287--18472340	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
18473035--18473088	25	2.1	27	83	13	69	3	24	3	68	1.22
18473295--18473336	18	2.3	19	87	4	59	54	2	0	42	1.13
18473562--18473605	3	16.0	3	77	17	51	63	2	0	34	1.07
18473562--18473597	8	4.5	8	100	0	72	63	0	0	36	0.94
18473562--18473605	16	2.7	16	92	3	61	63	2	0	34	1.07
18474045--18474089	24	1.9	23	81	4	54	40	13	4	42	1.64
18493659--18493705	23	2.0	23	91	0	76	42	4	10	42	1.59
18493804--18493860	26	2.1	27	84	9	73	66	3	29	0	1.08
18494929--18495029	37	2.6	38	75	6	96	22	20	28	27	1.99
18497705--18497735	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
18498632--18498905	41	6.7	41	92	2	442	28	20	28	22	1.99
18504076--18504104	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
18511187--18511316	64	2.0	64	82	2	154	22	19	22	36	1.95
18511677--18511793	42	2.8	41	83	2	153	24	18	26	29	1.98
18512143--18512177	15	2.4	14	86	9	52	22	0	37	40	1.55
18512157--18512211	28	2.0	28	88	0	83	21	0	38	40	1.54
18512164--18512204	21	2.0	20	85	4	55	19	0	39	41	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18512377--18512428	7	7.4	7	86	0	59	21	0	28	50	1.49
18512805--18512837	16	2.1	16	88	11	50	57	0	3	39	1.14
18514895--18514974	36	2.2	36	95	0	142	38	6	21	33	1.78
18520315--18520344	8	3.8	8	100	0	60	36	0	0	63	0.95
18520407--18520441	11	3.2	11	100	0	70	48	8	42	0	1.33
18521653--18521720	22	3.1	22	84	0	91	14	25	19	41	1.89
18522430--18522515	43	2.0	43	88	0	127	36	8	10	45	1.68
18522894--18523022	65	2.0	66	90	1	206	29	17	29	24	1.97
18522962--18523060	43	2.3	43	84	3	128	27	19	24	29	1.98
18523067--18523101	18	1.9	18	88	0	52	8	25	22	42	1.82
18526882--18526915	16	2.1	16	88	0	50	55	0	11	32	1.36
18529403--18529463	25	2.4	25	83	5	68	29	11	1	57	1.44
18532065--18532124	31	2.0	30	90	3	93	38	8	0	53	1.31
18539792--18539880	42	2.1	42	100	0	178	42	15	13	28	1.85
18546585--18546706	10	12.6	10	73	18	82	61	0	0	36	1.08
18546594--18546635	18	2.3	18	88	11	68	69	0	0	30	0.89
18546586--18546704	27	4.1	27	70	23	82	61	0	0	36	1.08
18546585--18546706	38	3.2	38	74	15	108	61	0	0	36	1.08
18546564--18546707	48	3.0	48	77	8	141	63	0	2	34	1.11
18546586--18546685	28	3.5	30	77	12	95	61	1	1	37	1.10
18546565--18546754	10	19.7	9	70	21	75	61	1	2	35	1.15
18546679--18546724	21	2.2	20	82	14	58	60	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18546575--18546717	20	7.2	20	72	19	88	61	1	1	35	1.13
18546876--18546924	19	2.6	19	78	12	64	46	18	0	34	1.49
18547229--18547414	9	19.6	9	67	18	51	36	2	2	58	1.27
18554132--18554185	23	2.3	24	84	9	67	62	0	7	29	1.22
18554814--18554849	19	1.9	19	88	5	56	41	0	5	52	1.24
18562041--18562185	6	22.2	6	71	21	80	32	2	50	15	1.55
18562041--18562185	13	11.1	13	68	22	81	32	2	50	15	1.55
18562232--18562376	25	5.2	30	86	9	152	47	0	11	40	1.44
18562232--18562354	59	2.2	55	88	5	174	50	0	10	38	1.43
18562548--18562600	21	2.5	21	87	0	79	30	33	9	26	1.88
18563943--18564027	42	2.0	42	97	0	161	42	22	7	28	1.79
18568683--18568714	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18571061--18571153	2	47.5	2	83	4	91	52	0	2	45	1.12
18572453--18572491	20	2.0	19	85	14	53	43	2	0	53	1.14
18605038--18605409	114	3.3	112	86	4	523	26	23	26	24	2.00
18608314--18608856	147	3.7	147	93	1	928	44	13	17	25	1.84
18610398--18610647	43	5.8	43	82	3	270	22	17	30	29	1.97
18613312--18613423	53	2.1	54	83	6	140	55	5	6	33	1.48
18613684--18613723	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
18613686--18613737	12	4.1	12	81	16	52	69	1	0	28	0.99
18614141--18614198	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
18614154--18614232	21	3.8	19	80	12	77	39	16	7	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18614188--18614231	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
18616717--18616827	51	2.2	51	91	3	179	28	27	3	39	1.73
18617734--18617773	20	2.0	19	85	9	53	32	2	12	52	1.52
18618910--18618958	21	2.4	21	79	3	55	38	32	24	4	1.74
18619148--18619227	29	2.8	29	98	0	151	46	26	0	27	1.53
18619113--18619509	101	3.9	101	91	5	643	46	22	0	30	1.52
18619247--18619328	29	2.9	28	92	5	137	51	23	0	25	1.49
18619370--18619435	29	2.3	29	97	0	123	46	27	0	25	1.53
18619113--18619509	208	1.9	204	92	5	674	46	22	0	30	1.52
18619446--18619515	29	2.4	29	85	0	104	48	24	0	27	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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