genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7437438--7437487	3	16.7	3	85	8	66	60	0	0	40	0.97
7437438--7437497	15	4.0	15	85	8	52	55	0	1	43	1.10
7440310--7440391	43	1.9	43	85	2	112	29	19	20	30	1.97
7454224--7454263	20	2.0	20	100	0	80	40	10	10	40	1.72
7457339--7457379	21	2.0	21	90	9	66	39	2	7	51	1.43
7457395--7457419	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
7463563--7463614	27	2.0	25	81	7	59	38	5	5	50	1.51
7463799--7463830	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
7467277--7467305	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7468257--7468313	18	3.3	18	71	14	66	59	3	5	31	1.36
7468768--7468809	17	2.8	16	83	16	54	45	0	0	54	0.99
7468778--7468813	17	2.2	17	90	5	56	52	0	0	47	1.00
7469562--7469627	21	3.3	19	73	16	53	25	4	1	68	1.18
7471547--7471739	92	2.1	93	95	1	343	37	3	4	54	1.35
7471551--7471702	48	3.2	48	68	17	147	40	3	3	51	1.39
7476979--7477254	127	2.2	128	83	5	337	31	18	14	35	1.91
7477306--7477421	34	3.5	32	78	9	115	47	12	0	40	1.41
7477458--7477490	16	2.1	16	94	0	57	60	30	0	9	1.27
7483132--7483194	32	2.0	32	81	6	74	47	3	0	49	1.17
7492026--7492059	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
7495447--7495489	20	2.2	20	83	8	52	39	4	9	46	1.57
7502762--7502796	17	2.1	17	94	0	61	37	17	22	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7502809--7502882	29	2.5	29	86	4	94	50	16	13	20	1.78
7511949--7512009	31	2.1	28	88	11	88	55	0	3	40	1.16
7519897--7519945	25	2.0	25	87	0	71	42	0	4	53	1.20
7520014--7520088	27	2.8	27	78	8	89	30	21	28	20	1.98
7520096--7520146	21	2.4	22	80	6	68	31	1	9	56	1.43
7520178--7520252	27	3.0	25	82	9	91	32	1	13	53	1.48
7520396--7520431	16	2.3	16	90	4	56	33	2	5	58	1.36
7523217--7523303	40	2.2	40	81	4	95	27	16	20	35	1.94
7523235--7523348	40	2.8	41	84	6	151	23	15	27	33	1.95
7523586--7523685	42	2.4	42	94	0	173	35	10	28	27	1.89
7538630--7538674	18	2.5	18	82	7	56	26	42	15	15	1.87
7538809--7538875	18	3.6	17	79	16	71	34	22	5	37	1.79
7538837--7538895	21	2.8	21	94	0	100	37	20	5	37	1.75
7540365--7540403	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
7543471--7543501	16	1.9	16	93	0	53	41	9	12	35	1.76
7544835--7544878	22	2.0	22	90	0	70	36	22	22	18	1.95
7545868--7545897	8	3.8	8	90	0	51	60	0	0	40	0.97
7545863--7545900	16	2.4	16	90	0	67	60	0	0	39	0.97
7546921--7546953	14	2.3	15	89	5	50	72	0	3	24	0.98
7547358--7547397	20	2.0	20	85	4	55	42	0	0	57	0.98
7548468--7548537	23	3.2	22	73	17	65	64	1	7	27	1.28
7553828--7553877	23	2.2	24	82	10	68	40	6	18	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7557245--7557286	16	2.6	16	88	3	57	26	2	2	69	1.13
7569543--7569593	16	3.1	16	76	15	50	66	7	0	25	1.18
7577629--7577679	24	2.1	24	100	0	102	41	19	3	35	1.70
7580654--7580696	3	14.3	3	95	0	77	32	2	0	65	1.06
7581413--7581616	39	5.4	38	64	24	99	46	3	4	46	1.40
7581386--7581684	149	2.0	149	99	0	589	46	3	4	45	1.39
7581650--7581685	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
7595488--7595547	22	2.7	22	97	0	111	33	13	26	26	1.93
7596353--7596392	18	2.2	18	91	8	64	47	0	0	52	1.00
7597025--7597081	19	2.9	19	80	12	62	59	0	0	40	0.97
7597031--7597101	21	3.0	26	73	23	66	57	0	0	42	0.98
7597052--7597098	18	2.6	19	80	12	55	57	0	0	42	0.98
7600079--7600151	38	1.9	38	91	0	119	41	17	10	30	1.84
7602168--7602258	6	17.4	5	72	18	53	70	2	24	3	1.14
7602598--7602635	18	2.1	18	100	0	76	42	5	21	31	1.75
7602939--7602985	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
7604018--7604044	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
7604092--7604125	18	1.9	17	88	5	50	55	26	8	8	1.59
7605230--7605312	39	2.1	39	100	0	166	22	20	16	39	1.92
7608549--7608589	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
7611547--7611590	19	2.3	19	92	0	79	61	22	0	15	1.34
7611642--7611680	14	2.8	14	84	0	51	35	10	5	48	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7612183--7612214	16	2.0	16	93	0	55	56	28	0	15	1.40
7618663--7618718	23	2.5	22	83	11	69	46	0	7	46	1.30
7619290--7619337	25	1.9	25	87	8	71	33	0	2	64	1.05
7646051--7646107	27	2.1	27	80	6	62	45	7	1	45	1.40
7654444--7654509	19	3.5	20	81	8	75	59	6	1	33	1.31
7654444--7654509	10	7.0	9	75	16	62	59	6	1	33	1.31
7654443--7654490	20	2.5	19	86	3	69	58	8	0	33	1.28
7665675--7665712	19	2.0	19	85	10	51	63	5	2	28	1.30
7675400--7675450	9	5.7	9	92	0	84	25	11	27	35	1.91
7675400--7675457	27	2.1	27	87	6	82	27	12	24	36	1.91
7676743--7676777	17	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
7688590--7688644	27	2.0	27	89	0	83	29	38	23	9	1.85
7689618--7689687	6	11.7	6	74	6	52	8	45	1	44	1.43
7689622--7689687	12	5.5	12	75	0	69	9	45	1	43	1.44
7689622--7689685	18	3.6	18	78	0	65	9	45	1	43	1.45
7691940--7691987	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
7703463--7703507	22	2.1	21	84	12	56	35	2	2	60	1.22
7703462--7703506	16	2.6	17	83	16	58	37	2	2	57	1.23
7710766--7710831	31	2.1	32	83	8	82	43	15	9	31	1.77
7724492--7724530	20	2.0	20	94	0	69	64	0	0	35	0.94
7724485--7724571	31	2.8	31	82	5	88	59	2	1	36	1.17
7724493--7724580	11	8.4	11	76	17	89	59	0	1	39	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7724505--7724598	41	2.3	40	90	3	154	62	0	1	36	1.02
7724565--7724610	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
7727410--7727442	7	4.7	7	96	0	57	84	0	0	15	0.61
7736806--7736858	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
7736988--7737060	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
7738060--7738105	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
7738866--7738924	28	2.1	28	100	0	118	38	22	10	28	1.86
7738872--7738932	28	2.2	28	93	0	104	40	18	9	31	1.83
7746854--7746878	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7747508--7747662	75	2.0	76	92	3	258	17	8	14	59	1.59
7747806--7747877	36	2.0	36	100	0	144	25	13	25	36	1.93
7749022--7749077	28	2.0	28	100	0	112	32	32	7	28	1.84
7751096--7751156	31	2.0	31	90	6	97	27	16	16	39	1.90
7766233--7766261	13	2.1	14	93	6	51	31	20	6	41	1.79
7778329--7778373	14	2.9	16	81	12	51	44	4	4	46	1.43
7786396--7786450	28	2.0	28	100	0	110	38	18	18	25	1.93
7787591--7787641	26	2.0	26	100	0	102	27	0	0	72	0.85
7787592--7787648	26	2.2	26	93	0	96	28	0	0	71	0.86
7787592--7787658	26	2.6	26	87	0	71	25	0	4	70	1.06
7788160--7788188	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7788559--7788587	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7789329--7789386	19	2.9	19	80	12	55	60	5	15	18	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7789351--7789406	30	1.9	28	85	7	76	67	5	12	14	1.38
7789380--7789432	20	2.7	20	82	5	63	75	9	3	11	1.16
7789619--7789686	34	2.0	35	82	8	86	55	0	0	44	0.99
7794095--7794143	19	2.4	21	86	6	66	53	8	6	32	1.55
7795233--7795279	20	2.3	20	88	3	67	61	4	0	34	1.15
7803965--7804007	21	2.0	21	100	0	86	34	23	9	32	1.87
7836167--7836213	25	2.0	24	84	16	62	57	19	8	14	1.63
7837311--7837387	26	3.1	26	72	24	83	41	0	5	53	1.23
7837349--7837390	19	2.2	19	87	8	59	45	0	2	52	1.13
7849653--7849708	29	1.9	29	85	0	76	32	21	5	41	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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