genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26126055--26126096	7	6.0	7	83	10	59	61	0	0	38	0.96
26126053--26126093	21	2.0	20	95	4	73	65	0	0	34	0.93
26131775--26131882	45	2.4	46	86	10	143	22	21	30	25	1.98
26132025--26132132	45	2.4	46	84	10	134	23	21	29	25	1.99
26131721--26132212	250	2.0	250	98	0	957	26	15	29	29	1.96
26133945--26133971	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
26134316--26134342	1	27.0	1	100	0	54	0	100	0	0	0.00
26136577--26136696	3	39.7	3	75	14	79	29	5	2	62	1.31
26136828--26136869	18	2.3	18	87	0	57	45	7	0	47	1.30
26144118--26144165	8	5.8	8	79	16	53	16	22	0	60	1.36
26145063--26145159	1	97.0	1	67	0	50	83	0	15	1	0.70
26145063--26145159	12	8.3	11	78	14	88	83	0	15	1	0.70
26145065--26145154	26	3.4	26	81	7	119	83	0	15	1	0.71
26145063--26145160	35	2.8	35	82	14	130	82	0	16	1	0.72
26145063--26145160	18	5.6	17	82	10	117	82	0	16	1	0.72
26146407--26147115	89	8.0	89	86	0	920	29	24	22	23	1.99
26148389--26148417	13	2.1	14	93	6	51	6	6	6	79	1.06
26149075--26149139	3	21.3	3	81	9	78	33	3	1	61	1.21
26149253--26149304	23	2.2	24	89	6	79	42	5	1	50	1.37
26149206--26149383	93	1.9	94	80	5	209	39	5	3	51	1.42
26149819--26149965	74	2.0	75	94	1	260	25	17	18	38	1.93
26150564--26150631	34	2.0	34	100	0	136	29	26	8	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26153713--26153749	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
26154102--26154136	16	2.1	17	89	5	54	28	25	0	45	1.54
26158414--26158446	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
26158532--26158556	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
26158868--26159083	107	2.0	107	94	0	378	30	18	18	33	1.94
26160636--26160660	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
26160675--26160734	6	9.0	6	84	13	57	76	0	0	23	0.78
26160676--26160736	7	8.7	7	90	0	95	77	0	0	22	0.78
26161702--26161804	30	3.5	29	82	5	100	36	12	0	49	1.47
26161702--26161816	30	3.9	28	79	5	95	37	13	1	47	1.52
26162326--26162360	17	2.0	18	88	5	54	74	5	17	2	1.14
26162914--26162961	18	2.7	18	83	0	60	33	8	2	56	1.41
26164478--26164533	29	1.9	29	85	7	78	37	7	5	50	1.53
26164530--26164565	16	2.2	17	90	5	56	36	11	0	52	1.37
26164558--26164606	25	2.0	25	88	8	73	40	8	2	48	1.44
26167307--26167371	16	4.1	16	91	0	85	29	1	35	33	1.67
26167355--26167445	45	2.0	44	85	2	119	32	5	27	34	1.80
26167586--26167640	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
26167907--26167959	27	2.1	27	82	10	67	43	0	0	56	0.99
26173204--26173273	38	1.9	36	82	8	88	22	15	18	42	1.88
26173216--26173290	38	2.0	38	89	5	116	18	18	17	45	1.86
26174572--26174616	21	2.1	22	87	4	65	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26174572--26174610	18	2.2	18	86	13	55	33	0	0	66	0.92
26174776--26174868	45	2.1	44	90	6	143	36	24	4	34	1.75
26174850--26174921	16	4.5	16	91	0	108	29	25	6	38	1.82
26181536--26181566	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
26181579--26181637	30	2.0	30	86	3	84	67	5	6	20	1.33
26184079--26184109	9	3.6	9	95	4	55	70	6	0	22	1.09
26189676--26189713	3	12.3	3	88	5	58	60	0	2	36	1.11
26190472--26190583	2	56.0	2	98	0	215	0	0	49	50	1.06
26191350--26191981	44	14.7	44	72	9	383	25	20	21	31	1.98
26191314--26191728	129	3.2	128	86	4	557	26	20	21	31	1.98
26191487--26191896	173	2.4	172	88	1	595	26	20	21	32	1.97
26191660--26191986	129	2.5	129	90	2	480	26	20	22	30	1.98
26191700--26192030	129	2.6	129	87	3	409	26	21	21	29	1.99
26192090--26192184	44	2.2	44	84	3	120	28	25	13	32	1.94
26192106--26192203	44	2.2	44	85	3	126	28	22	20	28	1.98
26193519--26193570	19	2.8	18	75	18	52	1	21	0	76	0.87
26193522--26193587	13	5.3	12	77	15	55	1	13	3	81	0.87
26199404--26199445	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
26199587--26199628	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
26200754--26200779	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
26202830--26202869	16	2.5	15	84	11	53	20	7	0	72	1.08
26204270--26204350	2	40.5	2	94	0	144	2	49	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26205709--26205771	2	31.5	2	96	0	117	49	1	0	49	1.10
26213630--26213717	45	2.0	45	97	0	167	46	15	4	32	1.67
26219324--26219425	50	2.0	50	100	0	204	40	18	17	23	1.91
26228759--26228791	6	5.5	6	86	13	50	0	12	0	87	0.53
26228759--26228794	11	3.1	11	92	8	54	0	11	0	88	0.50
26230616--26231291	334	2.0	334	95	0	1226	34	20	11	33	1.89
26234802--26234848	18	2.6	17	78	15	51	44	2	0	53	1.12
26234840--26234882	19	2.3	19	80	4	52	67	4	0	27	1.10
26245880--26246005	58	2.2	57	78	9	130	20	15	10	53	1.71
26245898--26246015	60	2.0	58	82	9	141	22	16	11	49	1.78
26247846--26247876	14	2.2	14	94	0	53	38	12	9	38	1.77
26248900--26248939	21	1.9	21	100	0	80	30	30	5	35	1.79
26253180--26253290	23	5.0	23	77	15	110	18	22	22	36	1.95
26253181--26253289	44	2.5	41	78	15	112	17	22	22	36	1.94
26253604--26253648	23	1.9	24	86	13	67	53	0	15	31	1.43
26255345--26255497	71	2.1	72	80	5	168	22	20	23	32	1.98
26266569--26266611	15	2.9	14	89	6	59	30	2	2	65	1.18
26272615--26272640	8	3.2	8	100	0	52	23	11	26	38	1.89
26277499--26277529	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
26278196--26278235	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
26278709--26278785	30	2.6	30	85	0	100	29	20	15	33	1.94
26278738--26278890	71	2.2	71	91	0	243	30	27	9	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26278911--26279001	45	2.0	46	85	12	125	8	51	3	36	1.49
26284380--26284523	75	1.9	75	97	0	270	34	19	6	39	1.79
26285310--26285346	13	2.5	15	87	12	51	70	8	8	13	1.34
26285323--26285367	21	2.1	21	88	8	65	66	8	8	15	1.43
26285399--26285450	27	1.9	27	88	0	77	21	38	17	23	1.93
26285514--26285561	18	2.9	16	79	11	51	62	0	35	2	1.07
26285528--26285562	9	3.9	9	85	14	54	68	0	31	0	0.90
26288690--26288856	62	2.7	62	82	9	205	33	8	11	46	1.70
26289947--26289981	14	2.5	14	90	0	52	42	5	20	31	1.75
26292775--26292804	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
26301869--26301913	23	2.0	22	86	4	63	26	8	0	64	1.23
26306056--26306109	25	2.2	25	86	3	74	48	5	16	29	1.69
26309439--26309480	21	2.0	21	95	0	75	14	21	28	35	1.92
26309609--26309872	132	2.0	132	100	0	528	28	25	17	28	1.97
26316698--26316723	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
26319637--26319692	25	2.3	25	81	3	69	50	5	16	28	1.67
26322442--26322511	31	2.3	31	82	9	81	47	12	17	22	1.81
26328686--26328727	22	1.9	22	85	0	57	42	2	2	52	1.27
26342001--26342076	37	2.1	37	97	0	143	23	1	10	64	1.32
26347100--26347152	22	2.4	22	87	0	79	30	28	28	13	1.94
26351571--26351606	16	2.2	17	95	5	65	66	5	0	27	1.13
26351584--26352169	108	5.6	104	81	7	621	58	13	0	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26352788--26352824	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
26352883--26352951	33	2.1	33	100	0	138	23	53	0	23	1.46
26353042--26353100	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
26354986--26355034	22	2.2	21	82	10	62	67	4	4	24	1.26
26360174--26360233	16	3.4	16	76	24	66	58	11	5	25	1.53
26361393--26361577	43	4.3	43	92	1	282	29	33	18	18	1.95
26361934--26361966	17	1.9	17	100	0	66	48	18	9	24	1.76
26363277--26363319	21	2.0	23	86	9	63	72	11	9	6	1.29
26363654--26363750	40	2.5	40	77	5	99	35	21	20	22	1.96
26363805--26364079	41	6.7	41	89	1	390	23	21	25	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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