Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  45  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18982019--18982067
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42
1
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19012129--19012205
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3.5
22
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19
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42
1
31
24
1.63
19012129--19012204
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2.3
34
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1.63
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41
1
0
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1.09
19023850--19024018
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2.1
82
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0
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1.9
141
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0
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9
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2.0
20
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0
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22
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19057003--19057139
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12
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0
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29
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25
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70
12
80
27
15
9
48
1.75
19089247--19089310
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2.5
26
80
10
85
29
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25
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1.80
19092088--19092164
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25.7
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91
0
118
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2
2
62
1.23
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1.99
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24
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37
0
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19122478--19122546
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129
37
37
0
24
1.56
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21
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1.99
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1.9
34
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16
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17
88
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48
0
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2.0
43
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0
0
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15
30
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19151698--19151731
2
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2
100
0
68
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0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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66
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0
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0.92
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27
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1.21
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20
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2
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1.24
19171406--19171476
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1
63
1.12
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0
0
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2.5
25
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0
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19189153--19189206
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79
3
0
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21
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56
1.40
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5
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56
1.44
19214678--19214715
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11
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2
60
1.24
19214585--19214866
69
4.1
68
75
14
215
35
5
4
54
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19214924--19214968
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2.0
23
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1.44
19219301--19219363
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21.3
3
82
9
76
33
3
1
61
1.21
19219301--19219374
14
5.1
14
81
12
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35
4
1
59
1.25
19219325--19219374
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2.2
23
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7
75
36
2
0
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1.07
19220616--19220662
18
2.6
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10
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38
4
0
57
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3.2
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114
26
28
20
24
1.99
19226458--19226694
43
5.5
42
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10
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30
17
24
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2.9
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18
22
1.97
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130
1.8
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5
300
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30
17
23
1.97
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21
3.0
21
88
0
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4
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21
2.0
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39
17
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1.86
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18
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1.88
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9
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18
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1.62
19232811--19232926
25
4.6
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160
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2
18
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17
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1.56
19232807--19232926
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0
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2
18
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1.62
19232807--19232953
50
2.9
49
82
4
161
30
2
17
48
1.61
19237928--19237973
23
2.0
23
91
0
74
28
50
2
19
1.60
19238257--19238329
21
3.6
21
76
16
64
34
42
2
20
1.67
19238420--19238453
15
2.2
16
94
5
61
47
32
0
20
1.51
19238741--19238976
41
5.8
41
76
8
221
29
25
22
23
1.99
19238741--19238976
82
2.9
82
80
5
253
29
25
22
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19239018--19239152
40
3.4
40
74
8
116
21
19
20
38
1.94
19241093--19241129
19
2.1
19
85
10
51
48
0
0
51
1.00
19242107--19242196
34
2.6
34
85
3
108
55
5
6
32
1.49
19243802--19244104
132
2.3
133
84
5
409
28
23
19
29
1.98
19248333--19248359
5
5.4
5
100
0
54
0
18
0
81
0.69
19248732--19248785
24
2.1
27
80
12
62
62
7
1
27
1.32
19255622--19255780
43
3.8
42
81
3
176
28
30
18
22
1.97
19255637--19255805
86
2.0
84
81
2
194
28
29
17
24
1.97
19257566--19257695
34
3.7
34
90
8
206
40
1
9
48
1.44
19257636--19257738
9
10.8
9
68
20
50
37
1
11
48
1.51
19257672--19257729
22
2.6
22
97
0
107
39
0
13
46
1.44
19259213--19259264
27
1.9
27
88
0
77
50
9
0
40
1.35
19259328--19259364
10
3.7
10
92
0
65
43
13
0
43
1.44
19260059--19260095
10
3.7
10
92
0
65
43
13
0
43
1.44
19262559--19262818
81
3.2
80
85
8
339
39
22
22
15
1.91
19262557--19262776
121
1.8
122
82
4
284
40
22
22
15
1.91
19262559--19262817
41
6.4
41
75
7
242
39
22
22
15
1.91
19266747--19266801
24
2.3
24
84
6
76
25
9
47
18
1.78
19275354--19275395
12
3.6
11
84
15
50
30
2
2
64
1.19
19277530--19277569
20
2.0
21
90
5
64
70
17
0
12
1.18
19288038--19288075
17
2.2
17
90
0
58
7
21
0
71
1.11
19288679--19288756
27
2.8
28
86
1
113
17
10
11
60
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19290362--19290417
16
3.6
16
75
20
55
44
3
0
51
1.18
19290373--19290427
22
2.5
22
82
2
67
52
1
0
45
1.11
19290592--19290629
16
2.4
16
90
0
58
36
13
0
50
1.42
19295305--19295352
22
2.1
22
81
11
53
20
6
8
64
1.43
19295362--19295425
23
2.6
25
74
18
62
18
9
0
71
1.12
19297679--19297722
19
2.2
19
84
8
52
50
13
11
25
1.75
19298242--19298355
23
5.0
23
78
4
95
49
25
12
13
1.76
19305740--19305794
27
2.0
27
96
0
101
45
30
0
23
1.53
19306657--19306780
24
5.0
26
68
20
88
41
17
19
20
1.90
19311900--19311945
21
2.1
22
92
4
76
21
26
4
47
1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226