Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  37  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16021296--16021335
6
7.0
6
78
21
50
32
0
0
67
0.91
16021281--16021332
22
2.4
22
86
0
68
36
3
0
59
1.16
16021294--16021329
16
2.2
17
85
14
58
36
0
0
63
0.94
16022270--16022310
20
2.0
21
85
4
57
73
4
9
12
1.24
16022463--16022560
48
2.0
48
100
0
196
36
10
22
30
1.87
16030349--16030485
2
70.5
2
69
8
50
40
8
0
51
1.31
16030349--16030427
29
2.6
31
82
8
108
43
10
0
46
1.37
16030348--16030445
29
3.3
29
79
4
106
40
8
0
51
1.32
16030455--16030591
57
2.5
53
79
9
141
37
9
1
51
1.44
16030555--16030589
10
3.5
10
100
0
70
48
8
0
42
1.33
16030519--16030599
20
4.1
20
73
12
69
37
8
0
54
1.31
16030597--16030655
20
3.1
19
75
18
59
22
5
0
72
1.03
16030672--16030716
23
1.9
23
81
4
54
17
4
15
62
1.49
16030966--16031109
73
2.0
73
95
0
261
26
18
19
35
1.95
16034366--16034552
100
1.8
99
84
7
250
29
16
24
29
1.96
16034542--16034587
24
1.9
24
86
8
67
73
4
0
21
1.00
16034554--16034598
20
2.2
20
84
7
56
75
4
2
17
1.07
16035151--16035185
15
2.4
15
90
4
54
48
0
8
42
1.33
16039709--16039752
15
2.8
15
93
6
70
47
0
0
52
1.00
16039694--16039753
20
3.0
20
83
9
79
43
0
0
56
0.99
16039694--16039753
5
12.2
5
76
16
63
43
0
0
56
0.99
16049566--16049617
24
2.2
24
89
0
77
51
5
3
38
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16052826--16052876
21
2.5
21
90
3
77
1
11
7
78
1.04
16052826--16052884
21
2.9
20
74
18
59
1
10
8
79
1.00
16053100--16053130
4
8.0
4
92
7
55
74
0
0
25
0.82
16053435--16053499
32
2.1
32
94
2
114
47
10
9
32
1.70
16054148--16054252
51
2.1
51
96
0
192
38
16
12
33
1.86
16059454--16059501
2
24.5
2
95
4
89
50
0
50
0
1.00
16068473--16068510
14
2.7
15
84
12
53
18
28
2
50
1.61
16070016--16070040
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
16078821--16078856
15
2.5
14
86
8
54
44
8
0
47
1.33
16085468--16085508
18
2.4
16
88
8
55
53
4
0
41
1.22
16085468--16085509
16
2.4
18
88
7
61
52
4
0
42
1.22
16086710--16086845
40
3.5
39
76
4
123
38
21
20
19
1.94
16086883--16087083
41
4.9
41
91
3
325
22
20
24
32
1.98
16086883--16087120
123
1.9
123
89
5
374
21
21
25
31
1.98
16086884--16087120
41
5.8
40
88
3
298
21
21
25
32
1.98
16087563--16087601
20
2.0
20
89
0
60
25
0
43
30
1.55
16087688--16087722
14
2.5
13
86
13
52
17
0
45
37
1.48
16087637--16087907
89
3.2
82
83
8
296
29
1
23
44
1.64
16090320--16090362
21
2.0
21
81
0
50
0
27
0
72
0.85
16091143--16091171
8
3.8
8
90
9
51
0
0
51
48
1.00
16091142--16091171
15
2.0
15
100
0
60
0
0
53
46
1.00
16091351--16091394
21
2.2
20
88
12
63
79
0
6
13
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16091401--16091462
20
2.9
21
74
13
56
46
8
0
45
1.32
16091415--16091469
23
2.5
22
80
8
60
49
7
1
41
1.41
16092535--16092609
38
2.0
38
97
0
141
24
18
13
44
1.85
16093900--16093933
16
2.1
16
94
0
59
55
0
14
29
1.40
16093962--16093994
16
2.1
16
100
0
66
51
0
18
30
1.46
16094058--16094154
9
10.8
9
72
22
62
46
14
0
39
1.45
16094062--16094281
34
6.2
34
72
22
175
48
11
0
39
1.45
16094093--16094125
16
2.1
16
100
0
66
45
24
0
30
1.53
16094112--16094304
31
6.0
31
82
10
210
48
10
2
38
1.50
16094059--16094154
47
2.0
49
87
6
142
46
14
0
38
1.45
16094175--16094218
22
2.0
22
95
0
79
47
11
0
40
1.39
16094203--16094263
17
3.8
15
74
19
52
50
6
0
42
1.28
16094172--16094281
9
12.0
9
69
21
52
50
9
0
40
1.34
16097321--16097490
66
2.6
65
78
7
184
42
18
25
12
1.85
16097462--16097553
21
4.4
21
85
0
103
38
18
40
3
1.67
16097904--16098079
43
4.1
43
83
5
203
23
17
31
27
1.96
16097924--16098111
43
4.4
43
82
6
193
28
17
31
23
1.96
16098765--16098818
27
2.0
26
82
10
65
51
1
1
44
1.22
16102147--16102189
22
1.9
23
90
4
70
74
6
6
11
1.21
16102249--16102283
13
2.7
13
81
0
52
34
5
25
34
1.80
16121406--16121581
86
2.1
86
79
4
196
47
1
4
46
1.33
16126321--16126552
46
5.0
46
95
2
394
31
27
7
33
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16127775--16127822
17
2.9
17
84
3
62
50
18
2
29
1.59
16127901--16127980
42
1.9
42
92
0
133
28
26
17
27
1.98
16134737--16134792
27
2.1
27
100
0
112
48
7
5
39
1.54
16139606--16139653
16
3.0
16
87
0
78
43
4
6
45
1.48
16139698--16139866
83
2.0
85
91
3
279
38
6
7
47
1.57
16142677--16142723
18
2.7
18
80
9
53
23
0
4
72
1.02
16144737--16144857
40
3.0
40
74
11
106
28
23
19
28
1.98
16144999--16145056
17
3.6
16
72
23
50
51
12
0
36
1.39
16145837--16145878
21
2.0
21
85
0
57
38
4
2
54
1.34
16151014--16151052
20
2.0
20
89
0
60
30
0
7
61
1.24
16151233--16151295
32
2.0
32
84
3
83
50
4
4
39
1.44
16151846--16151871
7
3.7
7
100
0
52
46
0
0
53
1.00
16153724--16153899
88
2.0
88
94
0
307
32
28
9
29
1.88
16163574--16163608
16
2.1
17
89
5
54
40
22
0
37
1.55
16163612--16163650
2
20.0
2
85
15
55
48
2
0
48
1.15
16164388--16164419
16
1.9
17
93
6
57
3
18
3
75
1.08
16164427--16164460
14
2.2
16
90
10
54
58
0
0
41
0.98
16166032--16166100
23
2.8
25
83
14
90
23
26
21
28
1.99
16166942--16166971
7
4.3
7
100
0
60
86
0
13
0
0.57
16170572--16170598
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
16186534--16186650
51
2.3
51
90
0
189
27
22
15
35
1.94
16190399--16190433
2
18.0
2
94
5
63
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16191102--16191205
9
11.1
9
73
11
52
57
1
0
39
1.16
16191102--16191205
47
2.2
47
81
6
113
57
1
0
39
1.16
16197449--16197525
29
2.6
29
79
4
82
49
15
12
22
1.78
16222472--16222514
22
2.0
22
85
0
59
20
4
13
60
1.51
16236252--16236293
20
2.0
21
86
4
59
61
11
2
23
1.42
16238713--16238776
30
2.1
29
83
11
76
48
0
1
50
1.10
16238721--16238783
28
2.3
27
76
13
65
49
0
1
49
1.10
16241064--16241123
3
20.0
3
100
0
120
33
0
0
66
0.92
16250573--16250635
7
9.0
7
91
0
90
30
0
28
41
1.56
16251070--16251105
15
2.4
15
90
0
54
55
11
0
33
1.35
16251133--16251162
15
2.0
15
93
0
51
56
16
6
20
1.62
16261290--16261326
9
4.1
9
89
0
56
32
10
13
43
1.79
16261683--16261737
9
5.8
9
75
24
51
43
5
3
47
1.44
16261676--16261740
31
2.1
31
97
0
121
43
4
6
46
1.49
16263379--16263411
7
4.7
7
100
0
66
27
0
15
57
1.38
16265201--16265317
18
6.8
18
68
21
63
62
0
0
36
1.01
16265214--16265294
11
8.4
11
68
29
60
60
0
1
38
1.05
16265203--16265315
29
4.0
30
82
12
157
61
0
0
37
1.02
16265202--16265312
55
2.0
55
92
0
186
62
0
0
36
1.02
16265867--16266243
125
3.0
125
91
0
585
33
22
15
28
1.95
16271974--16272046
28
2.9
24
77
15
92
12
24
4
58
1.51
16280296--16280363
33
2.1
33
97
0
127
29
5
17
47
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16290280--16290332
8
6.2
8
77
12
52
43
0
1
54
1.11
16290352--16290387
17
2.2
17
90
5
56
38
2
2
55
1.29
16290242--16290397
71
2.2
70
84
1
204
38
4
3
53
1.40
16290400--16290425
9
2.9
9
100
0
52
65
0
0
34
0.93
16290479--16290628
71
2.1
71
86
6
214
43
2
4
50
1.35
16290535--16290645
17
6.4
17
69
18
68
41
2
2
53
1.29
16290709--16290747
17
2.3
17
95
0
69
51
0
2
46
1.14
16290749--16290788
20
2.0
21
85
5
55
37
5
0
57
1.21
16290781--16290807
11
2.5
11
100
0
54
66
0
0
33
0.92
16290959--16290995
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226