Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  74  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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112
1.8
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298
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0
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1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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71
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2.0
36
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12
24
1.82
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3.6
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12
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2.0
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0
2
52
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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23
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2.1
18
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2
13
51
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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18
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0
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1.52
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1.72
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2.0
24
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1.25
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10
4.4
10
82
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0
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0
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24
22
23
1.99
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178
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178
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1790
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24
22
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27831997--27833627
267
6.2
267
80
6
1792
29
24
22
23
1.99
27833145--27833627
89
5.4
89
87
0
689
28
25
23
22
2.00
27831995--27833018
44
23.0
44
72
8
687
29
24
22
23
1.99
27833681--27834169
132
3.7
132
90
0
762
29
18
23
28
1.98
27836277--27836416
70
2.0
70
87
0
199
30
16
17
35
1.92
27838806--27838843
20
1.9
20
89
10
60
63
2
5
28
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27840023--27840159
29
4.7
29
74
16
120
35
24
2
38
1.68
27840404--27840435
11
2.9
11
90
0
55
71
15
12
0
1.14
27840755--27840790
15
2.4
15
100
0
72
75
0
19
5
1.00
27840747--27840818
12
5.8
12
74
16
58
73
0
19
6
1.05
27840753--27840818
25
2.6
25
86
9
89
75
0
18
6
1.00
27840943--27840987
23
2.0
23
86
8
65
44
33
20
2
1.63
27841614--27841915
17
16.5
17
73
17
171
35
10
10
43
1.75
27841614--27841915
18
16.5
18
73
19
128
35
10
10
43
1.75
27841723--27841838
20
6.0
20
79
15
84
38
11
12
37
1.78
27841671--27841915
38
6.6
38
81
6
261
36
11
11
41
1.77
27841739--27841915
75
2.3
76
87
4
252
38
11
11
38
1.77
27841739--27841936
20
10.4
20
71
22
65
38
11
12
37
1.79
27847557--27847589
13
2.5
13
100
0
66
87
12
0
0
0.53
27847556--27847598
17
2.5
16
85
14
59
88
9
2
0
0.60
27847558--27847602
13
3.8
12
88
8
65
86
11
2
0
0.65
27847556--27847602
18
2.6
18
86
6
69
87
10
2
0
0.63
27848471--27849481
75
13.0
76
82
8
1023
28
16
20
34
1.94
27849325--27849640
173
1.8
173
90
2
510
31
14
20
33
1.93
27849405--27849581
93
1.9
90
82
10
221
35
12
18
33
1.89
27849498--27849787
77
3.8
77
77
10
281
27
15
22
34
1.94
27849973--27850051
29
2.7
29
86
5
97
31
25
5
37
1.78
27850612--27850685
11
6.4
11
77
13
69
79
1
14
4
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27850614--27850700
15
5.9
14
76
9
77
79
1
14
4
0.95
27850612--27850698
26
3.2
27
77
9
88
79
1
14
4
0.95
27850615--27850692
41
1.9
40
82
12
97
78
1
16
3
0.97
27850828--27850873
23
2.0
23
86
4
65
45
32
19
2
1.62
27851494--27851699
36
5.6
35
75
16
134
36
8
11
43
1.70
27851490--27851589
52
1.9
52
89
4
157
33
7
10
50
1.63
27851581--27851664
21
4.2
20
74
18
66
42
9
10
36
1.72
27851619--27851664
23
2.0
22
87
4
65
47
8
10
32
1.69
27851564--27851679
40
2.9
39
83
9
139
39
8
11
40
1.72
27851490--27851699
17
11.6
17
71
18
122
36
8
10
44
1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226