genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68037927--68038002	34	2.2	35	76	6	84	27	5	3	63	1.34
68037913--68038440	158	3.4	158	84	5	628	28	9	7	54	1.59
68039203--68039261	27	2.1	27	81	9	66	33	10	3	52	1.52
68040237--68040308	35	2.0	36	94	2	128	43	8	5	43	1.58
68040981--68041014	7	4.7	7	89	7	50	85	0	0	14	0.60
68040981--68041014	8	4.4	8	92	7	52	85	0	0	14	0.60
68040981--68041014	15	2.3	15	94	0	59	85	0	0	14	0.60
68041849--68041897	23	2.2	23	78	14	57	18	2	16	63	1.41
68041851--68041897	22	2.1	22	84	7	60	17	2	17	63	1.40
68043620--68043709	46	2.0	46	95	0	162	27	16	23	32	1.96
68049000--68049054	28	2.0	28	89	7	85	61	5	0	32	1.19
68050832--68050879	13	3.8	13	80	5	53	56	0	0	43	0.99
68053095--68053121	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68053229--68053288	31	1.9	31	83	6	77	40	10	11	38	1.75
68053284--68053314	14	2.2	14	100	0	62	35	19	6	38	1.77
68069685--68069726	13	3.1	13	83	10	57	54	0	21	23	1.44
68072008--68072057	17	2.7	19	78	15	68	38	2	0	60	1.09
68074594--68074709	33	3.5	33	74	8	112	51	4	6	37	1.46
68076453--68076515	29	2.1	29	82	11	74	47	6	0	46	1.28
68078682--68078716	18	1.9	19	88	11	56	42	0	0	57	0.99
68078842--68078877	17	2.2	16	90	5	54	36	5	8	50	1.56
68082252--68082285	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68082990--68083025	19	2.0	17	89	10	54	63	5	8	22	1.43
68082990--68083025	18	1.9	19	88	5	56	63	5	8	22	1.43
68084194--68084228	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
68089690--68089731	14	3.0	14	76	13	50	50	0	0	50	1.00
68089680--68089727	24	2.0	24	83	4	60	54	4	0	41	1.20
68089938--68089981	16	2.9	15	76	6	52	54	4	13	27	1.58
68089944--68089994	15	3.3	16	78	8	61	58	1	9	29	1.41
68090925--68091005	40	2.0	40	100	0	162	41	6	17	34	1.74
68094845--68094922	36	2.2	37	93	6	142	26	12	19	41	1.87
68097422--68097451	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
68101800--68101847	24	2.0	24	84	8	62	20	2	10	66	1.32
68108795--68108843	17	2.9	17	90	0	71	20	8	28	42	1.80
68108832--68108875	17	2.6	17	88	0	70	25	11	29	34	1.91
68110476--68110531	25	2.2	25	81	6	69	37	19	25	17	1.94
68114174--68114211	19	1.9	20	89	10	60	47	5	7	39	1.55
68118520--68118554	18	2.0	18	94	5	63	40	0	25	34	1.56
68119366--68119688	106	3.0	107	88	1	441	34	17	17	30	1.93
68119819--68119912	4	21.8	4	76	12	55	71	4	4	20	1.20
68119816--68119893	20	3.9	21	73	15	67	69	6	5	19	1.30
68119879--68119929	5	10.0	5	85	8	68	74	1	1	21	1.02
68120271--68120313	3	14.3	3	90	0	68	62	0	4	32	1.15
68120271--68120313	12	3.6	12	96	0	77	62	0	4	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68129667--68129700	18	1.9	18	88	5	52	47	11	8	32	1.71
68129693--68129726	15	2.3	15	90	10	52	50	2	0	47	1.16
68132987--68133133	27	5.4	27	76	3	109	36	18	25	20	1.95
68134627--68134651	13	1.9	13	100	0	50	24	48	12	16	1.79
68136234--68136274	13	3.1	14	82	10	59	19	17	14	48	1.81
68141138--68141189	18	2.9	18	75	16	54	50	13	3	32	1.60
68141758--68141784	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
68143336--68143925	98	6.1	97	73	8	396	26	22	16	34	1.95
68143279--68143886	290	2.1	290	90	2	970	25	22	17	34	1.96
68143447--68143941	49	10.2	49	66	8	161	26	22	16	35	1.95
68146821--68146850	10	3.0	10	95	0	51	3	10	16	70	1.29
68147022--68147094	25	3.0	25	76	9	69	28	15	36	19	1.92
68149633--68149801	30	5.7	31	80	8	156	34	22	3	39	1.71
68149633--68149792	59	2.7	58	77	8	178	34	23	3	38	1.71
68149640--68149791	29	5.1	28	80	10	135	35	23	2	38	1.69
68150267--68150333	15	4.4	16	71	22	63	73	0	26	0	0.84
68150270--68150353	19	4.8	18	72	22	72	73	0	26	0	0.83
68150271--68150362	22	4.3	22	77	13	102	73	0	26	0	0.83
68150637--68150678	13	3.3	13	90	3	68	78	0	21	0	0.75
68150634--68150702	13	4.6	15	82	13	63	78	1	20	0	0.83
68150660--68150702	8	5.2	8	83	5	59	81	2	16	0	0.79
68150660--68150702	16	2.6	16	92	3	68	81	2	16	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68150833--68150884	5	9.0	6	89	10	58	30	0	0	69	0.89
68150826--68150855	7	4.1	7	95	4	51	26	0	0	73	0.84
68150841--68150884	16	2.7	16	89	3	61	31	0	0	68	0.90
68151010--68151072	18	3.5	17	76	8	54	41	14	3	41	1.61
68151229--68151322	17	5.4	17	83	2	107	32	13	10	42	1.79
68151229--68151563	36	9.2	36	77	9	224	32	14	9	43	1.77
68151440--68151561	17	6.6	18	72	13	95	34	15	8	41	1.77
68151238--68151597	18	20.1	18	71	14	199	31	13	9	45	1.76
68151531--68151602	31	2.3	31	100	0	144	34	9	5	50	1.59
68151627--68151666	21	1.9	21	84	0	53	42	7	7	42	1.61
68151669--68151724	21	2.7	20	89	8	85	41	12	12	33	1.81
68151702--68151797	36	2.6	35	82	12	122	37	9	10	42	1.71
68151703--68151797	37	2.6	35	84	11	120	36	9	10	43	1.72
68151669--68151801	20	6.9	20	68	20	79	38	9	11	40	1.74
68152467--68152505	15	2.7	15	96	4	71	0	10	30	58	1.31
68154476--68154518	23	2.0	22	86	9	61	65	0	0	34	0.93
68154933--68154972	19	2.0	20	90	4	64	40	0	0	60	0.97
68154992--68155051	22	2.6	23	82	12	70	45	0	1	53	1.10
68155564--68155613	24	2.0	26	88	11	77	36	14	0	50	1.43
68155712--68155782	27	2.6	27	88	0	97	29	23	29	16	1.97
68156072--68156132	19	3.2	19	75	11	70	37	11	0	50	1.39
68156396--68156466	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68156396--68156470	18	4.1	18	76	6	71	52	0	9	38	1.34
68156402--68156470	19	3.7	19	78	5	88	52	0	8	39	1.33
68156402--68156479	19	4.1	19	78	5	59	51	0	10	38	1.36
68156545--68156623	27	2.9	27	86	3	106	16	30	24	29	1.96
68156687--68156753	26	2.6	27	79	13	86	47	1	8	41	1.44
68162640--68162664	13	1.9	13	100	0	50	24	8	4	64	1.38
68164534--68164582	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
68165187--68165234	25	1.9	25	86	0	69	35	12	25	27	1.92
68165249--68165429	72	2.5	74	76	8	176	34	20	25	19	1.96
68173967--68174016	25	2.0	25	96	0	91	50	4	6	40	1.46
68183559--68183612	26	2.0	27	89	3	83	16	18	12	51	1.75
68186896--68186938	22	2.0	22	95	0	77	23	16	9	51	1.73
68189608--68189659	20	2.6	20	84	6	61	26	28	30	13	1.94
68193908--68193938	11	2.8	11	90	0	53	74	6	0	19	1.03
68195144--68195186	19	2.3	19	84	8	52	67	6	9	16	1.40
68195731--68195766	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
68196726--68196856	54	2.4	55	78	2	140	34	6	25	33	1.81
68196716--68196857	27	5.3	27	75	0	95	35	6	25	32	1.81
68201953--68202001	19	2.6	18	87	6	62	53	0	24	22	1.47
68201954--68202021	27	2.6	27	81	9	70	51	0	23	25	1.48
68212790--68212817	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
68212826--68212869	20	2.2	20	87	0	61	38	0	2	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68216688--68216744	3	19.0	3	82	7	71	29	1	5	63	1.27
68216988--68217022	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
68216956--68217050	42	2.3	42	78	7	104	35	6	1	56	1.31
68223094--68223151	26	2.3	26	87	3	82	29	0	3	67	1.07
68223111--68223162	26	2.0	26	84	0	68	30	3	3	61	1.32
68223165--68223228	14	4.5	14	69	16	51	32	1	4	60	1.26
68232088--68232136	17	2.9	17	87	0	71	34	10	12	42	1.76
68233225--68233249	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
68233232--68233336	45	2.3	45	86	0	147	42	20	18	18	1.89
68234579--68234625	23	2.0	23	95	0	85	44	10	4	40	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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