genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8307852--8309237	367	3.8	366	90	2	2123	36	16	15	31	1.91
8317493--8317735	50	4.8	50	91	2	398	20	31	22	25	1.98
8317830--8317860	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
8320070--8320345	71	3.9	71	85	5	359	25	19	9	46	1.80
8322710--8323415	367	1.9	366	90	2	1139	36	17	15	30	1.91
8324645--8325742	365	3.0	365	87	2	1558	36	16	15	31	1.90
8326232--8326258	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
8326947--8328044	366	3.0	363	86	4	1482	36	16	14	32	1.89
8329250--8329976	365	2.0	365	92	2	1203	37	15	15	31	1.89
8332402--8332435	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
8332542--8332576	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8335469--8335504	18	2.0	18	94	0	63	36	11	22	30	1.89
8335470--8335511	18	2.3	18	87	0	57	38	14	16	30	1.89
8336354--8336473	47	2.6	47	85	1	161	52	13	10	24	1.70
8336276--8336563	115	2.5	114	84	3	371	52	13	7	26	1.68
8336401--8336535	68	2.0	68	91	0	216	49	13	8	28	1.71
8336495--8336643	81	1.9	80	88	1	226	53	12	9	25	1.68
8336588--8336718	68	1.9	70	84	4	176	53	10	9	26	1.65
8336656--8336800	50	2.9	50	84	6	177	51	8	12	27	1.69
8337338--8337382	19	2.4	19	81	11	56	33	2	2	62	1.20
8337427--8337469	17	2.5	17	80	3	50	30	2	2	65	1.18
8342601--8342644	23	1.9	23	81	9	54	31	9	11	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8349705--8349750	23	2.0	23	100	0	92	56	17	8	17	1.65
8354084--8354371	142	2.0	145	88	4	433	32	17	17	32	1.93
8376178--8376203	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
8378638--8378669	15	2.1	15	100	0	64	59	34	0	6	1.23
8379702--8379741	7	6.0	7	91	5	57	17	0	0	82	0.67
8379705--8379734	6	4.8	6	92	8	51	13	0	0	86	0.57
8379702--8379742	13	3.2	13	83	13	57	19	0	0	80	0.71
8388632--8388684	20	2.6	19	79	8	52	45	1	0	52	1.11
8390125--8390200	31	2.5	31	82	0	89	35	10	11	42	1.76
8390197--8390230	17	2.0	17	100	0	68	29	5	0	64	1.17
8396518--8397097	303	1.9	303	100	0	1160	36	19	12	30	1.90
8401385--8401443	27	2.2	26	82	11	75	57	20	6	15	1.60
8401423--8401458	16	2.2	16	100	0	72	55	16	11	16	1.68
8410946--8410983	20	1.9	20	84	10	51	39	2	0	57	1.12
8413396--8413421	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
8413381--8413508	38	3.3	38	84	11	163	34	3	0	62	1.11
8418941--8418966	11	2.4	11	100	0	52	88	0	11	0	0.52
8419938--8419993	29	2.0	28	89	3	85	53	0	7	39	1.28
8436672--8437281	303	2.0	303	99	0	1202	36	14	15	34	1.88
8440312--8440344	17	2.0	17	88	5	50	24	0	15	60	1.35
8440621--8440677	29	1.9	30	89	7	89	54	7	1	36	1.38
8441668--8441752	31	2.8	31	76	5	93	52	4	3	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8442591--8442682	46	1.9	49	82	10	120	55	3	0	41	1.16
8442621--8442672	18	2.9	17	83	11	59	55	1	0	42	1.10
8443637--8443699	3	20.7	3	81	15	76	33	1	3	61	1.21
8443637--8443699	14	4.8	13	80	18	69	33	1	3	61	1.21
8447522--8447565	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
8449076--8449100	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
8458642--8458694	22	2.4	22	80	3	61	43	7	0	49	1.31
8459049--8459089	16	2.5	16	92	4	64	39	2	4	53	1.35
8459430--8459460	15	2.1	15	93	0	53	90	0	9	0	0.46
8463476--8463701	58	4.0	58	93	2	379	29	13	16	40	1.87
8470896--8470930	10	3.6	10	96	3	63	34	0	14	51	1.42
8498472--8498509	20	1.9	20	84	10	51	44	7	0	47	1.32
8500105--8500141	13	2.8	14	80	16	51	32	0	5	62	1.18
8501173--8501257	26	3.3	26	67	18	77	42	5	7	44	1.55
8501150--8501257	52	2.1	52	96	0	198	42	4	8	44	1.55
8504038--8504342	109	2.8	109	88	1	445	32	18	19	30	1.95
8504756--8504789	16	2.2	15	89	5	50	79	8	0	11	0.94
8505004--8505057	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
8509717--8509749	18	1.9	17	88	11	50	48	0	15	36	1.45
8511500--8511544	19	2.6	16	78	18	54	42	15	31	11	1.82
8511508--8511545	19	2.0	19	94	0	67	39	15	34	10	1.82
8518741--8518812	35	2.1	35	100	0	144	33	11	13	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8519072--8519102	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8519358--8519386	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8522938--8522968	6	5.2	6	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8528249--8528280	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
8531571--8531608	19	2.0	19	94	0	67	39	0	0	60	0.97
8531568--8531605	13	3.0	13	80	7	51	44	0	0	55	0.99
8531573--8531614	19	2.2	19	86	4	57	42	0	2	54	1.13
8534035--8534104	19	3.8	18	70	11	61	60	1	1	37	1.15
8534071--8534121	26	2.0	25	85	11	68	62	0	0	37	0.95
8534103--8534154	21	2.6	21	77	17	56	50	0	7	42	1.31
8554507--8554598	45	2.1	44	87	2	130	66	2	16	15	1.35
8555661--8555694	17	2.1	15	89	10	50	73	5	0	20	1.04
8557550--8557608	31	1.9	31	89	0	91	37	3	6	52	1.45
8562207--8562359	79	1.9	80	87	1	227	26	16	13	43	1.86
8566296--8566328	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
8567868--8568173	126	2.4	125	88	3	447	31	17	22	28	1.96
8572335--8572359	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8578289--8578314	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
8582618--8582662	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
8588140--8588217	32	2.5	31	78	12	81	55	6	11	26	1.60
8594130--8594212	33	2.5	33	80	5	89	53	1	4	40	1.30
8599744--8599800	22	2.6	22	97	0	105	31	3	21	43	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8600756--8600818	32	2.0	32	90	0	99	23	6	25	44	1.77
8600728--8600920	96	2.0	97	95	1	352	24	10	21	43	1.84
8613055--8613111	22	2.6	22	88	0	87	31	3	24	40	1.72
8614068--8614130	32	2.0	32	87	0	90	25	4	25	44	1.73
8614040--8614232	96	2.0	97	94	1	343	24	9	21	43	1.83
8625186--8625213	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8639705--8640140	84	5.2	84	86	3	531	16	31	10	40	1.83
8640241--8640453	81	2.6	83	85	8	274	18	33	8	38	1.82
8640950--8640984	17	2.1	17	94	0	61	51	17	20	11	1.75
8642696--8642739	19	2.1	22	88	12	67	56	0	0	43	0.99
8648168--8648229	30	2.1	30	100	0	124	16	16	33	33	1.91
8649697--8649917	7	30.6	7	68	14	65	15	0	28	55	1.46
8649694--8649754	23	2.7	23	85	7	72	13	1	29	55	1.47
8649720--8649854	35	4.1	34	77	15	131	16	1	27	54	1.50
8649736--8649886	28	5.6	26	78	12	112	16	0	27	55	1.46
8649749--8650080	21	15.9	20	70	16	151	15	1	26	56	1.46
8649818--8649924	23	4.8	23	79	12	98	14	0	26	59	1.35
8649862--8649924	22	2.8	23	82	2	83	12	0	26	60	1.33
8650005--8650080	22	3.5	22	82	8	86	17	1	25	56	1.48
8649966--8650044	38	2.1	39	83	7	99	17	1	25	55	1.49
8649999--8650241	15	16.6	15	69	11	50	18	1	24	55	1.51
8650050--8650126	29	2.7	29	76	15	88	15	1	31	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8650121--8650198	22	3.6	22	86	5	97	17	0	17	64	1.30
8650142--8650209	21	3.2	21	85	2	64	17	1	20	60	1.44
8650191--8650242	15	3.5	15	94	0	86	21	3	25	50	1.65
8650236--8650353	38	3.4	36	66	31	85	14	1	26	57	1.47
8650223--8650352	67	1.9	67	90	3	208	16	1	25	56	1.48
8650290--8650418	44	2.9	42	81	12	125	14	0	22	62	1.37
8650359--8650453	14	6.7	14	67	10	59	15	1	22	61	1.41
8650395--8650453	21	2.8	20	79	5	64	16	1	20	61	1.44
8650617--8650661	21	2.1	22	84	12	58	17	0	31	51	1.46
8650696--8650727	16	2.0	16	93	0	55	12	0	21	65	1.25

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