Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  60  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23703599--23703668
34
2.1
34
100
0
140
20
5
20
54
1.64
23706709--23706766
29
2.0
30
86
3
82
39
13
12
34
1.82
23713474--23713564
30
3.0
29
85
7
103
29
9
7
52
1.62
23716676--23716720
17
2.6
18
83
16
60
22
6
2
68
1.24
23719535--23719587
19
2.6
19
82
8
61
43
1
0
54
1.11
23723498--23723534
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
23725606--23725798
91
2.1
92
88
2
291
44
4
4
46
1.43
23725829--23726121
120
2.4
120
93
2
500
41
3
4
49
1.42
23726083--23726124
15
2.7
16
82
14
52
45
0
2
52
1.13
23726074--23726115
15
2.9
15
82
10
52
47
0
0
52
1.00
23726227--23726261
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
23726058--23726374
157
2.0
157
96
0
589
47
5
3
44
1.42
23726497--23726548
16
3.2
16
91
0
77
36
34
0
28
1.58
23732186--23732225
20
2.0
20
85
0
53
30
12
10
47
1.74
23733583--23733652
27
2.6
27
80
8
79
50
21
2
25
1.63
23735329--23735389
21
3.0
21
65
18
56
40
9
9
39
1.72
23737644--23737674
6
5.2
6
92
0
53
70
16
12
0
1.16
23741126--23741190
11
6.0
11
75
15
64
55
1
1
41
1.18
23741160--23741191
6
5.5
6
92
7
57
53
0
0
46
1.00
23741126--23741190
23
3.0
22
73
10
64
55
1
1
41
1.18
23741604--23741710
52
2.1
50
87
3
151
47
6
4
41
1.50
23742609--23742633
12
2.1
12
100
0
50
56
0
0
44
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23744719--23744770
27
1.9
27
92
0
86
17
21
38
23
1.93
23744870--23745341
19
25.4
19
67
23
167
53
12
0
33
1.41
23744870--23745200
27
14.1
27
67
27
195
53
12
0
33
1.43
23744870--23745217
49
7.6
46
78
18
274
53
12
0
33
1.43
23744870--23745341
68
7.1
64
72
19
305
53
12
0
33
1.41
23744899--23745336
49
10.0
41
71
20
155
54
12
0
32
1.42
23745005--23745312
89
3.5
89
83
10
388
54
12
0
32
1.41
23750806--23751033
43
5.3
43
79
6
212
22
18
23
35
1.96
23750825--23750993
87
2.0
87
84
8
229
21
17
24
35
1.95
23753717--23753760
19
2.3
19
88
7
63
61
2
4
31
1.28
23763257--23763295
18
2.2
18
85
0
51
53
2
0
43
1.14
23764604--23764657
23
2.2
25
90
6
85
62
7
3
25
1.38
23777407--23777438
5
6.8
5
92
7
50
18
0
0
81
0.70
23778778--23778802
4
6.2
4
100
0
50
24
0
0
76
0.80
23780139--23780228
46
1.9
47
82
6
112
45
1
2
51
1.21
23789651--23789751
50
2.0
50
100
0
202
33
15
3
46
1.65
23789951--23789992
22
2.0
21
86
9
59
64
2
2
30
1.19
23805918--23805970
21
2.5
21
87
0
79
30
37
9
22
1.86
23809283--23809312
14
2.1
14
100
0
60
33
6
13
46
1.69
23809442--23809512
21
3.5
21
69
16
60
61
4
1
32
1.23
23810184--23810214
3
10.3
3
92
0
53
35
3
0
61
1.12
23817267--23817316
21
2.5
20
83
9
57
54
2
2
42
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23817268--23817316
20
2.5
19
80
9
53
53
2
2
42
1.24
23819014--23819052
20
2.0
20
85
10
53
28
2
2
66
1.18
23822319--23822363
18
2.5
18
85
7
56
62
0
11
26
1.29
23823466--23823508
18
2.5
17
76
3
50
34
0
2
62
1.08
23823580--23823642
25
2.6
24
82
2
72
66
3
0
30
1.07
23823580--23823633
25
2.2
25
86
3
74
68
3
0
27
1.06
23824577--23824624
24
2.0
24
100
0
96
45
8
4
41
1.53
23827506--23827593
35
2.5
35
79
3
95
40
10
17
31
1.82
23827426--23827677
18
14.2
18
70
16
145
45
9
15
28
1.78
23827482--23827626
53
2.7
54
76
14
149
44
8
16
30
1.78
23827527--23827677
35
4.3
36
76
15
122
41
9
17
31
1.81
23827695--23827815
36
3.4
35
82
7
129
44
7
10
37
1.67
23827746--23827807
18
3.4
18
84
8
90
43
8
12
35
1.73
23827823--23827861
16
2.4
17
82
4
53
33
12
7
46
1.71
23827749--23827843
17
5.2
19
73
15
58
35
10
11
42
1.76
23827738--23827861
18
6.9
17
72
13
88
40
11
11
37
1.77
23828304--23828336
17
1.9
17
88
11
50
0
18
0
81
0.68
23828503--23828557
17
3.1
18
80
17
69
0
16
12
70
1.16
23828508--23828557
20
2.7
19
82
14
68
0
14
10
76
1.03
23828511--23828567
19
3.0
18
78
16
62
0
14
15
70
1.18
23828668--23828708
4
10.5
4
80
15
50
0
21
2
75
0.92
23828650--23828702
19
2.8
19
83
8
63
0
22
3
73
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23829187--23829295
30
3.6
30
75
9
98
41
2
25
30
1.70
23833922--23833966
20
2.4
19
89
10
67
28
0
0
71
0.87
23833933--23833988
20
2.7
21
83
10
62
33
0
1
64
1.04
23835133--23835157
12
2.1
12
100
0
50
44
0
0
56
0.99
23837036--23837097
29
2.2
28
82
2
70
46
17
11
24
1.81
23839630--23840133
253
2.0
253
98
0
981
37
11
19
31
1.88
23840337--23840364
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
23840439--23840500
28
2.1
28
85
5
79
40
3
4
51
1.39
23842940--23842989
16
3.0
17
80
11
59
36
2
0
62
1.07
23847954--23848005
13
4.0
13
76
16
54
32
0
1
65
1.04
23847954--23848005
25
2.0
25
89
10
79
32
0
1
65
1.04
23849549--23849583
18
1.9
18
94
0
61
40
40
0
20
1.52
23850079--23850112
18
1.9
18
88
5
52
23
0
2
73
0.97
23850485--23850555
33
2.2
31
82
5
79
32
1
4
61
1.23
23852166--23852208
22
2.0
22
86
4
61
55
2
2
39
1.25
23852415--23852467
21
2.5
21
79
14
56
20
3
5
69
1.25
23854287--23854343
23
2.3
24
82
11
62
42
5
0
52
1.24
23854840--23854921
22
3.8
22
67
13
62
45
2
0
52
1.14
23869406--23869446
21
2.0
20
85
4
55
19
0
26
53
1.45
23882930--23882979
15
3.5
14
84
10
57
48
0
36
16
1.46
23884243--23884393
59
2.6
59
85
0
212
43
14
17
25
1.87
23884798--23884846
20
2.4
20
77
12
55
53
2
0
44
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23885323--23885386
24
2.5
26
82
12
89
35
0
4
59
1.18
23886601--23886697
12
8.2
12
67
27
57
61
0
7
30
1.23
23886602--23886702
10
9.9
10
77
14
66
62
0
7
29
1.23
23886599--23886641
19
2.3
19
84
8
61
62
0
6
30
1.21
23886623--23886702
23
3.8
22
76
14
71
65
0
6
28
1.17
23886979--23887013
17
2.1
17
88
0
52
68
2
0
28
1.04
23887261--23887314
28
1.9
28
85
7
74
27
11
16
44
1.82
23887650--23887683
14
2.4
14
90
9
52
70
0
0
29
0.87
23887787--23887833
24
2.0
23
87
8
67
48
4
4
42
1.42
23891920--23891948
6
4.8
6
100
0
58
34
0
48
17
1.47
23899913--23899954
21
2.0
21
100
0
84
38
4
4
52
1.44
23905326--23905704
126
3.0
126
94
0
670
32
17
21
28
1.96
23907743--23907788
23
2.0
23
86
4
65
17
10
8
63
1.51
23913280--23913416
40
3.5
38
74
8
114
39
20
20
19
1.93
23913280--23913393
40
2.8
40
79
8
126
36
20
22
20
1.95
23913449--23913563
40
2.8
41
84
2
142
20
18
30
31
1.96
23913384--23913675
153
1.9
153
90
1
469
24
19
25
30
1.98
23913697--23913743
16
2.8
16
93
6
76
27
0
8
63
1.23
23913982--23914016
14
2.4
14
90
4
52
22
2
22
51
1.61
23913977--23914065
21
4.2
21
70
8
63
26
3
23
46
1.68
23914014--23914127
14
8.1
14
70
7
61
25
1
34
38
1.66
23914056--23914127
7
10.3
7
79
5
56
23
0
38
37
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23919230--23919373
74
1.9
75
94
2
256
27
8
20
43
1.80
23919339--23919587
43
5.8
44
80
6
253
21
19
29
29
1.98
23919339--23919567
85
2.7
86
82
6
266
20
19
30
30
1.97
23921874--23921929
24
2.3
25
84
3
78
23
23
17
35
1.95
23923850--23923900
23
2.2
23
89
6
77
41
19
9
29
1.84
23930022--23930080
17
3.7
14
77
22
55
32
0
13
54
1.40
23934625--23934659
18
1.9
18
88
0
52
37
20
17
25
1.94
23935811--23935850
18
2.2
18
86
4
53
42
17
0
40
1.49
23938621--23938647
7
3.9
7
100
0
54
14
0
0
85
0.61
23948052--23948081
15
1.9
16
93
6
53
73
6
0
20
1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226