genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  189  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60113919--60114087	88	1.9	87	85	3	232	36	13	28	21	1.91
60128253--60128283	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
60129906--60129965	30	2.0	30	100	0	120	33	20	10	36	1.86
60131675--60131704	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
60133099--60133131	12	2.8	12	100	0	66	51	39	0	9	1.34
60147072--60147124	23	2.3	23	83	0	70	26	16	22	33	1.96
60154213--60154285	25	2.9	25	73	18	71	26	21	19	32	1.97
60160093--60160159	21	3.1	21	77	12	64	11	5	4	77	1.09
60160812--60161155	46	7.5	46	75	8	256	40	23	5	30	1.76
60160826--60160991	91	1.8	91	84	2	226	39	24	6	30	1.79
60160812--60161156	160	2.2	160	93	1	575	41	23	5	30	1.76
60160820--60161156	23	14.7	23	75	9	224	41	23	5	30	1.75
60165190--60165366	89	2.0	90	88	1	266	44	27	1	27	1.62
60165872--60166071	41	4.9	41	80	3	231	29	28	22	20	1.98
60172345--60172568	42	5.3	41	70	10	132	40	16	17	25	1.90
60174855--60174888	17	1.9	18	88	5	52	47	0	2	50	1.16
60184458--60184499	22	2.0	20	86	13	57	57	0	2	40	1.12
60189862--60189916	20	2.8	20	80	2	67	49	0	0	50	1.00
60189856--60189916	13	4.6	13	75	15	54	47	0	1	50	1.10
60201705--60201771	27	2.5	27	92	0	116	43	19	14	22	1.87
60203862--60203894	17	2.0	17	88	5	50	63	15	6	15	1.49
60210029--60210104	40	1.9	40	97	0	143	64	2	9	23	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60210082--60210119	19	2.0	19	94	0	67	50	5	13	31	1.63
60215030--60215224	23	8.5	23	72	9	103	31	4	24	38	1.76
60216506--60216809	22	13.0	23	68	23	165	40	15	11	32	1.83
60216506--60216809	47	6.5	47	92	1	477	40	15	11	32	1.83
60223473--60223776	22	13.0	23	67	22	127	40	14	11	33	1.83
60223473--60223776	47	6.5	47	89	1	441	40	14	11	33	1.83
60224022--60224056	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
60224745--60224827	43	1.9	43	85	9	116	31	28	21	18	1.97
60228797--60228935	66	2.1	65	80	4	154	27	21	19	31	1.97
60229531--60229740	75	2.8	75	86	8	284	41	8	6	43	1.59
60229535--60229796	75	3.5	73	81	12	239	41	7	5	45	1.54
60232347--60232397	23	2.2	23	79	6	59	19	11	19	49	1.79
60238568--60238617	23	2.2	23	89	7	75	16	8	24	52	1.70
60261005--60261082	27	2.9	27	74	12	79	41	16	16	25	1.89
60260986--60261160	54	3.3	53	82	4	183	45	18	13	22	1.84
60261033--60261208	27	6.5	27	77	5	158	44	20	15	19	1.86
60261384--60261460	26	3.0	26	78	0	91	16	23	22	37	1.94
60261565--60261692	28	4.5	28	83	6	161	24	23	21	30	1.99
60263377--60263446	26	2.7	26	90	0	104	41	21	17	20	1.90
60268533--60268565	17	1.9	17	93	0	57	48	12	0	39	1.40
60274190--60274253	33	1.9	33	100	0	128	35	23	18	21	1.95
60278526--60278553	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60283039--60283064	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
60288882--60288920	18	2.1	18	85	9	51	25	5	12	56	1.57
60295625--60295691	26	2.6	26	88	4	91	20	23	26	28	1.99
60298112--60298391	27	10.4	27	88	0	380	18	16	21	42	1.89
60299453--60299485	17	1.9	17	93	0	57	51	15	15	18	1.77
60303247--60303284	18	2.1	18	100	0	76	34	5	15	44	1.69
60304689--60304722	4	8.5	4	86	0	50	23	29	0	47	1.52
60313561--60313586	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
60314847--60314876	15	2.0	15	93	0	51	53	6	23	16	1.66
60318409--60318707	50	5.8	50	88	2	400	21	30	21	26	1.98
60327634--60327683	21	2.3	22	83	10	59	52	4	12	32	1.57
60354887--60355021	62	2.2	62	87	0	207	37	12	9	40	1.76
60355206--60355371	59	2.9	57	82	9	185	43	2	2	51	1.27
60355545--60355575	16	1.9	16	93	0	53	25	32	6	35	1.82
60356155--60356190	4	9.0	4	100	0	72	25	0	50	25	1.50
60357081--60357128	24	2.0	24	84	8	62	70	4	2	22	1.15
60357805--60357879	37	2.0	37	100	0	150	37	21	17	24	1.94
60360336--60360369	17	2.0	17	94	0	59	32	5	44	17	1.73
60361848--60361921	31	2.4	31	86	0	103	43	8	14	33	1.75
60370751--60370803	22	2.5	21	82	14	65	30	20	20	28	1.98
60374485--60374534	23	2.2	23	89	3	75	40	0	2	58	1.10
60374520--60374558	18	2.1	18	85	4	51	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60376418--60376460	7	6.3	7	83	5	61	27	2	0	69	1.00
60376690--60376724	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
60378843--60378892	20	2.5	20	90	0	73	56	6	4	34	1.43
60382192--60382303	59	1.9	59	87	3	163	50	12	9	26	1.71
60382258--60382467	83	2.6	83	79	5	221	46	11	11	30	1.76
60390096--60390244	43	3.4	43	78	3	165	30	26	15	27	1.96
60392852--60393134	9	30.0	9	70	14	135	35	1	17	45	1.59
60392852--60392963	43	2.5	45	84	9	151	34	0	19	45	1.51
60392852--60393013	74	2.2	72	86	5	218	35	0	19	44	1.55
60400180--60400210	14	2.2	14	100	0	62	32	12	0	54	1.38
60400993--60401038	23	2.0	22	83	4	56	39	39	6	15	1.73
60401050--60401185	14	9.8	14	72	12	93	45	32	0	21	1.57
60401035--60401120	22	4.1	22	76	5	72	45	33	1	19	1.58
60401035--60401184	21	7.2	21	72	9	83	45	32	0	21	1.57
60401050--60401185	27	4.9	27	75	13	107	45	32	0	21	1.57
60401141--60401179	20	1.9	21	89	5	62	46	33	0	20	1.51
60401554--60401655	40	2.5	40	75	6	98	21	23	18	36	1.95
60401884--60401987	40	2.6	40	76	3	111	25	23	19	31	1.98
60401512--60402140	154	4.1	154	81	4	674	27	22	18	31	1.97
60402045--60402201	40	3.9	40	82	0	179	24	21	20	33	1.97
60402065--60402221	80	2.0	80	79	2	172	25	21	19	33	1.97
60403154--60403193	21	1.9	21	84	0	53	60	0	10	30	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60403294--60403352	19	3.1	19	90	4	91	50	8	1	38	1.43
60403340--60403368	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
60404529--60404572	4	10.5	4	80	9	52	29	0	0	70	0.88
60404529--60404633	13	7.6	13	70	17	52	32	2	0	63	1.15
60404528--60404569	21	2.0	21	95	0	75	30	0	0	69	0.89
60404479--60404614	24	5.7	24	70	18	79	37	2	1	58	1.19
60413799--60413838	20	2.1	19	86	9	55	65	7	0	27	1.20
60416581--60416618	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
60428934--60428963	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60435562--60436576	504	2.0	504	99	0	2021	36	20	15	27	1.93
60436882--60437524	319	2.0	319	99	0	1277	37	20	14	27	1.92
60437651--60437683	15	2.3	15	89	5	50	27	21	27	24	1.99
60440132--60440187	19	2.9	19	86	5	78	26	26	30	16	1.96
60445267--60445724	40	11.5	40	86	1	479	18	28	17	35	1.94
60445356--60445416	20	3.0	20	75	0	68	14	29	19	36	1.92
60456863--60456910	24	1.9	26	87	8	73	41	2	10	45	1.50
60457822--60457870	16	3.2	15	83	13	64	87	0	12	0	0.54
60457820--60457866	21	2.3	21	88	3	69	89	0	10	0	0.49
60457820--60457870	19	2.9	18	82	11	70	88	0	11	0	0.52
60461286--60461399	57	2.0	57	98	0	219	32	17	21	28	1.96
60462887--60462969	31	2.7	31	86	0	112	26	18	20	34	1.95
60462939--60462975	13	2.8	14	80	12	51	24	21	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60463252--60463385	49	2.7	49	84	0	160	25	14	18	41	1.89
60479203--60479324	23	5.3	23	84	3	174	31	26	20	22	1.98
60479203--60479324	46	2.7	46	93	0	199	31	26	20	22	1.98
60486568--60486640	18	3.8	20	75	15	73	36	6	30	26	1.82
60487100--60487133	17	2.0	17	100	0	68	23	11	5	58	1.55
60489881--60489940	31	1.9	31	89	0	93	20	23	21	35	1.96
60491079--60491156	13	6.5	13	77	16	78	41	0	10	48	1.37
60491072--60491121	23	2.2	23	92	3	84	40	0	10	50	1.36
60491079--60491156	36	2.2	36	95	0	138	41	0	10	48	1.37
60494137--60494176	20	2.0	20	90	9	64	37	10	17	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226