genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27298199--27298384	101	1.8	99	84	5	239	33	26	15	24	1.95
27301008--27301076	25	2.8	25	81	0	93	31	18	28	20	1.96
27301008--27301088	25	3.2	25	79	6	92	30	17	29	22	1.96
27310044--27310087	21	2.1	21	100	0	88	38	11	18	31	1.86
27313272--27313323	24	2.1	25	82	10	63	30	3	15	50	1.62
27313272--27313323	25	2.1	24	82	3	59	30	3	15	50	1.62
27313055--27313569	154	3.3	153	87	7	641	31	16	22	30	1.96
27313184--27313657	154	3.1	151	88	6	650	30	15	22	31	1.95
27315268--27315298	11	2.8	11	100	0	62	29	29	19	22	1.98
27315290--27315430	43	3.3	43	80	5	155	32	29	16	21	1.95
27315574--27315702	43	3.0	43	90	2	199	30	24	17	27	1.97
27315293--27315876	297	2.0	298	95	1	1064	39	15	10	35	1.81
27319441--27319487	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
27321115--27321153	16	2.4	16	95	0	69	38	17	10	33	1.84
27321231--27321336	53	2.0	53	100	0	212	35	15	15	33	1.88
27321542--27321642	49	2.1	49	84	3	132	31	26	14	26	1.95
27322410--27322618	33	5.7	34	69	20	129	31	26	20	22	1.98
27322445--27322585	33	3.6	39	76	18	141	31	26	19	22	1.98
27322411--27322619	76	2.8	75	91	2	321	31	26	20	21	1.98
27322671--27322809	50	2.8	50	82	3	172	30	28	17	22	1.97
27326233--27326289	29	2.0	29	96	0	105	47	15	10	26	1.78
27326896--27326948	26	2.0	26	100	0	106	26	18	7	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27327595--27327629	15	2.3	15	100	0	70	11	28	22	37	1.89
27328184--27328302	41	2.9	41	84	2	157	29	30	18	21	1.97
27328833--27328940	56	1.9	58	82	3	139	47	8	16	27	1.75
27328817--27328954	56	2.4	54	77	10	132	50	7	15	26	1.71
27334009--27334051	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
27336723--27336762	9	4.6	9	84	6	55	62	2	0	35	1.09
27336724--27336799	10	8.1	9	75	12	64	64	2	1	31	1.15
27336724--27336771	18	2.6	17	78	12	51	64	2	0	33	1.05
27338278--27338330	23	2.3	24	75	24	60	45	0	13	41	1.43
27340076--27340110	8	4.1	8	89	10	52	71	0	5	22	1.07
27349137--27349176	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
27349102--27349168	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
27350269--27350337	22	3.1	22	93	0	111	26	26	17	30	1.97
27353034--27353084	24	2.1	24	92	0	84	35	3	15	45	1.65
27355211--27355298	45	2.0	45	97	0	167	34	18	10	37	1.84
27358990--27359075	41	2.1	42	82	2	102	54	24	17	3	1.58
27365270--27365307	12	3.2	12	85	7	51	73	0	10	15	1.09
27373133--27373166	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
27374190--27374241	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
27383401--27384472	167	6.5	165	93	2	1550	33	23	18	25	1.97
27389794--27389823	2	15.0	2	92	0	51	46	0	50	3	1.18
27390075--27390139	29	2.2	29	83	5	76	35	4	12	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27394963--27395067	50	2.1	50	87	3	151	58	4	0	37	1.20
27395028--27395071	22	2.0	22	82	8	54	63	2	0	34	1.07
27395445--27395498	22	2.4	22	80	17	58	57	0	11	31	1.34
27395555--27395595	19	2.2	19	86	0	55	41	9	0	48	1.36
27422736--27423057	161	2.0	161	99	0	635	32	14	20	32	1.92
27423564--27423588	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
27426435--27426484	25	2.0	25	92	0	82	38	2	4	56	1.30
27440775--27440823	22	2.2	22	92	0	80	30	30	0	38	1.58
27440797--27440853	30	1.9	30	96	0	105	29	35	0	35	1.58
27440774--27440876	52	2.0	52	92	0	170	31	32	0	36	1.58
27440825--27440875	22	2.3	22	93	6	86	29	35	0	35	1.58
27440911--27440976	31	2.1	31	97	0	123	36	1	0	62	1.05
27443291--27443839	29	18.9	29	90	1	832	44	25	0	29	1.59
27447032--27447311	124	2.3	124	94	1	490	33	21	15	29	1.94
27447860--27447909	14	3.6	14	76	15	50	52	4	0	44	1.20
27451669--27451781	24	4.6	24	70	15	79	38	20	24	15	1.92
27451693--27451787	50	1.9	50	84	2	129	42	17	22	17	1.90
27456174--27456224	21	2.5	19	78	12	57	1	27	3	66	1.20
27459340--27459365	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
27459911--27459950	20	2.1	19	85	4	53	20	0	15	65	1.28
27461629--27461664	6	6.0	6	100	0	72	83	0	0	16	0.65
27462441--27462478	18	2.0	19	85	10	51	34	0	5	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27467481--27467570	17	5.2	17	71	25	55	58	2	3	35	1.27
27467493--27467659	9	18.4	9	68	14	67	61	2	4	31	1.30
27467608--27467659	19	2.7	19	84	0	68	63	3	0	32	1.12
27476672--27476722	15	3.3	16	67	10	52	27	0	9	62	1.26
27481421--27481590	37	4.7	35	67	20	100	43	1	6	48	1.39
27481479--27481524	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
27481419--27481629	107	2.0	108	97	0	397	43	1	5	49	1.35
27481586--27481627	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
27481577--27481618	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
27481772--27481862	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
27481841--27481878	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
27482976--27483264	154	1.9	154	83	4	377	39	11	8	40	1.73
27491153--27491275	57	2.1	58	87	1	176	28	21	7	43	1.79
27499177--27499218	21	2.0	21	81	9	50	40	0	2	57	1.12
27499271--27499337	25	2.6	26	75	20	68	62	1	4	31	1.24
27499282--27499355	35	2.1	34	90	2	112	63	2	5	28	1.30
27505065--27505124	29	2.1	28	84	6	77	25	13	13	48	1.78
27508587--27508711	56	2.2	56	88	2	180	40	8	14	36	1.75
27508705--27508804	23	4.3	23	88	5	148	37	0	17	46	1.48
27508712--27509268	28	20.2	27	83	10	527	30	0	26	42	1.57
27508717--27508898	23	7.2	23	76	18	121	31	0	25	43	1.55
27508779--27509270	56	8.7	56	88	5	679	29	0	27	42	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27508756--27509270	85	6.1	86	86	5	705	29	0	27	42	1.58
27511593--27511658	31	2.2	30	91	2	105	66	0	1	31	1.01
27511593--27511658	30	2.2	31	89	8	100	66	0	1	31	1.01
27511601--27511640	21	2.0	20	85	5	53	67	0	0	32	0.91
27511690--27511742	22	2.4	23	87	6	74	33	0	32	33	1.58
27511695--27511793	52	1.9	52	89	0	153	38	0	30	31	1.58
27511747--27511793	22	2.1	22	88	0	67	42	0	29	27	1.56
27518315--27518363	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
27524340--27524386	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
27524395--27524429	18	1.9	18	88	0	52	60	0	22	17	1.37
27532560--27532604	3	14.7	3	95	4	81	33	0	0	66	0.92
27532951--27532995	23	2.0	23	100	0	90	40	13	0	46	1.43
27541459--27541712	27	9.3	27	84	4	251	43	16	17	22	1.88
27541476--27541711	55	4.3	55	83	1	269	43	17	16	22	1.88
27541482--27541712	82	2.8	81	83	3	293	43	16	17	22	1.87
27542087--27542140	28	1.9	28	88	0	81	24	25	22	27	2.00
27549055--27549088	15	2.3	15	89	0	50	20	26	0	52	1.46
27549086--27549138	21	2.4	22	84	6	72	3	24	0	71	1.02
27555389--27555429	13	3.1	14	75	10	50	21	17	12	48	1.79
27560707--27560738	16	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
27574734--27575816	89	12.2	89	91	2	1612	27	24	18	30	1.97
27575974--27576002	11	2.6	11	100	0	58	37	6	20	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27576963--27577060	42	2.3	42	91	0	151	30	24	11	33	1.90
27580068--27580094	13	2.1	13	100	0	54	44	25	7	22	1.79
27585882--27585914	17	1.9	17	93	0	57	75	3	3	18	1.06
27587759--27587812	17	3.3	17	80	17	60	9	0	42	48	1.35
27594632--27594662	14	2.1	15	94	5	55	29	0	0	70	0.87
27595623--27595702	17	4.4	17	71	20	63	31	1	3	63	1.20
27596012--27596037	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
27596683--27596757	11	6.7	10	70	19	51	6	13	2	77	1.07
27600952--27601068	58	2.0	58	100	0	234	33	17	18	30	1.94
27612496--27612723	45	4.8	45	74	11	179	31	17	15	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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