genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27851681--27851720	21	2.0	20	85	5	53	42	10	15	32	1.79
27859813--27859857	18	2.6	18	86	10	58	42	6	15	35	1.73
27860686--27860904	67	3.3	66	85	5	264	22	21	16	39	1.92
27864232--27864270	2	19.5	2	89	10	62	48	2	0	48	1.15
27863861--27864336	247	1.9	247	86	5	671	38	9	6	45	1.63
27864541--27864596	29	2.0	28	82	10	69	48	0	1	50	1.11
27867577--27867873	82	3.6	82	77	1	274	38	24	18	18	1.93
27867616--27867881	123	2.2	123	82	4	313	38	24	18	18	1.93
27867578--27867890	41	7.6	41	74	2	227	37	25	19	18	1.94
27869073--27869196	66	1.9	66	100	0	248	26	37	17	17	1.92
27871006--27871059	23	2.4	23	78	12	58	64	5	0	29	1.16
27876920--27876959	21	1.9	21	84	0	53	47	2	17	32	1.61
27879258--27879288	5	6.0	5	92	7	53	77	0	0	22	0.77
27879924--27879999	38	2.0	38	94	0	134	35	19	22	22	1.96
27880286--27881115	409	2.0	410	96	0	1518	20	19	19	40	1.92
27891228--27891269	5	8.2	5	94	5	75	0	0	40	59	0.97
27891230--27891278	15	3.2	16	91	5	75	0	0	36	63	0.95
27891780--27891804	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
27891899--27891945	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
27892474--27892498	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
27892403--27892509	53	2.1	52	85	3	144	49	5	12	32	1.63
27896065--27896110	16	2.8	17	81	15	53	47	0	4	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27896323--27896353	15	2.1	15	100	0	62	25	38	0	35	1.56
27897002--27897063	31	2.1	29	84	6	79	50	8	8	33	1.61
27900033--27900136	10	10.6	10	68	20	60	50	0	0	48	1.07
27900037--27900139	29	3.6	25	72	22	71	49	0	0	49	1.07
27900072--27900136	21	2.9	23	72	21	66	52	0	0	47	1.00
27900114--27900204	15	5.9	15	74	14	78	41	0	1	57	1.06
27909535--27909869	44	7.5	44	79	6	244	36	17	15	29	1.91
27909251--27909691	233	1.9	233	80	4	523	33	17	19	29	1.94
27909664--27909972	44	6.6	50	74	15	227	36	17	15	29	1.92
27909708--27909891	95	1.9	95	82	6	230	37	17	15	29	1.91
27909809--27910016	44	4.6	44	73	12	143	36	18	15	29	1.91
27909842--27910027	95	2.0	95	80	6	216	36	17	16	29	1.92
27909664--27910059	139	2.8	138	81	6	460	35	18	16	29	1.93
27912623--27912656	17	2.0	17	88	0	50	55	5	8	29	1.54
27913487--27913519	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
27922344--27922384	14	3.2	13	83	12	50	58	2	0	39	1.11
27923608--27923661	25	2.2	24	83	6	72	53	3	0	42	1.18
27923622--27923670	24	2.0	25	88	4	73	53	8	0	38	1.31
27923678--27923715	6	6.3	6	96	0	67	2	84	0	13	0.73
27932827--27932873	17	2.9	15	79	20	51	0	17	8	74	1.05
27933903--27933941	20	2.0	20	89	0	60	17	17	20	43	1.88
27936324--27936350	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27936659--27938087	721	2.0	720	98	0	2777	30	18	22	28	1.97
27938473--27938679	91	2.3	91	88	2	290	44	3	4	46	1.41
27938683--27938878	54	3.4	54	68	21	130	41	2	4	51	1.34
27938696--27938991	120	2.5	120	93	3	499	42	2	5	50	1.38
27938821--27938872	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
27938906--27938938	16	1.9	18	88	11	52	48	3	6	42	1.43
27938941--27938991	15	3.5	15	82	12	54	45	0	1	52	1.12
27939327--27939378	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
27943873--27943913	6	6.8	6	88	0	55	39	0	9	51	1.35
27944102--27944173	27	2.6	28	80	12	69	40	4	4	51	1.40
27945653--27945683	12	2.6	12	94	0	53	6	22	41	29	1.78
27954772--27954801	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
27963603--27963667	27	2.4	27	97	0	121	30	21	36	10	1.88
27963802--27963845	3	15.3	3	86	9	65	65	0	34	0	0.93
27963802--27963846	17	2.6	17	89	0	72	66	0	33	0	0.92
27963801--27963849	14	3.6	14	91	8	75	65	0	34	0	0.93
27964015--27964301	22	13.1	21	73	19	223	32	0	12	54	1.43
27964044--27964249	83	2.4	86	81	13	237	33	0	13	52	1.40
27964150--27964371	49	4.6	49	88	5	301	33	0	14	51	1.47
27964150--27964325	27	7.1	25	78	19	183	34	0	13	52	1.44
27964013--27964304	19	15.5	19	66	25	124	33	0	12	53	1.44
27964366--27964487	60	2.0	60	85	3	165	30	0	14	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27964521--27964602	38	2.2	38	93	0	146	53	3	2	40	1.32
27967723--27967767	22	2.1	21	87	4	63	2	31	2	64	1.18
27967852--27967908	27	2.1	27	93	0	96	19	38	26	15	1.92
27974655--27974725	25	2.8	25	80	0	79	33	16	25	23	1.96
27978701--27978786	44	2.0	44	90	0	136	23	23	24	29	1.99
27979621--27979772	75	2.0	75	97	0	286	36	3	9	50	1.53
27980155--27980185	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
27981211--27981247	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27981300--27981334	18	1.9	18	94	0	61	37	14	11	37	1.82
27981297--27981355	32	1.9	30	86	6	82	33	15	13	37	1.86
27986037--27986070	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
27988894--27988922	12	2.4	12	100	0	58	44	10	27	17	1.81
27988964--27988988	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27992850--27992907	26	2.2	26	84	0	71	44	18	12	24	1.84
27999159--27999190	16	2.0	16	100	0	64	43	6	12	37	1.68
28000071--28000147	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
28000087--28000126	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28000075--28000141	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
28000110--28000149	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
28010087--28010112	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
28018630--28018667	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
28021940--28021964	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28025329--28025356	13	2.2	13	100	0	56	21	7	35	35	1.81
28036850--28036881	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
28037600--28037888	44	6.6	44	87	0	373	31	21	19	27	1.97
28040598--28040701	51	2.0	51	96	0	190	28	33	2	34	1.72
28042634--28042690	23	2.4	25	75	19	59	36	10	3	49	1.55
28042404--28042766	180	2.0	180	99	0	717	29	14	6	49	1.68
28052242--28052289	14	3.4	14	85	2	69	20	39	18	20	1.92
28052242--28052300	28	2.1	29	90	3	93	25	35	18	20	1.95
28052516--28052574	23	2.6	22	76	7	66	32	23	11	32	1.91
28052583--28052640	15	3.8	16	90	6	77	29	29	22	18	1.98
28052603--28052757	15	10.3	15	77	6	125	30	20	20	29	1.97
28052600--28052842	30	8.1	30	76	3	157	30	20	19	28	1.97
28052588--28052776	91	2.1	91	79	2	200	30	21	20	28	1.98
28052729--28052841	45	2.5	46	78	2	131	32	20	17	29	1.96
28052604--28052842	15	15.9	15	75	6	115	31	20	19	28	1.97
28053326--28053361	18	2.0	18	100	0	72	33	27	27	11	1.91
28054179--28054226	21	2.2	23	88	7	73	75	2	10	12	1.14
28060556--28060584	14	2.1	14	93	6	51	82	0	13	3	0.79
28066017--28066041	11	2.3	11	100	0	50	20	20	16	44	1.87
28066491--28066544	26	2.1	26	100	0	108	25	12	22	38	1.90
28070123--28070239	59	2.0	59	84	0	153	25	15	15	43	1.86
28070966--28071029	31	2.1	30	85	5	85	25	14	10	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28071445--28071490	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
28081807--28081831	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
28082490--28082536	19	2.5	20	86	10	71	25	0	8	65	1.20
28086006--28086051	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
28094552--28094638	44	2.0	44	88	4	131	47	8	12	32	1.71
28096392--28096438	23	2.1	22	84	4	58	61	27	2	8	1.36
28097408--28097697	107	2.7	107	92	1	476	35	18	15	30	1.92
28100338--28100754	183	2.3	183	92	0	692	27	21	20	30	1.98
28100628--28100742	44	2.6	44	80	2	115	27	23	21	26	1.99
28100872--28100976	45	2.4	45	81	6	119	29	19	19	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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