genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25481463--25481789	167	2.0	167	91	1	539	27	28	20	24	1.99
25481817--25481993	88	2.0	88	84	4	232	26	25	20	27	1.99
25483222--25483259	13	2.8	13	96	4	67	13	15	0	71	1.16
25483213--25483260	7	7.0	7	78	21	57	14	16	0	68	1.21
25487915--25487950	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
25488104--25488149	23	2.0	24	91	4	76	56	0	4	39	1.19
25488100--25488183	29	2.9	29	73	5	80	59	0	4	35	1.19
25494612--25494676	27	2.4	28	94	2	114	41	10	0	47	1.38
25494858--25494884	12	2.2	12	100	0	54	59	0	40	0	0.98
25494872--25495054	39	5.0	37	67	23	86	65	0	33	0	1.01
25494888--25494983	37	2.6	36	81	14	113	66	0	33	0	0.92
25494890--25495048	66	2.5	64	84	12	193	67	0	32	0	0.96
25494943--25495013	27	2.6	29	80	10	87	67	0	30	1	0.99
25494854--25494984	39	3.4	39	77	16	121	65	0	33	0	0.98
25496316--25496354	18	2.1	18	85	4	51	33	15	12	38	1.85
25496608--25496687	38	2.0	41	88	7	121	65	0	3	31	1.11
25496656--25496681	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
25497128--25497187	18	3.4	18	78	17	81	31	3	13	51	1.57
25497119--25497194	34	2.2	34	100	0	152	32	2	10	53	1.49
25503368--25503461	27	3.5	26	77	12	91	18	31	24	25	1.97
25503384--25503468	27	3.1	27	84	0	116	15	34	24	25	1.95
25505855--25505885	16	2.0	16	93	6	55	6	16	0	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25507119--25507207	44	2.0	46	89	8	139	33	4	24	37	1.76
25512233--25512303	31	2.3	30	83	9	81	43	5	9	40	1.61
25513145--25513170	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
25525676--25525776	50	2.0	50	88	3	150	32	18	10	37	1.86
25528365--25528420	14	3.9	14	77	13	60	46	1	0	51	1.11
25534697--25534735	20	2.0	20	94	0	69	51	17	15	15	1.77
25547522--25547552	16	1.9	16	93	0	53	35	12	16	35	1.87
25552782--25552829	16	2.8	16	81	9	51	62	0	31	6	1.20
25554375--25554412	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25555910--25555970	33	1.9	31	90	6	95	60	11	1	26	1.40
25555912--25555981	32	2.2	31	82	12	81	61	11	2	24	1.43
25558342--25558441	49	2.0	50	85	11	136	36	15	26	23	1.93
25558367--25558470	50	2.1	49	82	7	122	37	16	27	18	1.92
25561363--25561424	31	2.1	30	84	6	81	45	9	4	40	1.58
25563016--25563195	91	2.0	89	80	9	204	33	15	21	30	1.94
25564667--25564740	34	2.2	34	85	4	96	39	12	13	35	1.82
25564912--25564998	45	1.9	45	81	4	104	29	17	17	35	1.93
25565088--25565139	21	2.7	19	77	13	61	26	19	23	30	1.98
25565101--25565143	21	2.0	21	95	0	77	32	23	18	25	1.97
25567344--25567382	20	2.0	20	89	0	60	15	15	15	53	1.73
25575333--25575369	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
25584974--25585044	26	2.7	27	89	6	110	33	23	25	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25586622--25586656	15	2.3	15	90	0	52	37	11	25	25	1.90
25588754--25588986	62	3.7	62	88	5	319	33	7	11	46	1.69
25588754--25589059	62	4.8	63	86	7	304	34	8	11	45	1.70
25588916--25589045	65	2.1	60	84	10	167	33	10	13	42	1.78
25591912--25591936	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
25592208--25592233	13	2.0	13	100	0	52	7	7	38	46	1.61
25605862--25605890	12	2.5	12	94	5	51	48	6	20	24	1.74
25607358--25607423	31	2.1	31	86	5	89	34	13	15	36	1.87
25608838--25608868	16	1.9	16	93	0	53	41	3	6	48	1.45
25608942--25608989	25	1.9	25	100	0	96	47	8	4	39	1.53
25609055--25609079	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
25609615--25609748	13	10.2	13	75	10	94	53	4	2	38	1.36
25609615--25609710	40	2.4	40	89	3	140	55	4	3	37	1.35
25611424--25611519	38	3.0	30	72	25	79	56	21	6	15	1.62
25611418--25611504	38	2.3	38	97	0	165	52	24	6	16	1.67
25611462--25611519	29	2.0	29	89	3	89	56	20	6	15	1.62
25614354--25614401	3	15.7	3	79	12	53	60	0	4	35	1.16
25614354--25614401	12	4.2	11	85	15	62	60	0	4	35	1.16
25614413--25614459	18	2.6	18	86	6	60	70	2	4	23	1.16
25615374--25615409	6	5.7	6	90	9	54	19	0	0	80	0.71
25615908--25617238	44	29.5	44	68	12	253	29	20	18	32	1.96
25615908--25616332	44	9.5	46	73	11	260	28	19	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25615998--25617101	92	12.3	88	68	13	437	28	19	18	32	1.96
25615908--25617238	181	7.4	181	82	3	1477	29	20	18	32	1.96
25616142--25617238	362	3.0	360	89	1	1629	29	20	17	32	1.96
25621203--25621235	17	1.9	17	100	0	66	60	6	3	30	1.36
25621340--25621377	14	2.6	15	84	16	53	55	2	0	42	1.14
25630637--25630681	24	1.9	23	86	13	65	37	0	2	60	1.09
25630778--25630805	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
25630748--25630958	68	3.1	68	97	1	390	45	9	4	40	1.57
25630846--25630873	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
25630946--25630987	16	2.6	16	88	0	57	42	4	2	50	1.36
25630969--25631026	27	2.1	28	83	6	73	48	1	1	48	1.22
25630961--25631014	21	2.5	22	84	3	74	42	1	1	53	1.22
25631453--25631527	27	2.8	26	80	9	64	60	2	2	34	1.25
25631737--25631793	8	7.0	8	80	6	62	38	1	0	59	1.08
25662353--25662398	23	2.0	23	83	8	58	52	19	6	21	1.69
25667829--25667976	33	4.8	31	72	23	111	30	29	19	20	1.97
25667901--25668154	100	2.5	102	92	3	422	32	26	20	20	1.97
25667998--25668076	27	2.8	28	88	5	106	31	29	22	16	1.96
25669215--25669248	11	2.8	12	91	8	52	35	8	11	44	1.72
25672060--25672105	22	2.0	23	87	4	67	39	2	0	58	1.10
25676190--25676253	33	2.0	32	87	3	92	31	26	15	26	1.96
25676710--25676734	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25679709--25679748	15	2.7	15	84	0	53	42	17	25	15	1.88
25679739--25679790	27	1.9	27	84	0	68	32	15	34	17	1.91
25679771--25679821	24	2.1	24	85	0	66	29	11	35	23	1.90
25686315--25686452	48	2.9	47	81	7	143	33	20	28	18	1.96
25686278--25686452	74	2.4	73	82	10	205	33	20	27	18	1.96
25686278--25686452	25	7.1	25	74	11	139	33	20	27	18	1.96
25686413--25686601	105	1.8	105	82	0	243	31	21	27	20	1.98
25686882--25686921	21	1.9	21	85	10	55	47	10	0	42	1.37
25689745--25690005	17	14.1	18	68	17	108	45	10	12	31	1.76
25689729--25690005	18	14.8	18	69	18	97	46	10	11	31	1.75
25689729--25689814	36	2.3	38	83	13	108	45	10	11	32	1.75
25689957--25690049	44	2.1	43	82	7	107	49	13	13	22	1.78
25690017--25690087	17	4.2	17	77	7	74	36	11	14	38	1.81
25690017--25690087	16	4.2	16	74	13	63	36	11	14	38	1.81
25690001--25690089	35	2.5	35	83	3	99	42	11	13	32	1.80
25690312--25690349	20	1.9	20	88	0	58	42	7	13	36	1.73
25690786--25690847	19	3.2	19	82	13	56	6	14	0	79	0.93
25690811--25690866	21	2.8	20	84	7	69	0	25	0	75	0.81
25690812--25690860	12	4.2	12	80	20	50	0	24	0	75	0.80
25691031--25691074	21	2.1	21	86	0	61	2	15	15	65	1.36
25691571--25691667	30	3.2	29	79	5	104	37	5	22	35	1.77
25691887--25693248	76	17.6	76	88	5	1799	35	19	16	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25694596--25694694	1	99.0	1	67	0	54	4	5	7	83	0.89
25694596--25694694	13	7.5	13	71	8	67	4	5	7	83	0.89
25694596--25694694	18	5.4	18	73	17	71	4	5	7	83	0.89
25694597--25694676	8	9.9	8	77	17	69	2	5	8	83	0.87
25699661--25699923	18	14.1	18	71	17	137	46	10	11	31	1.75
25699645--25699730	18	4.7	17	77	18	68	46	10	10	32	1.72
25699663--25699739	19	4.2	19	74	14	72	42	9	12	35	1.75
25699792--25699833	19	2.2	19	91	0	66	47	4	4	42	1.45
25699875--25699967	44	2.1	43	84	7	116	51	13	12	21	1.75
25699831--25699973	61	2.3	62	84	9	184	49	12	11	25	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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