genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68737709--68737758	7	7.1	7	97	0	82	10	0	48	42	1.37
68741288--68741334	22	2.1	23	84	4	60	31	0	2	65	1.04
68745605--68745921	96	3.3	95	88	2	456	40	17	1	40	1.58
68753261--68753290	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
68759498--68759562	31	2.1	31	97	0	121	43	9	12	35	1.74
68761002--68761589	193	3.0	193	97	0	1113	44	5	15	35	1.69
68762384--68762409	13	2.0	13	100	0	52	69	0	30	0	0.89
68763362--68763409	25	1.9	25	82	0	60	35	0	4	60	1.16
68763793--68763825	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
68764119--68764157	18	2.2	18	85	0	51	35	20	0	43	1.52
68773283--68773330	4	11.8	4	91	4	78	25	0	27	47	1.52
68774843--68774867	7	3.6	7	100	0	50	16	12	40	32	1.84
68777125--68777167	21	2.2	20	87	8	61	25	2	4	67	1.22
68777129--68777178	21	2.3	22	83	10	59	24	2	2	72	1.06
68782397--68782427	15	2.1	15	100	0	62	54	6	6	32	1.51
68782841--68782896	26	2.1	27	83	6	71	53	5	3	37	1.41
68788410--68788465	14	3.9	14	76	23	62	60	8	5	25	1.47
68792819--68792878	30	2.0	30	90	0	93	10	6	13	70	1.34
68801658--68801758	18	5.4	18	69	23	68	55	2	0	40	1.22
68801652--68801760	53	2.1	53	98	0	209	53	3	2	40	1.33
68802351--68802392	22	1.9	22	90	9	68	61	4	2	30	1.29
68802413--68802724	136	2.3	138	83	4	389	43	11	8	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68806691--68806716	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
68808985--68809032	15	3.1	15	80	11	60	35	4	0	60	1.16
68815618--68815656	12	3.0	13	88	7	53	17	7	0	74	1.05
68818252--68818322	20	3.4	20	79	13	72	60	4	0	35	1.16
68825150--68825184	17	2.1	17	89	5	54	54	0	0	45	0.99
68825873--68825898	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
68828841--68828892	21	2.5	21	76	14	54	21	5	42	30	1.76
68830050--68830092	21	2.0	21	81	4	50	60	4	2	32	1.30
68830052--68830099	19	2.6	17	78	18	51	60	2	2	35	1.20
68832696--68832740	20	2.2	21	88	4	65	40	2	8	48	1.47
68832702--68832746	20	2.2	20	84	7	56	44	0	6	48	1.29
68834769--68834800	10	3.4	10	91	8	50	71	0	0	28	0.86
68837558--68837882	160	2.0	160	90	0	506	38	9	18	34	1.83
68846448--68846473	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68847852--68847900	24	2.1	23	81	11	55	55	10	0	34	1.34
68850064--68850106	23	1.9	23	85	4	61	34	4	2	58	1.32
68852064--68852089	5	5.2	5	100	0	52	42	57	0	0	0.98
68853653--68853694	21	2.0	21	100	0	84	23	19	0	57	1.41
68853735--68853771	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
68853735--68853785	18	2.7	19	85	8	61	41	0	5	52	1.25
68856324--68856405	31	2.7	30	75	17	89	35	8	12	43	1.72
68859134--68859160	12	2.2	12	100	0	54	0	7	7	85	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68863127--68863164	20	1.9	20	94	0	67	52	0	5	42	1.24
68863432--68863465	7	4.7	7	96	3	59	41	2	14	41	1.61
68866440--68866737	113	2.6	113	79	4	294	33	17	12	36	1.88
68868493--68868552	25	2.4	25	94	0	102	56	21	3	18	1.55
68870192--68870261	24	3.0	23	76	15	56	44	8	0	47	1.34
68870831--68870855	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
68875035--68875079	19	2.4	19	80	0	54	13	8	20	57	1.62
68884545--68884610	30	2.2	30	100	0	132	34	18	3	43	1.65
68885469--68885525	19	2.9	20	73	19	57	52	1	0	45	1.11
68886517--68886570	20	2.7	20	80	8	56	57	9	1	31	1.41
68886551--68886616	18	3.7	18	72	6	53	51	4	0	43	1.22
68886643--68886676	9	3.8	9	92	0	59	70	0	0	29	0.87
68892772--68892828	27	2.2	26	87	9	80	8	15	3	71	1.24
68899161--68899226	30	2.2	30	100	0	132	34	18	3	43	1.65
68901124--68901162	19	2.0	21	90	10	64	56	7	0	35	1.28
68901123--68901228	19	5.2	20	69	27	57	55	8	0	35	1.30
68901124--68901193	19	3.7	18	76	19	63	57	10	0	32	1.32
68901253--68901277	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
68901619--68901672	28	1.9	28	88	0	81	46	11	5	37	1.63
68901619--68901678	29	2.1	28	84	3	75	46	10	5	38	1.59
68903736--68903774	20	2.0	20	94	0	69	33	17	23	25	1.96
68904274--68904514	122	2.0	121	88	0	356	39	16	12	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68905442--68905482	18	2.2	19	83	12	50	65	7	0	26	1.18
68925932--68926572	204	3.0	204	85	5	762	24	27	17	30	1.97
68926136--68926912	228	3.5	228	89	3	1113	25	27	16	29	1.97
68927441--68927793	176	2.0	174	82	2	429	35	18	16	28	1.93
68927827--68927883	29	2.0	29	89	0	87	28	17	8	45	1.78
68929722--68929770	23	2.3	21	89	10	73	22	10	34	32	1.88
68939364--68939409	23	2.0	23	86	0	65	13	28	26	32	1.93
68955700--68955765	28	2.3	29	89	5	100	40	9	1	48	1.44
68955835--68955902	27	2.5	27	95	0	118	26	26	27	19	1.99
68956693--68956759	28	2.4	27	87	7	98	41	10	1	46	1.47
68956761--68956794	17	2.0	17	88	11	52	82	5	5	5	0.95
68958973--68959010	18	2.1	18	95	0	67	13	47	5	34	1.65
68958976--68959017	18	2.3	18	87	0	66	19	50	2	28	1.60
68959632--68959782	61	2.5	62	79	14	172	54	10	0	35	1.35
68959674--68959792	12	9.8	12	68	16	68	55	10	0	33	1.35
68959755--68959789	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
68960074--68960169	27	3.6	27	95	0	165	16	31	29	22	1.96
68960255--68960326	28	2.6	29	93	4	121	50	1	9	38	1.44
68969063--68969139	33	2.3	33	100	0	154	45	15	19	19	1.85
68971587--68972425	228	3.7	222	91	2	1221	24	28	16	30	1.97
68973202--68973247	20	2.3	20	85	14	60	26	13	28	32	1.93
68973229--68973284	29	1.9	29	81	0	67	14	10	37	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68973291--68973343	21	2.5	21	84	0	70	20	3	28	47	1.68
68977178--68977226	19	2.6	19	86	0	62	55	6	0	38	1.25
68992593--68992632	21	1.9	21	89	0	62	35	0	2	62	1.09
68992864--68992897	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
68999747--68999775	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
69005209--69005249	9	4.4	9	85	14	57	26	2	0	70	0.99
69005216--69005281	11	6.4	11	70	16	52	27	3	1	68	1.13
69005209--69005281	9	7.3	10	75	14	55	28	2	1	67	1.13
69005293--69005364	20	3.7	19	78	14	76	33	0	9	56	1.32
69015450--69015488	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
69017023--69017083	31	2.0	31	96	0	113	26	14	9	49	1.75
69017544--69017697	76	2.0	76	92	2	256	31	14	12	40	1.85
69018819--69018959	70	2.0	70	98	0	273	22	21	11	43	1.84
69021147--69021193	2	24.0	2	91	4	78	48	2	0	48	1.13
69028462--69028699	50	4.7	50	84	4	291	29	26	15	28	1.96
69028458--69028699	101	2.4	101	84	4	310	29	26	16	28	1.97
69032669--69032744	23	3.3	23	94	0	134	32	26	19	21	1.97
69036609--69036633	12	2.1	12	100	0	50	20	0	24	56	1.43
69043069--69043138	32	2.2	32	76	16	74	34	0	2	62	1.10
69047757--69047796	21	2.0	21	90	5	64	45	0	2	52	1.14
69049249--69049307	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
69051366--69051438	10	7.5	10	79	11	62	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69051396--69051433	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
69051552--69051592	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
69052529--69052630	45	2.3	45	87	5	152	22	14	17	45	1.85
69056866--69056909	22	2.0	23	81	4	54	70	4	4	20	1.23
69057802--69057836	12	2.9	12	86	0	52	57	2	2	37	1.29
69062442--69062469	13	2.2	13	100	0	56	21	10	14	53	1.70
69079143--69079206	13	4.9	13	82	0	83	37	20	6	35	1.78
69079142--69079206	26	2.5	26	84	2	94	36	20	6	36	1.77
69087568--69087652	43	2.0	43	88	0	125	16	3	14	65	1.39
69087747--69088086	110	3.1	108	91	3	506	32	16	16	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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