genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  50  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20581995--20582028	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
20589823--20589848	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
20593374--20593443	36	1.9	37	94	5	126	48	14	11	25	1.77
20594575--20594631	28	2.0	28	100	0	114	33	14	17	35	1.90
20598774--20598852	29	2.7	29	84	4	86	24	13	13	48	1.79
20599514--20599546	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
20599980--20600018	15	2.6	16	88	8	55	82	7	5	5	0.96
20600048--20600124	27	2.9	27	88	0	100	27	20	41	10	1.85
20600171--20600279	18	6.1	17	76	14	80	65	0	33	1	1.04
20600173--20600274	10	9.8	10	68	16	55	67	0	31	0	0.97
20600207--20600268	19	3.2	20	81	9	83	64	0	33	1	1.03
20600182--20600279	38	2.8	35	84	7	119	66	0	31	2	1.03
20600489--20600527	14	2.7	15	84	8	53	61	5	5	28	1.39
20600501--20600529	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
20601535--20601571	17	2.2	17	100	0	74	45	8	16	29	1.76
20603783--20603845	10	6.5	10	73	14	60	1	31	0	66	1.01
20603767--20603848	34	2.4	35	83	8	105	1	30	0	68	0.98
20603807--20603857	16	3.7	13	73	21	50	0	35	0	64	0.94
20603783--20603865	28	3.0	28	77	16	73	1	31	0	67	0.98
20603721--20603840	38	3.3	35	77	11	116	1	30	0	68	0.99
20603779--20603853	38	2.0	38	86	5	107	1	33	0	65	1.01
20603823--20603865	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20603790--20603867	18	4.5	17	76	15	63	1	32	0	66	1.00
20603914--20603966	27	2.0	27	96	0	97	11	43	20	24	1.85
20604001--20604072	27	2.6	27	86	6	101	47	1	9	41	1.45
20605236--20605266	16	1.9	16	93	0	53	41	9	12	35	1.76
20605378--20605460	3	27.3	3	90	2	130	63	2	1	32	1.15
20606660--20606691	13	2.4	14	90	10	50	34	0	0	65	0.93
20624072--20624114	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
20628725--20628809	43	2.0	43	88	0	125	27	30	17	24	1.97
20630783--20630815	12	2.5	13	90	9	50	21	0	6	72	1.05
20634728--20634767	17	2.4	17	86	0	53	15	22	27	35	1.94
20635589--20635657	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
20644645--20644770	43	2.9	43	75	9	121	35	26	16	20	1.94
20646885--20646933	19	2.6	19	80	0	53	18	24	32	24	1.97
20649462--20649489	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
20654989--20655013	12	2.1	12	100	0	50	24	24	20	32	1.98
20657953--20657980	13	2.2	13	100	0	56	64	0	0	35	0.94
20657906--20658044	69	2.0	69	98	0	269	46	15	2	35	1.60
20667285--20667323	18	2.1	19	86	13	55	56	2	0	41	1.13
20668464--20668488	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
20668838--20668938	51	2.0	52	88	3	152	20	11	31	35	1.89
20670331--20670369	20	2.0	20	89	0	60	15	2	35	46	1.60
20670496--20670523	12	2.3	12	100	0	56	42	7	10	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20691001--20691053	22	2.4	22	84	6	72	33	32	0	33	1.58
20691079--20691142	29	2.2	28	83	8	85	39	1	1	57	1.17
20691088--20691149	29	2.1	29	82	11	74	38	0	1	59	1.07
20691240--20691273	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
20692230--20692261	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
20693114--20693169	24	2.3	24	93	0	94	28	35	16	19	1.93
20695302--20695572	125	2.2	126	84	5	352	33	20	14	31	1.93
20695789--20695850	29	2.2	28	85	5	81	46	14	12	25	1.80
20701085--20701133	22	2.3	22	77	19	59	57	2	2	38	1.22
20704181--20704658	48	9.6	51	86	6	658	29	50	6	13	1.67
20704115--20704660	48	10.9	48	83	9	639	28	49	7	14	1.69
20704115--20704657	99	5.4	99	88	4	729	28	49	7	14	1.69
20724205--20724272	3	23.0	3	92	3	93	0	36	0	63	0.95
20725580--20725615	18	2.0	18	88	0	54	44	0	8	47	1.33
20728866--20728923	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
20729136--20729166	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
20729261--20729502	50	4.8	50	87	0	340	25	22	30	21	1.98
20736456--20736513	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
20736726--20736756	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
20736851--20737022	50	3.4	50	94	0	290	25	22	31	19	1.98
20740065--20740127	24	2.7	23	85	5	72	28	0	3	68	1.05
20740088--20740165	36	2.1	37	79	9	79	32	1	5	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20740115--20740168	26	2.1	26	85	0	72	31	1	3	62	1.23
20740359--20740392	14	2.4	14	85	0	50	26	0	0	73	0.83
20740361--20740423	23	2.7	22	76	13	56	28	1	4	65	1.22
20751402--20751441	18	2.2	19	90	4	64	55	5	0	40	1.22
20752660--20752692	16	1.9	18	88	11	52	60	0	0	39	0.97
20756273--20756327	30	1.9	30	82	10	71	56	3	3	36	1.34
20756547--20756577	14	2.2	14	100	0	62	61	0	0	38	0.96
20756549--20756591	11	3.6	11	84	9	50	53	0	2	44	1.13
20758852--20758904	26	2.1	24	86	6	70	52	5	1	39	1.36
20761319--20761362	21	2.2	20	92	8	72	38	2	4	54	1.33
20768047--20768072	11	2.4	11	100	0	52	19	7	7	65	1.43
20772305--20772398	29	3.5	27	75	16	88	50	5	8	36	1.56
20772303--20772366	29	2.2	30	91	2	103	46	6	7	39	1.58
20772420--20772448	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
20773445--20773488	18	2.5	18	85	3	54	6	18	34	40	1.77
20773840--20774033	44	4.5	44	69	12	150	27	22	23	27	1.99
20774152--20775072	132	7.0	132	90	2	1329	27	23	19	29	1.98
20774242--20774686	44	10.1	44	67	11	223	27	24	19	28	1.98
20776484--20776526	13	3.2	13	81	12	52	13	13	2	69	1.28
20777474--20777515	22	1.9	22	90	0	66	66	7	14	11	1.43
20780889--20780984	29	3.7	27	74	18	89	52	5	7	35	1.52
20780890--20780953	29	2.2	30	88	2	94	48	6	6	39	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20782041--20782084	18	2.5	18	85	3	54	6	18	34	40	1.77
20784775--20785145	105	3.6	103	92	2	600	30	29	19	19	1.97
20785474--20785537	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
20785481--20785537	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
20786488--20786578	44	2.1	44	93	4	157	28	9	12	49	1.72
20788443--20788527	44	1.9	44	92	0	143	27	14	12	45	1.81
20789209--20789246	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
20802186--20802256	35	2.0	35	100	0	142	32	19	16	30	1.95
20813163--20813436	94	2.9	93	80	6	284	40	16	4	38	1.68
20814583--20814613	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
20819497--20819521	13	1.9	13	100	0	50	28	16	0	56	1.41
20821964--20822014	25	2.1	24	82	10	59	13	21	3	60	1.49
20830720--20830753	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
20837449--20837509	29	2.1	28	87	3	86	26	14	18	40	1.89
20852237--20852280	23	1.9	23	100	0	88	36	18	0	45	1.49
20852675--20852782	31	3.5	30	70	13	85	53	6	2	37	1.41
20871591--20871642	27	1.9	27	84	7	70	46	0	3	50	1.20
20873051--20873123	30	2.4	31	88	2	112	28	13	10	46	1.77
20877473--20877528	16	3.5	15	77	15	51	69	3	0	26	1.04
20877471--20877511	18	2.3	18	86	0	55	73	4	0	21	1.02
20877683--20877721	19	2.0	20	90	5	62	38	5	2	53	1.37
20879496--20879540	20	2.2	21	84	4	56	4	24	0	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20879496--20879540	21	2.1	21	84	8	56	4	24	0	71	1.05
20883520--20883573	20	2.7	20	75	8	56	59	3	0	37	1.15
20883523--20883573	19	2.5	20	78	9	59	56	3	0	39	1.18
20884192--20884229	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
20885117--20885181	3	21.7	3	93	0	112	35	0	1	63	1.04
20890114--20890156	21	2.0	21	82	8	52	20	20	6	51	1.71
20891237--20891329	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
20892449--20892488	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
20892715--20892752	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
20893365--20893402	20	1.9	20	88	0	58	28	21	7	42	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226