Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  38  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3
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16323230--16323411
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4.1
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24
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4.0
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16
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3
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1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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32
0
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1.96
16381269--16381333
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16381280--16381333
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1
0
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2.2
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22
33
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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0
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0
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50
1.00
16550021--16550049
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
16551046--16551070
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
16558958--16558991
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
16559294--16559351
26
2.3
25
88
5
89
70
1
0
27
0.97
16575606--16575649
22
2.0
23
86
4
63
45
0
6
47
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16578809--16578851
11
3.9
11
79
11
52
72
0
0
27
0.85
16579815--16579855
2
20.5
2
100
0
82
0
51
0
48
1.00
16590315--16590417
54
1.9
54
97
0
197
30
32
21
16
1.95
16594789--16594835
3
15.7
3
100
0
94
34
0
0
65
0.93
16613126--16613172
24
2.0
24
87
8
69
38
2
0
59
1.09
16613158--16613184
6
4.5
6
100
0
54
48
0
0
51
1.00
16621894--16622141
127
2.0
126
89
3
383
30
5
8
56
1.52
16622103--16622154
13
3.6
15
78
21
58
25
1
0
73
0.94
16622609--16622666
29
2.0
28
83
9
73
36
1
0
62
1.06
16623769--16623819
18
2.9
17
80
13
50
54
0
7
37
1.29
16625864--16626150
4
71.8
4
99
0
556
49
24
0
25
1.55
16630487--16630511
8
3.1
8
100
0
50
0
24
12
64
1.27
16631734--16631767
2
17.0
2
100
0
68
50
0
50
0
1.00
16643502--16643652
40
3.9
38
79
10
137
57
1
3
37
1.26
16643446--16643645
10
20.8
10
66
23
92
59
1
3
36
1.22
16643851--16643974
21
6.0
21
71
17
73
41
4
1
52
1.30
16643881--16643978
39
2.4
38
79
12
99
45
3
1
50
1.24
16643860--16643971
20
5.6
19
74
12
82
42
3
1
51
1.29
16649357--16649381
2
12.5
2
100
0
50
0
48
0
52
1.00
16650673--16650697
11
2.3
11
100
0
50
72
0
0
28
0.86
16657420--16657456
18
2.0
19
89
5
58
64
0
0
35
0.94
16677808--16677842
18
1.9
18
88
0
52
8
42
0
48
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16691530--16691609
29
2.8
28
78
16
83
35
2
1
61
1.18
16691525--16691617
29
3.2
28
76
10
73
33
2
2
62
1.19
16694151--16694201
25
2.0
25
100
0
102
11
0
39
49
1.40
16700846--16700895
24
2.1
24
84
0
64
42
0
4
54
1.19
16711865--16711903
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
16714158--16714457
163
1.8
163
99
0
591
27
17
17
37
1.93
16717232--16717290
29
2.0
29
83
3
73
32
5
11
50
1.61
16722476--16722515
15
2.5
16
84
8
55
85
5
10
0
0.75
16723004--16723033
16
1.9
15
93
6
51
0
40
13
46
1.43
16724752--16724822
28
2.4
30
79
13
76
66
1
1
30
1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226