genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28546483--28546530	15	3.3	14	74	8	51	27	2	0	70	0.98
28546481--28546538	28	2.0	28	90	6	89	27	1	1	68	1.08
28550484--28550542	29	2.0	29	83	6	75	44	15	1	38	1.56
28555747--28555775	14	2.0	15	93	6	51	58	6	0	34	1.25
28562657--28562977	174	1.8	175	82	3	414	41	23	8	26	1.83
28571461--28571587	61	2.1	61	85	2	166	40	13	6	39	1.70
28571478--28571600	61	2.0	61	84	6	160	39	13	6	40	1.70
28572669--28572763	36	2.8	33	76	10	82	62	7	5	25	1.43
28574667--28574696	15	1.9	15	93	6	51	56	0	0	43	0.99
28579477--28579558	3	27.0	3	97	2	155	67	0	0	32	0.91
28581225--28581257	17	1.9	17	93	0	57	21	21	48	9	1.77
28589786--28589825	17	2.3	18	87	12	57	45	0	0	55	0.99
28589864--28590038	87	2.0	89	83	4	221	38	7	9	44	1.66
28590558--28590841	43	6.6	43	91	0	381	25	30	18	26	1.98
28590850--28590896	20	2.4	19	79	13	51	38	4	2	55	1.31
28592072--28592120	19	2.5	20	86	3	64	20	2	2	75	1.00
28592835--28592899	22	3.0	22	79	4	78	36	38	0	24	1.56
28592415--28592999	297	2.0	286	83	10	736	42	26	2	29	1.69
28593156--28593399	41	5.9	41	88	0	335	33	25	21	19	1.97
28593440--28593545	55	1.9	56	88	1	160	17	19	22	39	1.92
28595734--28595786	13	4.1	13	73	9	54	30	5	24	39	1.78
28596412--28596467	13	4.3	13	73	8	51	33	3	0	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28596683--28596722	19	2.1	19	85	0	53	30	12	22	35	1.91
28601673--28601742	31	2.3	31	82	5	88	34	10	11	44	1.74
28601780--28601806	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
28604797--28604870	7	10.7	7	79	2	78	20	1	32	45	1.59
28604789--28604870	21	4.0	21	80	6	96	20	1	31	46	1.59
28605087--28605141	27	2.1	25	81	18	60	45	5	1	47	1.36
28605129--28605158	8	3.8	8	100	0	60	73	0	0	26	0.84
28605189--28605822	148	4.3	150	80	7	550	27	17	20	34	1.95
28606344--28606378	14	2.5	14	95	0	61	17	8	17	57	1.64
28607405--28607470	9	7.8	9	78	13	77	45	18	1	34	1.59
28607394--28607466	16	4.4	16	71	19	60	49	17	1	31	1.56
28607394--28607481	25	3.5	25	88	0	122	48	18	1	31	1.55
28607680--28607760	39	2.1	39	97	0	153	30	18	19	30	1.96
28613333--28613577	43	5.7	43	86	2	334	27	19	28	24	1.98
28613317--28613565	85	2.9	86	86	3	342	29	18	28	23	1.98
28622118--28622239	25	4.9	25	68	9	79	36	15	25	22	1.93
28627205--28627587	43	8.9	43	90	0	523	24	32	19	24	1.97
28630449--28630488	16	2.5	16	87	0	53	22	17	47	12	1.81
28635641--28635694	21	2.5	22	84	3	65	61	7	1	29	1.34
28643943--28644151	90	2.3	89	82	4	249	28	5	14	51	1.65
28644556--28644642	42	2.1	42	95	0	156	22	20	33	22	1.97
28645830--28645861	15	2.1	15	94	0	55	34	9	12	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28645940--28645977	19	2.1	19	90	5	60	42	5	2	50	1.39
28645845--28646458	173	3.5	174	86	7	820	37	5	6	50	1.51
28646113--28646150	19	2.1	19	90	5	60	42	5	2	50	1.39
28650309--28650347	15	2.6	15	83	0	51	25	30	7	35	1.84
28651083--28651279	108	1.8	110	81	6	249	31	22	15	30	1.95
28655196--28655252	29	1.9	30	85	3	80	54	14	1	29	1.50
28668066--28668172	45	2.4	45	85	6	137	14	12	25	48	1.77
28675219--28675247	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
28676008--28676055	21	2.3	21	85	0	60	16	39	18	25	1.91
28676017--28676057	21	2.0	21	90	0	64	12	36	24	26	1.91
28678886--28678913	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
28678968--28679024	30	1.9	30	82	10	73	12	29	3	54	1.54
28682340--28682367	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
28682422--28682477	29	2.0	29	82	10	71	12	30	3	53	1.55
28682421--28682488	29	2.3	29	78	12	68	10	29	5	54	1.58
28684536--28684572	18	2.1	18	94	0	65	24	0	24	51	1.49
28684918--28685004	39	2.2	39	87	6	122	35	4	25	34	1.77
28688538--28688686	68	2.2	68	83	0	181	27	20	32	19	1.97
28695276--28695304	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
28696349--28696391	21	2.0	21	100	0	86	41	0	39	18	1.51
28696352--28696405	21	2.6	21	88	8	76	46	0	37	16	1.48
28699585--28699613	11	2.6	11	100	0	58	48	6	0	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28706387--28706444	30	1.9	30	89	0	89	10	27	41	20	1.85
28708349--28708388	18	2.1	19	86	9	55	55	0	2	42	1.13
28711670--28711703	14	2.4	14	100	0	68	55	5	5	32	1.48
28716898--28716985	42	2.1	42	85	4	115	28	20	32	18	1.96
28723036--28723110	35	2.1	35	95	4	134	37	9	21	32	1.85
28727643--28727705	20	3.2	20	67	0	54	31	20	36	11	1.88
28727620--28727862	40	6.1	39	81	7	220	34	17	27	19	1.94
28728336--28728391	20	2.8	19	78	7	58	55	16	21	7	1.64
28735245--28735397	43	3.6	43	83	8	179	32	28	15	23	1.95
28739278--28739310	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
28740212--28740258	17	2.8	16	90	6	67	46	0	4	48	1.21
28740712--28740798	41	2.1	41	95	0	156	39	17	16	27	1.90
28741183--28741376	41	5.0	41	76	16	184	27	28	19	24	1.98
28741182--28741376	73	2.6	76	83	8	254	27	28	18	24	1.98
28741883--28741924	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
28742115--28742143	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
28746377--28746436	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
28746646--28746682	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28746740--28746775	14	2.6	14	95	0	63	25	25	13	36	1.93
28749036--28749104	22	3.1	22	93	0	111	26	26	17	30	1.97
28752558--28752607	24	2.0	26	84	7	68	50	0	4	46	1.20
28752796--28752825	15	2.0	15	100	0	60	33	13	26	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28756515--28756548	4	8.5	4	100	0	68	26	0	23	50	1.50
28756784--28756877	3	31.3	3	93	0	161	64	2	1	31	1.12
28758199--28758240	22	1.9	22	90	0	66	21	21	14	42	1.88
28759752--28759801	25	1.9	27	84	8	68	36	2	4	58	1.29
28760761--28760795	17	2.0	18	94	5	63	31	0	11	57	1.34
28762898--28762967	32	2.2	33	87	7	99	15	21	37	25	1.93
28764450--28764477	14	2.0	14	100	0	56	28	21	35	14	1.92
28766547--28766593	20	2.3	21	77	3	51	23	4	4	68	1.26
28766824--28766879	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
28777492--28778001	255	2.0	255	91	1	826	38	17	14	29	1.89
28786489--28786535	23	2.0	23	92	8	78	44	0	6	48	1.28
28786492--28786550	23	2.7	23	82	12	70	49	1	5	44	1.34
28790320--28790373	17	2.8	19	83	16	76	46	7	0	46	1.31
28791592--28791659	29	2.3	29	84	0	82	45	2	10	41	1.53
28791607--28791662	29	1.9	29	92	0	94	41	1	10	46	1.49
28794628--28794663	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28813311--28813371	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
28815941--28815977	2	19.0	2	88	5	58	51	2	0	45	1.15
28821254--28821279	10	2.6	10	100	0	52	0	0	11	88	0.52
28821732--28821789	30	1.9	30	86	6	82	34	10	1	53	1.45
28821809--28821847	12	3.2	12	85	0	51	41	7	2	48	1.45
28825340--28825373	18	1.9	18	88	5	52	85	2	0	11	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28825806--28825853	19	2.6	19	90	3	71	79	4	16	0	0.89
28825804--28825854	26	2.0	26	88	7	77	78	3	17	0	0.90
28826191--28826386	108	1.8	108	86	2	286	25	17	10	46	1.79
28826809--28826948	45	3.1	45	81	10	178	29	23	25	22	1.99
28826905--28827308	134	3.0	132	89	4	618	27	20	24	27	1.99
28827318--28827551	40	5.8	40	79	7	274	29	26	21	22	1.99
28827308--28827569	82	3.2	82	98	0	506	31	26	20	21	1.98
28829956--28830120	89	1.8	90	83	6	219	30	5	23	40	1.77
28830061--28830343	90	3.3	87	74	13	244	30	6	25	37	1.82
28836308--28836358	2	26.0	2	96	4	95	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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