genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  3  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877076--877125	7	7.0	7	90	4	82	44	40	0	16	1.47
877123--877162	5	7.6	5	89	10	62	60	0	0	40	0.97
879258--879304	24	2.0	24	86	0	67	38	17	25	19	1.92
879350--879415	26	2.6	25	78	7	69	37	21	22	18	1.94
889046--889096	18	2.8	18	79	11	50	39	19	19	21	1.93
889362--889437	9	8.4	9	91	0	107	25	7	23	43	1.80
890245--890270	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
898903--898943	8	5.0	8	94	5	73	60	0	0	39	0.96
908320--908374	28	1.9	29	81	3	67	41	1	3	52	1.29
914589--914616	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
916319--916408	44	2.0	44	93	0	153	44	8	6	40	1.62
917551--917652	22	4.3	24	79	13	90	41	19	23	15	1.90
918725--918767	23	1.9	22	90	4	68	55	0	0	44	0.99
919011--919048	13	2.9	13	100	0	76	52	0	0	47	1.00
931961--932056	26	3.5	26	73	15	93	44	0	2	53	1.12
931963--932078	58	2.0	58	81	3	135	46	1	1	50	1.22
933170--933699	123	4.3	123	84	7	657	49	8	12	29	1.70
933197--933761	123	4.6	122	82	9	620	48	8	12	30	1.70
947029--947055	6	4.5	6	100	0	54	18	51	14	14	1.76
947859--947976	37	3.2	37	63	23	93	44	3	6	44	1.47
947864--948018	75	2.1	75	98	0	301	44	4	7	43	1.53
949941--950195	51	5.0	51	88	1	361	41	27	15	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952035--952137	51	2.0	51	100	0	206	17	13	13	55	1.69
952045--952126	25	3.1	27	62	28	68	19	14	12	53	1.72
958803--958840	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
977101--977139	20	1.9	21	85	15	55	41	5	0	53	1.23
978571--978672	33	3.2	33	87	5	145	39	7	1	50	1.42
978584--978677	31	3.0	31	88	3	134	41	8	0	50	1.33
982691--982762	26	2.9	25	82	10	85	62	1	1	34	1.13
984648--984706	25	2.4	25	85	2	84	18	32	18	30	1.95
987022--987059	18	2.1	18	100	0	76	44	28	0	26	1.54
990152--990354	110	1.9	109	90	3	327	33	19	16	31	1.94
992707--992762	8	6.8	8	74	22	53	39	0	1	58	1.08
993781--993821	13	2.9	14	85	7	57	60	0	9	29	1.28
994163--994267	37	2.7	37	73	5	93	21	19	28	30	1.97
1003452--1003504	26	2.0	26	88	0	79	22	26	24	26	2.00
1012190--1012257	34	2.0	34	100	0	136	29	26	5	38	1.80
1016688--1016888	72	2.7	73	84	3	260	38	13	5	42	1.68
1017374--1017402	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
1029572--1029598	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
1030197--1030239	19	2.3	19	88	8	61	39	9	2	48	1.48
1032631--1032693	30	2.0	32	87	6	94	52	1	1	44	1.20
1033384--1033437	24	2.2	25	86	3	74	66	14	1	16	1.34
1036325--1036351	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1047491--1047633	75	1.9	75	88	2	216	23	41	17	16	1.89
1047612--1047657	24	1.9	24	90	0	74	26	41	13	19	1.88
1047537--1047719	99	1.8	99	84	2	251	24	40	16	18	1.91
1047703--1047937	90	2.6	90	77	8	226	25	40	16	18	1.91
1049421--1049474	27	2.0	27	92	3	92	5	22	20	51	1.67
1051635--1051736	3	33.0	3	74	18	61	61	1	3	32	1.25
1065900--1066061	82	2.0	82	93	0	279	32	16	15	35	1.90
1067184--1067237	27	2.0	27	100	0	108	37	7	11	44	1.68
1067388--1067448	17	3.5	17	73	8	68	47	16	11	24	1.79
1067388--1067460	36	2.0	36	97	0	137	47	15	15	21	1.81
1072272--1072315	23	1.9	23	90	0	70	59	13	20	6	1.57
1077495--1077672	81	2.2	80	82	7	191	39	11	23	26	1.88
1079424--1079547	42	3.0	42	82	3	124	43	17	22	16	1.87
1079421--1079559	21	6.6	21	71	3	82	44	17	20	16	1.87
1084509--1084619	21	5.3	21	70	8	64	17	21	17	44	1.87
1084491--1084623	42	3.2	42	71	6	117	18	20	15	45	1.85
1085639--1085686	20	2.4	20	89	0	78	39	2	18	39	1.63
1086926--1087001	28	2.8	28	80	11	70	63	2	1	32	1.17
1093638--1093663	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
1094414--1094473	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
1094688--1094724	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
1101324--1101392	33	2.1	32	82	12	79	44	2	2	49	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1109376--1109439	19	3.4	18	79	16	60	62	3	4	29	1.31
1109391--1109442	27	2.0	27	85	11	72	65	1	1	30	1.14
1109351--1109444	10	10.1	9	69	21	52	60	2	4	32	1.28
1109923--1110033	9	11.4	10	73	19	51	31	1	0	66	1.02
1109892--1110039	40	3.5	40	77	15	170	33	2	0	63	1.09
1109963--1110033	9	7.4	9	73	17	63	28	1	0	70	0.96
1109901--1110075	49	3.5	49	89	6	239	34	3	0	62	1.12
1109892--1110053	89	1.8	87	92	2	270	33	3	0	62	1.10
1110031--1110063	10	3.3	10	91	0	57	45	6	0	48	1.27
1109981--1110079	40	2.4	41	83	9	114	37	3	0	59	1.13
1109892--1110075	89	2.1	90	87	5	266	33	3	0	63	1.11
1110276--1110332	19	2.9	19	86	5	69	33	3	1	61	1.23
1118707--1118749	21	2.0	21	95	0	77	48	4	9	37	1.56
1125559--1125612	14	3.6	14	82	7	54	51	7	0	40	1.30
1127644--1127689	17	2.7	17	81	15	51	50	4	2	43	1.34
1127655--1127689	18	2.0	17	88	5	52	51	5	0	42	1.25
1128513--1128550	18	2.1	18	85	9	51	57	7	2	31	1.41
1134204--1134346	69	2.1	69	98	0	277	21	25	18	33	1.97
1147018--1147202	91	2.0	91	100	0	370	20	14	19	45	1.84
1147864--1147928	3	21.7	3	77	0	58	32	4	40	23	1.75
1147864--1147918	15	3.5	15	79	13	65	32	5	38	23	1.78
1147921--1147955	15	2.3	15	90	0	52	45	2	45	5	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1157300--1157339	18	2.2	18	86	8	55	57	7	5	30	1.48
1170805--1170834	15	1.9	16	93	6	53	60	3	0	36	1.14
1175605--1175663	27	2.2	27	90	0	91	47	20	6	25	1.74
1175606--1175663	18	3.2	18	85	4	73	46	20	6	25	1.75
1175606--1175663	9	6.4	9	76	7	64	46	20	6	25	1.75
1175809--1175851	18	2.4	18	84	7	52	9	2	46	41	1.48
1176167--1176214	14	3.2	14	75	16	51	31	0	2	66	1.03
1182637--1182669	16	2.1	16	88	11	50	39	0	6	54	1.25
1191374--1191529	46	3.5	46	92	2	255	27	22	15	34	1.94
1192542--1192599	11	5.4	11	78	19	68	41	5	0	53	1.23
1192536--1192599	32	2.0	32	93	3	110	43	4	0	51	1.22
1192542--1192610	20	3.3	21	76	17	72	40	4	0	55	1.20
1192573--1192644	36	2.0	37	88	2	110	37	1	0	61	1.05
1194909--1194996	45	2.0	45	95	0	158	32	23	18	25	1.97
1195007--1195193	51	3.7	50	79	4	214	31	27	16	25	1.97
1195005--1195189	101	1.8	101	89	3	291	31	27	16	24	1.97
1206413--1206443	15	2.1	15	93	0	53	77	0	0	22	0.77
1208338--1208368	16	1.9	16	100	0	62	45	0	0	54	0.99
1237801--1237875	30	2.5	31	91	2	125	38	13	6	41	1.70
1244283--1244334	25	2.1	25	89	7	79	25	25	9	40	1.85
1249511--1249541	10	3.1	10	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1249560--1249644	32	2.6	33	77	5	93	44	18	10	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1249621--1249697	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
1249637--1249676	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
1249625--1249691	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
1249660--1249699	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
1264789--1264882	47	2.0	47	97	0	179	42	11	19	26	1.85
1290560--1290597	6	6.3	6	93	0	67	15	2	44	36	1.61
1290648--1290764	34	3.4	35	79	10	134	35	0	17	47	1.48
1290856--1291228	124	3.0	124	86	3	507	36	16	18	28	1.92
1294219--1294274	26	2.2	26	87	9	80	58	3	0	37	1.15
1294701--1294743	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226