genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1295328--1295359	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
1295786--1295837	27	1.9	27	92	0	86	32	1	0	65	1.04
1296545--1296597	20	2.6	19	74	11	52	62	3	0	33	1.13
1299224--1299253	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
1299849--1299897	24	2.0	24	88	0	71	48	8	4	38	1.52
1318144--1318176	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
1331390--1331414	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
1347987--1348026	16	2.6	16	88	4	55	42	15	0	42	1.46
1348510--1348688	45	4.0	45	91	1	261	41	20	17	20	1.91
1349218--1349247	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1358910--1358936	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1384190--1384239	25	2.0	25	96	0	91	28	6	6	60	1.44
1384919--1384968	24	2.1	24	85	7	66	28	24	16	32	1.96
1385291--1385316	11	2.4	11	100	0	52	46	0	34	19	1.50
1385843--1385979	33	4.1	33	74	7	105	31	17	23	27	1.97
1387230--1387318	25	3.5	26	87	6	119	17	23	22	35	1.95
1387219--1387318	25	3.9	25	81	5	110	19	23	22	36	1.95
1387282--1387395	50	2.3	51	77	10	119	21	24	21	32	1.98
1387322--1387404	25	3.3	25	77	12	82	22	24	21	31	1.98
1387861--1387885	11	2.3	11	100	0	50	20	16	48	16	1.82
1390141--1390187	20	2.3	20	78	14	51	57	2	6	34	1.36
1392266--1392294	13	2.1	14	93	6	51	41	3	0	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1392779--1392815	18	2.0	20	84	10	51	62	10	0	27	1.28
1392990--1393113	61	2.0	61	98	0	239	55	6	16	20	1.63
1401883--1401957	37	2.0	37	100	0	150	20	10	24	45	1.82
1403434--1403489	29	1.9	29	81	0	67	30	8	12	48	1.72
1406498--1406560	30	2.1	30	93	0	108	25	4	12	57	1.55
1409984--1410015	11	2.8	12	81	18	50	0	21	0	78	0.76
1409985--1410018	16	2.2	15	89	5	50	0	17	0	82	0.67
1411791--1411820	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
1412595--1412630	6	6.0	6	96	0	63	30	0	0	69	0.89
1414917--1414949	14	2.2	15	89	10	50	48	0	0	51	1.00
1419406--1419435	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1419565--1419597	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1421217--1421277	19	3.2	20	72	23	60	29	1	1	67	1.10
1421245--1421283	19	2.1	19	85	9	53	35	0	0	64	0.94
1432892--1432925	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
1435952--1435995	22	2.0	22	100	0	88	36	9	18	36	1.82
1436045--1436087	21	1.9	22	86	13	61	48	4	0	46	1.22
1436080--1436126	22	2.1	23	84	4	60	59	2	0	38	1.09
1436740--1436791	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1438699--1438750	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1446484--1446514	13	2.5	12	90	10	53	90	0	9	0	0.46
1452603--1452642	6	6.5	6	91	2	62	52	0	47	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1465893--1465976	22	3.8	22	93	0	132	28	26	13	32	1.93
1469117--1469178	30	2.1	30	100	0	124	37	37	6	19	1.78
1470025--1470205	50	3.5	50	86	4	236	20	29	23	25	1.99
1470312--1470343	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1470555--1470612	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1472879--1473013	51	2.7	51	84	3	166	31	27	17	24	1.97
1472836--1473013	51	3.5	50	77	6	164	30	28	16	24	1.96
1472879--1473060	51	3.6	51	80	5	165	29	26	17	26	1.97
1473791--1473880	43	2.1	43	93	4	155	22	21	10	46	1.80
1474118--1474221	54	1.9	54	86	0	145	27	19	17	35	1.94
1478212--1478258	22	2.0	24	84	8	62	53	8	4	34	1.51
1478807--1478878	25	2.8	26	77	10	69	37	1	0	61	1.05
1478868--1478910	21	2.0	23	86	9	63	34	0	4	60	1.17
1479057--1479098	19	2.2	19	87	8	59	59	0	0	40	0.97
1485737--1485783	24	2.0	23	87	4	67	46	23	0	29	1.52
1489826--1489883	29	2.0	29	100	0	116	31	20	10	37	1.86
1508000--1508090	41	2.2	41	96	0	164	20	13	40	25	1.89
1516841--1516924	31	2.8	31	80	3	91	40	11	10	36	1.77
1533184--1533208	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1533413--1533539	21	6.0	21	84	5	141	15	25	18	40	1.90
1533413--1533539	63	2.0	63	83	6	159	15	25	18	40	1.90
1535184--1535249	31	2.1	31	91	0	105	21	28	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1537119--1537144	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
1542596--1542636	18	2.3	18	87	8	57	36	0	0	63	0.95
1551064--1551128	32	2.0	32	90	0	103	18	20	20	41	1.91
1556473--1556599	63	2.0	63	100	0	254	18	15	17	48	1.82
1584082--1584116	18	1.9	18	88	0	52	57	0	28	14	1.38
1586515--1586548	16	2.2	16	94	5	61	52	0	5	41	1.25
1588692--1588816	40	3.1	40	90	1	196	36	4	0	59	1.22
1588790--1588829	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
1588789--1588836	21	2.2	20	79	13	51	33	2	4	60	1.27
1598740--1598798	27	2.2	27	90	0	91	30	22	32	15	1.94
1599266--1599328	19	3.3	19	67	8	56	41	7	3	47	1.48
1599363--1599397	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
1600452--1600540	27	3.3	27	89	6	144	12	33	23	30	1.92
1601418--1601469	26	2.0	26	100	0	104	30	19	7	42	1.79
1603278--1603320	23	1.9	23	85	4	61	30	16	16	37	1.91
1609698--1609742	21	2.1	22	83	4	56	40	0	8	51	1.33
1622758--1623021	33	7.8	33	66	13	106	33	15	23	27	1.95
1622722--1622879	68	2.3	68	100	0	316	34	13	24	27	1.93
1622895--1623033	66	2.1	66	93	0	233	35	15	22	26	1.94
1622895--1623033	33	4.2	33	75	6	129	35	15	22	26	1.94
1622895--1623071	66	2.7	66	85	5	198	34	16	23	25	1.95
1632548--1632629	42	2.0	42	82	4	103	58	2	1	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1632565--1632625	21	3.0	19	77	18	52	57	1	1	39	1.18
1636542--1636641	51	2.0	51	90	4	157	24	28	2	46	1.64
1636530--1636625	11	9.0	11	67	18	60	22	30	2	44	1.64
1636640--1636673	15	2.3	15	100	0	68	23	0	0	76	0.79
1636639--1636676	9	4.6	9	81	18	55	21	0	0	78	0.74
1636772--1636801	10	2.8	11	90	10	53	30	0	0	70	0.88
1637736--1637761	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
1638408--1638450	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
1639950--1640024	39	2.0	38	87	10	109	33	4	0	62	1.14
1640229--1640273	14	3.1	14	87	6	63	46	28	0	24	1.53
1640229--1640273	7	6.3	7	80	14	56	46	28	0	24	1.53
1640229--1640266	15	2.6	15	91	4	60	47	28	0	23	1.52
1644627--1644651	12	2.1	12	100	0	50	8	52	16	24	1.70
1666207--1666250	19	2.2	20	84	8	54	36	0	2	61	1.09
1674227--1674291	32	2.1	30	82	5	76	32	9	1	56	1.40
1680230--1680278	22	2.1	24	85	7	66	26	4	4	65	1.29
1699180--1699218	18	2.2	18	90	0	60	38	15	20	25	1.92
1717144--1717189	23	2.0	23	91	0	74	32	13	10	43	1.78
1718811--1718841	12	2.7	12	95	5	55	29	0	16	54	1.42
1721693--1721740	20	2.3	20	79	10	53	41	8	4	45	1.53
1721759--1721797	14	2.7	15	84	8	53	51	0	0	48	1.00
1722575--1722991	135	3.1	134	82	8	497	32	14	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1723337--1723377	20	2.0	20	85	4	55	19	4	39	36	1.73
1726165--1726203	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
1726150--1726283	62	2.2	61	86	1	178	35	5	8	50	1.56
1726275--1726377	9	11.2	9	69	19	61	44	18	2	33	1.65
1726275--1726335	16	3.7	16	76	8	59	47	19	1	31	1.59
1726303--1726381	21	4.0	21	75	14	71	45	15	2	36	1.59
1726349--1726535	12	17.4	12	66	25	64	48	12	2	36	1.54
1726356--1726531	31	5.6	30	72	15	133	48	12	2	36	1.53
1726320--1726530	95	2.2	95	93	2	352	46	12	2	37	1.57
1726420--1727062	18	34.7	20	73	18	354	49	15	1	33	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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